Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F53 I1 R1
|
62 |
81.2 |
3465250 |
98.6% |
3416736 |
145.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
4,635,653 |
Δ1 bp |
coding (210/639 nt) |
uvrY ← |
BarA/UvrY two‑componenent system response regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 4,635,653 | 0 | C | . | 100.0%
| 386.4
/ NA
| 83 | coding (210/639 nt) | uvrY | BarA/UvrY two‑componenent system response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base . (46/37); total (46/37) |
CCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGT > NC_002947_CJ‑RC/4635511‑4635795
|
ccAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGt > 3:45540/1‑148 (MQ=255)
cAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGtt > 3:345739/1‑148 (MQ=255)
cAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGtt < 2:77222/148‑1 (MQ=255)
aCGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGc < 7:394005/148‑1 (MQ=255)
aaTGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGTGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCggg < 7:303194/148‑1 (MQ=255)
aaTGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCggg > 8:229090/1‑148 (MQ=255)
tGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTg > 5:176710/1‑148 (MQ=255)
ggCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTgg > 2:19811/1‑148 (MQ=255)
tGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTc > 8:269780/1‑148 (MQ=255)
gACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTcc < 4:173477/147‑1 (MQ=255)
gACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTc < 5:194515/146‑1 (MQ=255)
gACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCa < 4:116436/148‑1 (MQ=255)
aTTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGgcc > 1:210426/1‑148 (MQ=255)
aTTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGgcc > 8:190040/1‑148 (MQ=255)
aTTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGgcc > 5:246208/1‑148 (MQ=255)
tttCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGgccg < 6:57015/148‑1 (MQ=255)
tttCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGgccg > 2:349342/1‑148 (MQ=255)
tCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGgccgc < 4:411661/147‑1 (MQ=255)
aaGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGc > 5:317670/1‑148 (MQ=255)
aGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGcc < 4:374141/148‑1 (MQ=255)
gCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATATCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCgg > 4:53769/1‑148 (MQ=255)
cACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCAt < 7:67797/147‑1 (MQ=255)
aCCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCAttt < 4:43290/148‑1 (MQ=255)
aCCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCAttt < 7:368363/148‑1 (MQ=255)
ccTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTc < 1:286889/148‑1 (MQ=255)
cTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTca > 1:60112/1‑148 (MQ=255)
cTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTca > 5:174583/1‑148 (MQ=255)
cTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTca > 1:405570/1‑148 (MQ=255)
aGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCAcatccat < 5:82023/148‑1 (MQ=255)
gCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGc < 8:284116/147‑1 (MQ=255)
ccGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGca > 7:219313/1‑147 (MQ=255)
cGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGcac > 6:209002/1‑147 (MQ=255)
gCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAAc > 5:124227/1‑148 (MQ=255)
gcCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCg < 2:60112/148‑1 (MQ=255)
ccGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCgg < 1:1502/148‑1 (MQ=255)
ccGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCAGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCgg < 1:38802/148‑1 (MQ=255)
gCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGttt < 1:19811/148‑1 (MQ=255)
gCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGttt < 8:219313/148‑1 (MQ=255)
gCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGttt < 2:380210/148‑1 (MQ=255)
cTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCa < 7:405207/148‑1 (MQ=255)
tGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCAtttt > 8:168408/1‑118 (MQ=255)
tGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCAtttt < 7:168408/118‑1 (MQ=255)
caacaaGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCt > 6:293434/1‑148 (MQ=255)
caaGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACAGCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTccc < 6:246208/148‑1 (MQ=255)
caaGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTccc > 4:74009/1‑148 (MQ=255)
aaGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCg < 6:59169/148‑1 (MQ=255)
aGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCgg > 4:167591/1‑148 (MQ=255)
aGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCgg > 6:63932/1‑148 (MQ=255)
aGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCgg > 5:297147/1‑148 (MQ=255)
gCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCggg < 6:317670/148‑1 (MQ=255)
cGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGc > 2:316014/1‑148 (MQ=255)
gtgGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAg > 5:213553/1‑148 (MQ=255)
ggAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGttt > 4:197527/1‑147 (MQ=255)
ggAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTc < 6:297147/148‑1 (MQ=255)
gAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGttt > 2:430133/1‑146 (MQ=255)
gggTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGc < 3:319099/148‑1 (MQ=255)
gggTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGACATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGc > 7:77641/1‑148 (MQ=255)
ggTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGcc > 2:24357/1‑148 (MQ=255)
gTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCg < 7:227722/148‑1 (MQ=255)
tCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGa < 1:73576/148‑1 (MQ=255)
cTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGc > 1:405711/1‑148 (MQ=255)
tCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGcc > 3:270647/1‑148 (MQ=255)
gCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGcc < 2:405570/146‑1 (MQ=255)
accccGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGaa > 5:9387/4‑148 (MQ=255)
acacCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGaa < 6:169040/148‑1 (MQ=255)
cacCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAAt > 3:47351/1‑148 (MQ=255)
ccGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAAtct > 1:100230/1‑148 (MQ=255)
cGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAAtctc < 4:47351/148‑1 (MQ=255)
gTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTcc > 8:419878/1‑148 (MQ=255)
cACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCt > 2:126877/1‑148 (MQ=255)
aCCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCt < 6:162975/147‑1 (MQ=255)
gCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTcacc > 7:314503/1‑148 (MQ=255)
tACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACccacca > 1:291356/1‑148 (MQ=255)
ccTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGACATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCaccacc < 8:77641/148‑1 (MQ=255)
cTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCt > 7:148202/1‑148 (MQ=255)
ttGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTg > 8:261340/1‑148 (MQ=255)
tGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTg > 5:398605/1‑147 (MQ=255)
gTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGc > 8:37375/1‑148 (MQ=255)
cAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGtt < 2:191888/101‑1 (MQ=255)
cAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGtt > 1:191888/1‑101 (MQ=255)
cAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCg > 2:248564/1‑148 (MQ=255)
cAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAACTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCg > 6:138641/1‑148 (MQ=255)
gCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGt < 3:393177/148‑1 (MQ=255)
|
CCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGT > NC_002947_CJ‑RC/4635511‑4635795
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
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GCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCAGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTT < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11106:15739:16035/151‑1 (MQ=60)
GGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCG‑AGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCA < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11103:25961:18989/151‑1 (MQ=60)
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