| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913_3_pae_tpiA | 1,756,121 | Δ557 bp | coding (424‑980/1413 nt) | pykF → | pyruvate kinase I |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
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| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913_3_pae_tpiA | 1756121 | 1756677 | 557 | 98 [0] | [0] 98 | pykF | pyruvate kinase I |
| New junction evidence | |||||||||||
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| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_tpiA | = 1756120 | 0 (0.000) | 98 (0.830) | 80/280 | 0.4 | 100% | coding (423/1413 nt) | pykF | pyruvate kinase I |
| ? | NC_000913_3_pae_tpiA | 1756678 = | 0 (0.000) | coding (981/1413 nt) | pykF | pyruvate kinase I | |||||
CCCAGATGCTGGATTCCATGATCAAAAACCCACGCCCGACTCGCGCAGAAGCCGGTGACGTTGCAAACGCCATCCTCGACGGTACTGACGCAGTGATGCTGTCTGGTGAATCCGCAAAAGGTAAATACCCGCTGGAAGCGGTTTCTATCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGAGTTCAACAATGACAACCGTAAACTGCGCATTACCGAAGCGGTATGCCGTGGTGCCGTTGAAACTGCTGAAAAACTGGATGCTCCGCTGATCGTGGT > NC_000913_3_pae_tpiA/1756530‑1756824 | tttcaccactgataaatctgttatcggcaacagcgaaatggttgcggtaacgtatgaaggtttcactactgacctgtctgttggcaacaccgtactggttgacgatggtctgatcggtatggaagttaccgccattgaaggtaacaaac > 1:123600‑M2/149‑149 (MQ=255) tcaccactgataaatctgttatcggcaacagcgaaatggttgcggtaacgtatgaaggtttcactactgacctgtctgttggcaacaccgtactggttgacgatggtctgatcggtatggaagttaccgccattgaaggtaacaaaCAt < 2:1089067‑M2/3‑1 (MQ=255) accactgataaatctgttatcggcaacagcgaaatggttgcggtaacggatgaaggtttcactactgacctgtctgttggcaacaccgtactggttgacgatggtctgatcggtatggaagttaccgccattgaaggtaacaaaCATgg > 1:106757‑M2/145‑149 (MQ=255) ccactgataaatctgttatcggccaccgctaaatggttgcggttccccgccaaggtttcactactgacctgtctgttggcaacaccgtactggttgacgatggtctgatcggtatggaagttaccgccattgaaggtaacaaaCATGGc < 1:1008573‑M2/6‑1 (MQ=255) ctgataaatctgttatcggcaacagcgaaatggttgcggtaacgtatgaaggtttcactactgacctgtctgttggcaacaccgtactggttgacgatggtctgatcggtatggaagttaccgccattgaaggtaacaaaCATGGCGAc < 1:1953159‑M2/9‑1 (MQ=255) gataaatctgttatcggcaacagcgaaatggttgcggtaacgtatgaaggtttcactactgacctgtctgttggcaacaccgtactggttgacgatggtctgatcggtatggaagttaccgccattgaaggtaacaaaCATGGCGACCa > 1:402534‑M2/139‑149 (MQ=255) ataaatctgttatcggcaacagcgaaatggttgcggtaacgtatgaaggtttcactactgacctgtctgttggcaacaccgtactggttgacgatggtctgatcggtatggaagttaccgccattgaaggtaacaaaCATGGCGACCAt < 2:868623‑M2/12‑1 (MQ=255) ttatcggcaacagcgaaatggttgcggtaacgtatgaaggtttcactactgacctgtctgttggcaacaccgtactggttgacgatggtctgatcggtatggaagttaccgccattgaaggtaacaaaCATGGCGACCATCTGCGAACg > 2:1247270‑M2/129‑149 (MQ=255) 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ccgccattgaaggtaacaaaCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGAGTTCAACAATGACAACCGTAAACTGCGCATTACCGAAGCGGTATGCCGTGGTGCCGTTGAAACTGCTGAAAAACTGGa > 2:1183069‑M2/21‑149 (MQ=255) ccgccattgaaggtaacaaaCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGAGTTCAACAATGACAACCGTAAACTGCGCATTACCGAAGCGGTATGCCGTGGTGCCGTTGAAACTGCTGAAAAACTGGa < 2:2057097‑M2/129‑1 (MQ=255) cgccattgaaggtaacaaaCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGAGTTCAACAATGACAACCGTAAACTGCGCATTACCGAAGCGGTATGCCGTGGTGCCGTTGAACCTGCTGAAACACTGGAt > 1:880678‑M2/20‑149 (MQ=255) cgccattgaaggtaacaaaCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGAGTTCAACAATGACAACCGTAAACTGCGCATTACCGAAGCGGTATGCCGTGGTGCCGGTGAAACTGCTGAAAAActgggt > 1:668840‑M2/20‑147 (MQ=255) cgccattgaaggtaacaaaCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGAGTTCAACAATGACAACCGTAAACTGCGCATTACCGAAGCGGTATGCCGGGGTGCCGTTGAAACTGCTGAAAAACTGGAt > 1:954667‑M2/20‑149 (MQ=255) gccattgaaggtaacaaaCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGAGTTCAACAATGACAACCGTAAACTGCGCATTACCGAAGCGGTATGCCGTGGTGCCGTTGAAACTGCTGAAAAACTGGATg > 1:1460661‑M2/19‑149 (MQ=255) cactgaaggtaacaaaCATGGCGACCATCTGCGAACATCCCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGAGTTCAACAATGACAACCGTAAACTGCGCATTACCGAAGCGGTATGCCGTGGTGCCGTTGAAACTGCTGAAAAACTGGATGCt < 1:857851‑M2/133‑1 (MQ=255) attgaaggtaacaaaCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGAGTTCAACAATGACAACCGTAAACTGCGCATTACCGAAGCGGTATGCCGTGGTGCCGTTGAAACTGCTGAAAAACTGGATGCTc > 1:1673765‑M2/16‑149 (MQ=255) ttgaaggtaacaaaCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGAGTTCAACAATGACAACCGTAAACTGCGCATTACCGAAGCGGTATGCCGTGGTGCCGTTGCAACTGCTGAAAAACTGGATGCTcc > 2:1088475‑M2/15‑149 (MQ=255) aaggtaacaaaCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGAGTTCAACAATGACAACCGTAAACTGCGCATTACCGAAGCg > 2:1348893‑M2/12‑102 (MQ=255) aaggtaacaaaCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGAGTTCAACAATGACAACCGTAAACTGCGCATTACCGAAGCg < 1:1348893‑M2/91‑1 (MQ=255) gtaacaaaCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGc > 1:361412‑M2/9‑51 (MQ=255) gtaacaaaCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGc < 2:361412‑M2/43‑1 (MQ=255) taacaaaCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGAGTTCAAAAATGACAACCGTAAACTGCGCATTACCGAAGCGGTATGCCGTGGTGCCGTTGAAACTGCTGCAAAACTGGATGCTCCGCTGATc > 1:257018‑M2/8‑149 (MQ=255) aacaaaCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGAGTTCAACAATGACAACCGTAAACTGCGCATTACCGAAGCGGTATGCCGTGGTGCCGTTGAAACTGCTGAAAAACTGGATGCTCCGCTGATCg > 1:290721‑M2/7‑149 (MQ=255) acaaaCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGa > 1:1627501‑M2/6‑56 (MQ=255) acaaaCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGa < 2:1627501‑M2/51‑1 (MQ=255) caaaCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGAGTTCAACAATGACAACCGTAAACTGCGCATTACCGAAGCGGTATGCCGTGGTGCCGTTGAAACTGCTGAAAAACTGGATGCTCCGCTGATCGTg > 2:125992‑M2/5‑149 (MQ=255) caaaCAGGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGAGTTCAACAATGACAACCGTAAACTGCGCATTACCGAAGCGGTATGCCGTGGTGCCGTTGAAACTGCTGAAAAACTGGATGCTCCGCTGATCGTg < 2:181000‑M2/145‑1 (MQ=255) aaaCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGAGTTCAACAATGACAACCGTAAACTGCGCATTACCGAAGCGGTATGCCGTGGTGCCGTTGAAACTGCTGAAAAACTGGATGCTCCGCTGATCGTgg > 1:1204084‑M2/4‑149 (MQ=255) aaCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGAGTTCAACAATGACAACCGTAAACTGCGCATTACCGAAGCGGTATGCCGTGGTGCCGTTGAAACTGCTGAAAAACTGGATGCTCCGCTGATCGTGGt > 1:1430858‑M2/3‑149 (MQ=255) aCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGAGTTCAACAATGACAACCGTAAACTGCGCATTACCGAAGCgg > 2:735612‑M2/2‑93 (MQ=255) aCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGAGTTCAACAATGACAACCGTAAACTGCGCATTACCGAAGCgg < 1:735612‑M2/92‑1 (MQ=255) | CCCAGATGCTGGATTCCATGATCAAAAACCCACGCCCGACTCGCGCAGAAGCCGGTGACGTTGCAAACGCCATCCTCGACGGTACTGACGCAGTGATGCTGTCTGGTGAATCCGCAAAAGGTAAATACCCGCTGGAAGCGGTTTCTATCATGGCGACCATCTGCGAACGTACCGACCGCGTGATGAACAGCCGTCTCGAGTTCAACAATGACAACCGTAAACTGCGCATTACCGAAGCGGTATGCCGTGGTGCCGTTGAAACTGCTGAAAAACTGGATGCTCCGCTGATCGTGGT > NC_000913_3_pae_tpiA/1756530‑1756824 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |