Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F84 I10 R1
|
267 |
426.1 |
13521957 |
97.0% |
13116298 |
150.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,541,261 |
C→T |
A102V (GCT→GTT) |
fimB → |
tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,541,261 | 0 | C | T | 98.3%
| 1434.0
/ 7.3
| 416 | A102V (GCT→GTT) | fimB | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/3); new base T (220/187); total (226/190) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.10e-01 |
Only 100 of 416 total aligned reads displayed.
GATTGAGGATTTCGGATATTGATCTTAAGGCAAAGTGTATATATATCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGCTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCATCCGCACATGTTACGCCATTCGTGTGGTTTTGCTTT > NC_000913/4541114‑4541408
|
gATTGAGGATTTCGGATATTGATCTTAAGGCAAAGTGTATATATATCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTga < 2:1128801/151‑1 (MQ=255)
aTTGAGGATTTCGGATATTGATCTTAAGGCAAAGTGTATATATATCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTgag < 5:785544/151‑1 (MQ=255)
ttGAGGATTTCGGATATTGATCTTAAGGCAAAGTGTATATATATCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTg > 1:1441732/1‑148 (MQ=255)
tGAGGATTTCGGATATTGATCTTAAGGCAAAGTGTATATATATCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTgag > 8:349379/1‑149 (MQ=255)
ggATTTCGGATATTGATCTTAAGGCAAAGTGTATATATATCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGa < 8:1637041/151‑1 (MQ=255)
ttCGGATATTGATCTTAAGGCAAAGTGTATATATATCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTg < 1:565796/150‑1 (MQ=255)
tCGGATATTGATCTTAAGGCAAAGTGTATATATATCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTggg > 3:430888/1‑151 (MQ=255)
gtatatTGATCTTAAGGCAATGTGTATATATATCCATCGTTTAAAAATATGCTTTTGAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGATCTAGTTGGTa < 1:1143411/149‑1 (MQ=255)
ggATATTGATCTTAAGGCAAAGTGTATATATATCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGt > 2:160646/1‑150 (MQ=255)
ggATATTGATCTTAAGGCAAAGTGTATATATATCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGt > 3:302480/1‑150 (MQ=255)
gATATTGATCTTAAGGCAAAGTGTATATATATCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTAt < 2:270315/151‑1 (MQ=255)
tGATCTTAAGGCAAATTTTATATATATACATAGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCAGATATTGAATAAAGAAGTTAAGGCTTTAAAAAACTGTTTTAGTATCCGTACTTATTACAAGCATGTTGAGATCGAGGTGGGAttttt > 4:386812/1‑150 (MQ=255)
tAAGGCAAAGTGTATATATATCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTAt < 7:406546/146‑1 (MQ=255)
tAAGGCAAAGTGTATATATATCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACg < 8:1546363/150‑1 (MQ=255)
aaaGTGTATATATATCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAgggg > 4:12446/1‑151 (MQ=255)
aaaGTGTATATATATCCATCGAGTAAAAAAAGGCTTGTCACCAACGCACCCGCTATGGCATAAAGAAGGTCAGGCGTTAAAACACTGGTTGAGTAGCCGTACTGCGGCCCCGCAGGATGAGAGCGAGGGGGTCTTGTTAGCACGTAAgggg > 2:85679/1‑151 (MQ=255)
gtATATATATCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATcc < 1:1298204/151‑1 (MQ=255)
tatatataTCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCg > 8:1295903/1‑151 (MQ=255)
atatatatCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCg < 4:690152/150‑1 (MQ=255)
atatatatCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCg < 5:1641910/150‑1 (MQ=255)
atatatCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCtt > 3:1366655/1‑151 (MQ=255)
atatatCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCt < 6:1279354/150‑1 (MQ=255)
atatatCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCt < 8:1178040/150‑1 (MQ=255)
tatCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTtct > 4:1508472/1‑151 (MQ=255)
tatCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTtct > 2:345678/1‑151 (MQ=255)
atCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTtctc < 1:312873/151‑1 (MQ=255)
ccATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCgg > 2:721678/1‑151 (MQ=255)
ccATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCgg > 5:1592256/1‑151 (MQ=255)
ccATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCg < 6:442554/150‑1 (MQ=255)
ccATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCg < 8:862598/150‑1 (MQ=255)
aTCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGc > 7:1317148/1‑150 (MQ=255)
cGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAAc > 2:194603/1‑151 (MQ=255)
agATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGATTTAAAAAACTGGTTGAGTATCAGTACTTCGTAACCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATAACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAAc > 3:981754/2‑151 (MQ=255)
gATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAAc > 5:204712/1‑150 (MQ=255)
tAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGtt > 5:1514044/1‑151 (MQ=255)
tAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGtt > 6:1030450/1‑151 (MQ=255)
aaaaaaaGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCAGGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGttt < 7:793927/151‑1 (MQ=255)
aaaaaaaGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGttt > 7:1236227/1‑151 (MQ=255)
aaaaGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTAc > 3:1272304/1‑151 (MQ=255)
aaaGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTAcc > 3:1074163/1‑151 (MQ=255)
aGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCat > 6:1557200/1‑151 (MQ=255)
ggCTTTTCAAGAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCata < 2:1475728/151‑1 (MQ=255)
ggCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCata < 7:305090/151‑1 (MQ=255)
gCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGGATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCatat < 2:569862/151‑1 (MQ=255)
gCTTTTCAAAAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCatat > 6:1386102/1‑151 (MQ=255)
tttCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCAtatt < 2:1428052/149‑1 (MQ=255)
caaccaCGCACCCGCTATTGAATATAGAAGTTCAGGCTTTAAAACACAGGTGGAGTATGCGTAGTTGGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTACGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTAtctc < 6:1689906/151‑1 (MQ=255)
caacaaCTCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCATGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTAtctc < 6:717477/151‑1 (MQ=255)
caacaaCGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTAtctc < 7:468302/151‑1 (MQ=255)
caacaaCGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTAtctc > 7:1437568/1‑151 (MQ=255)
aacaacGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCg > 1:87203/1‑151 (MQ=255)
acaacGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACGATATTATCTCg > 6:1166348/1‑150 (MQ=255)
caacGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGAc < 1:1347745/151‑1 (MQ=255)
cGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTc > 5:301729/1‑151 (MQ=255)
ccACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGATTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCTCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTcc < 1:1023139/150‑1 (MQ=255)
cACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCg < 7:1503744/151‑1 (MQ=255)
cccGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAATACTGGTTGAGTATCCGTAGTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCggt < 6:793014/151‑1 (MQ=255)
ccGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCggtg < 5:1065925/151‑1 (MQ=255)
gCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCggtggt > 5:467718/1‑151 (MQ=255)
gCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCggtggt > 7:1144649/1‑151 (MQ=255)
aTTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAAt > 8:266658/1‑151 (MQ=255)
tGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATg < 4:545446/150‑1 (MQ=255)
gAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGc < 1:236867/150‑1 (MQ=255)
aaTAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCg < 3:1539175/151‑1 (MQ=255)
aTAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCgg > 1:835171/1‑151 (MQ=255)
aTAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCgg < 7:616684/151‑1 (MQ=255)
aaaGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGt > 5:117660/1‑151 (MQ=255)
gaagTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGt < 3:1652914/151‑1 (MQ=255)
caagTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGt < 7:547011/150‑1 (MQ=255)
aagTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTc > 7:103217/1‑151 (MQ=255)
ttCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACt > 3:803708/1‑151 (MQ=255)
aGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTgg > 7:1565534/1‑150 (MQ=255)
tttAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGAtt > 6:408673/1‑151 (MQ=255)
tttAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGAtt > 3:269961/1‑151 (MQ=255)
tttAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGAtt > 8:492849/1‑151 (MQ=255)
ttAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGAtt < 7:901564/150‑1 (MQ=255)
aaaaaaCTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCAt > 7:232705/1‑151 (MQ=255)
aaaaaaCTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATGTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCa < 4:896120/150‑1 (MQ=255)
aaaaaCTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCATc > 2:409993/1‑151 (MQ=255)
aCTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCATCCGca < 2:1086148/151‑1 (MQ=255)
aCTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCATCCGc > 6:1134411/1‑150 (MQ=255)
tGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCATCCGCACATGtt > 1:1581856/1‑151 (MQ=255)
gTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCATCCGCACATGTTACg < 5:854654/151‑1 (MQ=255)
tCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCATCCGCACATGTTACGcc > 4:1298021/1‑150 (MQ=255)
tACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCATCCGCACATGTTACGCCATTCg > 1:702974/1‑151 (MQ=255)
tACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCATCCGCACATGTTACGCCATTCg > 8:1046821/1‑151 (MQ=255)
aCTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCATCCGCACATGTTACGCCATTCgt < 2:432989/151‑1 (MQ=255)
aCTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCATCCGCACATGTTACGCCATTCgt > 8:709704/1‑151 (MQ=255)
aCTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCATCCGCACATGTTACGCCATTCg < 8:427567/150‑1 (MQ=255)
cTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCATCCGCTCATGTTACGCCATTCgtg > 6:871729/1‑151 (MQ=255)
cTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCATCCGCACATGTTACGCCATTCgtg > 3:617665/1‑151 (MQ=255)
ttCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCATCCGCACATGTTACGCCATTCgtgt > 5:56785/1‑151 (MQ=255)
ggTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCATCCGCACATGTTACGCCATTCGTGTgg < 4:586615/150‑1 (MQ=255)
cGTACCGGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGCATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCATCCGCACATGTTACGCCATTCGTGTgg < 4:1131890/151‑1 (MQ=255)
cGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCATCCGCACATGTTACGCCATTCGTGTgg > 4:1069367/1‑151 (MQ=255)
aCCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCATCCGCACATGTTACGCCATTCGTGTGGttt < 2:794725/151‑1 (MQ=255)
aCCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCATCCGCACATGTTACGCCATTCGTGTGGtt < 1:50189/150‑1 (MQ=255)
cccGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCATCCGCACATGTTACGCCATTCGTGTGGtttt > 1:1660150/1‑151 (MQ=255)
ccGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCATCCGCACATGTTACGCCATTCGTGTGGTTTTg < 5:1339742/151‑1 (MQ=255)
gCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCATCCGCACATGTTACGCCATTCGTGTGGTTTTGCt < 1:1494796/151‑1 (MQ=255)
|
GATTGAGGATTTCGGATATTGATCTTAAGGCAAAGTGTATATATATCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGCTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCATCCGCACATGTTACGCCATTCGTGTGGTTTTGCTTT > NC_000913/4541114‑4541408
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
