| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2660570 = | 106 (1.170) | 3 (0.040) | 3/236 | NT | 3.0% | intergenic (+12/+237) | ldhD_1/ybiV | D‑lactate dehydrogenase/Sugar phosphatase YbiV |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2660603 = | 96 (1.170) | intergenic (+45/+204) | ldhD_1/ybiV | D‑lactate dehydrogenase/Sugar phosphatase YbiV | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
GAAAGAATTTTAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAA > USA300TCH1516_ALE/2660430‑2660708 | gAAAGAATTTTAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACGCGTTTAAATTAATGTATATATTTa > 1:91975/1‑141 (MQ=255)gAAAGAATTTTAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTa > 1:782328/1‑141 (MQ=255)gAAAGAATTTTAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTa > 2:348200/1‑141 (MQ=255)acgaatcatcaaatattaatatatctcaaacaggttaggcaataatgccatagtaaaataagcgcactaaaatcatttgaatagatgataaaataaagcggattttaatcaaatcgattttgatacagatatacaaaataa > 1:426715‑M1/141‑141 (MQ=255) aaaGAATTTTAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATAATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTaa > 2:1030020/1‑141 (MQ=255) aatcatcaaatattaatatatctcaaacaggttaggcaataatgccatagtaaactaagcgcactaaaatcatttgaatagatgataaaataaagcggattttaatcaaatcgattttgatactgttatacaaaataaaaa < 1:877274‑M1/4‑1 (MQ=255) aTTTTAGTAACACCACGTATTGCGTTCTTCTCTGATGAAGCAATACAAAACCTTGTTGAGGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTGTAAATTAATATATATATTTAAAAGCa < 2:686024/141‑1 (MQ=255) tcaaatattaatatatctcaaacaggttaggcaataatgccatagtaaaataagcgcactaaaatcatttgaatagatgatgaaataaagcgggttttaatcaaatcgattttgatacagatatacaaaataAAAATCaaa < 1:997536‑M1/9‑1 (MQ=255) tcaaatattaatatatctcaaacaggttaggcaataatgccatagtaaaataagcgcactaaaatcatttgaatagatgataaaataaagcggattttaatcaaatcgattttgatacagatatacaaaataAAAAGCaaa < 2:614823‑M1/9‑1 (MQ=255) tAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCTTTATCTGTTATTAACACTGGGACATATGAAACACGTTTACATTAATATTAATATTTAAAACCAAAga > 2:719024/1‑140 (MQ=255) tAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTATTATATATATTTAAAAGCAAAgg > 1:469982/1‑141 (MQ=255) tAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAgg > 2:445813/1‑141 (MQ=255) tAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAgg > 1:279276/1‑141 (MQ=255) caccacATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGcc > 2:255174/1‑141 (MQ=255) accacATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCa > 2:712225/1‑141 (MQ=255) cacaTATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCAtg < 2:216680/141‑1 (MQ=255) cacaTATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCAtg > 2:426429/1‑141 (MQ=255) cacaTATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCAtg > 1:908752/1‑141 (MQ=255) ccaTATTGCTTTCTTCCCTGATTAAGGAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACAAGTGACACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCAtgt < 2:716171/140‑1 (MQ=255) ccaTATTGCTTTCGTCTCCTATGAAGCAGTACAAACCCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCAtgt < 2:923215/140‑1 (MQ=255) caTATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCAtgtg < 1:134159/141‑1 (MQ=255) attttGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGc < 2:445038/138‑1 (MQ=255) ttGGTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCtt < 2:470609/141‑1 (MQ=255) tcaaacaggttaggcaataatgccatagtaaaataagcgcactaaaatcatttgaatagatgataaaataaagcggattttaatcaaatcgattttgatacagatatacaaaataAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCtt > 2:628337‑M1/116‑141 (MQ=255) tcTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTg < 1:596871/140‑1 (MQ=255) tttCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCt < 1:281320/141‑1 (MQ=255) cttctCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTACATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCtttt < 1:1012578/141‑1 (MQ=255) cttctCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCtttt < 2:602090/141‑1 (MQ=255) cttctCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGCACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCtttt < 1:76858/141‑1 (MQ=255) tctcTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCtttttt > 1:1077319/1‑140 (MQ=255) tctcTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTa > 1:217201/1‑141 (MQ=255) ctctGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAt > 2:639559/1‑141 (MQ=255) tctGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATCTATCAATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtt < 1:583522/141‑1 (MQ=255) ctGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAttt < 2:89566/141‑1 (MQ=255) ctGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTGTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAttt < 1:527663/141‑1 (MQ=255) tgatgaAGCAGTACAAACCCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtttt < 2:243884/141‑1 (MQ=255) tgatgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtttt > 1:409765/1‑141 (MQ=255) tgatgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtttt > 1:997259/1‑141 (MQ=255) tgatgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtttt < 2:842278/141‑1 (MQ=255) tgatgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATAATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtttt < 1:1030020/141‑1 (MQ=255) cgattaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtttt < 1:82227/140‑1 (MQ=255) atgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGGCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGt < 2:547263/141‑1 (MQ=255) tgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCAGTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGta > 1:741963/1‑141 (MQ=255) gCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATc > 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aaaCCTTTTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCaa < 2:961136/141‑1 (MQ=255) aCCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTTTATCTGTATCaaaa > 1:303003/1‑141 (MQ=255) aCCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACAGGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCaaaa > 1:739972/1‑141 (MQ=255) aCCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTAATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCaaaa > 1:485639/1‑141 (MQ=255) ccTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACATTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAAt < 1:852309/141‑1 (MQ=255) cTTGTTGAAAGTGGTTTAAACGAAGCCTTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATc < 2:1058179/141‑1 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1:931647/141‑1 (MQ=255) aCATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTa > 2:799400/1‑141 (MQ=255) cATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAg > 1:357163/1‑141 (MQ=255) tgtgCAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTg < 1:120543/141‑1 (MQ=255) tgtgAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAACGGTTTGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTg > 1:1042556/1‑141 (MQ=255) tgAAACAATTTTAAATTAATATATACATTTAAAAGCTAATGTGCGCTATGTGCCTTTGCTTTGTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTgcg < 2:577238/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCTCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATgg < 1:24017/141‑1 (MQ=255) ttAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATgg < 2:191898/141‑1 (MQ=255) tacaacatatatTTAAAATCAAGCGCGGGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCGTTATTTTATCATGTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGc < 2:227086/135‑1 (MQ=255) tatatatatTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCatt > 1:879739/1‑141 (MQ=255) tatatTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTCTTTTACTATGGCATTATTg < 1:825718/141‑1 (MQ=255) tatTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGcc > 1:1107958/1‑141 (MQ=255) tatTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATATGTTTCAAAATCTGTTTGATTACACGCTGTAGGCGGCGACCATCGAGTCAAATGAATTTAGTGCGCTTATTGTACTATTGCATTATTGcc > 2:502673/1‑141 (MQ=255) tgttAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAGCTAGTCTACTTTTATCAATATCTATTTGATTAAAACCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGTTTTTAGTGCGCTTATGTTAATATGGCAGTTTTGCCt < 2:485693/139‑1 (MQ=255) ttAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTaa < 1:186877/141‑1 (MQ=255) ttAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTaa > 1:980610/1‑141 (MQ=255) ttAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTaa < 2:240712/141‑1 (MQ=255) | GAAAGAATTTTAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAA > USA300TCH1516_ALE/2660430‑2660708 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |