| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2660570 = | 106 (1.170) | 3 (0.040) | 3/236 | NT | 3.0% | intergenic (+12/+237) | ldhD_1/ybiV | D‑lactate dehydrogenase/Sugar phosphatase YbiV |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2660603 = | 96 (1.170) | intergenic (+45/+204) | ldhD_1/ybiV | D‑lactate dehydrogenase/Sugar phosphatase YbiV | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
TCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATATTAATATTTGATGATTCGTA > USA300TCH1516_ALE/2660464‑2660743 | tctcTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCtttttt > 1:1077319/1‑140 (MQ=255)tctcTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTa > 1:217201/1‑141 (MQ=255) ctctGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCCTTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACAAGTTTCAATTAATTTATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAt > 2:226502/1‑141 (MQ=255) ctctGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAt > 2:639559/1‑141 (MQ=255) tctGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATCTATCAATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtt < 1:583522/141‑1 (MQ=255) ctGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAttt < 2:89566/141‑1 (MQ=255) ctGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTGTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAttt < 1:527663/141‑1 (MQ=255) tgatgaAGCAGTACAAACCCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtttt < 2:243884/141‑1 (MQ=255) tgatgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtttt > 1:409765/1‑141 (MQ=255) tgatgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtttt > 1:277304/1‑141 (MQ=255) tgatgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtttt > 1:997259/1‑141 (MQ=255) tgatgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtttt < 2:842278/141‑1 (MQ=255) tgatgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGACGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtttt > 1:435614/1‑141 (MQ=255) tgatgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATAATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtttt < 1:1030020/141‑1 (MQ=255) cgattaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtttt < 1:82227/140‑1 (MQ=255) tgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCCGCATTATTTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGta > 1:487661/1‑141 (MQ=255) tgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGta > 1:902342/1‑141 (MQ=255) tgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCAGTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGta > 1:741963/1‑141 (MQ=255) tgccatagtaaaataagcgcagtaaaatcatttgaatagatgataaaataaagcggattgtaatcaaatcgattttgatacagatatacaaaataaaaagcaaaggcgcgccatgtgcctttgcttttTATTTTGTATATc < 2:1004366‑M2/13‑1 (MQ=255) gCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATc > 1:922063/1‑141 (MQ=255) aGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCTTTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAATGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTg < 1:614071/141‑1 (MQ=255) gTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGt > 1:922190/1‑141 (MQ=255) gTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGt > 1:377020/1‑141 (MQ=255) aaaCCTTTTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCaa < 2:961136/141‑1 (MQ=255) aaaCCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATTTATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCac < 2:407941/141‑2 (MQ=255) aCCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTTTATCTGTATCaaaa > 1:303003/1‑141 (MQ=255) aCCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACAGGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCaaaa > 1:739972/1‑141 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1:715647/141‑1 (MQ=255) aGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGAt > 1:196015/1‑141 (MQ=255) ggtggtTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTTCCTTAAATTATGTATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGAtt < 1:1088160/141‑1 (MQ=255) ttAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATc > 1:240712/1‑141 (MQ=255) tAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAAGACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATcc > 2:456250/1‑141 (MQ=255) aaaCGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATTTATATTTAAAAGCTAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCg < 2:119238/141‑1 (MQ=255) 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tatTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGcc > 1:1107958/1‑141 (MQ=255) tatTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATATGTTTCAAAATCTGTTTGATTACACGCTGTAGGCGGCGACCATCGAGTCAAATGAATTTAGTGCGCTTATTGTACTATTGCATTATTGcc > 2:502673/1‑141 (MQ=255) ttAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTaa < 1:186877/141‑1 (MQ=255) ttAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTaa < 2:240712/141‑1 (MQ=255) ttAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTaa > 1:606520/1‑141 (MQ=255) ttAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTaa > 1:980610/1‑141 (MQ=255) AAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCt < 2:530972‑M1/141‑1 (MQ=255) AAAGCAAAGGCCCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCt > 1:1019007‑M1/1‑141 (MQ=255) AGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGt < 2:769726‑M1/141‑1 (MQ=255) GCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTATTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATCGCATTATTGCCTAACCTGtt > 1:667552‑M1/1‑141 (MQ=255) AAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAACATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTGACCTGTTTg < 1:615457‑M1/141‑1 (MQ=255) AAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTAGATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATAGCATTATTGCCTAACCTGTTTg < 1:765734‑M1/141‑1 (MQ=255) aaggcacatggcgcgcctttgcttttTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTga > 2:628337‑M2/27‑141 (MQ=255) GGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTttgata < 2:596278‑M1/141‑3 (MQ=255) GCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGtttgatat < 1:95652‑M1/141‑4 (MQ=255) GCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATGTTAGTGCGCTTATTTTACTCTGGCATTATTGCCTAACCAGTTTGAGat < 1:1054404‑M1/141‑1 (MQ=255) gcgcCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTTATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGatat < 2:435614/141‑1 (MQ=255) cgcCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGatata > 1:447871/1‑141 (MQ=255) cgcCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTCGAGatata > 2:1071930/1‑141 (MQ=255) cgcCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATCTTAGCGGGCGGAGTGTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGatata > 1:84067/1‑141 (MQ=255) gcCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGatatat < 1:792143/141‑1 (MQ=255) gcCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGatatat < 2:782328/141‑1 (MQ=255) cccATATGCCTTTCCTGTTTATTTTCTAAATCTGTATCAAAACCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGatatat < 2:91975/140‑1 (MQ=255) tgCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATATTAatat < 1:348200/141‑1 (MQ=255) ctttgcttttTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATATTAATATTtg < 2:279276‑M2/131‑1 (MQ=255) tttgcttttTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATATTAATATTtga < 2:614823‑M2/132‑1 (MQ=255) tttgattttTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAACCCGCTTTATTTCATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATATTAATATTtga < 1:997536‑M2/132‑1 (MQ=255) ttttTATTTTGTATAACAGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTAGTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATATTAATATTTGATGAtt < 1:877274‑M2/137‑1 (MQ=255) | TCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATATTAATATTTGATGATTCGTA > USA300TCH1516_ALE/2660464‑2660743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |