Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F24 I1 R1
|
58 |
74.9 |
3151412 |
98.7% |
3110443 |
147.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
4,768,040 |
C→T |
intergenic (+147/‑35) |
fpvA → / → tpaK |
TonB‑dependent outer membrane ferripyoverdine receptor FpvA/probable terephthalate transporter, MFS superfamily protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 4,768,040 | 0 | C | T | 100.0%
| 223.3
/ NA
| 68 | intergenic (+147/‑35) | fpvA/tpaK | TonB‑dependent outer membrane ferripyoverdine receptor FpvA/probable terephthalate transporter, MFS superfamily protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (30/38); total (30/38) |
CCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAATTACAATTAATCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGAC > NC_002947_CJ‑RC/4767897‑4768185
|
ccTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTc > 2:87967/1‑149 (MQ=255)
aCGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCtt > 6:273503/1‑147 (MQ=255)
aCGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTaa < 3:381463/149‑1 (MQ=255)
aCGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTaa < 4:199067/149‑1 (MQ=255)
aCGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTa < 1:119600/148‑1 (MQ=255)
cGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTaa < 1:83985/148‑1 (MQ=255)
cGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAg < 2:288268/149‑1 (MQ=255)
gTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGa < 2:138062/149‑1 (MQ=255)
ttGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGAt > 4:44079/1‑149 (MQ=255)
gAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGAtt < 5:3356/148‑1 (MQ=255)
aaaaaaCCGCACCTGGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTATTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTca > 8:122129/1‑148 (MQ=14)
aaaaCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTcaca > 7:74708/1‑148 (MQ=255)
aaaCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTcacaca < 5:220978/149‑1 (MQ=255)
aCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAgg < 2:53684/149‑1 (MQ=255)
ccGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAg > 8:320770/1‑147 (MQ=255)
ccGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGga < 5:172697/149‑1 (MQ=255)
cgcgCCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAg > 6:96369/1‑146 (MQ=14)
ccAGGTGCGTTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATc < 4:188652/149‑1 (MQ=11)
ccAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGatat > 4:4997/1‑148 (MQ=255)
aGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACTCAGGAGATATCat < 8:155354/149‑1 (MQ=11)
aGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCat < 8:310758/149‑1 (MQ=255)
ttttttGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCtt < 8:98909/149‑1 (MQ=255)
ttttttGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCtt < 6:59838/149‑1 (MQ=255)
tttttGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCtt < 6:54667/148‑1 (MQ=255)
ttttGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTa < 1:250268/148‑1 (MQ=255)
aaTTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCa < 7:363306/149‑1 (MQ=255)
aTTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCAt < 3:110591/149‑1 (MQ=255)
ttCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATc > 7:53445/1‑149 (MQ=255)
cTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATcgcgc < 3:380100/149‑1 (MQ=255)
cTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATcgcgc > 3:279654/1‑149 (MQ=255)
tagtagTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATcgcgcg > 3:353962/1‑149 (MQ=255)
tctcTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGacac > 4:135543/1‑149 (MQ=255)
tATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGcc > 5:201111/1‑149 (MQ=255)
tGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGcc < 4:169821/147‑1 (MQ=255)
tGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCg > 5:54147/1‑148 (MQ=255)
gAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGa < 7:83127/148‑1 (MQ=255)
gTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGAttt > 5:7754/1‑148 (MQ=255)
aGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGTTAATAATTCTTAAGTTTAACTCAGACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCTCCTTCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCAt < 4:258607/148‑1 (MQ=17)
aTGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGAtt > 4:140257/1‑149 (MQ=255)
ctattgaCAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGc < 1:359777/142‑1 (MQ=255)
ttgaCAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGATTTGTGAGCGGTTAATAATTCTTTAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGGGGCCAGt < 6:184325/146‑1 (MQ=18)
ttgaCAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGAAATCATATGTCATTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGt > 8:304253/4‑149 (MQ=18)
aCAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGa < 8:308275/148‑1 (MQ=255)
cAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGt < 1:254317/149‑1 (MQ=255)
cAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGt < 7:353483/149‑1 (MQ=255)
cAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGt < 7:122129/149‑1 (MQ=255)
aaTTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTc < 1:87967/149‑1 (MQ=255)
aaTTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTc > 3:296379/1‑149 (MQ=255)
aTTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGTAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACAATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGTCCAGTGAGTc > 1:130753/1‑148 (MQ=21)
atcatcGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATa < 1:65171/148‑1 (MQ=255)
cTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACAt > 8:58958/1‑149 (MQ=255)
aaTGTGATCAGACCTGGAATTGTGCGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATc > 6:34733/1‑149 (MQ=255)
aaTGTGATCAGACCTGGAATTGGGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATTGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATc > 8:302085/1‑149 (MQ=255)
tgATCAGACCTGGATTTGTGTGCGTATTATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATGATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGTCACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCg < 6:72274/140‑1 (MQ=37)
tgATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCg > 5:72274/1‑140 (MQ=255)
aTCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCTTCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCt < 4:279654/148‑1 (MQ=255)
cAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCtgtg > 6:387233/1‑149 (MQ=255)
aCCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGAATAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACAATCGAGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATACGCGGCCAGTGAGTCGATACAAGTACATCGTGATCGCCCTCTGTgg > 1:40607/1‑149 (MQ=37)
cTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTgggg < 3:254925/149‑1 (MQ=255)
cTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTgggg > 1:261208/1‑149 (MQ=255)
tGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGggt > 4:77999/1‑149 (MQ=255)
aTTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTc < 7:320770/149‑1 (MQ=255)
ttGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGGTCGCCCTGTGTGGGGTGGTCa < 8:74708/149‑1 (MQ=255)
tgAGCGTATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGt < 4:353962/149‑1 (MQ=255)
tgAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGt > 6:391980/1‑149 (MQ=255)
tgAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCAGCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGGGATCGCCCGGTGGGGGGTGGTCATGt > 8:203337/1‑149 (MQ=38)
gCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCa < 8:304828/149‑1 (MQ=255)
gATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATc > 4:185704/1‑148 (MQ=255)
taataaTTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGAc < 6:290963/149‑1 (MQ=255)
taataaTTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGAc < 5:195280/149‑1 (MQ=255)
|
CCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAATTACAATTAATCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGAC > NC_002947_CJ‑RC/4767897‑4768185
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAATTACAATTAATCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACG > NC_002947_CJ‑RC/4767892‑4768186
|
GATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATA > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21112:20492:8948/1‑150 (MQ=60)
GACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAG < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21312:20796:17999/151‑1 (MQ=60)
GACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAA < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11209:20221:5792/150‑1 (MQ=60)
ACGTTGAACTCAAATAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTTTGGAGGTCATGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAG < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21103:25983:16054/150‑1 (MQ=35)
ACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAG < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11202:23723:19630/150‑1 (MQ=58)
TGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTA < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11401:17158:13310/150‑1 (MQ=50)
AAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACAC > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11501:25762:16067/1‑150 (MQ=35)
AAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAG < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21404:18148:15229/151‑1 (MQ=33)
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
