Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F28 I0 R1
|
140 |
172.9 |
3477528 |
97.9% |
3404499 |
226.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
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position |
mutation |
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gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,784,899 |
A→C |
11.3% |
V39G (GTG→GGG) |
yibN ← |
putative rhodanese‑related sulfurtransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,784,899 | 0 | A | C | 11.3%
| 481.9
/ 8.4
| 178 | V39G (GTG→GGG) | yibN | putative rhodanese‑related sulfurtransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (86/66); new base C (2/22); total (88/90) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.02e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
TTTCGTCAGTGCGTTTGCAGGCTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATACCTGCGCGGTGCGGCAAATACAGCCAGCGCGTTAACTGGAATGCAATTTTGCGGGGCGCGAC > NC_000913/3784667‑3785128
|
tttCGTCAGTGCGTTTGCAGGCTCCTGGCCCTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCtt < 2:1295855/237‑1 (MQ=255)
cGTCAGTGCGTTTGCAGGCTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACtt > 1:1321000/1‑239 (MQ=255)
cAGTGCGTTTGCAGGCTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCg < 2:1148368/239‑1 (MQ=255)
ttGCAGGCTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAg > 1:405365/1‑238 (MQ=255)
ttGCAGGCTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAg < 2:1515789/238‑1 (MQ=255)
ttGCAGGCTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAg < 1:441936/238‑1 (MQ=255)
tGCAGGCTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAg > 2:26140/1‑237 (MQ=255)
ccTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAAc < 1:893688/239‑1 (MQ=255)
gCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTACACGTAGTcaca > 2:472614/1‑239 (MQ=255)
gCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTcaca > 1:265891/1‑239 (MQ=255)
aaCCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGcc > 2:657191/1‑239 (MQ=255)
ccGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGccac < 2:210674/239‑1 (MQ=255)
tCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAACCGTAGTCCCAAGAGCCGCCACCAg > 1:981293/1‑239 (MQ=255)
tCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAg > 2:706122/1‑239 (MQ=255)
tCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAg > 2:1143208/1‑239 (MQ=255)
tCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAg > 2:482627/1‑239 (MQ=255)
tCTACCACGACAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAg > 2:751139/1‑239 (MQ=255)
cTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCCCTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGt < 2:1331272/239‑1 (MQ=255)
tACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTGCGAGGTCAg < 1:48785/204‑1 (MQ=255)
cACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCCCTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAAcg < 2:781842/239‑1 (MQ=255)
tAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGAt > 1:498690/1‑238 (MQ=255)
acccGGTTTGTCTTT‑TGCCTCACCAAGCCCCCCACCTTTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTCCGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACACCCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCCCGAGTAATCACCTCCCCTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATcc < 1:305475/237‑1 (MQ=255)
cGGTTTGTCTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAgg < 2:299107/239‑1 (MQ=255)
tGTCTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGGGATATGGCCTTTACGAAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATa < 2:1664512/239‑1 (MQ=255)
tCTTTGTTCTGC‑ACAAGCTCACCAACATTGTGGGTTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCTTAGCTTCACCACGAGTAATCTCCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTAAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAAcg < 1:1381218/223‑1 (MQ=255)
tCTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATAc > 1:1626263/1‑238 (MQ=255)
tCTTTGTGCTTC‑TAAATCTCACCAACATTGTTGGCTTGGATTTCGCCCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCCCGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCTTAGCTCCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGTCGATACt < 2:62591/239‑1 (MQ=255)
cTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCCCCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACt < 2:405365/238‑1 (MQ=255)
cTTTGGGTTGC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCTCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTTCGGAAGTCATCCCGCTGACTTAAACCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATAAGCCGCGTAGCTTCACCACGAGTAACCACCTTCACTTGCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACt < 1:530782/238‑1 (MQ=255)
cTTTGGCCTTC‑CAAAGCTCATCAACATTTTTGGCGTTTATTTCGCCCGGCACCGGATAAATAGAACCCGCGATAGGACCTTGCCGGAAGGCACCAAACAGACGGAAATCCCCAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGAACAGCGGCGTGGCTTCACCAGGAGTAATCCCGTTCACTTCCGAGGTCAGTCTCTTAAACTTAGGCACAAAAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACt < 1:1639529/238‑1 (MQ=255)
tgCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTAt > 2:1621410/1‑239 (MQ=255)
tc‑tcAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCATACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTAACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACAGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATggg > 1:740298/1‑238 (MQ=255)
tc‑tcAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGCACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGa > 1:935472/1‑239 (MQ=255)
gCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACg > 2:140420/1‑238 (MQ=255)
ccAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCcaac > 2:1468315/1‑239 (MQ=255)
cAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCcaaca < 2:273208/239‑1 (MQ=255)
aCATTGTCGGCTTGGATTTCGCTCCGCAACAGATTAATAAAACCTGCGATATGGCCTTTCCGGAAGTCATCCCGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTTTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCCCCACGAGTAATCACCTTCCCTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACaaa < 1:1143208/239‑1 (MQ=255)
ttgttgGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAAtt > 1:1471591/1‑238 (MQ=255)
tgttgGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGc < 2:688211/239‑1 (MQ=255)
ttgGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACt < 2:788923/209‑1 (MQ=255)
ttgGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACt > 1:788923/1‑209 (MQ=255)
ttgGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCAt > 2:1626725/1‑239 (MQ=255)
ggCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAg > 1:1357475/1‑153 (MQ=255)
ggCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAg < 2:1357475/153‑1 (MQ=255)
ggCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATaa > 1:661704/1‑239 (MQ=255)
ttGATTTCGCTCGGCAACAGATTAGTAGATCCTGCGATATGGCCTTTACGGAACTCACCACGCAGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCTTAGCTTCACCACGAGTAATCGCCTTCACTTGCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTc < 2:1119655/239‑1 (MQ=255)
ttCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCa < 2:1626263/239‑1 (MQ=255)
ttCGCTCCGCAAAAGATTAAAAGACCCTGCGAAAGGGCCTTTCCGGAAGTCACCACGCTGACGTAAATCCACACCCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCa < 1:1621410/239‑1 (MQ=255)
gacGCTCGGCAACAGATAAATAGACCCTGCGATATGCCCTTTCCGGAAGTCACCCCGCTGACGTAAATCCACAACCTCAGCGTCTTCTTTGTTGATAAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAACCACCTCCACTTTCGAGGTAAGGCTTTAAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCa < 1:354866/237‑1 (MQ=255)
aaCAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCCCCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTaa < 2:199886/239‑1 (MQ=255)
aaCAGATTAAAAGACCCGGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGAAAATCCACACCCACAGCTTCTTCTTTGTTGACCAGACGCGTAGCTTCCCCACGAGTAATCCCCTTCACTGTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTaa < 1:47898/239‑1 (MQ=255)
aTTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGTGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTaacaac > 1:1222669/1‑238 (MQ=255)
aTAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCg > 2:1009222/1‑239 (MQ=255)
ccTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAgg > 1:403314/1‑166 (MQ=255)
ccTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATa > 1:636782/1‑171 (MQ=255)
ccTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACg > 2:1281705/1‑188 (MQ=255)
ccTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATgggg > 1:955424/1‑219 (MQ=255)
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ccTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAg > 1:250/1‑239 (MQ=255)
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gCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGtata > 2:421449/1‑236 (MQ=255)
tGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATACCTgc > 2:230347/1‑239 (MQ=255)
acttAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTATTGATCAGCCGCGTAGATTAACCACGAGTAAGCCCCTGCTCTTTCGAGGTCAGGCTCTAAAACGTAGACACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATACCTgcg < 1:381452/235‑1 (MQ=255)
aCGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATACCTgcgc > 2:665093/1‑239 (MQ=255)
aTCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATACCTGCGCGGTGCg > 1:707155/1‑239 (MQ=255)
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accccaacaaCGGCTTTTTCTTTTTTGACCAGACCGGTAGCTTCACCACTAGTAACACCCATCACTTCCGAGGTCAGGCTTTTAAACGTAGGCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATACCTGCGCGGTGCgg < 1:994473/235‑1 (MQ=255)
caACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATACCTGCGCGGTGCGGCaaa < 2:551314/239‑1 (MQ=255)
caACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGACTCACCACGAGGAATCCCCTTCACTTTCGAGCTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCGCCAGTAACGCGGTCCAGCCGATACTCAGTATGGGATGCCCGCCAACAAATTGCATAAGTTATTGCATGGGGTGGAACAACTCCCGACGCAGTGATTTAAAAAACCATGAAAGGAGGATACCTGCGAGGTGCGGCaaa > 1:1045927/1‑239 (MQ=255)
aaCCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATACCTGCGCGGTGCGGCAAAt > 2:1474624/1‑239 (MQ=255)
gTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATACCTGCGCGGTGCGGCAAATAcagcc < 1:1441553/236‑1 (MQ=255)
tcttctTTGTTGATCAGAAGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGACCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGCAACAACTCCAGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATCCCTGCGGGGTGCGGCAAATAcagccaca > 1:1199509/1‑236 (MQ=255)
tttGTTGATCAGACGCGTAGTTTCACCACGAGTAATCCCCTCCACTTCCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGACACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGaa < 1:1505708/196‑1 (MQ=255)
tgttgATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTCCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATACCTGCGCGGTGCGGCAAATACAGCCAGCGCGTTAAc < 2:1321000/239‑1 (MQ=255)
aTCAGACGCGTAGCTTCCCCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGCTACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTGTTGCATGGGGGGTAACACCTCCCGACGTAGCGTTTAAAAAAACAAGGAAAGCAGTATACCTGCCAGAGGCGGCTAATACAGCCAGCGCGTTAACTGGaa > 1:1003536/1‑239 (MQ=255)
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tCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATAc > 2:319146/1‑184 (MQ=255)
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cGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATACCTGCGCGGTGCGGCAAATACAGCCAGCGCGTTAACTGGAATGCAATTTTGCGGGGCGcgac > 2:868761/1‑239 (MQ=255)
aGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGaa > 1:1725658/1‑166 (MQ=255)
|
TTTCGTCAGTGCGTTTGCAGGCTCCTGGCACTGCATGCCAGAACCGTCTACCACGATAACCGGTTTGTCTTTGTGCTTC‑TCAAGCTCACCAACATTGTTGGCTTTGATTTCGCTCGGCAACAGATTAATAGAACCTGCGATATGGCCTTTACGGAAGTCATCACGCTGACGTAAATCCACAACCACAGCGTCTTCTTTGTTGATCAGACGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCATGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATACCTGCGCGGTGCGGCAAATACAGCCAGCGCGTTAACTGGAATGCAATTTTGCGGGGCGCGAC > NC_000913/3784667‑3785128
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
