Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F14 I0 R1
|
288 |
178.2 |
7505878 |
98.3% |
7378278 |
147.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
6,135,378 |
A→T |
20.3% |
H430Q (CAT→CAA) |
copA‑II ← |
copper resistance protein A |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 6,135,378 | 0 | A | T | 20.3%
| 195.4
/ 13.2
| 130 | H430Q (CAT→CAA) | copA‑II | copper resistance protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (53/45); new base T (11/18); total (65/65) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.43e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
CGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTATGGTCCATATCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATACCGGCCATGTTGCCGTGG > NC_002947_CJ‑RC/6135230‑6135525
|
cgccTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTATGGTCCATATCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCa < 5:539471/149‑1 (MQ=255)
cgccTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTATGGTCCATATCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCa < 1:743399/149‑1 (MQ=255)
gccTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTATGGTCCATATCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCAt < 5:96187/149‑1 (MQ=255)
ccTTGGTCCAACCCATCCATCCTGCTATGGTCCATATCGGCCATGCCGCCTTTGTCCATCCCATCCATCTTGCTTGTGTCCATTCCGGCCATGCCGCCGTGGGCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGTTCCATGCCGGCCATGCTGCCATg < 2:536283/149‑1 (MQ=17)
cATCCCAGCCATCTTGCTATGGTCCATATCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATcc < 6:459212/149‑1 (MQ=255)
cATCCCAGCCATCTTGCTATGGTCCATATCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATc < 3:711824/148‑1 (MQ=255)
tCCCAGCCATCTTGCTATGGTCCATATCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCa < 5:113342/149‑1 (MQ=255)
tCCCAGCCATCTTGCTATGGTCCATATCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCa < 5:440300/149‑1 (MQ=255)
tCCCAGCCATCTTGCTATGGTCCATATCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCAGCCGTGGTCCATCACAGCCATTTTGCTGTGATCCATTCCGGCCTGGATGACTTGGTCCAtag > 1:891304/1‑145 (MQ=17)
tCCCAGCCATCTTGCTATGGTCCATATCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCAGCCGTGGTCCATATCCGCCATTTTGCTGTGATACATGCCGGCCATGATGCCATGGTCCATcc > 3:317541/1‑147 (MQ=18)
cAGCCATCTTGCTATGGTCCATATCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCCTGGTCCATCACAGCCATATTGCTGTGATCCATTCCGGCCATGCTGCCAAGGTACAtaaaagc > 8:801446/1‑142 (MQ=17)
cAGCCATCTTGCTATGGTCCATATCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGAAGCCGTGGTCCATCACAGCCATTTTGCTGTGATACATCCCGGCCATGATGCCTTGGTAAATACCAGc > 4:401303/1‑148 (MQ=17)
ccATCTTGCTATGGTCCATATCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCAGCCGTGGTCCATCACAGCCATTTTGCAGTGATCCATGCCGGCCATGATGCCATGGTACATCACAGCCAtt > 7:895246/1‑149 (MQ=17)
aTCTTGCTATGGTCCATATCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGACATGCAGCCGTGGTCCATCCCAGCCATATTGCTGTGATCCATGCCGGCCATCATGCCATCGTCCAGGCCAGCAAttat > 4:357732/1‑147 (MQ=17)
gCTATGGTCCATATCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCTATGCAGCCGTGGTCCATCACAGCCATTATGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCTTGGTCCATCCCAGCCAGTTTGCttt > 7:803937/1‑147 (MQ=17)
gCTATGGTCCATATCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGAAGCCGTGGTCCATCACAGCCATATTGGTGTGGTCCATTCCTGACATTAAGCCATGGTCCATCACAGCCATTTTGgtgt > 6:864128/1‑149 (MQ=14)
cTATGGTCCTTATCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCTGCGATCTTGCTGTGGTCCATGTCGGCCTTGCGGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCtgtg < 3:705416/149‑1 (MQ=17)
tGGTCCATATCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGAAGCCGTGGTCCATCACAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCAATGATGCCGTGGTCCATCCCGGCCATGTAGCTgtcgtc > 3:609454/1‑149 (MQ=14)
gTCCATATCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCa < 3:571674/149‑1 (MQ=255)
cttatCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCATCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGc < 5:439864/147‑1 (MQ=255)
cATATCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATg < 5:61835/148‑1 (MQ=255)
cATATCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATg < 7:908628/148‑1 (MQ=255)
cATATCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGc < 2:395194/149‑1 (MQ=255)
cATATCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATATTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGACGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTT‑CTGTTATACATGCCGGCCAAGCTGACATGGTAAATACCAGCCATTTTGGTGTGGTGCATGcc > 2:788234/1‑149 (MQ=17)
cATATCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCAATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGCTCCATCTCAGCCAAATTGCTGTGATCCATGCCGGCCATCCTGCCATGGTCCATCCCAGCCAGTTTGCTGTGGTCCATGc > 3:890117/1‑149 (MQ=17)
atatCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCAGCCGTGGTCCATCACAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGATGCCATGGTCCATCCCCGCCATTTTGCTGTTGTCCATGcc > 6:652318/1‑149 (MQ=17)
tatCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCATCCATTTTGCTGTGATCCATGTCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCg < 2:509250/149‑1 (MQ=255)
atCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATACCgg > 7:222720/1‑149 (MQ=255)
atCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCACAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCTTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCgg > 7:117664/1‑149 (MQ=255)
ccATGCCGCCTTGGTCCATACCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGACGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGATGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCAATGGTCCATCCAAGCCATTTTGCTGTGGTCCATTCCGGTCATg > 7:21867/1‑149 (MQ=17)
tGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTg < 5:100379/149‑1 (MQ=255)
ccgccTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGcc < 6:282957/149‑1 (MQ=255)
gccTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATgg > 6:127436/1‑103 (MQ=255)
ccTTGTTCCATCCCAGACATCTTGCTGTTTTCCATTCCGGCCATTGCGCTTTGGTCCATCTCAGCCATTATGCTTTGTTCCATTCGGGCGATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCTTGCCGGTCTTGTTGCCGTg < 6:613162/149‑1 (MQ=17)
cATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATc < 7:117958/148‑1 (MQ=255)
cATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGAAGCCGTGGTCCATCACAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGATGCCATGGTCCATACCAGCCATTTTGATTTGGTACATACCGAGCATGTAGACTTGGTAAATcc > 8:805636/1‑149 (MQ=17)
aTCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATcc > 2:319285/1‑148 (MQ=255)
aTCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGATGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATcc > 7:679241/1‑148 (MQ=255)
aTCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCAGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATcc > 3:587865/1‑148 (MQ=255)
caatgtaTCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGc < 6:195500/143‑1 (MQ=255)
caatgtaTCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGc < 6:199815/143‑1 (MQ=255)
gCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCAAGCCGGCCATGATGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTAGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCaa > 4:751666/1‑148 (MQ=255)
cgaTCTTGCTGTGGTCCATGACGGCCATGACGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGTCGGCCATGCTGCCTTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCAt < 8:777975/146‑1 (MQ=255)
cATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCTTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCTGCCtttt > 3:376867/1‑149 (MQ=255)
ttGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCAGCCGTGGTCCATCTCAGACATTTTGCTGTGATACATGCCGGCCATGCTGCCATGCTCCATCCCAGCCATTATGCTGTGGTCCAAGCCGGTCATGATGCCGTGGTCCATACCAGCCTTATTg > 2:178278/1‑147 (MQ=17)
gCTGTGGTCCATTACGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCTCATCCATGTTGCTTTGATCCATCACGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCt < 2:273575/147‑1 (MQ=17)
gCTGTGGTCCATGCCCGCCATGCCGCCTTGTTCCATCACAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCTTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCtg < 1:542330/148‑1 (MQ=14)
cTGTGGTCCATGCCTGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGTTCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATTCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCtgtg < 2:572251/149‑1 (MQ=255)
cTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATCCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCtgtg < 5:123813/149‑1 (MQ=255)
tgtgGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCCGCCATATTGCTTTgg > 7:668204/1‑149 (MQ=255)
tgtgGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGATGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCTGGCATTTTGGTGTgg > 5:293601/1‑149 (MQ=255)
gtgGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGGCATGTTGCCGTGGTACATCCCCGCCATTTTGCTGTGGt > 3:684525/1‑149 (MQ=255)
tgGTCCATGACGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGCGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCGGGTCATGTTGCCCTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTc < 5:757999/149‑1 (MQ=255)
tgGTCCATCACGGCCATGCCGACTTTTTCCATCTCAGCCATTATGCTGTTTTCCATGACGGCCATGCTGCCTTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGt < 8:595354/148‑1 (MQ=14)
gTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTcc < 7:4272/148‑1 (MQ=255)
ccATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATg > 2:8016/1‑149 (MQ=255)
cATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCTTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGGAATGTTGCCGTGGTCAATAGCTGCCATATTGCTGTGGTCCAttc > 1:536502/1‑147 (MQ=14)
tGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCTTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTGCATCCCGGCGATTTTGCGGTGGTGCATGCCg > 4:697846/1‑149 (MQ=17)
tGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCg > 3:887514/1‑149 (MQ=255)
gcccgacATGCCGGCTTCGACCATTTCATTAATTTTGATGTTTTCCATGCCGGACTTGCTGCCTTGGTCCATCCCTGACATTTTGCTGTGGTCCATGGCTGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCg < 6:21805/142‑1 (MQ=2)
cATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCAGTGGTCCATGCCGGGCATGTTGCCGTGGTCCATACCAGCCATTTTGCTGTGGTCGAtacaggag > 6:863517/1‑138 (MQ=14)
aTGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGtt > 7:839685/1‑149 (MQ=255)
gccgccGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCACCCATTATGCTGTGGTCCATGCCCGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGACCATGCCGGCCAtcatcc > 3:423779/1‑144 (MQ=17)
ccgccgTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGCTCCATGCCGGCCATGCTGCCTTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGcc < 7:108834/149‑1 (MQ=255)
ccgTGGTCCATCACATCCATTATGCTGTGTTCCATTCCGGCCATGCTGCCTTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTAGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTg < 1:673427/149‑1 (MQ=14)
gTGGTCCATCGCAGGCATTTTGCTTTGGTCCTTTCCGGCCATGCTGCCTTGGTCCATCCCTGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGt < 2:464621/149‑1 (MQ=11)
tCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTCGTCCATCCCAGCAATATTGCATTGGTCAAAGCCGGAAATGATGCAGTCGTACa > 8:14707/1‑148 (MQ=14)
tCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGCTCCATGCCTGCCATGCGGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGCTCCATGCCGGCCATGTCGCCGTGGTCCAt < 7:700912/149‑1 (MQ=11)
ccATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATACCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATc > 3:289391/1‑149 (MQ=255)
cATCTCATCCATATTGCTGTGTTCCATGGCGGCCATGCTGCCTTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCTTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATc < 5:726121/148‑1 (MQ=14)
tcgcAGCCATTTTGCTGTGTTCCATGCCGGCCATGCTGCCTTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATCCCa < 6:589206/146‑1 (MQ=255)
tcccAGCCATTTTGCTGTGTTCCATTGCGGCCATGCAGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATTCCGGTCATGTCGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATCCCa < 1:22696/146‑1 (MQ=14)
tcAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAg > 4:702583/1‑148 (MQ=255)
acccATTTTGCTCTGATCCATCCCGGCCATGCTGACTTGGTCCATACCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATTCCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGc < 5:864128/145‑1 (MQ=14)
aGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGATGTTGTAAATGAAGGCCATGTTGAGGTGGTCCATCGCAGGCa > 2:871280/1‑149 (MQ=14)
aGCCATTTTGCAGTGCTCCATCCCGGCCATGCAGCCTTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCTTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCa < 5:779334/149‑1 (MQ=14)
cATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGACGTGGTCCATACCAGCCATTTTGCAGTGGTCCATGCCGGCATTGTTGCCGTCGTCAATACCAGCCAttt > 5:786925/1‑149 (MQ=17)
aTTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCAATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCAtttt > 7:232049/1‑149 (MQ=255)
aTTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGACATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGATGTGGTCCATGCCGGGCATGTTGAATTTGTCCATAACAGCCAtttt > 6:120129/1‑149 (MQ=14)
tGCTGTGGTCCATGACGGCCATGCTGCCATCGTCCATCCCATCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGACATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCt < 3:257618/148‑1 (MQ=14)
tGCTGTGCTCCATGCCGGCCATGCCGCCCTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGACATGAAGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGATGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCt < 3:828718/148‑1 (MQ=11)
gCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGATGTGGTCCATGCCGGGCATGTTGCCTTGGTCCATGCCAGCAATATTGCAGTGGACCATGCCGGCCATGTTGCCTTGGAGGATACCAGCCATTTTGcatt > 2:622879/1‑146 (MQ=14)
cttttttCCATTCCGGCCATGCTGCCATGGTCAATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCtgt < 6:766714/142‑1 (MQ=14)
ccggtaTCCAAGCCCGCCAAGCTGCCATGTTCCAACCCAGCCTCTTTGCTGTTGTCCCTTCCGGCCATGTTGCCTTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCtgtg < 1:788234/144‑1 (MQ=14)
tgtgATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATCCCACCCATTTTGCTGTgg > 1:10374/1‑149 (MQ=255)
gtgATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCGGTGGTCCATCCCCGCCTTTTTGAtgtcg > 7:564358/1‑146 (MQ=255)
tgATCCATTACGGCGATTATGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTTCTGTGGTCCATGCCGGACATGTTGCCTTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTgg < 1:707308/147‑1 (MQ=14)
tgATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGTGCATACCAGCCATATTGATGTGGTc > 3:321536/1‑149 (MQ=255)
gATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATCCCGGCCATTTTGCTGTGGTc > 1:374668/1‑148 (MQ=255)
aTCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCGATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCTTGTTGCGGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGGTGTGGTCCa > 1:24923/1‑149 (MQ=255)
ccATGCCGTCCATGCTGCCATGGTCCATCCGAGCCATTTTGCTGTGGTTCATGCCTGCCATGTTGCCTTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATa < 8:21867/149‑1 (MQ=14)
ccATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATa > 1:796004/1‑149 (MQ=255)
cccagtccAAGCCGCCTTGGTACATTCTATCCATTTTGCAGTCTTCAATGATGTCCATGACGCCTTGGTCCATCCCAGCCATATTGCTGTGGTCCATGACGGCCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATACCg < 4:393120/143‑1 (MQ=2)
gCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATACCGGACAAGATGCCGTGGTCCATCCCAGCCATATTGCTGTGGTCAATTCCGTCATAGTTGCCTTGGTCCAACCCACCCATATTGCAGTGGACAATAccacaaaa > 6:682336/1‑143 (MQ=9)
ccATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGACATGTTGCCGTGGTCCATCACAGCCATTTTGCTTTGGTCCATACAGGCCATg > 1:291794/1‑149 (MQ=255)
tgccgcCCTGGTACATCCCAGCCATCTTGCTTTGTTCCATTACGGCCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATACCGGCCATGTTg < 8:148131/149‑1 (MQ=11)
tgcCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATACCGGCCATGTTGCCg > 7:47532/1‑149 (MQ=255)
agcCTTGGTACATCTCAGCCATTTTGCTCTGCTCCATTGCGGCCATGTAGCCTTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATTACGGCCATGATGCCTTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATACCGGCCATGTTGTCg < 7:108191/148‑1 (MQ=11)
cATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTTTGGTCCATACCGGCAATGTTGCCGTgg > 3:375109/1‑149 (MQ=255)
cATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCAGTGGTCCATACCGGCCATGTTGCCGTgg > 8:644124/1‑149 (MQ=255)
|
CGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTATGGTCCATATCGGCCATGCCGCCTTGGTCCATCCCAGCCATCTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGCCGCCGTGGTCCATCTCAGCCATTTTGCTGTGATCCATGCCGGCCATGCTGCCATGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGTCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGTTGCCGTGGTCCATCCCAGCCATTTTGCTGTGGTCCATACCGGCCATGTTGCCGTGG > NC_002947_CJ‑RC/6135230‑6135525
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
