Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F9 I0 R1
|
131 |
136.1 |
2723430 |
98.1% |
2671684 |
229.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,947,830 |
T→G |
18.5% |
N46T (AAC→ACC) |
hdfR ← |
flhDC operon transcriptional repressor |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,947,830 | 0 | T | G | 18.5%
| 287.3
/ 12.5
| 114 | N46T (AAC→ACC) | hdfR | flhDC operon transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/73); new base G (20/2); total (39/75) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.45e-11 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
AAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTG‑CTGACT‑GGGT‑CAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAAC‑TT‑CCA‑GG‑AAAG‑TTTTTAACAATTCCGT‑ATCCACAGTGCTCTCCGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAATGTTTTGTTTTACACTCTGTCAAGCGTAACTAATACTCCGCGCCATAACTAGCTCGGTCAA > NC_000913/3947605‑3948065
|
aaGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑GAAAAGGTCAC‑cccccatgg > 2:1217950/1‑234 (MQ=255)
tATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGGTCAC‑ACCCCGCTGAattta > 2:318571/1‑237 (MQ=255)
aTGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCa < 1:58415/239‑1 (MQ=255)
tGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑GAAAAGTTGTA‑ACCCAGTTGTGTTTTCAg > 2:1136738/1‑239 (MQ=255)
cATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGCGGGGT‑G‑AAAAGGTCCCC‑ACCCAGTGGTTTTTctgttgt > 2:839588/1‑233 (MQ=255)
cATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTGTAC‑ACCCCGTTGTtttttccttttt > 2:787550/1‑231 (MQ=255)
tCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCt < 1:122377/239‑1 (MQ=255)
tttGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGG‑G‑GAAAGAGTAAC‑ACCCCGATGTttttttatgtttgttttttca > 2:1210907/1‑222 (MQ=255)
tACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCt < 1:352597/239‑1 (MQ=255)
tACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCt < 1:787550/239‑1 (MQ=255)
tACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCt < 1:160664/239‑1 (MQ=255)
aaGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCAc < 1:156096/239‑1 (MQ=255)
aaGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGGTTAA‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTTTCTTATTCGAAAACtt > 1:1246593/1‑236 (MQ=255)
gTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCActg < 2:346045/237‑1 (MQ=255)
cccAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTG‑CTGa < 1:1158110/239‑1 (MQ=255)
cccAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTG‑CTGa < 2:1167265/239‑1 (MQ=255)
cccAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTG‑CTGa < 2:1152502/239‑1 (MQ=255)
cccAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTG‑CTGa < 2:521655/239‑1 (MQ=255)
cccAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTG‑CTGa < 2:370136/239‑1 (MQ=255)
ccAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGG‑G‑AAAAGGTTCTC‑CACCAGGTGGTTTTTCAGTTGTTTGGTTTGATAgacaccttgcga > 2:484454/1‑227 (MQ=255)
cAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTG‑CTGACt < 1:96473/239‑1 (MQ=255)
cAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTG‑CTGACt < 1:740816/239‑1 (MQ=255)
cAGCCACTGAATAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTG‑CTGACt < 2:1316309/239‑1 (MQ=255)
aataaggcaaccgtCCCACATAGAGGCGCTGGCGCCGATAGAAAACGCGTTATGGAGTGAGGGATGCGCCCCCTCCGTGCGGGCGGCCTTCCAGGTGTGCATTAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTGTATGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATGTTCCAGTTCTCTGATTCGAAAGCTCACTT‑CTGACT‑GGGT‑CAGa < 2:1234693/225‑1 (MQ=255)
aGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCCGTTGATTTTTCCGTTTTCTGATTCTAAAACTCACAG‑CTGCCT‑GGGT‑CAGGTacga > 1:16731/1‑236 (MQ=255)
gCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑GAAAAGGTCAA‑CCCCACTTGATTTTTTCGTTGTCTTGTTTGGAAAATCACTG‑CTGACT‑GGGG‑CAGATAGAGc > 2:640830/1‑239 (MQ=255)
cATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGCGGGGG‑G‑AAAAGGTT‑AC‑ACCCCGTTGATTTTTCAGTTGTTTGATTCGAAAACTCACTT‑CTGGCT‑ggggttgatcgagctgtt > 2:539798/1‑223 (MQ=255)
cATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGG‑G‑GAAAAGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTTCAGTTGTTTGATTTGAAAGCTCACTG‑CTGACT‑GGGT‑CAGATAGAGGGATTc > 1:582531/1‑239 (MQ=255)
cccACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGG‑G‑CAAAGGGTCAC‑ACCCACGTGATTTTTCAGTTGTCTTATTTGAAAGGTCACTG‑CCGACA‑GGGT‑CAGATTGAGCGATTTAGcc > 1:479879/1‑239 (MQ=255)
aacaACGAGGCCCAGGCCACGATATAAAACTCGCTAGTAGGTGAGGTATGCGTCTCTACATTCCGGGCGGCATGCCAGGTGGTCCTGAGCGCTTCTCCATATGGCGGGAGGTTTTGCCCGGCACTGGTTAACCGGATATTGTTTTTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAACGTTCAC‑GGGCAGTTGATTTTCCGGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTG‑CTGACT‑GGGT‑CAGATAGAGCGATTCAGCCGc < 2:922480/238‑1 (MQ=255)
aCGATGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGGTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTG‑CTGACT‑GGGT‑CAGATAGAGCTATTCAGCCGCTcta < 2:89225/239‑3 (MQ=255)
gcgcTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGG‑G‑AAAAGGGTTAC‑ACCCCGGTGATTTTTCAGTTGTCTGATTTGAAAACTCACTG‑CTGACT‑GGGTACAG‑TAGAGCGGTTTACCCCCTCGCCCcaa > 1:786409/1‑239 (MQ=255)
tGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTG‑CTGACT‑GGGT‑CAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGa < 2:102614/239‑1 (MQ=255)
cGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑GAAAAGATTAC‑ACCCCGGTGGTTTTTCATTTTTTTGATTCGCAAGCTCACTG‑CTGGCT‑TGGT‑CAGATAGAGGGGTTTAGACGCCCGACCCAAATGAcgcgg > 2:558910/1‑237 (MQ=255)
aaaaCTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGGTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTG‑CTGACT‑GGGG‑CAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGATCGGCTa > 1:1059540/1‑239 (MQ=255)
aaaCTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCTCCTCCTTACGGGCGTCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTG‑CTGACT‑GGGT‑CAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGCt < 2:410724/237‑1 (MQ=255)
tATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAAGGTCAC‑ACCCCGTTGGTTTTTCAGTTGTTTGATTTGAAAGCTCACTG‑CTGACT‑GGGT‑CAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAAAGACGCGTTCGGCTAAC‑TT‑CCacg > 1:838607/1‑237 (MQ=255)
aTGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTG‑CTGACT‑GGGT‑CAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAAC‑TT‑CCA‑GG‑a < 1:422948/239‑1 (MQ=255)
aTGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTG‑CTGACT‑GGGT‑CAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAAC‑TT‑CCA‑GG‑a < 1:192342/239‑1 (MQ=255)
tATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTG‑CTGACT‑GGGT‑CAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAAC‑TT‑CCA‑GG‑AAAG‑TTTTTaa < 1:380475/238‑1 (MQ=255)
tATGCGCCACCTCCTTACGGCCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTG‑CTGACT‑GGGT‑CAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAAC‑TT‑CCA‑GG‑AAAG‑TTTTTaa < 1:1354130/238‑1 (MQ=255)
aTGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGGTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTG‑CTGACT‑GGGT‑CAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAAC‑TT‑CCA‑GG‑AAAG‑TTTTTAACa < 2:859145/239‑1 (MQ=255)
tGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGTGG‑AAAAGGTT‑AA‑ACCCCGTTGATTTTTTCGGTGTCTGGTTTGAAAACGCAATG‑CTGGCC‑GGGG‑CAGAGAGAGCGATTCCGCCGCTCGTCCCAAATGAAGCGATGGGCTAACATT‑CCA‑GG‑AAAG‑TTTTTagaa > 2:454753/1‑236 (MQ=255)
tGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑GAAAGGGTCAC‑ACCCCGTTGGTTTTTCCGTTGTTTTGTTTGCAAGCTCACTT‑CTGAGT‑GGGG‑CCGATAGGGGGGATCAGCCGCCCGGCCAAAAGGACGCGGTCGGGTGAC‑TT‑CCC‑GG‑AAAGATTTTTaaaa > 2:447553/1‑237 (MQ=255)
gcgcCACCTCCTTACGGGCGGCCTACCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTG‑CTGACT‑GAGT‑CAGATAGAGCGATGCAGCCCCTCGACCAAAGTTACGCGTACCGCTAAC‑TT‑CCA‑GG‑AAAG‑TTTGTAACAAt < 2:1150403/239‑1 (MQ=255)
gcCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTG‑CTGACT‑GGGT‑CAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAAC‑TT‑CCA‑GG‑AAAG‑TTTTTAACAATTc < 1:316883/239‑1 (MQ=255)
gcCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTG‑CTGACT‑GGGT‑CAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAAC‑TT‑CCA‑GG‑AAAG‑TTTTTAACAATTc < 1:1269188/239‑1 (MQ=255)
aCCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTG‑CTGACT‑GGGT‑CAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAAC‑TT‑CCA‑GG‑AAAG‑TTTTTAACAATTCCGt < 1:640830/239‑1 (MQ=255)
cctcctTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGGTCAC‑ACCCAGTTGATTTTTCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTG‑CTGACT‑GGGT‑CAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAAC‑TT‑CCA‑GG‑AAAG‑TTTTTAACAATTCCGT‑a > 1:1011364/1‑239 (MQ=255)
ctTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGG‑G‑AAAAAGGTCAC‑ACCCCGTTGATTTTTCAGTTGTTTGATTTGAAAACCTACTG‑CTGACT‑GGGG‑CCGAATAAGCGGTTTAGCCGCCCGGCCCAAATGAAGCGGTCGGGTAAC‑TT‑CCC‑GG‑AAAA‑GTTTTTACAATTCCggtatc > 1:940576/1‑233 (MQ=255)
aCGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑GAAAAAGGTTC‑C‑ACCCAGTTGATTTTTCCGTTGTCTGGTTTGAAAGCTCACCG‑CTGACT‑GGGT‑CAGATAGAGCGGTTCCGCCGCCCGACCAAAAGGACGCGGTCGGCTAAC‑TT‑CCA‑GG‑AAAG‑TTTTTAACAATTCCGT‑ATcccccg > 1:784334/1‑235 (MQ=255)
gcggcCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAAGGTTAC‑AACCAGGTGATTTTTCCGTTGTTTGGTTTGAAAACTCCCTG‑CTTGCT‑GGGT‑CAGATAAAGGGAGTCAGGCGGCCGACCCAAAGGACGGGGGTGGCCAAC‑TTCCCA‑GG‑AAAG‑GTTTT‑ACAATTTCAG‑ATCcacacagc > 2:252310/1‑234 (MQ=255)
cggcCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑GAAAAGTTTAA‑ACCCCGATGATTTTTCATATTTCTGGTTCTAAAACTCACTG‑CTGTCT‑GGGT‑CAGATAGAGAGATTCAACCGCCCGACCAAAGGGACGCGTTCGGGTAAC‑TT‑CCA‑GG‑GAAG‑GTTTTAAAAATTTCGC‑ATCCACAATGc > 1:967494/1‑237 (MQ=255)
gcCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAAGTTCACAACCCAG‑TGATTTTTCCGGTGTCTGGTTTGGAAGATCACTG‑CTGACT‑GGGG‑CAAGTAGAACGGATTAACCCCCCGGACAAAAAGAAGGGGTTGGCCAAC‑CT‑TCA‑GG‑AAAG‑ATTTTTACAAATTCGTAATCCACAGtctcc > 2:1353417/1‑234 (MQ=255)
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|
AAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTG‑CTGACT‑GGGT‑CAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAAC‑TT‑CCA‑GG‑AAAG‑TTTTTAACAATTCCGT‑ATCCACAGTGCTCTCCGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAATGTTTTGTTTTACACTCTGTCAAGCGTAACTAATACTCCGCGCCATAACTAGCTCGGTCAA > NC_000913/3947605‑3948065
|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
