Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F14 I1 R1
|
57 |
86.1 |
3667460 |
98.7% |
3619783 |
146.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
4,768,045 |
C→A |
intergenic (+152/‑30) |
fpvA → / → tpaK |
TonB‑dependent outer membrane ferripyoverdine receptor FpvA/probable terephthalate transporter, MFS superfamily protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 4,768,045 | 0 | C | A | 100.0%
| 254.9
/ NA
| 79 | intergenic (+152/‑30) | fpvA/tpaK | TonB‑dependent outer membrane ferripyoverdine receptor FpvA/probable terephthalate transporter, MFS superfamily protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (35/44); total (35/44) |
CGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAATTACAATTAATCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGAC > NC_002947_CJ‑RC/4767902‑4768185
|
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cGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAg < 5:319221/149‑1 (MQ=255)
gTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTTTTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGCCCTGGAATTGTGAGCGGATAACAattatt > 3:266907/1‑145 (MQ=18)
tGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGAt > 5:447558/1‑148 (MQ=255)
aCGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTaa < 5:8997/148‑1 (MQ=255)
gCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACTATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACt > 1:414237/1‑148 (MQ=17)
gCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACt > 2:414997/1‑148 (MQ=255)
aaaaaaCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTca > 6:301752/1‑148 (MQ=255)
aaaaaCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTcaca < 2:10289/149‑1 (MQ=255)
aaaaaCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTcaca < 2:383595/149‑1 (MQ=255)
aaaCCGCACCTGGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTcac > 8:376859/1‑146 (MQ=14)
aaaCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTcacaca > 4:53130/1‑149 (MQ=255)
aaCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAg < 4:42170/149‑1 (MQ=255)
aaCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAg < 3:161919/149‑1 (MQ=255)
aaCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAg > 2:206502/1‑149 (MQ=255)
cGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGATCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGga < 7:322984/148‑1 (MQ=14)
gCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGgaga < 6:118536/149‑1 (MQ=255)
cccAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGatat < 4:239748/149‑1 (MQ=255)
cccAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGatat < 6:23833/149‑1 (MQ=255)
cccAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGatat < 6:17494/149‑1 (MQ=255)
ccAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATc < 6:145206/149‑1 (MQ=255)
gTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCatat < 1:130055/149‑1 (MQ=255)
gTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCatat > 5:237523/1‑149 (MQ=255)
tGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCATATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCatat > 7:48761/1‑148 (MQ=11)
gCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGt > 4:274741/1‑149 (MQ=255)
tttttGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCtt < 7:426652/148‑1 (MQ=255)
ttttGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAg > 3:380514/1‑149 (MQ=255)
tttGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTTCTATTGTCAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGTATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTATCTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAg < 4:159692/148‑1 (MQ=11)
tGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGc < 8:224546/147‑1 (MQ=255)
tGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCa < 1:206502/148‑1 (MQ=255)
tGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCa < 2:201533/148‑1 (MQ=255)
tagtagTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATcgcgcg > 3:330136/1‑149 (MQ=255)
tagtagTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATcgcgcg > 1:164621/1‑149 (MQ=255)
tagtagTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATcgcgc > 8:383246/1‑148 (MQ=255)
tagtagTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATcgcgc < 7:452962/148‑1 (MQ=255)
tagtCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGa < 6:237523/149‑1 (MQ=255)
tctcTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGaca > 8:371123/1‑148 (MQ=255)
tctATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTg > 4:130412/1‑149 (MQ=255)
tATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGc > 7:200786/1‑148 (MQ=255)
aTGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCg > 1:384006/1‑149 (MQ=255)
ggTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGAttt < 1:71666/149‑1 (MQ=255)
tCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCa < 4:330136/149‑1 (MQ=255)
aGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCAt < 1:398889/148‑1 (MQ=255)
aGGTATGATTACAATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATc > 6:386193/1‑149 (MQ=17)
ggTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCAt < 7:376859/147‑1 (MQ=255)
gATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTc < 8:432730/148‑1 (MQ=255)
ttACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTcgcg < 3:274741/149‑1 (MQ=255)
ttACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTcgcg < 3:364536/149‑1 (MQ=255)
ttACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTcgcg < 3:53130/149‑1 (MQ=255)
aCTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGc > 2:259402/1‑149 (MQ=255)
tgaCAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGt < 7:383246/146‑1 (MQ=255)
aCAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGa < 6:156306/148‑1 (MQ=255)
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cAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGt < 3:424849/149‑1 (MQ=255)
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aaTTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTc < 4:171421/149‑1 (MQ=255)
ttAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGa > 1:347269/1‑149 (MQ=255)
tcatcGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATa > 7:121622/1‑147 (MQ=255)
atcGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCa < 4:348137/148‑1 (MQ=255)
gCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACa > 1:361875/1‑149 (MQ=255)
cGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTAGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCg > 3:369109/1‑149 (MQ=255)
gtatAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATc < 2:384006/144‑1 (MQ=255)
gtatAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGt > 3:5590/4‑149 (MQ=255)
tatAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGt > 4:84823/3‑148 (MQ=255)
tAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCTTATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGATATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGa < 6:8847/148‑1 (MQ=255)
tAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCgaga < 5:286658/148‑1 (MQ=255)
tgATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGcc < 4:5590/148‑1 (MQ=255)
aTCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCtg > 2:419633/1‑149 (MQ=255)
aTCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCt < 5:301752/148‑1 (MQ=255)
tCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCtgt > 2:337529/1‑149 (MQ=255)
tCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCtgt > 2:386974/1‑149 (MQ=255)
cTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTgggg > 4:229824/1‑149 (MQ=255)
cTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTggg < 7:410171/148‑1 (MQ=255)
tGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTgggg < 7:371123/148‑1 (MQ=255)
tGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTgggg > 8:347667/1‑148 (MQ=255)
tGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGggt > 1:313492/1‑149 (MQ=255)
aaTTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGggtg < 7:246649/147‑1 (MQ=255)
gAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGt > 8:73012/1‑148 (MQ=255)
gCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTc > 2:341759/1‑148 (MQ=255)
tAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGCATCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGAc < 1:445415/149‑1 (MQ=255)
tAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGAc < 1:259402/149‑1 (MQ=255)
|
CGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAATTACAATTAATCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGAC > NC_002947_CJ‑RC/4767902‑4768185
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
