| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | USA300TCH1516_ALE | 2,501,188 | Δ3,014 bp | melR_2–ydaG | melR_2, ydaG | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | USA300TCH1516_ALE | 2501188 | 2504201 | 3014 | 94 [0] | [0] 96 | melR_2–ydaG | melR_2,ydaG |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2501187 | 0 (0.000) | 91 (1.140) | 62/250 | 0.1 | 100% | intergenic (+1198/‑290) | USA300HOU_RS12875/melR_2 | hypothetical protein/Melibiose operon regulatory protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2504202 = | 0 (0.000) | intergenic (+127/‑138) | ydaG/USA300HOU_RS12890 | General stress protein 26/hypothetical protein | |||||
ATCGATTTATAACACAAAGTGTATATAGGAAATAACTTTTATGAATTCTAGATATAACAATGTTAAATACTTAAAATAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGGAGATTGATGAACCAT > USA300TCH1516_ALE/2504064‑2504341 | gataaaatttaagtcatgggtacatttaatgttttttgattcaaacttccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAg < 1:528381‑M2/2‑1 (MQ=255) aaatttaagtcatgggtacatttaatgttttttgattcaaacttccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGacac > 2:625270‑M2/135‑140 (MQ=255) aatttaagtcatgggtacatttaatgttttttgattcaaacttccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcactaaaagattagcaagttagttcaaaatggctacgtattgttttttAGacaca > 2:75193‑M2/134‑140 (MQ=255) atttaagttatgagtaaatttaatattttttattacaaacttccacttaggtcaattcgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGacacac < 1:1751‑M2/8‑1 (MQ=255) 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1:840037‑M2/91‑140 (MQ=255) ccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAaatt < 1:145130‑M2/50‑1 (MQ=255) ccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAaatt < 1:714801‑M2/50‑1 (MQ=255) ccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaacattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAaatt > 1:664641‑M2/91‑140 (MQ=255) ccattttggtcaatttgcttttttgataacatagttgactatcaataaaagattagcaagttagttcaagatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACCTTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTGaatt > 1:645823‑M2/91‑140 (MQ=255) ctttttggtcaatttgctttttttataacatagctgaatatcaacaaaggatgagctagttagttcaaaatggctatgtatttttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAaatta < 1:380515‑M2/51‑1 (MQ=255) 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1:927255‑M2/60‑1 (MQ=255) tgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAatat < 2:275775‑M2/65‑1 (MQ=255) tgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAatat < 1:425090‑M2/65‑1 (MQ=255) ctttttttataacttagttgactatcaataaaagatgaggaagttagttaaaaattgctatgtattgttttttAGGCACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATaa < 2:128769‑M2/67‑1 (MQ=255) tttttataacatagttgaatataagtaaaagcttagcaagttcgttcaacatggctatgttttgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTATGGTGTGTCTTTTTTAATTAATTTTCTTTATTATAAATa > 2:298084‑M2/71‑140 (MQ=255) ttttataacttagttgaatattaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATAc < 1:200988‑M2/71‑1 (MQ=255) 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1:282573‑M2/79‑1 (MQ=255) agttgaatatcaataaaagattagctagttagttcatattggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGCGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCaa < 1:837358‑M2/82‑1 (MQ=255) agttgaatatcaataaaagattagcaagttatttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCaa < 1:70531‑M2/82‑1 (MQ=255) agttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCaa < 1:603307‑M2/82‑1 (MQ=255) gaatattaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTg < 2:951034‑M2/86‑1 (MQ=255) gaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTATTTTATTTTTATGTAATATAAATACTGCGTTTGCAAACTg > 2:393356‑M2/55‑140 (MQ=255) 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2:792472‑M2/90‑1 (MQ=255) atcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGc < 2:165681‑M2/90‑1 (MQ=255) caataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGAGAGACTATTAAAATTAATTTTATGTAATATAATTACCTCATTTGCAAACTGTTGCAc > 2:654720‑M2/49‑140 (MQ=255) taaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACttt > 2:544345‑M2/46‑140 (MQ=255) aaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTa < 1:55248‑M2/97‑1 (MQ=255) gagaagcaagataggtaaaaatggctatgtattgatctaaAGAAACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGAGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGt < 1:72174‑M2/100‑1 (MQ=255) 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1:738467‑M2/104‑1 (MQ=255) gctatttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAAc < 2:268470‑M2/105‑1 (MQ=255) gcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAAAACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAAc > 1:414112‑M2/36‑140 (MQ=255) gcaagttagttcaaaatgcctatgtattgttttttAGACACTCTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAAc < 2:37409‑M2/105‑1 (MQ=255) aagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAg < 1:818487‑M2/107‑1 (MQ=255) agttagttcaaaatggctatggattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATGTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGa < 1:198097‑M2/108‑1 (MQ=255) 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2:116862‑M2/27‑140 (MQ=255) ttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAAc > 2:977226‑M2/27‑140 (MQ=255) aaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACa > 2:446166‑M2/23‑140 (MQ=255) gctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTaa < 1:885277‑M2/123‑1 (MQ=255) ctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAg < 2:901716‑M2/124‑1 (MQ=255) ttgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGGAgatgg > 2:914026‑M2/10‑138 (MQ=255) ttgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGAAGATtg > 2:279307‑M2/10‑140 (MQ=255) tttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGGAGATTGATGAAc > 2:382304‑M2/4‑140 (MQ=255) aGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATATAAGGAGATTGATGAACCAt > 2:723449/1‑140 (MQ=255) aGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTCGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATACCAGAATTAACTACATTTAAGGAGATTGATGAACCAt > 1:679776/1‑140 (MQ=255) | ATCGATTTATAACACAAAGTGTATATAGGAAATAACTTTTATGAATTCTAGATATAACAATGTTAAATACTTAAAATAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGGAGATTGATGAACCAT > USA300TCH1516_ALE/2504064‑2504341 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |