| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_hsa_pgi | = 4222777 | 1356 (14.510) | 67 (0.750) | 22/282 | 3.8 | 5.0% | intergenic (‑290/+27) | arpA/iclR | ankyrin repeat protein/transcriptional repressor |
| ? | NC_000913_3_hsa_pgi | = 4222785 | 1267 (14.230) | intergenic (‑298/+19) | arpA/iclR | ankyrin repeat protein/transcriptional repressor | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1363 total aligned reads displayed.
TGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCATCGCGCCAAACTCGGTCACGCGGTCATCGGTAATACGTGAAATCGGTCCGGAAATAGAAATTGCGGCAA > NC_000913_3_hsa_pgi/4222629‑4222925 | tGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGa > 1:710993/1‑149 (MQ=255) ttttGTTTATATTTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGTAGTGTATGATATTAAGTTATTTTGGCGTCATTGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCGCTCAGGTATGATGGGCAGAATAtt < 2:844551/149‑1 (MQ=255) ttttGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTTACGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATTATGGGCAGAATAtt < 2:1294191/149‑1 (MQ=255) ttttGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATAtt < 1:1099315/149‑1 (MQ=255) ttttGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATAtt < 2:1376246/149‑1 (MQ=255) tagTTAATAATTAAGTGGTTAGATGTTTAAATATAATGCTCAGTTAATAAATGAGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCTGGTATGATGGGCAGAATATTGc < 1:1029199/147‑1 (MQ=255) tGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGcc < 1:757509/149‑1 (MQ=255) gTTAATAATTAAGTGGTTTGTTGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCTATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCct < 2:410134/149‑1 (MQ=255) gTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCct < 1:265572/149‑1 (MQ=255) ttAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATAAACTAATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTATATTGCAAATCAGGTATGATGGGCTTAATATTGCatc > 2:1044203/1‑149 (MQ=255) aataatTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTg < 1:1127885/149‑1 (MQ=255) aataaataAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATAAAGTTATTTTGGCGTCAATTCGAGTAACAGAAACCCTGATTCTATAGCAACTCAGGTATGATGTGCAGAATATTGCCTCTg > 2:701306/1‑149 (MQ=255) aatTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGccc < 1:1425605/149‑1 (MQ=255) atTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCg > 1:954634/1‑149 (MQ=255) aaGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCa > 1:399818/1‑149 (MQ=255) gTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGa > 2:729841/1‑149 (MQ=255) gTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGa > 2:817046/1‑149 (MQ=255) gTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGaaaa > 1:210081/1‑149 (MQ=255) 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tttAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCAACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAgcg > 1:1331134/1‑149 (MQ=255) ttAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAgcgc > 2:1263434/1‑149 (MQ=255) aaaTAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTc > 2:52355/1‑149 (MQ=255) aaaTAATGATGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTc < 1:658273/149‑1 (MQ=255) ataatGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCCTCAAAGCGAATAACAGACAACCTAATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGAAGAATATTGCCTCTTCACGCCATAAAAAGTCATCGCATTCCa > 1:1274224/1‑149 (MQ=255) cTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTAc < 2:75428/149‑1 (MQ=255) tGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACg > 1:77964/1‑149 (MQ=255) gAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGc < 1:817046/149‑1 (MQ=255) gTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCa < 1:484483/149‑1 (MQ=255) gTTAATAAAAGTCTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCa < 2:783936/149‑1 (MQ=255) 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ccTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGACAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCATCGCGCCAAACTCGGTCACGCGGTCATCCGTAATa > 2:286096/1‑149 (MQ=255) cTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACTCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCATCGCGCCAAACTCGTTCACGCGGTCATCGGTAATAc > 1:1375643/1‑149 (MQ=255) tATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCATCGCGCCAAACTCGGTCACGCGGTCATCGGTAATACGt < 2:961180/149‑1 (MQ=255) aTTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCATCGCGCCAAACTCGGTCACGCGGTCATCGGTAATACGTg > 1:597777/1‑149 (MQ=255) tCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCACCAGAAAAAGTCAGCGCAATCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCATCGCGCCAAACTCGGTCACGCGGTCAACGGTAATAACTGaa > 2:1113878/1‑149 (MQ=255) cTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCATCGCGCCAAACTCGGTCACGCGGTCATCGGTAATACGTGaaa < 1:1412375/149‑1 (MQ=255) tATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACAGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGATTTAATAACCATCGCGCCAAACTCGGTCACGCGGTCATCGGTAATACGTGaaaa > 1:1344507/1‑148 (MQ=255) tGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCATCGCGCCAAACTCGGTCACGCGGTCATCGGTAATACGTGAAATCgg < 1:122309/149‑1 (MQ=255) gCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCTTCGCGCCAAACTCGGTCCCGCGGTCATCCGTAATACGTGAAATCGGt > 2:1458116/1‑149 (MQ=255) ccACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCTTTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCATCGCGCCAAACTCGGTCACGCGGTCATCGGTAATACGTGAATTCGGTc > 1:843951/1‑149 (MQ=255) ccACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCATCGCGCCAAACTCGGTCACGCGGTCATCGGTAATACGTGAAATCGGTc < 2:237042/149‑1 (MQ=255) cTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCATCGCGCCAAACTCGGTCACGCGGTCATCGGTAATACGTGAAATCGGTCCgg > 1:640527/1‑149 (MQ=255) ggTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCTGAAATAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCATCGCGCCAAACTCGGTCACGCGGTCATCGGTAATACGTGAAATCGGTCCGGAAAt < 1:1298212/149‑1 (MQ=255) gTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCATCGCGCCAAACTCGGTCACGCGGTCATCGGTAATACGTGAAATCGGTCCGGAAATa < 2:1171773/149‑1 (MQ=255) tATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCATCGCGCCACACTCGGTCACGCGGTCATCGGTAATACGTGAAATCGGTCCGGAAATAg > 1:1259051/1‑149 (MQ=255) atgatgGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCATCGCGCCAAACTCGGTCACGCGGTCATCGGTAATACGTGAAATCGGTCCGGAAATAGa < 2:120045/149‑1 (MQ=255) tgatgGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCATCGCGCCAAACTCGGTCACGCGGTCATCGGTAATACGTGAAATCGGTCCGGAAATAGaa < 1:1156599/149‑1 (MQ=255) tgatgGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTGACTCACCAGCGCGCACAACTCTTTCACGCGGGCAGCGGGAAGACGAGAAAACGGGCCGGAAATAgga > 2:1528133/1‑147 (MQ=255) atgGGCAGAATATTGCCGCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTATACTCACCATCGCGCCAAACTCGGTCACGCGGTCATCGGTAATACGTGAAATCGGTCCGGAAATAGAAAt < 2:1351209/149‑1 (MQ=255) ggCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCAGGCCACCGTAAGACAGCGGCACATCCTTCGCCGCAGTAATCACCAACGACCCACACTCTGTCCCGCGGTCATCGTTAATACGTGAAATCGGTCCGGAAAAAGAATTTga > 2:1406935/1‑148 (MQ=255) aGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCCGCGCATTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCCCCATCGCGCCAAACTCGGTCCCGCGGTCATCGGTAATACGTGAAATCGGTCCGGAAATAGAAATTGCGGc > 1:88448/1‑149 (MQ=255) gAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCATCGCGCCAAACTCGGTCACGCGGTCATCGGTAATACGTGAAATCGGTCCGGAAATAGAAATTGCGGCa > 1:322673/1‑149 (MQ=255) | TGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCATCGCGCCAAACTCGGTCACGCGGTCATCGGTAATACGTGAAATCGGTCCGGAAATAGAAATTGCGGCAA > NC_000913_3_hsa_pgi/4222629‑4222925 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |