| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1766474 = | 48 (0.880) | 4 (0.080) | 3/240 | NT | 8.9% | coding (379/561 nt) | tag | DNA‑3‑methyladenine glycosylase 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1766523 = | 37 (0.730) | coding (428/561 nt) | tag | DNA‑3‑methyladenine glycosylase 1 | |||||
ATCAAGCTCAAGGGTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCT > USA300TCH1516_ALE/1766385‑1766662 | aTCAAGCTCAAGGGTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACCTGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAaca > 1:551283/1‑140 (MQ=255) caagtcaaaGGGTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAAcaca < 1:845/133‑1 (MQ=255) catgttATTTAAAAATTAAACAAGAATATGGTTGATTTAGTATATTTGTATGGTAATATGTAAATAGTAAGCATAAACATTTGCAGAAGCAAGATGCTTGGGATCGTATCACAATTGATGATACTGCAACACAACTATCt > 2:280263/6‑140 (MQ=255) aaGGGTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCt < 2:196194/140‑1 (MQ=255) ggTTTTTAAAAATTGAACAATCATATGGTAGTTTTAGTAATTTTTTAGGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTaaa < 2:118057/140‑1 (MQ=255) ggTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTAAGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTaaa < 1:442766/140‑1 (MQ=255) ggTATCTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATGTTTATTGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTaaa < 2:249741/140‑1 (MQ=255) tttAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGGAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGAtt > 2:470533/1‑140 (MQ=255) aaaaaTTGAAAAAGCATATGGTAGTGTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGGATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTaa < 1:329383/140‑1 (MQ=255) aaaTTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTAGCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTaaaa < 1:188877/140‑1 (MQ=255) aatactgttactggacctaaaaatttaaacccgtattgttttaaatctttagatagttatgatgcagtatcatcaactgtgatacgatcagaagcatgttcatactgcaaCACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACg > 1:212944‑M2/111‑140 (MQ=255) atactgttactggacctaaaaatttaaacccgtattgttttaaatctttagatagttgtgTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTTTCTAAAGATTTAAAACAATACgg < 2:212944‑M1/80‑1 (MQ=255) aaGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACggg > 1:571024/1‑140 (MQ=255) tatGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTATGTTGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTTATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAAAAATACGGGTTTaa > 1:520417/1‑140 (MQ=255) tatGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTaa > 1:121066/1‑140 (MQ=255) tatGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTaa > 2:188197/1‑140 (MQ=255) atGGTAGTTTTAGTAAATTTTTGTAGTAATATGTAAATGGTAACCCTATAGATTTTCTGGATGACCATTCTTCTGATCGTATCTCAGTTCATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTaaa < 2:297072/140‑1 (MQ=255) ggTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTACATTGTAATCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTGAAAACAATACGGGTTTAAAtt < 1:344535/140‑1 (MQ=255) tatttttAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAAtttt < 2:255397/137‑1 (MQ=255) tAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAg > 1:605326/1‑140 (MQ=255) aTTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTACAGCTTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTaa > 1:620093/1‑140 (MQ=255) ccgtattgttttaaatctttagaaagttgtgttgcagtatcatcaactgtgatacgatcagaagcatgttcatactgcaaCACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTAt < 2:212944‑M2/60‑1 (MQ=255) aTGGTCATATTTAAATGCTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTAt < 2:157952/140‑1 (MQ=255) aTGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTAt < 1:595906/140‑1 (MQ=255) cgtattgttttaaatctttagatagttgtgTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCATCATAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTAtt > 1:212944‑M1/31‑140 (MQ=255) gTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGGTTGGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTAtttt < 2:551283/140‑1 (MQ=255) cttatGTAAATGGTAAGCTTAATGATTTGCAGTGTGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCg < 1:135932/138‑1 (MQ=255) caaTGGGAAGCGCAAAGATTTGCAGTATGAACCTGCTTCTGATCGTAGCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTACAGATTTAAAACAATACTGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTCACAGTATTTTCGTTTTTAg < 2:372243/139‑1 (MQ=255) aaaTGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAg < 2:55729/140‑1 (MQ=255) aaTGGTCAGTCTAAAGATTTGCAGTATGAACATTTTTCTGATTGTATCATGGTTGATGATACTGCAACACAACTAGCTAAAGATTTAAAATTAAACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGa < 1:386228/140‑1 (MQ=255) aaTGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGa < 1:550253/140‑1 (MQ=255) ggTAAGTCGAAAGATTTGCACTATGAACATGCTTCTGAGCGTATTACTATTGATTATACAGCAACACATCTATCAAAAGATGTAAAACGATTCGGGTTTAAAGTTTTAGGTCGAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGCaga < 2:130207/140‑2 (MQ=255) tAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAagcag < 1:195543/140‑1 (MQ=255) tAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAagcag < 1:398749/140‑1 (MQ=255) tAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTGTCGTTTTTAGAagcag < 1:323428/140‑1 (MQ=255) aTTTGCAGTATGAACATGGTTCTGATCGTGGCACGGTTGATGTTGCTGCAGCAGAACTAGCTAAAAATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTatat > 2:659243/1‑140 (MQ=255) aTTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGGTGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGGCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGCAGCAGCCCGTTTctat > 2:321986/1‑140 (MQ=255) aTTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCTGGTTTatat > 1:391411/1‑140 (MQ=255) ttaGCAGTATGAACATGCTTCTGACCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACACCTATCTAAAGATTTAAACCAATCCGGGTTTAAATTTTTAGGGCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATatg > 2:198914‑M1/4‑140 (MQ=255) TTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATatga < 2:595341‑M1/140‑1 (MQ=255) TTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAAAAATAAGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTAATatga < 1:42439‑M1/140‑1 (MQ=255) TGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGTAACACAACTATCTAAAGATTTAAACCAATAGGGGTGTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATatgat > 1:56842‑M1/1‑140 (MQ=255) TGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGATTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATatgat < 1:410175‑M1/140‑1 (MQ=255) GCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGCAGCAGCCGGTTTATatgatg < 2:150232‑M1/140‑1 (MQ=255) GCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATatgatg < 2:149973‑M1/140‑1 (MQ=255) CAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGc > 1:474988‑M1/1‑140 (MQ=255) CAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGc > 2:1278‑M1/1‑140 (MQ=255) gtatcatcaactgtgatacgatcagaagcatgttcatactgcaaCACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTGGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGTTGcac > 1:259972‑M2/45‑140 (MQ=255) gtatcatcaactgtgatacgatcagaagcatgttcatactgcaaCACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGcac > 1:259975‑M2/45‑140 (MQ=255) TATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGcaca > 1:273160‑M1/1‑140 (MQ=255) tGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATATTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAg > 1:6301/1‑140 (MQ=255) gATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTAATTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGGACATTTACAAGAATGTcc > 1:585706/1‑140 (MQ=255) tCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCAt < 2:152838/140‑1 (MQ=255) tCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAg > 1:358421/1‑140 (MQ=255) caGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCt < 2:603210/140‑1 (MQ=255) atgatACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACAt > 1:563000/1‑140 (MQ=255) tactgcaaCACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACAtaatt < 1:470533‑M2/132‑1 (MQ=255) ctgcaaCCCAACTATCTAAAGCTTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGCCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACAtaattaa < 2:324380‑M2/134‑1 (MQ=255) ctgcaaCACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACAtaattaa < 2:46490‑M2/134‑1 (MQ=255) tgcaaCACAACTATCTAAATATTTAAAACAATGCGGGTTTAGACTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACAtaattaat < 2:118557‑M2/135‑1 (MQ=255) tgcaaCACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTGTAGGTCCAGTAACAGTATTTGCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACAtaattaat < 2:519678‑M2/135‑1 (MQ=255) aCACAACTTTTTAAAGATTTAAAACAATATGGGTGTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTCTTTTCGTGTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTAGAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGc < 1:293343‑M2/139‑1 (MQ=255) cacaACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCt < 2:358421/140‑1 (MQ=255) | ATCAAGCTCAAGGGTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCT > USA300TCH1516_ALE/1766385‑1766662 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |