Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F14 I0 R1
|
206 |
76.7 |
3255580 |
98.8% |
3216513 |
146.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
4,768,045 |
C→A |
54.7% |
intergenic (+152/‑30) |
fpvA → / → tpaK |
TonB‑dependent outer membrane ferripyoverdine receptor FpvA/probable terephthalate transporter, MFS superfamily protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 4,768,045 | 0 | C | A | 54.7%
| 7.1
/ 83.4
| 53 | intergenic (+152/‑30) | fpvA/tpaK | TonB‑dependent outer membrane ferripyoverdine receptor FpvA/probable terephthalate transporter, MFS superfamily protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/13); new base A (12/17); total (23/30) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.86e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAATTACAATTAATCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTT > NC_002947_CJ‑RC/4767897‑4768190
|
ccTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTAAGCGGATAATAATTc < 1:172931/149‑1 (MQ=18)
aCGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAAttatta < 5:18224/148‑1 (MQ=255)
aCGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAAttatta < 8:45644/148‑1 (MQ=255)
cGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAg < 3:115430/149‑1 (MQ=255)
ttGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCtt > 6:50945/1‑144 (MQ=255)
aCGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTaa < 7:172344/148‑1 (MQ=255)
cAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACt > 7:58583/1‑147 (MQ=255)
aaaaaCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTcac < 7:31782/148‑1 (MQ=255)
ccGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAg > 6:5546/1‑147 (MQ=255)
cACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGat < 1:345434/149‑1 (MQ=255)
aCCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCAGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGata < 3:323993/149‑1 (MQ=14)
ccACGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGTCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGatat < 6:66577/148‑1 (MQ=11)
aGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCat < 3:130230/149‑1 (MQ=255)
tGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCatat > 6:118210/1‑148 (MQ=255)
aTTCACTAGTAGTCTCTATTGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCa < 2:266526/148‑1 (MQ=11)
ttCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATc > 4:46085/1‑149 (MQ=255)
tagtagTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATcgcgcg < 4:213404/149‑1 (MQ=255)
gtagtCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATcgcgcg < 5:50945/147‑1 (MQ=255)
gtagtCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGt > 4:241689/1‑148 (MQ=255)
agtCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTg < 8:248353/147‑1 (MQ=255)
tctcTATGGAGGTCAGGTAAGATTACTATTGACAATTAATCATAGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGAGAGCGGATAACAAATCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGacac > 4:251208/1‑149 (MQ=14)
ctctATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGacac > 7:194006/1‑148 (MQ=255)
tatATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTAGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCTCCATCGCGCGTGACACTg > 3:228716/3‑149 (MQ=14)
ctATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTg > 6:44873/1‑148 (MQ=255)
ctATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTg > 7:23176/1‑148 (MQ=255)
tATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGcc > 3:93443/1‑149 (MQ=255)
aGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCAt < 1:345062/148‑1 (MQ=255)
aGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCAt < 4:333693/148‑1 (MQ=255)
ttACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTcgc > 7:273225/1‑148 (MQ=255)
ttACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTcgc > 6:110423/1‑148 (MQ=255)
aCAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTg < 5:112740/147‑1 (MQ=255)
cAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAg > 8:226440/1‑148 (MQ=255)
aaTTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGAtt < 4:237737/134‑1 (MQ=255)
aaTTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGAtt > 3:237737/1‑134 (MQ=255)
aaTTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGAAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTc < 3:56667/149‑1 (MQ=255)
aTTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTc < 6:185256/148‑1 (MQ=255)
gtatAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATc < 3:370457/144‑1 (MQ=255)
tatAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGt < 5:110423/146‑1 (MQ=255)
tAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTg < 5:118210/147‑1 (MQ=255)
tgtgATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCg > 7:279745/1‑148 (MQ=255)
tgATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGcc < 5:347207/148‑1 (MQ=255)
tCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCtgt < 4:93443/149‑1 (MQ=255)
gACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCtgtgt > 5:325088/1‑148 (MQ=255)
aCCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATcgcgcg < 8:41917/79‑1 (MQ=255)
aCCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATcgcgcg > 7:41917/1‑79 (MQ=255)
acTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTggg < 2:377477/148‑1 (MQ=255)
gAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGggtg < 1:8090/148‑1 (MQ=255)
gAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGggt < 5:217466/147‑1 (MQ=255)
gtgAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCa < 6:196013/147‑1 (MQ=255)
gATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATc > 1:39443/1‑148 (MQ=255)
ataaTTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACg < 1:331261/146‑1 (MQ=255)
ataaTTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACg > 7:211725/3‑148 (MQ=255)
cAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGc > 2:216364/1‑149 (MQ=255)
aaTTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCt > 3:118150/1‑149 (MQ=255)
attattAAGATTAACTCACACAGTAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCtt < 3:346159/149‑1 (MQ=255)
attattAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCt < 8:58583/148‑1 (MQ=255)
ttCTTAAGATTAACTCACACAGTAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCtt < 5:44873/148‑1 (MQ=255)
ttCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCtt < 5:386741/148‑1 (MQ=255)
|
CCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAATTACAATTAATCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTT > NC_002947_CJ‑RC/4767897‑4768190
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAATTACAATTAATCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCG > NC_002947_CJ‑RC/4767896‑4768192
|
GCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTAT > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11408:25648:11972/1‑151 (MQ=60)
GCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTAAGCGGATAATAATTCT < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11306:22479:10201/151‑1 (MQ=60)
GACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAG < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11404:12485:6304/151‑1 (MQ=60)
ACGTTTAACGCAATAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTATTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTGGTATTATGTGATCAGTCCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21501:8294:7426/150‑1 (MQ=34)
ACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGA < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11209:10044:13194/151‑1 (MQ=58)
AACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACT < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11606:13592:5569/151‑1 (MQ=46)
CGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTC > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11410:23699:13343/1‑150 (MQ=43)
CAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTGACTAGTAGTCGCTATGGAGGTCAGGTATGAATACTATAGACAATTAATCAAAGGCTACTATAAAGAGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGCATAATAATTAATAAGAATAACTCAC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21206:12312:9492/1‑150 (MQ=19)
AAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACAC < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11406:12789:6787/151‑1 (MQ=37)
GCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATA < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21301:20911:3080/151‑1 (MQ=21)
CACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCAGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATAT < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21212:10871:17313/151‑1 (MQ=19)
CAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATA < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11212:3203:5006/151‑1 (MQ=9)
AGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTG < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11410:12307:2809/150‑1 (MQ=9)
GTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACT > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11610:17375:3535/1‑151 (MQ=21)
CTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11404:3690:17527/1‑151 (MQ=25)
CTATATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTAGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCTCCATCGCGCGTGACACTGG > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21105:21576:7296/1‑151 (MQ=10)
CTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCG > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11205:3517:16301/1‑151 (MQ=29)
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GCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAATTACAATTAATCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCG > NC_002947_CJ‑RC/4767896‑4768192
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
