Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F9 I0 R1
|
103 |
124.7 |
2465218 |
97.5% |
2403587 |
230.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,784,899 |
A→C |
9.6% |
V39G (GTG→GGG) |
yibN ← |
putative rhodanese‑related sulfurtransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,784,899 | 0 | A | C | 9.6%
| 381.0
/ 8.0
| 139 | V39G (GTG→GGG) | yibN | putative rhodanese‑related sulfurtransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (60/63); new base C (2/14); total (62/77) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.66e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
CCAGCTTTCGTCAGTGCGTTTGCAGGCTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATACCTGCGCGGTGCGGCAAATACAGCCAGCGCGTTAACTGGAATGCAATTTTGCGGGGCGCGACGA > NC_000913/3784662‑3785130
|
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gCTTTCGTCAGTGCGTTTGCAGGCTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCt > 2:15724/1‑238 (MQ=255)
tttCGTCAGTGCGTTTGCAGGCTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCtt < 1:918383/237‑1 (MQ=255)
cGTCAGTGCGTTTGCAGGCTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACtt > 1:1022017/1‑239 (MQ=255)
tGCGTTTGCAGGCTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTCCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAgg > 1:145511/1‑239 (MQ=255)
gTTTGCAGGCTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTTTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCa < 1:626635/239‑1 (MQ=255)
tttGCAGGCTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAg < 1:1024363/239‑1 (MQ=255)
tttGCAGGCTCCTGGCACTGCAGGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCGCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCa < 2:129054/238‑1 (MQ=255)
gttGCAGGGTCCTGGCACTGCATGCCAGAAACGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCa < 1:1182327/237‑1 (MQ=255)
ttGCAGGCTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAgg < 1:529633/239‑1 (MQ=255)
ttGCAGGCTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAgg < 2:445274/239‑1 (MQ=255)
ttGCAGGCTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAgg < 1:909456/239‑1 (MQ=255)
ttGCAGGCTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAgg < 2:155676/239‑1 (MQ=255)
ttGCAGGCTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAgg < 1:477028/239‑1 (MQ=255)
ttGCAGGCTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAgg < 2:1081768/239‑1 (MQ=255)
ttGCAGGCTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGAGCTTCTCAAGCTCACCAACATAGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACAACAGCGTCTTCTTTGTTGATCATACCCGTCGCTTCACCTCGAGTAATCCACTT‑CACTTTCGAGGTcgt > 1:132552/1‑236 (MQ=255)
ttGCAGGCTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGGTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAg < 1:1184198/238‑1 (MQ=255)
ttGCAGGCTACTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTGTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATGAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCCCCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAg < 2:929265/238‑1 (MQ=255)
ggCTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCtt > 2:1184191/1‑239 (MQ=255)
ggCTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCtt > 2:1106640/1‑239 (MQ=255)
cTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGCGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTaa > 1:178774/1‑239 (MQ=255)
cTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGctct < 2:115027/236‑1 (MQ=255)
cTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTaa > 2:1181750/1‑239 (MQ=255)
tGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCGACAACCACAGCGTCTTCTTGGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCCCCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTCAAATGCAGTcac > 1:1031116/1‑239 (MQ=255)
cATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACaa > 1:498727/1‑239 (MQ=255)
aTGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAg > 2:1036312/1‑239 (MQ=255)
acccctttccgaCGATTACCGATTTGTTTTGGTGCTGCTCAAGCTCACCACCTTTGTTGGCTTTGTTGTCGCTCGGAAACAGATTAATAGACCCTGCGATATGGCCTTTGCGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACACCCACAGCGTCTTCTTTTTTGATCAGAAGCGTAGCTTCACCAGGAGTAATCACCTT‑CCCTTTCGAGATCAGCCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGcc < 1:798434/228‑1 (MQ=255)
aCCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGc < 2:710700/237‑1 (MQ=255)
tACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTa > 1:795022/1‑239 (MQ=255)
ccACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCGAAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCGGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCCCCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAAc < 1:982924/239‑1 (MQ=255)
cactatgaccgtttgttttttGTTGTTATCAAGCCGCCCAACTTTGTTGGTTTTGATTCCGCCCTGCAACAGATTAATACACCCTGCTATCTGGCCTTTAGGGAATTTAACCCGCGGCCGTAAATCCACAACCACACCGTCTTCTTTGTTGATCAGACTCGTAGCTTCACCACGAGTATTCCCCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACACAGTCACAAGATCCGCCACCAGTAAcg < 1:1106640/221‑1 (MQ=255)
cGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAAcg < 2:957358/237‑1 (MQ=255)
cGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAAcg > 1:957358/1‑237 (MQ=255)
aTAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGa > 1:1159106/1‑238 (MQ=255)
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aaCCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATcc < 2:369273/239‑1 (MQ=255)
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tCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACt < 1:1058986/239‑1 (MQ=255)
tCTTTGGGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTAATTTCGCGCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGCCGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTAAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACt < 1:153069/239‑1 (MQ=255)
attttgtctctctcAATCTCACAATCATTTTTGTCTTTGATTTCTCTCGGCGACAGATTAATAGAACCTGCTATATGGCTTTTCCGGAAGTCACCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCCCCACGAGTAATCCCCGT‑CACTTCCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAGCCGCCTCCAGTAACGCGATCCAGGCGATACt < 1:353060/229‑1 (MQ=255)
ctctttgactccacagtcccccAACATTGTTGTTGTGGTTTGCGTTCGGCAACAGATTAATATACCCGGCCATTTGGCCTTTATGGAAGTCACCGCGCTTACGTAAATCCCCACCCGCAGCGTCTTCTTTTTTGATCAGACGCGTAACTTCACCACGAGTAATCCACTC‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGATCCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATCCt < 1:638024/218‑1 (MQ=255)
cTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCACCATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCCCCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACt < 1:1174032/238‑1 (MQ=255)
gtgCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCCGGCGATACTCAGTa > 2:285757/1‑239 (MQ=255)
tgCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTAt > 2:1054876/1‑239 (MQ=255)
tgCCTCTCAAGCTCACCAACATTTTTCGCTTTGTTTTAGCTCGGCATCAGTTTCATAGAACCTGCGCTATGGCCTTTACGCAAATCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCATACCGACTTCTTTATTGAGCAGACGCGTAGCTTCACCACGACT‑CTCAACTTCCACTTTGATGGTCAGACTCTTAACTGTACTCACACGAACCGCGCCCCTTCACGCGATACAGCTCATACTCCGTa > 1:906001/1‑238 (MQ=255)
tctcAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGa > 2:500591/1‑239 (MQ=255)
tctcAAGCTCACCAACATTGTTCGCTGTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACACCGTCTTCTTTGTTGATAAGACGCGTCGCTTCACCCCAAGAACTCAACTT‑CACTTTAGAGATCAGGCTCTATAACGAAGTCACAAGAACCGCCACAAGTAACGCGTTCCAGGCGTATCTCAGTATGGGa > 1:99421/1‑239 (MQ=255)
ctcAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGACCCTCCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAACCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTGCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGAt < 1:215450/239‑1 (MQ=255)
cACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACTGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGCTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATCACGGcga > 2:602688/1‑237 (MQ=255)
ttgGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAATAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGCCGATACTCAGTATGGGATAACGGCCAACAAATTGcct > 1:224428/1‑237 (MQ=255)
ttgGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATa < 1:700128/207‑1 (MQ=255)
tttGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAAtt > 1:1123535/1‑238 (MQ=255)
ttGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTc < 2:145511/239‑1 (MQ=255)
tGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAAAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCt < 2:44720/239‑1 (MQ=255)
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ttccccTCGGAAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAATTCATCCCGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTg < 2:975342/233‑1 (MQ=255)
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aaCAGATTAATAGAACCCGAGATAGGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCGGACGAAAATCCCCAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAACCACCTT‑CACTTTCGAGGCCAGCCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTaa < 1:752796/239‑1 (MQ=255)
ttAAGAGACCCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACCTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGACCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCCCCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTaaca < 1:15981/235‑1 (MQ=255)
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ccTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAg > 1:67266/1‑239 (MQ=255)
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ggAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGaa < 2:67266/239‑1 (MQ=255)
ggAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGAGCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGaa < 2:696427/239‑1 (MQ=255)
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aGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGGAACAACTCCCGACGGAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAgg > 2:838611/1‑239 (MQ=255)
catccCGCTGACGTAAATCCACACCCACAGCTTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTATCTTCACCCCGAGTAATCACCTT‑CCCTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAg < 2:303673/238‑1 (MQ=255)
atcaCGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAACAAAACCAGGAAAGGAGta > 2:31087/1‑239 (MQ=255)
atcaCGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGta > 2:578349/1‑239 (MQ=255)
atcaCGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGta > 1:1175778/1‑239 (MQ=255)
aacgcccTGACGTAAATCCACAACCACAGCTTCTTCTTTTTGGATCAGAGCCGTAGATTACCCACGAGAAATCCCCTT‑CACGTTGGAGGAAAGGCTCTAAAACGTAGTCACAAGAGCCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGGCGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGta < 1:833363/233‑1 (MQ=255)
gCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATggggg > 2:293559/1‑189 (MQ=255)
gACGTAAATCCACAACCCCAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGCCGCGTAGCTTCACCTCGAGTAATCCCCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATACCTgcg < 2:808261/239‑1 (MQ=255)
gACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATACCTgcg < 2:885735/239‑1 (MQ=255)
ccggtcaaTCCACACCGACGGCTGCTCCTTTGTTGATCGGACGCGTAGCTTCACCACGAATAACCACCTC‑CACTTGCGAGGTCAGGCTCAGAACCGTCGTCACAAGAGCCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCACGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATACCTgcg < 1:838611/233‑1 (MQ=255)
acaacccACATCCACACCGTCTTTTTTGTTGATAAGCCGCGTAGCTGCACCACGAGAAATCACCTT‑CACTTTCGAGTTCAGGCTGTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATACCTGCGCGGt < 1:290785/234‑1 (MQ=255)
cccACACGCAAAGCGTGTATTTTGTTGATCCGAAGCGGAGTTTGCCGAGGAGTAAGCACCTT‑CACGTACGAGGTAAGGCTCTTAAGCGTGGGCAAAAGACCCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGGATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGGATACCTGCGCGGTGCgg < 1:883123/238‑1 (MQ=255)
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aGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATACCTGCGCGGTGCGGCAAATAcagcc > 2:732773/1‑239 (MQ=255)
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ggttgATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATACCTGCGCGGTGCGGCAAATACAGCCAGCGCGTTAAc < 2:459671/238‑1 (MQ=255)
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cacGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATACCTGCGCGGTGCGGCAAATACAGCCAGCGCGTTAACTGGAATGCAATTTTGCGGGGcgcg > 2:568299/1‑239 (MQ=255)
aGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGCCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATACCTGCGCGGTGCGGCAAATACAGCCAGCGCGTTAACTGGAATGCAATTTTGCGGGGCGcgacga > 1:749297/1‑239 (MQ=255)
|
CCAGCTTTCGTCAGTGCGTTTGCAGGCTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTCTCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTT‑CACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATACCTGCGCGGTGCGGCAAATACAGCCAGCGCGTTAACTGGAATGCAATTTTGCGGGGCGCGACGA > NC_000913/3784662‑3785130
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
