Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F17 I0 R1
|
66 |
109.4 |
2318666 |
93.6% |
2170271 |
226.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,268,879 |
G→T |
15.0% |
E239* (GAA→TAA) |
kdsA → |
3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonate 8‑phosphate synthase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,268,879 | 0 | G | T | 15.0%
| 171.2
/ 2.8
| 63 | E239* (GAA→TAA) | kdsA | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonate 8‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/47); new base T (8/2); total (14/49) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.44e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AGTGATTCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTCTGCGTTAAGACTTTTTTCATGGGTGCCGGATACAAAAAAGGCCGCAGGCTGTTACC > NC_000913/1268650‑1269109
|
agggtttCTTTGCGATCGCGGTGCTACCTGCGGCTATGCCAACCTGGTTGTCGTTATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCCCGCACTGCAATGCCGCGATCGGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCatc < 2:116878/234‑1 (MQ=255)
aGTGATTCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGGGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCatc < 1:612733/239‑1 (MQ=255)
gATTCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCatcc < 1:517311/237‑1 (MQ=255)
tCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAAGTCTGGGGGGGGTG‑CTTATTTaaaggccatcggaa > 1:774121/1‑226 (MQ=255)
gCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGCGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGGTG‑TTTTTTGTAgcgcgacccgccccgga > 1:548469/1‑225 (MQ=255)
gTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGaa < 1:416353/238‑1 (MQ=255)
tCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGGCTGGCGGGGGTG‑TTTTTTTTAGCGCATCCGGATCC‑GGGAAATGCGAAATGGGATGGt > 1:746540/1‑239 (MQ=255)
ggCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑GTTTTTGAAACGCATCCGGGTCC‑GGGAAATGCGGAATGTGATgggc > 1:927284/1‑236 (MQ=255)
tGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTTGCGGGGCCG‑GTTTTTTGAGCGCAACCGGGTCC‑GGGACATGCGAAATGTGATGGGCCATcc > 1:1155287/1‑238 (MQ=255)
tGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGGGGGGGTG‑TTTTTTTAAGCGCCTCCGGGTCC‑GGGACAAGCGGAATGTGATGGTCCATcc > 1:492810/1‑238 (MQ=255)
cAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCcgcg < 1:245306/238‑1 (MQ=255)
ccTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGAAGGTCTGGGGGGGCTG‑TTTTTTGGAGTGCATCCTGATAC‑GGGACCAGTGGAAAGGGATGGTTCATTcgcggtt > 1:322246/1‑235 (MQ=255)
cgggTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGcc < 1:1075734/237‑1 (MQ=255)
tgtttGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATAAGGAAAGTGTCGGGGAACTCGCCGGTGATTTCCGACGTGACCCCCGCCCTGCAATGCCACGACCCGTTTGGCGCAGTGTCCGGTGGTCGTCGTCCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGATCCGTCCGCGCTGCCg < 2:140644/236‑1 (MQ=255)
tGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCg < 1:455528/239‑1 (MQ=255)
tGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGGCTGGCGGGGGCG‑TTTTTTGAAGGGCATCCGGGTCC‑GGGACATGCGGAAAGTGGTGGGTCCTCCGCGCTGCCGcct > 1:124983/1‑236 (MQ=255)
gTCTATCTGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAACTGTCTGGTACCTCGCCGGTGATTTTCGACGAGACCCACGCACTGCAGTGCCGAGATCGGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGc < 2:759118/239‑1 (MQ=255)
cGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTGTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCt < 1:234043/238‑1 (MQ=255)
tGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGGGTGGCGGGGGTGTTTTTTTAAAGGGCA‑CCGGGTCCGGGAACTGGGGAAAGGGGTTGGT‑CACCCCCGCTGCCTCTGGCTcaaacg > 1:457056/1‑236 (MQ=255)
tggggctcacgctttATGAAGAATTTGTCTGGTCTCTCCGCTGTGATTTTCTACTGAACCCCACCTTTGCAACGCCGCGATCCGTTTGGCCGAGCTTCCGGTTGTGCTGGTCCTTAGGTGGCTGACTTGGGAGGAGCCGTTATGACGGTAGTTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGGATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGCTCCACCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTgg < 2:631938/225‑1 (MQ=255)
gggCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑GTTATTTAAGCGCATCCCGGTCC‑GGGACATGCGCAATGTGATGGGCCCTCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACCggga > 1:1002552/1‑236 (MQ=255)
gcgcgtggtttAGGAAGAAAGGGCCTGGTAACTGGCCGGTTATTGACGACGTGACCCACGCACGGCATGGCCGCGAGCCGTTTGGCGCAGGTTCCGGTGGTCGGCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAAcc < 2:122738/229‑1 (MQ=255)
gCTTCAGCATTATGAAGAAAGGGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCTCGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAAcc < 1:703645/238‑1 (MQ=255)
tttaggaaagagtttgtgtgTAACTCCCCGGGTGTTTTCGTCGTGCCCCACCCCCTGCAATCCCGCATTCGTTTTGGCGCAGCTTCATGTGTTCGGCGTGCTCAGGTGGCTGTGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCaa < 2:930784/220‑1 (MQ=255)
ttATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCg < 1:161637/212‑1 (MQ=255)
tATGAAAAAAGTGTCTGGTAGCTCGCCAGTGATTTAGTACGTGACCCTCGCGGTGCAATGCCGCGTTCCTTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCGCGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGc < 2:846174/239‑1 (MQ=255)
tgtCGGGTAACGGGACGGTGGTTTTAGAGGTGAGTCTCGCTCTGTAACGCCGGGTTGCGTTTGGCGCAGCGTCCGGTGGTGGGCGTGCTCAGGTGGCTGAGCAGGCACGAGGCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑AGAACATGCGAAATGTGAGGGTCCAGCCTCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGCCCGGTACCTCAAGCAGATGAAAGc < 2:548469/238‑1 (MQ=255)
gtCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGc < 1:572372/237‑1 (MQ=255)
tcTCGCCGGTGATTTTGGACGTGGCCCACGCACGGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGGCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTgatgat < 2:862231/238‑1 (MQ=255)
acccGCCGGTGATTTGCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTgatgat < 1:302921/236‑1 (MQ=255)
aCTCGCCGGGTATTTTCGACGTGACCCACGCATTGCAAGGCCGGGACCCGTTTGGCGAAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGTGCGGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTgatgat < 2:675325/239‑1 (MQ=255)
ttCGACGTGGCCCACGCACGGCAATGCCGGGAGCCTTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGGGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGttt < 2:608806/239‑1 (MQ=255)
cGACGTGACCCACGCACGGCAAGGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCg < 1:675339/239‑1 (MQ=255)
gcccccCGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCGGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCgaagaa < 2:492810/236‑1 (MQ=255)
aCTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCa < 1:496912/239‑1 (MQ=255)
aTGCCGGGTTCTGTTGGGCCCGGGTCCGGGTGGTGGTCGTGCTCAGGTGGCTTAGCGTGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGTGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑CGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGt < 2:376334/239‑1 (MQ=255)
cgATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGGTG‑TTTTTTTAAGCGCATTCGGGTCC‑GGCACATGCGGAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGGACCGGTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGGTCTGGGGAAAGGTTTTGGAGAAATGGAT‑ACACGCAAGGAATCtt > 1:121701/1‑239 (MQ=255)
cgATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGGTG‑TTTTTTTAAGAGCCACCGGATCC‑GGGACAAGGGGAAATAGGTGGTCCCTCCGCCCTGCCGCCGGCTTAACTGGGACCCGCTCTCAAACAGCTTAAAGCGCTTGTGGTTCTGGGGAAAGGGTTCTACGAAATGGATAACCAGC‑AGTACTCtt > 2:200738/1‑239 (MQ=255)
tGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTg < 1:646912/239‑1 (MQ=255)
gacgCTGCCGGTGGTCGCAGTGCTGAGGGGGGTGTGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGTTGTCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGaaa < 2:774121/235‑1 (MQ=255)
gtctCCGGTGTTCGCGGTGCCCAGGGGGCTGAGCTGGCACGAGTCGGTATGGCGGTAGGTGTGGCGGGGCTG‑TTGATGGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCGCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATa < 2:598915/236‑1 (MQ=255)
ggtcccGGTGGTCGCCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGGCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGGCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATa < 2:1155287/235‑1 (MQ=255)
tgccGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATa < 1:4432/235‑1 (MQ=255)
tgccGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TGTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATaa < 1:193682/236‑1 (MQ=255)
gtcgtGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGtt < 1:170896/239‑1 (MQ=255)
tggtGCTCAGGTGGCTGAGGTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTc < 1:566167/237‑1 (MQ=255)
cgtGCTCAGGTGGCTGGGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTc < 1:320072/238‑1 (MQ=255)
cgtGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCCCGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTc < 1:188062/238‑1 (MQ=255)
cgtGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTTGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTc < 1:273714/238‑1 (MQ=255)
cgtGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTc < 1:821679/238‑1 (MQ=255)
cgtGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTc < 1:819567/238‑1 (MQ=255)
cgtGCGCAGGTGGCGGAGTTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTc < 2:1002552/238‑1 (MQ=255)
taGGTGGGTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTATGTCTGGCGGGGCTG‑GTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTCTGCGtt < 2:746540/237‑1 (MQ=255)
gTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGGCTTGCGGGGGTG‑TTTATTTAAGCGCCACCGGATCC‑GGGACATCCGAAATGTGGTGGTCCATTCCCGCTGCCCCTGGCTAAACTGGAACCGGTCCCCCAACCGATGAAAGCGCTTTGTGATATGGTGTAAGGGTTCGAAGAACAGTGT‑ACCCGCACGTAATCTTTTTTGTTTTGAAAATACAATATTAGAGTTTTGCGTTaat > 2:67498/1‑237 (MQ=255)
gCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTCTGCGTTAAGACtttttt < 1:312006/238‑1 (MQ=255)
cACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTCTGCGTTAAGACTTTTTTCATgg < 1:315801/238‑1 (MQ=255)
gCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTCTGCGTTAAGACTTTTTTCATGGGTGcc < 2:927284/238‑1 (MQ=255)
tCTGGCGTGGCTG‑TTTATATAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTTATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGTCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTCTGCGTTAAGACTTTTTTCATGGGTGCCGGATACAAAAAAGGCCg < 2:322246/238‑1 (MQ=255)
cTGGCGGGGCTG‑TTTATTTAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTCTGCGTTAAGACTTTTTTCATGGGTGCCGGATACAAAAAAGGCCGc < 2:425957/238‑1 (MQ=255)
cTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTCTGCGTTAAGACTTTTTTCATGGGTGCCGGATACAAAAAAGGCCGCa < 2:124983/239‑1 (MQ=255)
tGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTCTGCGTTAAGACTTTTTTCATGGGTGCCGGATACAAAAAAGGCCGCAg < 1:1040172/239‑1 (MQ=255)
tGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTCTGCGTTAAGACTTTTTTCATGGGTGCCGGATACAAAAAAGGCCGCAg < 1:1019563/239‑1 (MQ=255)
ttATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTCTGCGTTAAGACTTTTTTCATGGGTGCCGGATACAAAAAAGGCCGCAGGCTGTTAcc > 2:1091130/1‑236 (MQ=255)
|
AGTGATTCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTCTGCGTTAAGACTTTTTTCATGGGTGCCGGATACAAAAAAGGCCGCAGGCTGTTACC > NC_000913/1268650‑1269109
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
