Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F58 I1 R1
|
60 |
66.0 |
2910360 |
98.3% |
2860883 |
145.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
1,843,557 |
C→T |
A413T (GCC→ACC) |
gacS ← |
sensor protein GacS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 1,843,557 | 0 | C | T | 100.0%
| 250.2
/ NA
| 72 | A413T (GCC→ACC) | gacS | sensor protein GacS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (34/38); total (34/38) |
AAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGA > NC_002947_CJ‑RC/1843412‑1843700
|
aaGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGtt > 7:304420/1‑149 (MQ=255)
ggCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTg > 2:41012/1‑148 (MQ=255)
ggCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTg < 6:358438/148‑1 (MQ=255)
ggCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTg < 6:353905/148‑1 (MQ=255)
gCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCt < 7:349611/149‑1 (MQ=255)
cTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTg < 1:20781/148‑1 (MQ=255)
gAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGtt > 8:263363/1‑141 (MQ=255)
gAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGtt < 7:263363/141‑1 (MQ=255)
gAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGGCCTGCACGCTGTTGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGAc < 3:164155/147‑1 (MQ=255)
aCAGTGTGCGCACATCCTGAGGTTACAGGCCGATGCCGGTTTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAg < 6:268620/148‑1 (MQ=255)
aGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGt > 3:344301/1‑148 (MQ=255)
tgtgCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTg > 1:243147/1‑148 (MQ=255)
gtgCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTgg > 3:60134/1‑148 (MQ=255)
cacaTCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAgg < 6:280163/148‑1 (MQ=255)
caTCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGAt > 2:122831/1‑148 (MQ=255)
tCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCt > 3:185645/1‑148 (MQ=255)
cTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGtt > 7:55801/1‑135 (MQ=255)
cTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGtt < 8:55801/135‑1 (MQ=255)
cTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTg < 3:42538/147‑1 (MQ=255)
tGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCt > 1:34845/1‑148 (MQ=255)
aGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTg < 4:344301/148‑1 (MQ=255)
aGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGa < 7:4037/149‑1 (MQ=255)
gTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGc < 7:23899/149‑1 (MQ=255)
cAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCg > 5:159546/1‑147 (MQ=255)
ggCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCaa > 3:152973/1‑148 (MQ=255)
ccGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACgg < 7:308887/149‑1 (MQ=255)
aTGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGt > 3:225394/1‑148 (MQ=255)
aTGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTc < 8:290475/149‑1 (MQ=255)
gCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCg > 6:50346/1‑148 (MQ=255)
ccGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGcc > 8:314522/1‑149 (MQ=255)
ccGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGc < 8:304420/148‑1 (MQ=255)
tgtgtCCTGAACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGcc > 6:615/2‑147 (MQ=255)
tgtCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTAc > 8:129248/1‑148 (MQ=255)
tCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCa < 2:294280/148‑1 (MQ=255)
cTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGc > 4:175266/1‑148 (MQ=255)
tGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGc > 3:309429/1‑147 (MQ=255)
gCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCg > 4:99069/1‑147 (MQ=255)
cGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACAAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGatg > 5:114327/1‑145 (MQ=255)
gcAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTc < 1:87464/148‑1 (MQ=255)
aCTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTcgcg > 1:352371/1‑148 (MQ=255)
aCTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTcgcg < 6:279445/148‑1 (MQ=255)
aCTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTcgcg > 4:32874/1‑148 (MQ=255)
cTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCTGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCgg < 3:99069/148‑1 (MQ=255)
cTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCgg < 3:212869/148‑1 (MQ=255)
cgcAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGAt < 6:165901/148‑1 (MQ=255)
cAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGCGTCGCGGTAGAt > 2:361828/1‑146 (MQ=255)
aGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGTATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAg < 5:615/148‑1 (MQ=255)
tCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCt > 6:254007/1‑146 (MQ=255)
tCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCt > 3:5281/1‑146 (MQ=255)
gTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTcc < 3:26685/148‑1 (MQ=255)
gTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTc < 5:129575/147‑1 (MQ=255)
tCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAgct > 3:197393/1‑148 (MQ=255)
ccAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAg < 5:163347/145‑1 (MQ=255)
cAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAgctgc > 6:244781/1‑148 (MQ=255)
gCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCtt < 3:245757/148‑1 (MQ=255)
gcgcgcACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGTTTGGCg < 6:342337/147‑1 (MQ=255)
gcgcgcACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCg < 4:185645/147‑1 (MQ=255)
cgacgaTGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGggcggc > 4:296532/1‑148 (MQ=255)
gccgaTGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCg > 7:180695/3‑149 (MQ=255)
cgaTGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCg > 8:25673/1‑147 (MQ=255)
aTGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAg > 3:68347/1‑148 (MQ=255)
cTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGAt < 2:352371/148‑1 (MQ=255)
cTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGAt < 4:152973/148‑1 (MQ=255)
cgcgGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATg < 4:60134/146‑1 (MQ=255)
gcgGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGt < 2:252780/147‑1 (MQ=255)
gggTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAg < 1:336183/148‑1 (MQ=255)
tGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAg < 5:182330/94‑1 (MQ=255)
tGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAg > 6:182330/1‑94 (MQ=255)
aCTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGGTGTcc > 8:19143/1‑149 (MQ=255)
cTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCt < 7:305551/149‑1 (MQ=255)
gATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGAGCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTg < 5:176666/147‑1 (MQ=255)
aTGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGCGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGa < 1:361828/148‑1 (MQ=255)
|
AAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGA > NC_002947_CJ‑RC/1843412‑1843700
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGATCAGG > NC_002947_CJ‑RC/1843411‑1843705
|
GAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTG > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21511:17779:10167/1‑151 (MQ=60)
GGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21608:18862:8341/151‑1 (MQ=60)
CCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGAC < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11104:6146:15262/151‑1 (MQ=60)
GGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21503:6731:13024/143‑1 (MQ=60)
GGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGGCCTGCACGCTGTTGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCA < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11309:16563:4518/150‑1 (MQ=60)
ACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTT > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21311:26432:11659/1‑151 (MQ=60)
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CAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGG > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21310:12955:10808/1‑151 (MQ=60)
ACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCTGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGAGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTA < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11208:24281:15939/151‑1 (MQ=60)
ACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTA < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21107:18634:2760/151‑1 (MQ=60)
CAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCTCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGTATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGC < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11401:15826:3481/151‑1 (MQ=60)
CTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11102:19927:2629/1‑149 (MQ=60)
CGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAG < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11106:23396:8998/151‑1 (MQ=60)
CGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCA < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11602:13657:7389/150‑1 (MQ=60)
CTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTG > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21103:24381:15619/1‑151 (MQ=60)
TCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCT < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11608:9272:11822/148‑1 (MQ=60)
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GGTGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGATCAGG < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11411:17978:5776/151‑1 (MQ=60)
|
GAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGATCAGG > NC_002947_CJ‑RC/1843411‑1843705
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
