| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 21020 = | 135 (0.240) | 5 (0.020) | 4/268 | 8.6 | 4.9% | coding (51/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0027 | IS431mec transposase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 36498 = | 63 (0.840) | coding (54/675 nt) | USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TATACATCTCCTTAATTTAGAGTGTACTCATAAAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000731/21164‑21020‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtagccAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACAT > USA300TCH1516_ALE/36498‑36636 TATACATCTCCTTAATTTAGAGTGTACTCATAAAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGT > 2:556764/1‑141TATACATCTCCTTAATTTAGAGTGTACTCATAAAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGT > 2:483885/1‑141TATACATCTCCTTAATTTAGAGTGTACTCATAAAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGT < 1:419557/141‑1TATACATCTCCTTAATTTAGAGTGTACTCATAAAATACGGTGCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGT < 2:64960/141‑1 ATACATCTCCTTAATTTAGAGTGTACTCATAAAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGTTTAAATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTA < 1:437144/141‑1 ATACATCTCCTTAATTTAGAGTGTACTCATAAAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTA < 1:534990/141‑1 ATACATCTCCTTAATTTAGAGTGTACTCATAAAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTA < 1:583478/141‑1 TACATCTCCTTAATTTAGAGTGTACTCATAAAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGATTTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGATTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAG < 2:308404/141‑1 TACATCTCCTTAATTTAGAGTGTACTCATAAAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAG > 2:444036/1‑141 TACATCTCCTTAATTTAGAGTGTACTCATAAAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAG < 2:30829/141‑1 TACATCTCCTTAATTTAGAGTGTACTCATAAAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATATTTTCAATGTAG > 2:175644/1‑141 TACATCTCCTTAATTTAGAGTGTACTCATAAAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTATAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAG < 2:308709/141‑1 TACATCTCCTTAATTTAGAGTGTAATCCTAAAATACGGTTCTGTTGCAAACTTGACTTAATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAG > 1:174520/1‑141 ACATCTCCTTAATTTAGAGTGTACTCATAAAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGC > 1:774/1‑141 ACATCTCCTTAATTTAGAGTGTACTCATAAAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGC < 2:676171/141‑1 tATCTCCTTAATTTAGAGTGTACTCATAAAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCC < 2:76809/140‑1 CATCTCCTTAATTTAGAGTGTACTCATAAAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCC > 2:73047/1‑141 CATCTCCTTAATTTAGAGTGTACTCATAAAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCC < 1:722947/141‑1 CATCTCCTTAATTTAGAGTGTACTCATAAAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCC < 1:117032/141‑1 CATCTCCTTAATTTAGAGTGTACTCATAAAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCC < 1:233119/141‑1 CATCTCCTTAATTTAGAGTGTACTCATAAAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCC > 1:277825/1‑141 CATCTCCTTAATTTAGAGTGTACTCATAAAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCC < 1:51432/141‑1 TCTCCTTAATTTAGAGTGTACTCATAAAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCAA < 1:414523/141‑1 TCTCCTTAATTTAGAGTGTACTCATAAAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGATATCACTGTAGCact > 2:921874/1‑138 TCTCCTTAATTTAGAGTGTACTCAATAACTACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCAA < 2:646114/141‑1 CCTTAATTTAGAGTGTACTCATAAAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCAACGG < 2:124807/141‑1 TGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATA < 2:191939/141‑1 TATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATGTAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGTCAACGGCTACAGTGATATCATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAG < 2:22997/141‑1 GTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGATGGTA > 1:871537/1‑141 AGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTTTAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAAC > 2:754275/1‑141 AGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAAC > 1:535236/1‑141 GCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACA < 2:155807/141‑1 CCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACAT > 1:593061/1‑141 CCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTCTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGCTGTTTGTAACAT > 2:550812/1‑141 TATACATCTCCTTAATTTAGAGTGTACTCATAAAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000731/21164‑21020‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtagccAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACAT > USA300TCH1516_ALE/36498‑36636 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |