Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F9 I0 R1
|
113 |
83.2 |
1840812 |
91.6% |
1686183 |
224.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,242,926 |
T→C |
13.6% |
E52G (GAG→GGG) |
ldcA ← |
murein tetrapeptide carboxypeptidase, LD‑carboxypeptidase A |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,242,926 | 0 | T | C | 13.6%
| 157.5
/ 2.2
| 69 | E52G (GAG→GGG) | ldcA | murein tetrapeptide carboxypeptidase, LD‑carboxypeptidase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/34); new base C (10/2); total (33/36) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.84e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGCTACCAGCATGGGGCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGT‑CCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCT > NC_000913/1242688‑1243164
|
tGCTACCAGCATGGGGCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCAGGCGCAAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGT‑CCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGct < 1:118113/239‑1 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGT‑CCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGCTGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑ccc > 1:299991/1‑238 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGT‑CCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAATGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCCCGGAAAACCAGCCCGATGGGGGTGGGGGGAGTCAGCCCGGCCAGGGAATTTAGATCTTCCAGACCCCCCGTTTCCGAA‑ccc > 1:864958/1‑238 (MQ=255)
cTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGT‑CCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTAAAGCCAGCCCGATGGGGTTGGGGGTAGGCAGCCTGGCAAGGGAATTGGGAATTTCCAAAAGCCCGGTTTCCGTA‑ccccccaa > 1:840304/1‑234 (MQ=255)
cTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGT‑CCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTGGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGTGGGAGTCAGACTGGCAAGGGGATTGAGAACTTCCAGACGCCCTGTTTTCGTA‑CACGCaaa > 1:409861/1‑239 (MQ=255)
atgaCATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGT‑CCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑ACCGCAAAAAGcaccca > 1:726223/1‑234 (MQ=255)
tgaCATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGT‑CCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAAAAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCCAGATGGGGTTGGGGGAAGTCCGGCTGGCAAGGGAATTGGGAATTTCCACACCCCCTGTTTCCGGACCCCCCAAAACGccaaaa > 2:774024/1‑234 (MQ=255)
cATTGCAAGGCGCCAGAATGCCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGC‑CCGAAAATGAGAAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAacga < 1:802902/239‑1 (MQ=255)
tGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGT‑CCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGGGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGACCTTCCCGAGGCCCGGTTTCCCTA‑CCCCCAAAACGCCCCCAACAACgg > 1:189603/1‑239 (MQ=255)
tGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGT‑CCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGGGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCCGCACGATGGGGTTGGGGGTAGGCAGTCTGGAAAGGGAATGGAGATCCTCCCAACGACTGGTTTCCGGA‑CCCCCAAAAAGC‑CACaaaagaagg > 2:614644/1‑232 (MQ=255)
gaagaCCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGT‑CCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCCCCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGGAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGGAGGCAGTCTGGCACGGGAATTGAGAGCTTCCAGACCTCCGGTTTCCGTA‑CCCCCAAAACCCCCCCAAACACGGGCAAAAACCCCg > 2:707079/1‑239 (MQ=255)
gccaggAATGGCGGTAAAAGCG‑TTTGTCCCGCAAGTGGGCCAGGGGTCAGGTTGTCGCCGCGCCACCAGGCCCTGCCGGTAAATGT‑CTTCCAGTAAACGACTGGAACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGTGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTAt < 2:409861/234‑1 (MQ=255)
gcatggAATGGCGGAAAAATCGCTATGT‑CCGCAAATGAGCAACGGGTCAGTTTGTTGGCGAGCCCCCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTAt < 1:774024/234‑1 (MQ=255)
tGAATGGGGGTAAAGTCGCTATGT‑CCACAAAGGGGCCAGGGGTCTTGTTGTTGGCGAGCCACCATTGCCTGCCAGTCAATAT‑CGGCCAGGAAACGGCTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGAc < 1:420384/239‑1 (MQ=255)
gAATGGCGGTAAAATCGCTATGT‑CCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGGCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGCCTGGCAAGGGAATTGGGAGCTTCCAGACGGCCTGTTTCCGTA‑CCCCCAAAAAGCTCCCAACGACGGGCAATaaaccgtctcttatacac > 1:492626/1‑222 (MQ=255)
aaaaGCGCTTTGG‑CCGCAAATGGGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCcg < 1:707079/239‑1 (MQ=255)
cggCAAAGGAGCAACGGGTAATGGTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACGGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGgcg < 1:346104/237‑1 (MQ=255)
aGCAACGGGTCATGCTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCCCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGCTCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCCCAACGACGGGCAATAACCTCCACGTTTTTGACTTGTTGCCCCCCGCAGGGAAGACGCCGGAAAcc > 2:346104/1‑239 (MQ=255)
gaCGGGTAAGGTTTTGGGCGAGCCCCCGGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAACCGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACg < 1:163631/238‑1 (MQ=255)
cGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCATCACGATGGAGTTGGGGGGAGCCAGTCTGGCAAGGGAATTTCGATCTTCCAGACGCCCTGTTTCCGTA‑CCCGCAACACGCTAACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTCCTCGCCTTGATGCCCCGCGCCGGAAAGGCGCTGGATACCaacca > 2:629851/1‑235 (MQ=255)
cGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGCAAAGGGAATTGAGTTCGTCCAGAACCCCTGTTTCCGCA‑CCCGCAAAACGCTCCCAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTTATGCCCCCCCTGGGACAGGCGTTGGAAACCAccgc > 2:694887/1‑236 (MQ=255)
tgttgGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTg < 1:601545/239‑1 (MQ=255)
ttgGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCGGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCCCGCCGTTATTGACTTGATGCCCCGCCCCGGGAAGGGCCGGGATACCCCCCAGCCCGGCGGGcg > 2:601545/1‑238 (MQ=255)
tgGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACACCGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAGGGCGCTGGATACCACCCACCGCGGGGt > 2:913257/1‑235 (MQ=255)
ggCCTCCAGTCCCTGCCAG‑CACTGTCCTGCCAGGAGTGGAGTGGCGCCGAAGCCGCCGTGTACAGCCAACTCGATGGGGTTGGGGGTAGTCAGTCGGGCAAGGGAATTGAGACCTCCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCCCAACGACGGGCAATAACCTCGACATTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTaa < 2:793163/238‑1 (MQ=255)
cgtgtctctctttcaaaTCT‑CGGCAAGTAAACGCCTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGt < 2:224247/224‑1 (MQ=255)
tgccAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGcgcg < 1:873010/213‑1 (MQ=255)
tgccAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGAAACCACGCAGcgcg > 2:873010/1‑213 (MQ=255)
ccAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGAAGCACGGCGTGATGTTTAATTAAGTAACCCGGTg > 2:688873/1‑239 (MQ=255)
tat‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGGGGGCGGTTTAATGAGGTAACCCGTTGGGGCCAtt > 2:828450/1‑239 (MQ=255)
gCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGCCTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTg > 1:630823/1‑239 (MQ=255)
gCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGCTGGGGCAATTAAGTg > 1:212872/1‑239 (MQ=255)
ccAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCCCAACGCCGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGCCGGTAAGGCGCTGGATCCCCCCCAGCGCGGCGGGCGGTTAAATGCAGAAACCCGATGGGGCACTAAAGGGa > 2:155067/1‑239 (MQ=255)
ccAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGGGCTGTTTAATGCAGAAACCCGAGGGGGCAATAAAGGGa > 2:556289/1‑239 (MQ=255)
aacggactgggCACC‑TAACCGCCGCGTACAGGCAGCACGGTGGGGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACa < 1:660276/229‑1 (MQ=255)
cGACTGGCACCTGAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAgaga < 1:357496/239‑1 (MQ=255)
cacccgcggGGTACGGCCGGCACGATGGGTGTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTTGTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTcc < 2:726223/236‑1 (MQ=255)
gtgTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAAGTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTGCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGACAATAACCACGACGGTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGac < 1:106032/237‑1 (MQ=255)
gcgTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGGCGGTAAGGCGCTGGATACCCCCCAGCGCGGCGGGCTGTTTAATCCAGTAACCCGATGGGGCAATTAATGGAAACAGGAACATGGAAAtccatttgtgaa > 2:779104/1‑228 (MQ=255)
gTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGacaa < 1:155067/239‑1 (MQ=255)
ctcgctctgtGGTTTTGGGGGTGGTCCGGCTGGAAAGGGAATTGAAATCCTCCAGACGCCTTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGaaa < 2:840304/230‑1 (MQ=255)
cactaCGTTGGTGTTGGGGGTTGTCAGTTTGGCAAGGGAATTGAAATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGGCGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAAc < 2:630823/235‑1 (MQ=255)
gcACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCCATTCCTTGCTGACACCAGAAACGa > 1:186824/1‑239 (MQ=255)
gcACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAAGGAAATGGAAATTCCTTGCTGACAaaagaaaaga > 2:787072/1‑239 (MQ=255)
aCGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGGTCTGGTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACg < 1:445280/236‑1 (MQ=255)
aCGATGGTGTTGGGGGTAGGTAGTTTGGCAAGGGAATTGAGATCCTCCAGACGCTCTGGTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCGCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGaa < 1:64011/238‑1 (MQ=255)
cggtttggtTGGGGGTTGCCAGATCGGCAAGGGAATTGAAATATTCCCACCCCTCTGGTTCCGTA‑ACCCCAAAACCGTCACGACGAAGGGAAATAACCTCGCCGTTATTGAGTTGATGCCCCTCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCAAACAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAAt < 2:699708/232‑1 (MQ=255)
cggtGGTGTTGGGGGTGGGCAGGCTGGCAAGGGAATTGAGAACTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGAAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTAGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAAt < 2:578832/236‑1 (MQ=255)
ttGGGGGTTGTCAGTCGGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGTCCTGTGTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCa < 2:67498/239‑1 (MQ=255)
ttGGGGGTATTCAGGTTGGCAAGGGAATTGAGGTCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCa < 2:212872/239‑1 (MQ=255)
tGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGa < 1:477556/227‑1 (MQ=255)
tGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCa < 1:779104/238‑1 (MQ=255)
tGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAAAGa > 2:477556/1‑227 (MQ=255)
gggggTAGTCAGTCTGGCCAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTT‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATg < 1:629851/239‑1 (MQ=255)
ggTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGcc > 1:519727/1‑238 (MQ=255)
agtcagtcTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCtt > 1:5941/1‑239 (MQ=255)
agtcagtcTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTAACAACAGAAACGAAATGAATATAATGCGGCtt > 1:280022/1‑239 (MQ=255)
agtcagtcTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGCCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCCGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACagaaaagaaaagaaaataaagccacta > 2:572152/1‑222 (MQ=255)
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ttCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGAAAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCCCTTAGGTGTGCCGTTGTACCCTCAAAGGc > 2:755511/1‑238 (MQ=255)
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tctGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTCCTGACAACAGAAACGAAATGTATATAATGCCGCTTAGGTGTGCCGGTGTAACCACAACGGGGAATCCAggga > 2:290973/1‑237 (MQ=255)
|
TGCTACCAGCATGGGGCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGT‑CCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATAT‑CTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTA‑CCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCT > NC_000913/1242688‑1243164
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
