Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F14 I0 R1
|
206 |
76.7 |
3255580 |
98.8% |
3216513 |
146.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
4,767,982 |
A→T |
100% |
intergenic (+89/‑93) |
fpvA → / → tpaK |
TonB‑dependent outer membrane ferripyoverdine receptor FpvA/probable terephthalate transporter, MFS superfamily protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 4,767,982 | 0 | A | T | 100.0%
| 235.3
/ NA
| 71 | intergenic (+89/‑93) | fpvA/tpaK | TonB‑dependent outer membrane ferripyoverdine receptor FpvA/probable terephthalate transporter, MFS superfamily protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (37/34); total (37/34) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GACGTGTATGGTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAATTACAATTAATCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGC > NC_002947_CJ‑RC/4767840‑4768123
|
gacgTGTATGGTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACaa > 4:323993/1‑149 (MQ=255)
gacgTGTATGGTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACa < 5:259752/148‑1 (MQ=255)
gtgtATGGTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAAtt < 7:284879/148‑1 (MQ=255)
tgtATGGTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTa < 7:286932/148‑1 (MQ=255)
aTGGTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTTATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAATCCGCACCCATGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAat < 7:86068/147‑1 (MQ=38)
aTGGTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTAACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAat > 6:386741/1‑147 (MQ=255)
gTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAatcat < 5:24874/147‑1 (MQ=255)
gACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCgg > 8:398699/1‑148 (MQ=255)
aCCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCgg < 5:274473/147‑1 (MQ=255)
cccACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTc < 4:287811/149‑1 (MQ=255)
cAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGtat > 8:31782/1‑145 (MQ=255)
aCTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAAtg < 2:36822/149‑1 (MQ=255)
tCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAAtgt > 7:248353/1‑147 (MQ=255)
tCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGa > 2:331261/1‑149 (MQ=255)
cACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGAATACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAAtgtg < 3:357655/147‑1 (MQ=255)
aCCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATc < 4:152428/149‑1 (MQ=255)
ccATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGAt > 2:345062/1‑147 (MQ=255)
ccATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGAt > 1:377477/1‑147 (MQ=255)
cATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGAt > 4:56667/1‑146 (MQ=255)
aTCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGAt > 7:383793/1‑145 (MQ=255)
aTCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGa > 3:213404/1‑149 (MQ=255)
tCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGa < 5:75338/148‑1 (MQ=255)
cACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGAc > 6:347207/1‑148 (MQ=255)
cGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTg > 2:8090/1‑148 (MQ=255)
ccAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGa < 7:398699/148‑1 (MQ=255)
cAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGaa < 8:383793/148‑1 (MQ=255)
cAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGCTATTATGAAATCACAAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTCGAAt > 4:346159/1‑149 (MQ=21)
aGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATtg > 1:266526/1‑149 (MQ=255)
gTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTTAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATtgt < 1:345367/149‑1 (MQ=255)
gTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATtgt < 1:268762/149‑1 (MQ=255)
gTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATtg < 5:96263/148‑1 (MQ=255)
tACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATtgt > 4:370457/1‑148 (MQ=255)
gCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCg > 4:115430/1‑149 (MQ=255)
ttCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAAt > 7:103499/1‑139 (MQ=255)
ttCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAAt < 8:103499/139‑1 (MQ=255)
ttCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCg > 6:217466/1‑147 (MQ=255)
tGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATc < 2:102627/125‑1 (MQ=255)
tGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATc > 1:102627/1‑125 (MQ=255)
aTCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAAc > 3:188526/1‑148 (MQ=255)
ccTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTAAGCGGATAATAATTc < 1:172931/149‑1 (MQ=18)
cTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAAtta > 7:45644/1‑147 (MQ=255)
tGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAAttat > 8:172344/1‑146 (MQ=255)
aCGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAAttatta < 8:45644/148‑1 (MQ=255)
aCGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAAttatta < 5:18224/148‑1 (MQ=255)
cGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAg < 3:115430/149‑1 (MQ=255)
ttGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCtt > 6:50945/1‑144 (MQ=255)
aCGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTaa < 7:172344/148‑1 (MQ=255)
cAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACt > 7:58583/1‑147 (MQ=255)
aaaaaCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTcac < 7:31782/148‑1 (MQ=255)
ccGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAg > 6:5546/1‑147 (MQ=255)
cACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGat < 1:345434/149‑1 (MQ=255)
aCCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCAGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGata < 3:323993/149‑1 (MQ=14)
ccACGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGTCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGatat < 6:66577/148‑1 (MQ=11)
aGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCat < 3:130230/149‑1 (MQ=255)
tGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCatat > 6:118210/1‑148 (MQ=255)
aTTCACTAGTAGTCTCTATTGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCa < 2:266526/148‑1 (MQ=11)
ttCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATc > 4:46085/1‑149 (MQ=255)
tagtagTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATcgcgcg < 4:213404/149‑1 (MQ=255)
gtagtCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATcgcgcg < 5:50945/147‑1 (MQ=255)
gtagtCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGt > 4:241689/1‑148 (MQ=255)
agtCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTg < 8:248353/147‑1 (MQ=255)
tctcTATGGAGGTCAGGTAAGATTACTATTGACAATTAATCATAGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGAGAGCGGATAACAAATCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGacac > 4:251208/1‑149 (MQ=14)
ctctATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGacac > 7:194006/1‑148 (MQ=255)
tatATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTAGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCTCCATCGCGCGTGACACTg > 3:228716/3‑149 (MQ=14)
ctATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTg > 6:44873/1‑148 (MQ=255)
ctATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTg > 7:23176/1‑148 (MQ=255)
tATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGcc > 3:93443/1‑149 (MQ=255)
aGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCAt < 1:345062/148‑1 (MQ=255)
aGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCAt < 4:333693/148‑1 (MQ=255)
ttACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTcgc > 7:273225/1‑148 (MQ=255)
ttACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTATTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTcgc > 6:110423/1‑148 (MQ=255)
|
GACGTGTATGGTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAATTACAATTAATCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGC > NC_002947_CJ‑RC/4767840‑4768123
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGACGTGTATGGTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAATTACAATTAATCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCG > NC_002947_CJ‑RC/4767839‑4768124
|
CGACGTGTATGGTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAAT < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21410:14729:6322/151‑1 (MQ=60)
CGTGTATGGTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21501:7797:4719/151‑1 (MQ=60)
GTGTATGGTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAAT < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21501:25023:11498/151‑1 (MQ=60)
TTTGGTGACCCACGCAACTTCACAATCACCGCCAAGTACAGCTTCTTATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAATCCGCACCCATGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCA < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11503:11591:4312/150‑1 (MQ=60)
GGTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCG < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11405:25289:9790/150‑1 (MQ=60)
GACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCT < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21501:18699:1404/150‑1 (MQ=60)
CTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTG > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21407:24105:7606/1‑150 (MQ=60)
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CGACGTGTATGGTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAATTACAATTAATCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCG > NC_002947_CJ‑RC/4767839‑4768124
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
