| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_bme_pgi | = 618066 | 174 (0.910) | 24 (0.140) | 14/170 | 16.2 | 13.4% | intergenic (+28/‑188) | entF/fepE | enterobactin synthase multienzyme complex component, ATP‑dependent/regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains |
| ? | NC_000913_3_bme_pgi | = 618073 | 160 (0.960) | intergenic (+35/‑181) | entF/fepE | enterobactin synthase multienzyme complex component, ATP‑dependent/regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
TATTATCTCTCCAGGGACGTTTGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTTGATGAATATTTCTCTTAAATAGAGTGAATGTTGCATTCAGTGGAAGGAATTTACAAACTTCA > NC_000913_3_bme_pgi/617975‑618172 | tattatCTCTCCAGGGACGTTTGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGaaaa > 1:2903733/1‑99 (MQ=255)tattatCTCTCCAGGGACGTTTGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAaat < 2:1112870/100‑1 (MQ=255)tattatCTCCCCAGGGACGTTTGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATACACCCATAATAACAGaaaa > 1:181737/1‑99 (MQ=255) attatCTCTCCAGGGACGTTTGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAaat > 1:2009756/1‑99 (MQ=255) tatCTCTCCAGGGACGTTTGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAaataat > 2:2683576/1‑100 (MQ=255) atCTCTCCAGGGACGTTTGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAaataat < 2:1227850/99‑1 (MQ=255) 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1:4191541/1‑100 (MQ=255) tttGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCTACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTAttt < 1:3695280/100‑1 (MQ=255) ttGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTAtttg > 2:4576823/1‑100 (MQ=255) tGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAACTAATTATGGGTTTTTTTtttgt > 2:3678379/1‑100 (MQ=255) tGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTAtttgt > 1:4229666/1‑100 (MQ=255) gAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTAtttgtt > 2:1099985/1‑100 (MQ=255) aaaaaaTTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTAtttgttt < 2:552024/100‑1 (MQ=255) aaaaaaTTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTAtttgttt > 2:4178429/1‑100 (MQ=255) 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1:1317634/100‑1 (MQ=255) ttGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTta < 1:4702776/100‑1 (MQ=255) ggCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTtata < 1:4077535/99‑1 (MQ=255) ggCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAg < 1:2692748/100‑1 (MQ=255) ggCAGATTATTCGCACCACGCTAAACCGGTAACTTCATCTTATTTATAAACCCATAATTACACCAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGCTTtcta < 2:1432585/99‑1 (MQ=255) ccGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGt > 1:1175440/1‑100 (MQ=255) ccGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGt > 2:4721074/1‑100 (MQ=255) ttattCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTtga < 2:2698981/100‑1 (MQ=255) tattCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTAtttgttt > 2:1880918/1‑84 (MQ=255) attCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTtgat < 2:3516098/99‑1 (MQ=255) attCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTtgat < 2:1180197/99‑1 (MQ=255) cgctCAACGCTGAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATGATTACAGAAAACAATTATGGCCTTTTTATTTGTTTCATTTATAGGTTtgatgac > 2:3999715/1‑98 (MQ=255) cgcgCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGTTTTATAGGTTTGATGaa > 2:4200489/1‑99 (MQ=255) gcgcAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTTGATGAata < 2:4018584/100‑1 (MQ=255) gcgcAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTTGATGAat < 1:1839778/99‑1 (MQ=255) aaCGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTTGATGAATATTtc < 1:4615883/100‑1 (MQ=255) 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1:3033649/100‑1 (MQ=255) tAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTTGATGAATATTTCTCTTAAATAGAGt > 2:1967679/1‑100 (MQ=255) aaTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTTGATGAATATTTCTCTTAAATAGAGTg < 1:1028570/99‑1 (MQ=255) aaTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTTGATGAATATTTCTCTTAAATAGAGTg > 1:4685653/1‑99 (MQ=255) aaTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTTGATGAATATTTCTCTTAAATAGAGTGa < 1:4210400/100‑1 (MQ=255) aaTATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTTGATGAATATTTCTCTTAAATAGAGTGAATg < 1:1653395/99‑1 (MQ=255) atatTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTTGATGAATATTTCTCTTAAATAGAGTGAATGtt > 1:3476697/1‑100 (MQ=255) tattatTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTTGATGAATATTTCTCTTAAATAGAGTGAATGTTg > 1:2782906/1‑100 (MQ=255) 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1:1932357/100‑1 (MQ=255) cccATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGCTTTATAGGTTTGATGAATATTTCTCTTAAATAGAGTGAATGTTGCATTCAg > 2:2464271/1‑94 (MQ=255) cccATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTTGATGAATATTTCTCTTAAATAGAGTGAATGTTGCATTCAGTggaag < 1:850650/100‑1 (MQ=255) cccATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTTGATGAATATTTCTCTTAAATAGAGTGAATGTTGCATTCAGTggaag < 2:617426/100‑1 (MQ=255) cccATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTTGATGAATATTTCTCTTAAATAGAGTGAATGTTGCATTCAGTggaag < 2:617289/100‑1 (MQ=255) cccATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTTGATGAATATTTCTCTTAAATAGAGTGAATGTTGCATTCAGTggaag < 1:299426/100‑1 (MQ=255) cccATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTTGATGAATATTTCTCTTAAATAGAGTGAATGTTGCATTCAGTggaag < 1:331660/100‑1 (MQ=255) cATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTATGATGAATATTTCTCTTAAATAGAGTGAATGTTGCATACAGTggaagg > 2:3060405/1‑99 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |