Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F11 I1 R1
|
56 |
79.5 |
3383150 |
98.4% |
3329019 |
146.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
4,635,852 |
A→C |
V4G (GTC→GGC) |
uvrY ← |
BarA/UvrY two‑componenent system response regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 4,635,852 | 0 | A | C | 98.4%
| 212.5
/ NA
| 61 | V4G (GTC→GGC) | uvrY | BarA/UvrY two‑componenent system response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base C (30/30); minor base G (1/0); total (31/30) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGCCGGGGCTTGGC > NC_002947_CJ‑RC/4635706‑4635997
|
tcAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGccc < 2:390168/149‑1 (MQ=255)
aGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGcccc > 8:399802/1‑148 (MQ=255)
caACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATc < 7:366845/149‑1 (MQ=255)
aaCGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATc > 8:134970/1‑148 (MQ=255)
aaCGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATc > 2:393444/1‑148 (MQ=255)
gTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGc < 3:110716/149‑1 (MQ=255)
tCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACGCGCCGGAGTCTCCCTCACCCCCCGCCTGCAGGCCGTCGATGTCGGGCAACGTCCGTGTAATACCGGGTCGTTCAAGATCTTGATCAGCGAGCCCTAAGGCCCTAATCAAg > 2:385272/1‑147 (MQ=255)
ccGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGca > 1:238924/1‑148 (MQ=255)
cGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGcaca < 4:367734/149‑1 (MQ=255)
aGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCg > 3:116986/1‑149 (MQ=255)
aGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCg > 8:211513/1‑149 (MQ=255)
cTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGt > 6:167840/1‑148 (MQ=255)
ggCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAgg > 2:268136/1‑149 (MQ=255)
ggCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAgg < 8:402022/149‑1 (MQ=255)
gCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAggg > 4:213503/1‑149 (MQ=255)
tttCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGAtt < 3:62467/149‑1 (MQ=255)
tttCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGAtt < 5:236547/149‑1 (MQ=255)
tCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTg < 7:204151/148‑1 (MQ=255)
aGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGa < 2:39461/148‑1 (MQ=255)
tGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATcc > 3:311735/1‑149 (MQ=255)
gACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGcc < 5:26256/149‑1 (MQ=255)
tCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCAcc > 1:228947/1‑149 (MQ=255)
cGGAATCTCCCTCCCCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATAGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCATaa > 8:395042/1‑149 (MQ=255)
cGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCAAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTaa < 8:119664/149‑1 (MQ=255)
gAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAAc > 8:46504/1‑148 (MQ=255)
ccTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAAt < 1:393444/146‑1 (MQ=255)
cTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAAtttt > 3:207234/1‑148 (MQ=255)
tCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAAttttt > 1:129478/1‑148 (MQ=255)
acccaccACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTc < 4:311735/147‑1 (MQ=255)
acccaccACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCa < 6:171291/148‑1 (MQ=255)
acccaccACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCa < 2:20902/148‑1 (MQ=255)
acccaccACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCa < 7:428123/148‑1 (MQ=255)
ccaccaCCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCATGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACgg > 7:204887/1‑149 (MQ=255)
accaccTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTg < 2:53578/149‑1 (MQ=255)
ccaccTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTgg < 6:286119/149‑1 (MQ=255)
gCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGAACATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGAtt < 1:27469/108‑1 (MQ=255)
gCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGAACATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGAtt > 2:27469/1‑108 (MQ=255)
cAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAAc > 1:8535/1‑149 (MQ=255)
gTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTg > 1:223659/1‑149 (MQ=255)
tCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGc > 1:394606/1‑149 (MQ=255)
tGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGcttcc < 7:134970/149‑1 (MQ=255)
tCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGAc > 4:166052/1‑149 (MQ=255)
cGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACt < 4:116986/148‑1 (MQ=255)
tgtAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGAc < 4:286975/149‑1 (MQ=255)
tgtAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGAc < 2:8535/149‑1 (MQ=255)
gtAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCTTCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACg > 1:414867/1‑149 (MQ=255)
aTACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTc < 1:268136/149‑1 (MQ=255)
aCCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATAAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGa > 5:415014/1‑149 (MQ=255)
ccGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGa < 1:149520/148‑1 (MQ=255)
cGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGa > 8:392767/1‑147 (MQ=255)
ggctCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCAAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAg < 8:119734/146‑1 (MQ=255)
cGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTaa < 2:223659/148‑1 (MQ=255)
gTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGc < 5:167840/149‑1 (MQ=255)
aCCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAATCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGGGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCgg > 4:102668/1‑149 (MQ=255)
ccAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGc > 2:317911/1‑149 (MQ=255)
cAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGcc > 1:196053/1‑149 (MQ=255)
atcatcGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTAttt > 2:61620/1‑149 (MQ=255)
tcatcGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGAAGGGCGATTGGATCCCGCCCCCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTg > 5:399748/1‑149 (MQ=255)
atcGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGcc > 5:321098/1‑149 (MQ=255)
tcGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGCCg < 5:268656/149‑1 (MQ=255)
tcGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGCCg < 2:381316/149‑1 (MQ=255)
cTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGCCGGGGCTTg > 6:176603/1‑149 (MQ=255)
aaGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGCCGGGGCTTGGc < 1:185255/149‑1 (MQ=255)
|
TCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGCCGGGGCTTGGC > NC_002947_CJ‑RC/4635706‑4635997
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGCCGGGGCTTGGCG > NC_002947_CJ‑RC/4635703‑4635998
|
CCATCGGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21305:2392:16997/1‑151 (MQ=60)
CATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11109:17904:9212/1‑151 (MQ=60)
ACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCA < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21512:16639:19368/151‑1 (MQ=60)
CGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCA < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11207:23419:18001/151‑1 (MQ=60)
TCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCAC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21104:11010:11088/1‑150 (MQ=60)
CAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGT > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11208:6503:18491/1‑151 (MQ=60)
GTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTG < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11111:8497:16258/151‑1 (MQ=60)
GTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTG < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21404:8933:13878/151‑1 (MQ=60)
TTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11610:10515:9852/150‑1 (MQ=60)
GTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21207:13621:19675/1‑151 (MQ=60)
gccgacatcgacggcctgcaggtggtgggtgagggagattccggcgaGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11307:24479:16714/48‑151 (MQ=60)
CGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCA < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11405:21059:10299/151‑1 (MQ=60)
CTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCT > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21102:9736:18291/1‑151 (MQ=60)
CCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATT < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21308:4803:2165/148‑1 (MQ=60)
CCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTT > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11311:8122:11280/1‑150 (MQ=60)
CTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11209:10318:18531/1‑150 (MQ=60)
CACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCAC < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21611:1388:12959/150‑1 (MQ=60)
CCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCATGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGT > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11610:12489:12429/1‑151 (MQ=60)
TGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGAACATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTG < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11105:9785:6867/110‑1 (MQ=60)
GCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACG > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11102:2560:7960/1‑151 (MQ=60)
CGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21102:5369:3351/1‑151 (MQ=60)
GTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCT > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21308:5151:5918/1‑151 (MQ=60)
ATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCT < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11510:12533:13812/151‑1 (MQ=60)
TGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCTTCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGT > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21311:17193:17627/1‑151 (MQ=60)
AATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCG < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21109:24022:10193/151‑1 (MQ=60)
TACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATAAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGAC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21611:15312:11567/1‑151 (MQ=60)
ACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGAC < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11301:16083:6582/150‑1 (MQ=60)
CGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCG < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11605:20846:3953/151‑1 (MQ=60)
CCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCG > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11309:3979:8767/1‑151 (MQ=60)
ATCATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGAAGGGCGATTGGATCCCGCCCCCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21608:13423:15885/1‑151 (MQ=60)
CATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGCCG > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21507:25876:14998/1‑151 (MQ=60)
ATCGACCACTAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGCCGG < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21410:16597:10388/151‑1 (MQ=60)
ATAAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGCCGGGGCTTGGC < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21212:15527:4128/151‑1 (MQ=60)
AAGCCCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGCCGGGGCTTGGCG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21606:8760:14333/150‑1 (MQ=60)
|
CCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGCCGGGGCTTGGCG > NC_002947_CJ‑RC/4635703‑4635998
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
