Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F27 I0 R1
|
83 |
86.1 |
2053078 |
89.1% |
1829292 |
215.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,796,792 |
A→G |
12.7% |
D272G (GAT→GGT) |
waaC → |
ADP‑heptose:LPS heptosyl transferase I |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,796,792 | 0 | A | G | 12.7%
| 187.5
/ 3.0
| 72 | D272G (GAT→GGT) | waaC | ADP‑heptose:LPS heptosyl transferase I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (10/52); new base G (8/2); total (18/54) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.22e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CACTGGCCGGAAGAACACTGGCGAGAATTGATTGGTTTACT‑GGCTGATTCAGGAATACGGATTAAACTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATCATCATTATAAAGGTAAAACATGCTAACATCCTTTAAACTTCATTCATTGAAACCTTACACTCTGAAATCATCAATGATTTTAGAGATAAT > NC_000913/3796554‑3797017
|
cccTGGCCGGAAGAACACTGGCGAGAATTGAGTGGTTTACT‑GGCTGATTCAGGAATACGGATTAAACTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGa < 2:201291/237‑1 (MQ=255)
ccttgCCGGAAGACCACTGGCGAGAATTGTTTGGGTTACT‑GGCTGATTCAGGAATGCGGATTAAACTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGAt < 1:359761/235‑1 (MQ=255)
acTGGCCGGAAGAACCCTGGCGAGAATTGATTGGTTTACT‑GGCTGATTCAGGAATACGGATTAAACTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGAt < 2:985406/239‑1 (MQ=255)
cTGGCCGGAAGAACGCTGGCGAGAATTGATTGGTTTACT‑GGCTGATTCAGGAATACGGATTAAACTTCCGTTGGGCGCGCCGGATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATa < 2:966926/239‑1 (MQ=255)
cGGAAGAACACTGGCGAGAATTGATTGGTTTACT‑GGCTGATTCAGGAATACGGATTAAACTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑Acc < 2:872352/238‑1 (MQ=255)
acacTGGCGAGAATTGATTGGTTTACT‑GGCTGATTCAGGAATACGGATTAAACTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATc < 2:869811/238‑1 (MQ=255)
cccTGGCGAGAATGTATTGGTTTACT‑GGCTGATTCAGGAATACGGATTAACCTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCAc < 2:628794/237‑1 (MQ=255)
cacTGGGGGTAATTTGTTGGTTTTCT‑GGCTGATTCAGGAATACGGATTAAACTTCCGTGGGGCGCGCCGCAGGAGGAAGAACGGGCGAAACGACGGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCAc < 1:161556/239‑1 (MQ=255)
cacTGGCGAGAATTGATTGGTTTTCT‑GGCTTATTCCGGAATACGGATTAACCTTCCGTGGGGCCCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCAc < 2:924480/239‑1 (MQ=255)
cacTGGCGAGAATTGATTGGTTTACT‑GGCTGATTCAGGAATACGGATTAAACTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGGTTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGGCTGGAAGGCGTTGGCCGCGTGTTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGGGTCGGGGGGTACGGGGGTAAGCCATTTTAAGGCGGGCCCGGGTGG‑ACCCAAAATCAc > 1:59840/1‑239 (MQ=255)
actggggggaaattttttgGTTTGCT‑GCGTGATTCAGGGAAACGGATTAAATTCCCGTGGGGGGGGCCGCATGAGGAAGTATGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTGAAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGCAAGGCGTTGCCCGCGCCCTGGCCGGGGCTAAAGTTGTAGTGGCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACGCAATATCAc < 1:528298/223‑1 (MQ=255)
gCGAGAATTGATTGGTTTACT‑GGCTGATTCAGGAATACGGATTAAACTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGGGGGTACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCCATGGGAAGAACCCAAAATCAGGGtt > 2:334485/1‑239 (MQ=255)
attgGTTTACTGGGGTGA‑TCAGGGATCCGGGTTAAACTTGCGGGGGGCCGGCCGTATGGGGAATAAGGGGCGAAACGGCTGGCTGAAGGATTTTCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAAGTGGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑c < 1:120620/239‑1 (MQ=255)
attgGTTTACT‑GGCTGATTCAGGAATACGGATTAAACTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑c < 2:59840/239‑1 (MQ=255)
tttACT‑GGCTGATTCAGGAATACGGATTAAACTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGGTACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCCACGGGTGA‑AACCATAATCACGGGTTATGGACCaaaccat > 2:1019734/1‑233 (MQ=255)
ttCAGGAATACGGATTAAACTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑Accc < 2:854997/199‑1 (MQ=255)
cgggAATCGGGATTAACCTTCCGGGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATtggt < 1:440552/237‑1 (MQ=255)
caggatttgggtttAACCTCCCGTGGGGGGCGCCGAAGGAGGAAGACCTGGCGAAACGGATGGCGGAAGGATTTGCTTATGTGGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCGGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATtggt < 1:334485/227‑1 (MQ=255)
cAGGAATACGGATTAAACTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGGTAG‑ACCCAATATTCCGGTGTATTGACCAA‑ACGGTCCGGGGTTAATttgt > 2:361466/1‑239 (MQ=255)
aTTAAACTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGGTAG‑ACCCAAAATTAAGGGTTTTGGACCAA‑CCGGACCGGGGTTAATTTGTggggtttggga > 2:424765/1‑231 (MQ=255)
aTTAAACTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGAt < 2:514101/180‑1 (MQ=255)
aaCTTCCGGGGGGCGCGGCGCAGGAGGAAGAACGGGCGAAACGACGGGGGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAAt < 1:424765/239‑1 (MQ=255)
aCTTGCGTGGGGCGGGCCGAATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGGCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATGTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAAGATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCTGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATc < 2:847712/239‑1 (MQ=255)
cGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACGGGATAG‑AACCCAAATCACGGGTTTTTGGCACA‑CCGGTACTGGATTTATTGGTAGGTATTGGgaagataaaatg > 2:379993/1‑232 (MQ=255)
cGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGGGTCGGTGGGTACGGGGGTAAGCCATTTAACGGCGGCCCCGGGTTG‑GACCAAAATAACGGTTTTTGGGCCAACCCGACCCGGG‑TTAATTGGGGGGGC‑TGGGAAGAATACGATg > 2:822106/1‑239 (MQ=255)
cgccgcATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGGACTTGATAG‑ACCCAATATACCGGATTATGGACCAA‑CCCGTCCGGGGGTAATTGTGGGGGA‑TGGGGAGAAtaggaagggattgagg > 2:621583/1‑224 (MQ=255)
cgccgcATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCCCTGGGTAG‑ACCCCAAATCAAGGGTTTTGGGCACA‑ACGATCCGGGGGTCATTTGTGGGTA‑TGGGGAAAAAAAAAGGGGATGTAgg > 1:467078/1‑239 (MQ=255)
ccccgtgtggggAAGAACGGGCGAAACGGTTGGCGGAAGGATTTTGTTAGTTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAg < 1:361466/228‑1 (MQ=255)
aaaaaCGGGCGAAACGACTGGGGGGTGGATTTGCTTATGGTGAAGGTTTGACGAAGATGGGGTTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAgaga < 1:858215/235‑1 (MQ=255)
aCGTGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCGTAAGATGAGTCTTGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGCCCGGGCCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGaaaa < 2:334501/237‑1 (MQ=255)
aCGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGaaaa < 2:467078/237‑1 (MQ=255)
gCGAAACGACTGGCTGAAGGATTTTCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATttaa < 2:292793/238‑1 (MQ=255)
aCTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTAGTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAg < 2:213377/199‑1 (MQ=255)
aGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAg < 2:680011/239‑1 (MQ=255)
aGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGGCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTat < 2:395532/239‑1 (MQ=255)
tATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATttaa < 2:610091/201‑1 (MQ=255)
tttGCCGAAGTTGGGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGTGGCTAAATTTGTAGTGGCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑GCCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTatcat < 1:717371/238‑1 (MQ=255)
ttGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTa < 2:159689/122‑1 (MQ=255)
ttGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTa > 1:159689/1‑122 (MQ=255)
ttGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGGTTATGGACCAA‑CCCATCCGGGATTAATTGGGGGGGA‑TGGGAAGAATCAGATGGAATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGGTatcatc > 2:321242/1‑239 (MQ=255)
ttGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATAACGGTTTATTGACCAA‑CCGATCCGGGGTTAATTGGTGGGGA‑TTGGAAGAATCAGAAGGTATGAAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAAACTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGGTatcaac > 2:634096/1‑237 (MQ=255)
tGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGTCCAA‑CCGATCCGGGGTTAATTGGTGGGTA‑TTGGAAGAATCAGATGGGATGTAGGGCTCCCAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGGTTTTGAAAAGTTAtcatca > 2:226460/1‑239 (MQ=255)
gAAGAGGAGTCGGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATCATCATtat < 2:738094/239‑1 (MQ=255)
caggggtttggaggtggTTTCCCGCGTGTTGGCCGGGGCTAAATGTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCAGTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTACGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATCATCATtata < 1:405355/221‑1 (MQ=255)
gTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGGTAG‑AACCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGCTCCGGGGTTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGGATGTAGGGGTCCAAGGGAAAATTTAATTAAACCCAACAAGCAAACAAGTTTGGGAAAATTaaaaataatataaaagaaa > 1:373716/1‑221 (MQ=255)
aaGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGGTTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATCTTCCTTTTaaccgtccctttta > 2:1011160/1‑227 (MQ=255)
gCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGGAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGGGAAAATTTAATTAACCTCAAAAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGGTATCATCCTTATAAAGGTaaaaaaccgt > 2:405355/1‑232 (MQ=255)
gTTTCCCGCGTGCGGGCCTGGCCTAAATTTGTAGTGTCGGTGAATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTAGGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGTTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATCATCATTATAAAGGTAAAACATGCTAAc < 1:379993/239‑1 (MQ=255)
gTTGCCCGCGTTTTGGCCGGGGCTAAATTTGTGGTGTCTGGGGAAACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGGTAG‑ACCCAATATCCCGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATCATCATTATAAAGGTAAAACATGCTAAc < 1:822106/239‑1 (MQ=255)
tttccctggttcaggCCGGGAGTAATGTTGTGGTGTCGGTTGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCTCTGGATAG‑ACCCAATATCGCGGTTTATGGACCAT‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATCATCATTATAAAGGTAAAACATGCTAACa < 1:634096/226‑1 (MQ=255)
ttGCCCGCGTGCTGGCCGGGGTTAAATTGGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTCAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATCATCATTATAAAGGTAAAACATGCTAAc < 2:1720/238‑1 (MQ=255)
gTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGGCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATCATCATTATAAAGGTAAAACATGCTAACATCCTTTa < 2:1002535/238‑1 (MQ=255)
ccGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATCATCATTATAAAGGTAAAACATGCTAACATCCTTTAAACttca < 2:373716/238‑1 (MQ=255)
cGGGGCTAATTTTTGAGGGCCGGGGGATCAGGGGTTAAGCCATGTAACGGCGGCATTGGATGG‑ACCTAATATCACGGTTTAGGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGTGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATCATCATTATAAAGGTAAAACATGCTAACATCCTTTAAACttcat < 1:1019734/238‑1 (MQ=255)
ttatttttTAGTGGCGGTGGATTCGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATCATCATTATAAAGGTAAAACATGCTAACATCCTTTAAACTTCATTCATTg < 1:289300/234‑1 (MQ=255)
tAAATTTTTAGTTGCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGAGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATCATCATTATAAAGGTAAAACATGCTAACATCCTTTAAACTTCATTCATTg < 1:621583/238‑1 (MQ=255)
tAAATTTGTAGGGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATCATCATTATAAAGGTAAAACATGCTAACATCCTTTAAACTTCATTCATTg < 2:249528/238‑1 (MQ=255)
gatatttgttggttgggTGGATTCGGGGTTAAGGCATTTAACGGTGGCGCTGAATAG‑ACCCAATTTCCCGGTTTATGGAGCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTACAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATCATCATTATAAAGGTAAAGCATGCTGACATCCTTTGAAGTACATTCGTTg < 1:76509/223‑1 (MQ=255)
atttttttggtttCGTTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATCATCATTATAAAGGTAAAACATGCTAACATCCTTTAAACTTCATTCATTGaa < 1:321242/227‑1 (MQ=255)
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ggaGTTTCGGGTGATTCGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATCATCATTATAAAGGTAAAACATGCTAACATCCTTTAAACTTCATTCATTGAAACCTTa < 2:769638/237‑1 (MQ=255)
tCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATttaa > 2:7450/1‑139 (MQ=255)
tCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATttaa < 1:7450/139‑1 (MQ=255)
gacgggTTAAGCCAATTAACGGCGGGACTGGATAG‑ACCCAAGATCACGGTGTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATCATCATTATAAAGGTAAAACATGCTAACATCCTTTAAACTTCATTCATTGAAACCTTACACTCTGAAatcatc < 2:440912/236‑1 (MQ=255)
aCGGGGGTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGAGTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATCATCATTATAAAGGTAAAACATGCTAACATCCTTTAAACTTCATTCATTGAATCCTTa < 2:32525/224‑1 (MQ=255)
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acggggggcatGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTAAGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATCATCATTATAAAGGTAAAACATGCTAACATCCTTTAAACTTCATTCATTGAAACCTTACACTCTGAAATCATCAATGATTTTAGAGataat < 2:91095/229‑1 (MQ=255)
|
CACTGGCCGGAAGAACACTGGCGAGAATTGATTGGTTTACT‑GGCTGATTCAGGAATACGGATTAAACTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATCATCATTATAAAGGTAAAACATGCTAACATCCTTTAAACTTCATTCATTGAAACCTTACACTCTGAAATCATCAATGATTTTAGAGATAAT > NC_000913/3796554‑3797017
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
