| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913_3_pae_tpiA | 1,756,121 | Δ557 bp | coding (424‑980/1413 nt) | pykF → | pyruvate kinase I |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913_3_pae_tpiA | 1756121 | 1756677 | 557 | 42 [0] | [0] 42 | pykF | pyruvate kinase I |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_tpiA | = 1756120 | 0 (0.000) | 42 (1.280) | 37/286 | 0.1 | 100% | coding (423/1413 nt) | pykF | pyruvate kinase I |
| ? | NC_000913_3_pae_tpiA | 1756678 = | 0 (0.000) | coding (981/1413 nt) | pykF | pyruvate kinase I | |||||
ATGCTGGATTCCATGATCAAAAACCCACGCCCGACTCGCGCAGAAGCCGGTGACGTTGCAAACGCCATCCTCGACGGTACTGACGCAGTGATGCTGTCTGGTGAATCCGCAAAAGGTAAATACCCGCTGGAAGCGGTTTCTATCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGAGTTCAACAATGACAACCGTAAACTGCGCATTACCGAAGCGGTATGCCGTGGTGCCGTTGAAACTGCTGAAAAACTGGATGCTCCGCTGATCGTGGT > NC_000913_3_pae_tpiA/1756535‑1756824 | ccactgataaatctgttctctggaacagcggacttgtgtcgggaacgtaggaaggtttcactactgacctgtctgttggcaacaccgtactggttgacgatggtctgatcggtatggaagttaccgccattgaaggtaacaaaCATGGc < 1:220910‑M2/6‑1 (MQ=255) cactgataaatctgttaccgccaacagcgaaatggttgcggtaacgtatgaaggtttcactactgacctgtctgttggcaacaccgtactggttgacgatggtctgatcggtatggaagttaccgccattgaaggtaacaaaCATGGCg > 2:182621‑M2/143‑149 (MQ=255) actgataaatctgttatcggcaacagcgaaatggttgcggtaacgtatgaaggtttcactactgacctgtctgttggcaacaccgtactggttgacgatggtctgatcggtatggaagttaccgccattgaaggtaacaaaCATGGCGa > 2:398358‑M2/142‑149 (MQ=255) 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2:72569‑M2/4‑85 (MQ=255) aaaCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGAGTTCAACAATGACAACCGTAAACTGCGCAtt < 1:72569‑M2/82‑1 (MQ=255) aaCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGAGTTCAACAATGACAACCGTAAACTGCGCATTACCGAAGCGGTATGCCGTGGTGCCGTTGAAACTGCTGAAAAACTGGATGCCCCGCTGATCGTGGt > 1:9427‑M2/3‑149 (MQ=255) | ATGCTGGATTCCATGATCAAAAACCCACGCCCGACTCGCGCAGAAGCCGGTGACGTTGCAAACGCCATCCTCGACGGTACTGACGCAGTGATGCTGTCTGGTGAATCCGCAAAAGGTAAATACCCGCTGGAAGCGGTTTCTATCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGAGTTCAACAATGACAACCGTAAACTGCGCATTACCGAAGCGGTATGCCGTGGTGCCGTTGAAACTGCTGAAAAACTGGATGCTCCGCTGATCGTGGT > NC_000913_3_pae_tpiA/1756535‑1756824 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |