New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2681424 | 107 (1.360) | 3 (0.040) | 3/250 | 8.8 | 3.0% | intergenic (‑459/+120) | USA300HOU_RS13810/mvaA | hypothetical protein/3‑hydroxy‑3‑methylglutaryl‑coenzyme A reductase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2681449 | 98 (1.400) | intergenic (‑484/+95) | USA300HOU_RS13810/mvaA | hypothetical protein/3‑hydroxy‑3‑methylglutaryl‑coenzyme A reductase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TAAAATCGAGACAATAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCT‑ATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAATTTCTTGTAAAATATGTTCCGCTGCTTGTG > USA300TCH1516_ALE/2681309‑2681587 | tAAAATCGAGACAATAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCgt < 1:239638/141‑1 (MQ=255) tCGAGACAATAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGAt < 1:343779/141‑1 (MQ=255) cGAGACAATAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATa > 2:849277/1‑141 (MQ=255) cAATAAGAAACTCGTTCCAAACACGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGACGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGt > 2:654691/1‑141 (MQ=255) tAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAAAAAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGtttt > 1:445015/1‑141 (MQ=255) aaGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGttttt < 2:899937/141‑1 (MQ=255) aGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATCCAAGTTTTTa < 1:676424/141‑1 (MQ=255) aGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATCAAAGTTTTTa < 1:676367/141‑1 (MQ=255) aGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTa < 2:267747/141‑1 (MQ=255) aGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTa < 2:899689/141‑1 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2:407599/141‑1 (MQ=255) gCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCT‑ATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAATTTCTTGTaaaa < 1:482665/141‑1 (MQ=255) ttCAATTTCCTGTATGCGTGTTAGAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCT‑ATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAATTTCTTGTAAAata < 2:643899/141‑1 (MQ=255) ttCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCT‑ATTCGCCATTTACTCTTGTTGTCTAATTTCTTGTAAAata > 2:346859/1‑141 (MQ=255) ttCAATTTCCGTTTTTCGTTTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAATCTTTTCTTTAAAATCGCT‑ATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAATTTCTTGTAAAata < 2:428814/141‑1 (MQ=255) cAATCTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCT‑ATTCGCCATTTACGTTTGTTGTCTAATTTCTTGTAAAATATg < 1:219284/141‑1 (MQ=255) aTTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCT‑ATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAATTTCTTGTAAAATATGtt < 2:120601/141‑1 (MQ=255) aTTCCCTGTATGCGTGTGCTAGAAGTATTTCTTTTTGTTCATATTAATTTATCAAAGCGCTACGATGAACTGACTTAACATTTCCCTTCAAAT‑GCTAATCCGTACTTTACTATTGTTGTCTCATTACTAGTAACatctcta > 2:33614/1‑136 (MQ=255) tgggtggGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCT‑ATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAATTTCTTGTAAAATATGTTCCGCTGCTtg < 2:175836/138‑1 (MQ=255) tGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAGAATCGCT‑ATTCGCCATTTACTATTGTTGTTTAATTTCTTGTAAAATTGGTTCCGCTGCttt > 2:805521/1‑140 (MQ=255) tGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTACATATTAATTTATCTAAGCGCTACTATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCT‑ATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAATTTCTTGTAAAATATGTTCCGCTGCTtg < 2:837190/141‑1 (MQ=255) cGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCT‑ATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAATTTCTTGTAAAATATGTTCCGCTGCTtgtg > 2:795475/1‑141 (MQ=255) | TAAAATCGAGACAATAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCT‑ATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAATTTCTTGTAAAATATGTTCCGCTGCTTGTG > USA300TCH1516_ALE/2681309‑2681587 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |