Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F25 I1 R1
|
60 |
73.8 |
3348830 |
98.7% |
3305295 |
145.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
1,843,823 |
A→G |
L324P (CTG→CCG) |
gacS ← |
sensor protein GacS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 1,843,823 | 0 | A | G | 100.0%
| 208.4
/ NA
| 57 | L324P (CTG→CCG) | gacS | sensor protein GacS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (26/31); total (26/31) |
CGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGATCAGGTCCCGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCAGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCG > NC_002947_CJ‑RC/1843677‑1843968
|
cGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGATCAGGTCCCGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCggg < 3:355263/149‑1 (MQ=255)
gATGGTCAGGGTGTCCTGGATCAGGTCCCGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAg < 2:213312/148‑1 (MQ=255)
gTCAGGGTGTCCTGGATCAGGTCCCGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAg < 1:240571/149‑1 (MQ=255)
tCAGGGTGTCCTGGATCAGGTCCCGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGc < 5:155791/149‑1 (MQ=255)
tgtCCTGTCTCAGGTCCCGCAGGTTGAACGGTTTGCTGTCGAGGACCAGCTTGCCGGCCTGGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCTTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGgcgc < 1:276495/149‑1 (MQ=255)
cTGGATCAGGTCCCGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGgtg > 7:88071/1‑149 (MQ=255)
cTGGATCAGGTCCCGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTAGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGTTGATTGCCATCTAGTTGTCTGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGgtg < 4:129467/149‑1 (MQ=255)
tGGATCAGGTCCCGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGgtgt > 3:396036/1‑149 (MQ=255)
tCCCGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCt > 6:182658/1‑149 (MQ=255)
gCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCttttt < 5:181866/149‑1 (MQ=255)
aCGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAgg > 5:113094/1‑149 (MQ=255)
gTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTgg < 4:234064/149‑1 (MQ=255)
tGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGt < 1:312765/148‑1 (MQ=255)
gCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTa > 6:306952/1‑148 (MQ=255)
tCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGcc < 7:311470/149‑1 (MQ=255)
cAGCTTGCCGGCCTAGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGc > 6:235544/1‑149 (MQ=255)
aGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGcc < 6:128109/149‑1 (MQ=255)
gCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCa < 2:234026/149‑1 (MQ=255)
ccGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGa < 4:111571/148‑1 (MQ=255)
cGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGc > 1:365743/1‑149 (MQ=255)
ccTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCggg < 1:47701/149‑1 (MQ=255)
ccTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCggg < 6:343690/149‑1 (MQ=255)
cTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCgggg > 8:78728/1‑149 (MQ=255)
gATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGt < 1:402202/147‑1 (MQ=255)
tGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGAtt > 2:91550/1‑149 (MQ=255)
ggAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGc < 3:222455/143‑1 (MQ=255)
gaAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGt < 1:232540/149‑1 (MQ=255)
aaTCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTgg < 4:396036/149‑1 (MQ=255)
aGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCAt < 2:12670/149‑1 (MQ=255)
aTCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGtt > 4:212054/1‑149 (MQ=255)
tctcGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTg < 2:302739/139‑1 (MQ=255)
tctcGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTg > 1:302739/1‑139 (MQ=255)
tctcGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTg > 5:264206/1‑149 (MQ=255)
gTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTgg < 1:206700/146‑1 (MQ=255)
atgatTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCAt < 1:188505/137‑1 (MQ=255)
atgatTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCAt > 2:188505/1‑137 (MQ=255)
tgatTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAAc < 7:78728/149‑1 (MQ=255)
tgatTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCAGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAAc > 3:266698/1‑149 (MQ=255)
ttCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTcc > 1:212117/1‑149 (MQ=255)
tCCCAGCAATTTGTCAGCAGTGTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCTCGGTTTCATCTCGCTTTTTTGGAGCATGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCAtt < 1:81337/105‑1 (MQ=255)
cccAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGa > 6:337904/1‑149 (MQ=255)
ccAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGAc > 4:80732/1‑149 (MQ=255)
ccAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGAc > 8:130787/1‑149 (MQ=255)
cAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACt > 5:358205/1‑149 (MQ=255)
aaGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGAt < 5:235544/149‑1 (MQ=255)
tCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCt < 3:80732/149‑1 (MQ=255)
agcagACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGATGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTg < 8:7263/148‑1 (MQ=255)
agcagACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTgg > 6:342180/1‑149 (MQ=255)
gcagACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGa < 3:250692/139‑1 (MQ=255)
gcagACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGa > 4:250692/1‑139 (MQ=255)
aCTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTc > 7:167626/1‑148 (MQ=255)
ttCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAg > 6:193853/1‑149 (MQ=255)
ttCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAg > 5:59038/1‑149 (MQ=255)
tcGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGt < 3:334714/147‑1 (MQ=255)
tcGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGt > 4:334714/1‑147 (MQ=255)
gtgtTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGTGGCTGGCCTCAAGTGCCTCttt < 6:264206/149‑1 (MQ=255)
gtgtTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCttt < 5:182658/149‑1 (MQ=255)
ttCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTgcg > 5:141963/1‑149 (MQ=255)
|
CGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGATCAGGTCCCGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCAGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCG > NC_002947_CJ‑RC/1843677‑1843968
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGATCAGGTCCCGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCAGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGC > NC_002947_CJ‑RC/1843674‑1843969
|
GAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGATCAGGTCCCGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGG < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21512:5683:20004/151‑1 (MQ=60)
AGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGATCAGGTCCCGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11506:5989:13583/151‑1 (MQ=60)
AGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGATCAGGTCCCGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGG > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11212:23632:8675/1‑151 (MQ=60)
GCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGATCAGGTCCCGCAGGTTGTACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGT < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21304:15935:18182/151‑1 (MQ=60)
GGTCAGGGTGTCCTGGATCAGGTCCCGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGC < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21105:9687:8245/151‑1 (MQ=60)
GTCAGGGTGTCCTGGATCAGGTCCCGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCT < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11603:7072:8318/151‑1 (MQ=60)
GTGTCCTGTCTCAGGTCCCGCAGGTTGAACGGTTTGCTGTCGAGGACCAGCTTGCCGGCCTGGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCTTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCG < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21111:3262:10206/151‑1 (MQ=60)
CCTGGATCAGGTCCCGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGT > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11503:7350:6533/1‑151 (MQ=60)
CTGGATCAGGTCCCGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21311:25228:14349/1‑151 (MQ=60)
CGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTT < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11607:3291:12071/151‑1 (MQ=60)
AACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGT > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11508:25263:6867/1‑151 (MQ=60)
ATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTA < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21205:2999:14332/150‑1 (MQ=60)
GTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21504:4480:10737/151‑1 (MQ=60)
CCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCG > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21303:19432:9194/1‑151 (MQ=60)
GCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCGGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGG < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11108:19073:12432/151‑1 (MQ=60)
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GAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGATCAGGTCCCGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCAGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGC > NC_002947_CJ‑RC/1843674‑1843969
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
