New junction evidence | |||||||||||
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? | USA300TCH1516_ALE | = 2681449 | 98 (1.400) | intergenic (‑484/+95) | USA300HOU_RS13810/mvaA | hypothetical protein/3‑hydroxy‑3‑methylglutaryl‑coenzyme A reductase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
GGAACTTGAAGAATCTAAGACTGTTAAAATCGAGACAATAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAATTTC > USA300TCH1516_ALE/2681285‑2681561 | ggtaCTTGAAGAATCTCAGACCGTTAAAATCGAGACAATTAGAAACTCGGTCTAAATTTGAATCCTATCATGAATGTGCCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACg < 2:456562/138‑1 (MQ=255) ggAACTTGAAGAATCTAAGACTGTTAAAATCGAGACAATAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATATACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACg > 2:782751/1‑141 (MQ=255) ttGAAGAATCTAAGACTGTTAAAATCGAGACAATAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGc > 1:847921/1‑141 (MQ=255) ttGAAGAATCTAAGACTGTTAAAATCGAGACAATAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAAAGc > 1:249439/1‑141 (MQ=255) tcaagaaTCTAAGACTGTTAAAATCGAGACAATAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCt < 2:228307/139‑1 (MQ=255) tGAAGAATCTAAGACTGTTAAAATCGAGACAATAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCt < 1:684329/141‑1 (MQ=255) aaggaTCTAAGCCTGTTAAAATCGAGACAATAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCAGGAAGAAGTAATTTACGTTTCATTAGACTGCGTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTc > 2:295364/1‑141 (MQ=39) aagaaTCTAAGACTGTTAAAATCGAGACAATAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAGTTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTc > 2:237621/1‑141 (MQ=255) aagaaTCTAAGACTGTTAAAATCGAGACAATAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTc < 2:664259/141‑1 (MQ=255) agaaTCTAAGACTGTTAAAATCGAGACAATAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCa > 1:545130/1‑141 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aGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTa < 2:267747/141‑1 (MQ=255) aGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTa < 1:29112/141‑1 (MQ=255) aGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTa < 2:899689/141‑1 (MQ=255) aaaCTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTAtt < 2:34261/141‑1 (MQ=255) aaCTCGATCCAAATTTAAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTAttt < 2:504780/141‑1 (MQ=255) aCTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTAtttt < 2:134122/141‑1 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ttCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAACGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATAGCTATTCGCCATTTACTCTTGTTGTCtt > 2:668968/1‑140 (MQ=255) tccTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTa > 2:465148/3‑141 (MQ=255) tCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTaa < 2:545130/141‑1 (MQ=255) cTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTCTTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAAt > 1:459217/1‑141 (MQ=255) cTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAAt > 1:757049/1‑141 (MQ=255) cTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTGGGTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAAt > 2:692863/1‑141 (MQ=255) tATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATCGCAGTTTTTATTTTTGTTGATATTAATTTATCTAAGCGATACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTCTTCGCCCTTTACTATGTTTGTCTaact > 2:581255/1‑139 (MQ=37) tATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAAtt > 2:887865/1‑141 (MQ=255) tATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAAtt > 1:654427/1‑141 (MQ=255) tCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAATTTc < 1:440136/141‑1 (MQ=255) tCACGAACGCTTCAATTTCCGGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAATTTc < 1:440164/141‑1 (MQ=255) | GGAACTTGAAGAATCTAAGACTGTTAAAATCGAGACAATAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAATTTC > USA300TCH1516_ALE/2681285‑2681561 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |