| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_hsa_pgi | = 4222777 | 1356 (14.510) | 67 (0.750) | 22/282 | 3.8 | 5.0% | intergenic (‑290/+27) | arpA/iclR | ankyrin repeat protein/transcriptional repressor |
| ? | NC_000913_3_hsa_pgi | = 4222785 | 1267 (14.230) | intergenic (‑298/+19) | arpA/iclR | ankyrin repeat protein/transcriptional repressor | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
AGATCTTGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913_3_hsa_pgi/4222623‑4222777‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggcagaGGCAATATTCTGCCCATCATACCTGAGTGGCAATAGAATAAGGGTGTCTGTTAATCGCATTGACGCCAAAATAACTTAATGTCATACACTTCACACACTTTTATTAACTCAGCATTATTTTTAAACATCAAACCACTTAATTATTAAC < NC_000913_3_hsa_pgi/4222785‑4222638 AGATCTTGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATG < 1:719507/149‑1AGATCTTGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATG < 1:502107/149‑1 cATCTTGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGGTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGG < 2:1413979/148‑1 GATCTTGCGATTTTGTTAATATTTAAATGTTTTGATGTTTAAAAATAATACTGTGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTAGTTTGGCGTCAATGCGATGAACAGAGAGCCTTATTCTAGTGCAACTCAGGGATGATGG > 2:887716/1‑149 GATCTTGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGG < 2:813088/149‑1 GATCTTGCGATTTTGGTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGG < 2:854769/149‑1 ATCTTGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGG < 1:1067720/149‑1 ATCTTGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGG < 2:1144369/149‑1 ATCTTGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGG > 1:763873/1‑149 ATCTTGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGG > 1:540633/1‑149 ATCTTGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGG < 1:480344/149‑1 ATCTTGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGG < 1:1515716/149‑1 ATCTTGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGG < 1:1481316/149‑1 ATCTTGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGGTTAAAAATAATTCTGAGTTAATAAAAGTGTGGGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGG < 2:1165317/149‑1 ATCTTGCGATTTTGTTAATAATTAAGGGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTAAGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGG < 1:1298468/149‑1 TCTTGCGATTTTTTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGC < 2:1095147/149‑1 TCTTGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATTCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGC < 1:467113/149‑1 TCTTGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGC < 2:479632/149‑1 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TTGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAG > 1:360727/1‑149 TTGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAG > 2:1285137/1‑149 TTGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATATTGGCGTCAATTCGATTAACAGACACCCTAATTCTATTGAAACTCAGGTATGATGGTCAG > 2:658273/1‑149 tcCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGA > 2:805413/3‑149 TGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGA > 1:710993/1‑149 TGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGA < 2:372342/149‑1 TGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGATTCATGTATAAAAAAAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGGATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGA < 2:216813/149‑1 TTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAGGCAATA < 2:923856/149‑1 TTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATTACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACAACCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAGGCAATATTa > 2:571552/1‑148 ATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAGGCAATATTCTGC < 1:203860/149‑1 aAATTAAGTGGTTTGATGTTTAATATTAATGCTGAGTTTATAAAAGTGTGTTAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTATCAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCTTGTATGATGGGCAGAGGCAATATTCTGCC < 1:382167/148‑1 TAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAATATAATGCTGAGTTAATATAAGGGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAGGCAATATTCTGCC < 2:846420/149‑1 AATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAGGCAATATTCTGCCC < 1:569138/149‑1 AATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAGGCAATATTCTGCCC < 1:581724/149‑1 AATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAGGCAACATTCTGCCC < 2:1506518/149‑1 AATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCGGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAGGCAATATTCTGCCC < 2:561189/149‑1 ATTAAGTGGTTTTATGTTTAAAAATAATGCTGATTTACTAAAAGTCTGTGAAGTGTATGTCATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAGGCAATATTCTGCCCA < 1:1152484/149‑1 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< 1:411212/149‑1 TGATGGGCAGAGGCAATATTCTGCCCATCATACCTGAGTGGCAATAGAATAAGGGTGTCTGTTAATCGCATTGACGCCAAAATAACTTAATGTCATACACTTCACACACTTTTATTAACTCAGCATTATTTTTAAACATCAAACCACTT > 2:1332792/1‑149 tGGCAGAGGCAATATTCTGCCCATCATACCTGAGTTGCAATAGAATAAGGTTGTCTGTTAATCGCATTGACGCCAAAATAACTTAATGTCATACACTTCACACACTTTTATTAACTCAGCATTATTTTTAAACATCAAACCACTTAATT < 1:946535/148‑1 gtGCAGTGGCAATATTATGCCCATCATACCTGATTGGAAATAGTATAAGTGTGTCTGTTAATCGCATTGACGCCAAAATAACTTAATGTCATACTCTTCACACTCTTTTATTAACTCAGCATTATTTTTAAACATCTAACCACTTAATT < 1:881643/147‑1 ggtgAGAGGCAATATTCTGCCCATAATACATTAGTGTGAATAGATTAAGGGTGTCTGTTTATCGCATTGACGCCAATATTACTTAATGTCATACTCTTCTCACACTTTTATTTACTCAGCATTATTTTTAAACATCAAACCACTTAATT < 1:847720/145‑1 GGGCAGAGGCAATATTCTGCCCATCATACCTGAGTGGCAATAGAATAAGGGTGTCTGTTAATCGCATTGACGCCAAAATAACTTAATGTCATACACTTCTCACACTTTTATTAACTCAGCATTATTTTTAAACATCAAACCACTTAATT > 2:406693/1‑149 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1:153105/149‑1 CAGAGGCAATATTCTGCCCATCATACCTGAGTGGCAATAGAATAAGGGTGGCTGTTAATCGCATTGACGCCATAATAACTTAATGTCATACACTTCACACACTTTTATTAACTCAGCATTATTTTTAAACATCAAACCACTTAATTATT < 1:1464824/149‑1 CAGAGGCAATATTCTGCACATCATACCTGAGTTGCTATAGAATCAGGGTTTCTGTTACTCGAATTGACGCCAAAATAACTTTATGTCATACACTTCACACACTTTTATTAACTCAGCATTATTTTTAAACATCAAACCACTTATTTATT < 2:701306/149‑1 AGAGGCAATATTCTGCCCATCATACCTGAGTGGCAATAGAATAAGGGTGTCTGTTAATCGCATTGACGCCAAAATAACTTAATGTCATACACTTCACACACTTTTATTAACTCAGCATTATTTTTAAACATCAAACCACTTAATTATTA < 1:47212/149‑1 AGAGGCAATATTCTGCCCATCATACCTGAGTGGCAATAGAATAAGGGTGTCTGTTAATCGCATTGACGCCAAAATAACTTAATGTCATACACTTCACACACTTTTATTAACTCAGCATTATTTTTAAACATCAAACCACTTAATTATTA < 1:232348/149‑1 AGAGGCAATATTCTGCCCATCATACCTGAGTGGCAATAGAATAAGGGTGTCTGTTAATCGCATTGACGCCAAAATAACTTAATGTCATACACTTCACACACTTTTATTAACTCAGCATTATTTTTAAACATCAAACCACTTAATTATTA > 1:1365977/1‑149 GAGGCAATATTCTGCCCATCATACCTGAGTGGCAATAGAATAAGGGTGTCTGTTAATCGCATTGACGCCAAAATAACTTAATGTCATACACTTCACACACTTTTATTAACTCAGCATTATTTTTAAACATCAAACCACTTAATTATTAA < 1:120045/149‑1 AGGCAATATTCTGCCCATCATACCTGAGTGGCAATAGAATAAGGGTGTCTGTTAATCGCATTGACGCCAAAATAACTTAATGTCATACACTTCACACACTTTTATTAACTCAGCATTATTTTTAAACATCAAACCACTTAATTATTAAa > 2:1395271/1‑148 AGGCAATATTCTGCCCATCATACCTGAGTGGCAATAGAATAAGGGTGTCTGTTAATCGCATTGACGCCAAAATAACTTAATGTCATACACTTCACACACTTTTATTAACTCAGCATTATTTTTAAACATCAAACCACTTAATTATTAAC > 1:35743/1‑149 AGGCAATATTCTGCCCATCATACCTGAGTGGCAATAGAATAAGGGTGTCTGTTAAACGCATTGACGCCAAAATAACTTAATGTCATACACTTCACACACTTTTATTAACTCAGCATTATTTTTAAACATCAAACCACTTAATTATTAAC > 1:1103126/1‑149 AGATCTTGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913_3_hsa_pgi/4222623‑4222777‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggcagaGGCAATATTCTGCCCATCATACCTGAGTGGCAATAGAATAAGGGTGTCTGTTAATCGCATTGACGCCAAAATAACTTAATGTCATACACTTCACACACTTTTATTAACTCAGCATTATTTTTAAACATCAAACCACTTAATTATTAAC < NC_000913_3_hsa_pgi/4222785‑4222638 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |