Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F13 I0 R1
|
140 |
52.5 |
2164708 |
98.8% |
2138731 |
146.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
5,301,104 |
A→C |
21.5% |
L234R (CTG→CGG) |
recD ← |
multifunctional ATP‑dependent DNA helicase/dsDNA/ssDNA exonuclease/ssDNA endonuclease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 5,301,104 | 0 | A | C | 21.5%
| 266.4
/ 20.8
| 159 | L234R (CTG→CGG) | recD | multifunctional ATP‑dependent DNA helicase/dsDNA/ssDNA exonuclease/ssDNA endonuclease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (83/15); new base C (5/28); total (88/71) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.92e-13 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
CACGTACTTCGGCGCTGACTTGCAGGCGCTCGACTTGCTGACCAATGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTGGCCAGCTGGCGCGCCGCCCTCGAACAGTTGCGCCAGACGCTC > NC_002947_CJ‑RC/5300958‑5301249
|
cACGTACTTCGGCGCTGACTTGCAGGCGCTCGACTTGCTGACCAATGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCTGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGTCCTGACCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCATCAACGCcagca > 2:124847/1‑147 (MQ=255)
cACGTACTTCGGCGCTGACTTGCAGGCGCTCGACTTGCTGACCAATGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCcagca > 8:198170/1‑147 (MQ=255)
cACGTACTTCGGCGCTGACTTGCAGGCGCTCGACTTGCTGACCAATGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACCCcagca > 5:177903/1‑147 (MQ=255)
aCGTACTTCGGCGCTGACTTGCAGGCGCTCGACTTGCTGACCAATGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACCCcagcag > 3:35900/1‑147 (MQ=255)
aCGTACTTCGGCGCTGACTTGCAGGCGCTCGACTTGCTGACCAATGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCACCAACCccaccac > 2:141735/1‑146 (MQ=255)
tACTTCGGCGCTGACTTGCAGGCGCTCGACTTGCTGACCAATGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGgcg > 7:120528/1‑147 (MQ=255)
tACTTCGGCGCTGACTTGCAGGCGCTCGACTTGCTGACCAATGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGgc > 6:60086/1‑146 (MQ=255)
aCTTCGGCGCTGACTTGCAGGCGCTCGACTTGCTGACCAATGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGgcgc > 1:117283/1‑147 (MQ=255)
cTTCGGCGCTGACTTGCAGGCGCTCGACTTGCTGACCAATGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGca > 5:225662/1‑147 (MQ=255)
ttCGGCGCTGACTTGCAGGCGCTCGACTTGCTGACCAATGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGcac < 7:145329/147‑1 (MQ=255)
ttCGGCGCTGACTTGCAGGCGCTCGACTTGCTGACCAATGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGca < 3:238965/146‑1 (MQ=255)
gcggTGACTTGCTGGCGCTCGACTTGCTGCCCAATGGATTCGGTCTGGCGCGCTGCGGCTTTGCGGGGCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCTGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGcaccac < 4:144650/146‑1 (MQ=255)
gcgcTGACTTGCAGGCGCTCGACTTGCTGACCAATGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCCGGCGcaccac < 6:138248/146‑1 (MQ=255)
tGCAGGCGCTCGACTTGCTGACCAATGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCCCCGCCAGCAGGCGCACCACGGGGggcgtc > 1:222490/1‑147 (MQ=255)
tGCAGGCGCTCGACTTGCTGACCAATGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCCCCCCGGTGgtcgtc > 5:119606/1‑147 (MQ=255)
tGCAGGCGCTCGACTTGCTGACCAATGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCCCCACGGTGgtcgtc > 7:4829/1‑147 (MQ=255)
tGCAGGCGCTCGACTTGCTGACCAATGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCAGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCCCGGTGgtggtc > 6:29559/1‑147 (MQ=255)
cAGGGGCTGTACTTGCTGACCTTTGTATTGGGTCTGGCGCGATGGGGTTTTGCGGGGCGGTGCAGCCCGGGGGATGCGCTGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCGGG‑CGCCTGCAGAAACGCCAGCTGGCGCACCACGGTGGTCGTCt < 8:228205/146‑1 (MQ=255)
cAGGCGCTCGACTTGCTGACCAATGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CCCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCtt > 2:3580/1‑147 (MQ=255)
gcgcTCTACTTGCTCACCATTGGTTGCGGGCTGGCGCGCTGCGGTTTTGCGGGGGGGTGCCGCCTGGGGGAGGCGCTGGGGCCGGCCCTGCTCCACGGCGGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCTGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGcc < 2:216413/147‑1 (MQ=255)
gcgcTCGATTTGCTGACCAATGGTTTCGGTCCGGCGCGCTGGGGCTTTGCCGGGCGGTGCAGCCAGGGGGTTGGGCTGTGGCCTGCCCTGCCCCAGTGCCGG‑CGCCTGCAGAAACGCCAGCCGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGcc < 8:70783/147‑1 (MQ=255)
cgcTCGACTTGCTGACCAATGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CCCCTGCAGCAACGCCACCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCa > 3:1966/1‑147 (MQ=255)
cgcTCGACTTGCTGACAATTGTTTGCGGTCTGGCGCGCTGGGGTTTTGCGGGTGGGTGCAGCCTGGCGGTGGCGCTGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCGGG‑CGCGTGCAGAAACGCCAGCTGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCa < 8:149918/147‑1 (MQ=255)
cTCGACTTGCGGACCAATGTTTTGGGTCTGGCGCGCTGGGGCTTTGCGGGTCGGTGCCGCCTGGCGGTGGGGCTGTGGCGGGCCCTGCTCCACTGCGGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGt < 2:38692/147‑1 (MQ=255)
tctatttGCTCACCATTGTTTTCTGCCTGGCGCGCTGGGTTTTTGCGGGTCGGTGCAGCCTGGGGTTTGCGATGGGGCCTGCCCTGCTCCACGGCGGG‑CGCCTTCACAAACGCATGCCGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTa < 4:69987/142‑1 (MQ=255)
aCTTGCTGACCAATGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGCCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCACCAGGCGCACCACGGTGGTCGTAATGCCACTAccc > 7:71466/1‑146 (MQ=255)
cTTGCTGACCAATGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCgg > 7:89490/1‑147 (MQ=255)
gCTGACAAATGTTTTGGGTCTGGGGCGCTGCGGCTTTGCGGGGCGGTGCAGCCTGGCGTTGGCGCTGTGGCCTGCCGTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCACAAACGCCAGCTGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCgggg < 6:141683/146‑1 (MQ=255)
tGACCATGGGATGCGGGCTGGCGCGCTGGGGTTTTGCGGGGGGGGGCTGCCTGGGGGTGGCGCTGGGGCCTGCCGTGCACCCCTGCGGG‑GGCCTGAAGAAACGCCTGCTGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGgccg < 8:119921/147‑1 (MQ=255)
gACCAATGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGgccg > 7:191747/1‑146 (MQ=255)
aCCAATGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCCGCCGGCGCCCCCCGGTGGGGGTGTTGCCAGTTCCGGGggcg > 3:40347/1‑145 (MQ=255)
ccATTGGATTCGGTCTGGCGCGCTGGGTTTTTGCGGGTGTGGTCCGCCCGGGGGATGCGTTGTGGCCTGCCGTGCTCCACTGCGGG‑GGCCTGCAGAAACGCCTGCCGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCa < 2:246118/147‑1 (MQ=255)
ccAATGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCa > 6:73239/1‑147 (MQ=255)
ccAATGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCa > 2:22864/1‑147 (MQ=255)
aaTGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTTCCGGGGCCGCCAg > 3:90259/1‑146 (MQ=255)
aaTGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGt > 7:153055/1‑147 (MQ=255)
aaTGGATGCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCTGGCGTATGCGCTGGGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCCGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGt < 8:46374/147‑1 (MQ=255)
aTGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCCGCCACGCCAGCCGGCGCACCACGGTGGTGGTCTTGGCAGTACCGGGGCCGCCAGtg > 1:253345/1‑147 (MQ=255)
tGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGtga > 6:91363/1‑147 (MQ=255)
tGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGtga > 6:251076/1‑147 (MQ=255)
taTTCGGTCCGGGGGGCTGGGGCTTTGCGGGGGGGGGCCGCATGGGGGCGGCGCAGTGGCCGCCCGTGCTCCACTGCGGG‑CGCCTGCAGAAACCCCCGCCGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGtgat < 8:224807/145‑1 (MQ=255)
ttggggTCTGGGGCGCTGGGGCTTTGCGGGTGGGTCCCGCCCGGCGTTTGCGCTGGGGCCTGCCGTGCTCCACGGCGGG‑CGCGTGCAGAACCCCCAGCTGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGtgatg < 6:148327/142‑1 (MQ=255)
ttCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCCGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTgatgat > 5:205868/1‑147 (MQ=255)
ggcccggCGCGCTGCGGTTTTGCCGGGGGGGGCAGCCTGGGGTTGGCGCTGGGGCCTGCCCTGCCCCACTGCGGG‑CGCCTGCACAAACGCCAGCAGGCCCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGc < 5:95062/141‑1 (MQ=255)
gTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCCACCCCACCCCGCGCACCACGGTGGTCGTCGTGGGAGTACCGGGGCCCCCAGTGATGGTGCt > 1:142408/1‑146 (MQ=255)
ggcgcAGGGGTTTTGCGGGTGGGTGCAGCCTGGGGTTTGGGCTTGGGCCGGGCCTGCTCCAGGGGGGG‑GGCCTGCTTAAACGCCTGCGGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCg < 4:217846/146‑1 (MQ=255)
cgcgcAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCg > 6:182970/1‑147 (MQ=255)
cgcgcAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCAGCCGCAAAGCCAGCCCGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCCCCAGTGATGATGCTGAAACCg > 6:170323/1‑147 (MQ=255)
cgcAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCCCGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGGGATGATGCTGAAACCGGc > 7:177477/1‑147 (MQ=255)
aggggttttGCGGGTGGGTGCTGCCTGGGGTTTGCGCTGGGGCCTGCCGTGCCCCAGTGCCGG‑GGCTTGCTGAAAGGCCAGCTGGGGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACg < 8:164400/141‑1 (MQ=255)
gCGGCTTTGCGGGGGGGTGCAGCCTGGGGGTTGGGCTGGGGCCTGCCCTGCTCCACTGCGGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCCGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACgg < 5:60013/147‑1 (MQ=255)
cGGCTTTGCGGGGCGGTGCAGCCAGGGGGATGCGCAGGGGCCGCCCGTGCGCCAGTGCCGG‑CGCCTGCTGCAACGCCAGCTGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACggg < 8:169523/147‑1 (MQ=255)
ggttttGCGGGTGGGGGCAGCCTGGGGTTTGCGCTGTGGCCTGCCCTGCTCCCTTGCGGG‑CGCCTGAAGAAACGCCTGCTGGGGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGTAACCGGCACggg < 8:265178/143‑1 (MQ=255)
tttGCGGGTGGGTGCTGCCTGGCGGTTGCGCAGTGGCCTGCCGGGCTCCACCGCCGG‑GGCCTCAAGCAACGCATGCCGGGCCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGc < 6:192229/147‑1 (MQ=255)
ccGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAg > 5:187593/1‑147 (MQ=255)
ggtcggtGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCACCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCCGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTTGCCAAGGc > 6:77101/1‑147 (MQ=255)
tcggtGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGGCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGc > 1:159751/1‑145 (MQ=255)
gggCAGCCCGGCGGATGCGCTGGGGCCGGCCCGGCCCCCCGGCCGG‑CGCCGGCCCCAACGCCAGCCGGCCCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAgg < 2:36254/145‑1 (MQ=255)
cAGCCTGGGGTATGCGCTGTGGCCGGCCCTGCCCCACTGCGGG‑CGCCTGCAGCAACGCCTGCTGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGa < 4:72580/147‑1 (MQ=255)
cAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGa > 2:81921/1‑147 (MQ=255)
ccAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGc > 5:78428/1‑146 (MQ=255)
cAGGCGTTTGCGCTGTGGCGTGCCGTGATCATCTGCGGG‑GGCGTGCAGAAACGCAAGCTGGGGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGTGGCCTCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCAAGGGTGGACAAGGCACAGGCGAGCt < 2:167614/146‑1 (MQ=255)
cAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCAGCAGCAACCCCAGCAGGCGCACCCCCGTGGTCGTCTTGCCACTACCGGGGCCCCCAGTGAAGATGCTGAAAACGGCCCGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCtt > 4:94896/1‑147 (MQ=255)
tggcgtctGCGCTGTGGCCGCCCGTGCCCCACGGCGGG‑CGCCTCCAGAAACCCCAGCTGGCCCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTc < 5:246228/140‑1 (MQ=255)
tggCTGAGGCGCTGTGGCCGCCCCTGCTCCACGGCGGG‑CGCCTCCAGCACCGCCAGCCGCCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTc < 5:193305/146‑1 (MQ=255)
cGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCCCGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTg > 4:154567/1‑146 (MQ=255)
gttggcgcTGGGGCCGCCCCGGCTCCAGTGCGGG‑CGCCTGCTGAAACGCCTGCCGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGcc < 5:269836/143‑1 (MQ=255)
gATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCa > 3:121894/1‑147 (MQ=255)
gcgcAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCCCGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGt > 7:73687/1‑146 (MQ=255)
cAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCa > 6:165235/1‑146 (MQ=255)
ggccgcccctgcCCCAC‑GCCGGCCGCCTCCACCACCCCCGGCCGCCCCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTg < 3:158335/140‑1 (MQ=255)
ggCCTGCCCTGCACCAGTCCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCCGCCGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTgg < 7:20991/147‑1 (MQ=255)
gcccggccctgcCCCCCGGCGGG‑CGCCTGCAGAAACCCCAGCCGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGTACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCt < 8:120528/140‑1 (MQ=255)
cctgccctgcTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGGCGTCTTGGCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCCCGGGTGGCCAAGGCCCAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTgg > 4:206637/1‑145 (MQ=255)
gccctgcTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTGGCCAGc > 5:257730/1‑147 (MQ=255)
cttgcTCGAGTCCCGG‑GGCCTTCAGAAAGCCCATCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTTCCAGTACCGTGGCCGCCAGTGTTGATGCTGAAACCGGCTCGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTGGCCAGCTg < 8:218317/145‑1 (MQ=255)
cctgcTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCCGGCCAGCTg > 6:127207/1‑147 (MQ=255)
cctgcTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACCGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTGGCCAGCTg > 8:184655/1‑147 (MQ=255)
ctgcTCCACTGCGGG‑CGCGTGAAGAAACGCCTGCTGGGGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTGGCCAGCTgg < 2:187728/147‑1 (MQ=255)
cGG‑CGCCTGAAGCAACGCCAGCTGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTGGCCAGTTGGCGCGCCGccc < 2:95156/145‑1 (MQ=255)
gg‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTGGCCAGCTGGCGCGCCGcccgc > 8:172132/1‑144 (MQ=255)
gg‑CGCCTGCAGAAACGCCAGCTGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTGGCCAGCTGGCGCGCCGCCCTCg < 6:47240/147‑1 (MQ=255)
cgcCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTGGCCAGCTGGCGCGCCGCCCTCGa > 8:201304/1‑146 (MQ=255)
ccTGCAGCAACGCCAGCCGCCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTGGCCAGCTGGCGCGCCGCCCTCGAACa < 5:248343/147‑1 (MQ=255)
ccTGCACAAACCCCACCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTGGCCAGCTGGCGCGCCGCCCTCGAACa < 2:117283/147‑1 (MQ=255)
tgaagaaaCGCCAGCAGGCCCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTGTCCAGCTGGCGCGCCGCCATCGAACAGt < 6:236166/141‑1 (MQ=255)
gcagcaACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTGGCCAGCTGGCGCGCCGCCCTCGAACAGtt > 6:50159/1‑147 (MQ=255)
tgcacggCCTGCTGGGGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTGGCCAGCTGGCGCGCCGCCCTCGAACAGTTg < 2:219617/140‑1 (MQ=255)
gcaACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTGGCCAGCTGGCGCGCCGCCCTCGAACAGTTgcg > 1:69147/1‑147 (MQ=255)
gcaACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTGGCCAGCTGGCGCGCCGCCCTCGAACAGTTgcg > 4:26712/1‑147 (MQ=255)
ccaACGCCCGCCGGCCCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTGGCCAGCTGGCGCGCCGCCCTCGAACAGTTgcg < 5:183227/146‑1 (MQ=255)
caACGCCCGCCGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTGGCCAGCTGGCGCGCCGCCCTCGAACAGTTgcgc < 5:60086/147‑1 (MQ=255)
caACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCGCGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTGGCCAGCTGGCGCGCCGCCCTCGAGCAGTTgcg > 8:93511/1‑146 (MQ=255)
aaCGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCaa < 3:47115/83‑1 (MQ=255)
aaCCCCCGCTGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTGGCCAGCTGGCGCGCCGCCCTCGAACAGTTGCGcc < 7:247318/147‑1 (MQ=255)
aCGCCCGCCGCCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTGGCCAGCTGGCGCGCCGCCCTCGAACAGTTGCGCCa < 4:16628/147‑1 (MQ=255)
cGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTGGCCAGCTGGCGCGCCGCCCTCGAACAGTTGCGCCAg > 6:198508/1‑147 (MQ=255)
cGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTGGCCAGCTGGCGCGCCGCCCTCGAACAGTTGCGCCAg > 1:98663/1‑147 (MQ=255)
gCCTGCTGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTGGCCAGCTGGCGCGCCGCCCTCGAACAGTTGCGCCAGa < 8:48365/147‑1 (MQ=255)
agctgGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTGGCCAGCTGGCGCGCCGCCCTCGAACAGTTGCGCCAGACGc < 2:95534/147‑1 (MQ=255)
|
CACGTACTTCGGCGCTGACTTGCAGGCGCTCGACTTGCTGACCAATGGATTCGGTCAGGCGCGCAGCGGCTTTGCCGGTCGGTGCAGCCAGGCGGATGCGCAGTGGCCTGCCCTGCTCCACTGCCGG‑CGCCTGCAGCAACGCCAGCAGGCGCACCACGGTGGTCGTCTTGCCAGTACCGGGGCCGCCAGTGATGATGCTGAAACCGGCACGGGTGGCCAAGGCACAGGCGAGCTTCTGCCAGTCCACCTGGCCAGCTGGCGCGCCGCCCTCGAACAGTTGCGCCAGACGCTC > NC_002947_CJ‑RC/5300958‑5301249
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
