Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F17 I0 R1
|
124 |
155.2 |
3079696 |
98.3% |
3027341 |
226.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,456,702 |
T→G |
17.9% |
G91G (GGT→GGG) |
paaE → |
ring 1,2‑phenylacetyl‑CoA epoxidase, NAD(P)H oxidoreductase component |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,456,702 | 0 | T | G | 17.9%
| 232.7
/ 8.2
| 89 | G91G (GGT→GGG) | paaE | ring 1,2‑phenylacetyl‑CoA epoxidase, NAD(P)H oxidoreductase component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/53); new base G (17/3); total (33/56) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.57e-07 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGAGTCGGAAACCCGTGATGCGGTGACCATTACCTTTGCGGTGCCCCAGCCTTTGCAGGAGGCGTATCGCTTTCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCAGGGGCGCTAT‑CTGGCAATTGCAGCAGGATCAGGTATTACGCCAATGCTGGCGATTATCGCCACCACTTTACAAACCGAGCCTGAAAGTCAGTTCACCCTGATCTACGGTAACCGTACCAGCCAGAGCATGATGTTTCGCCAGGCACTGGCAGACCTGAAAGACAAATATCCTCA > NC_000913/1456465‑1456938
|
cgagtcgGAAACCCGTGATGCGGTGACCATTACCTTTGCGGTGCCCCAGCCTTTGCAGGAGGCGTATCGCTTTCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTa < 1:324620/239‑1 (MQ=255)
gagtcgGAAACCCGTGATGCGGTGACCATTACCTTTGCGGTGCCCCAGCCTTTGCAGGAGGCGTATCGCTTTCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTAt < 2:245232/239‑1 (MQ=255)
aaCCCGTGATGCGGTGACCATTACCTTTGCGGTGCCCCAGCCTTTGCAGGAGGCGTATCGCTTTCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTgg < 1:319727/239‑1 (MQ=255)
aaCCCGTGATGCGGTGACCATTACCTTTGCGGTGCCCCAGCCTTTGCAGGAGGCGTATCGCTTTCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTg < 2:1011347/238‑1 (MQ=255)
aaCCCGTGATGCGGTGACCATTACCTTTGCGGTGCCCCAGCCTTTGCAGGAGGCGTATCGCTTTCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTg < 1:63885/238‑1 (MQ=255)
aCCCGTGATGCGGTGACCATTACCTTTGCGGTGCCCCAGCCTTTGCAGGAGGCGTATCGCTTTCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTGTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGa < 1:346517/239‑1 (MQ=255)
gTGACCATTACCTTTGCGGTGCCCCAGCCTTTGCAGGAGGCGTATCGCTTTCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGCAAACCCTTGAAAGGCGG‑CG‑TTTTTCCCGCCCTTCCCCCGCACACCACCGCCACGGGAGGACGCTGggggggttggggc > 2:40924/1‑229 (MQ=255)
gTGACCATTACCTTTGCGGTGCCCCAGCCTTTGCAGGAGGCGTATCGCTTTCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGGCCTTG‑TAGGGGGGCG‑TTTTTCCCCCCGTGCCCCCCAACACAACCCCCCGGGGATGACGCTGGGGGTCATGGGGcc > 2:1444790/1‑239 (MQ=255)
gTGACCATTACCTTTGCGGTGCCCCAGCCTTTGCAGGAGGCGTATCGCTTTCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAAGCGGACG‑TTTCTCCCGCCATGCCCGCGAACACATCCGCCCAGGTATGGCGCTGGAGGGCATGGGGc > 1:1180122/1‑238 (MQ=255)
gACCATTACCTTTGCGGTGCCCCAGCCTTTGCAGGAGGCGTATCGCTTTCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCg < 2:334256/238‑1 (MQ=255)
gACCATTACCTTTGCGGTGCCCCAGCCTTTGCAGGAGGCGTATCGCTTTCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCg < 1:270864/238‑1 (MQ=255)
tACCTTTGCGGTGCCCCAGCCTTTGCAGGAGGCGTATCGCTTTCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGGAAACCATTT‑AAGGCGGGCGTTTTCTCCC‑CTATTCCCGCCAACACAACCCCCCGGGGATTGCGCTGggggggcgggttgcggccggg > 1:1462255/1‑221 (MQ=255)
aCCTTTGCGGTGCCCCAGCCTTTGCAGGAGGCGTATCGCTTTCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCa < 2:798327/239‑1 (MQ=255)
tGCGGTGCCCCAGCCTTTGCAGGAGGCGTATCGCTTTCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAACCCTTG‑AAAGCGGGCG‑GTTTTCCCGCTATGCCCGCCGACACAACCCCCCCGGGATGACGCTGGGGGTCATGGGGGCGCCCGGGGACTTCg > 2:765608/1‑239 (MQ=255)
gTGCCCCAGCCTTTGCAGGAGGCGTATCGCTTTCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGCGAAAGCCATTT‑AAAGCGGGCG‑TTTCTCCCGCCATGCCCGCCAAAACAACCGCCCGGGGATGAAGGTGGGGGGCATGGTGCCGGCGGGGCATTTTGGc > 1:581017/1‑237 (MQ=255)
tGCAGGAGGCGTATCGCTTTCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGGACACATCCGCCCGGGTATGACGCTGGGGGGCCTGGGTGCGCCGGGGCCTTTCGGCTATCAGC‑CGcgagcc > 1:98547/1‑234 (MQ=255)
tGCAGGAGGCGTATCGCTTTCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑GTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACAACCCCCAGGGGATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGGATTTCGGCTATCAGC‑CGCCGGcc > 2:1146378/1‑239 (MQ=255)
gCAGGAGGCGTATCGCTTTCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCg < 1:1228541/239‑1 (MQ=255)
gCAGGAGGCGTATCGCTTTCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCCGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCg < 1:205943/239‑1 (MQ=255)
aggCGTATCGCTTTCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGGAAACCCTTG‑AAGGCGGGCG‑GTTTTCCCCCTATGCCCCCGGACACAAACGCCAGGGGATGAAGCTTGGGGGCATGGGGGCGCCGGGGGATTTCCGGTTTCAGC‑CGCCGGGCGGAcc > 1:493885/1‑237 (MQ=255)
aggCGTATCGCTTTCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAACCATTG‑GAGGCGGGAG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGGATGACGCTGGAGGTCATGGGGCCGCCGGGGGCTTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACg > 2:890898/1‑238 (MQ=255)
gCGTATCGCTTTCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGAAG‑TTTTTCCCGCTATGGCCGCGAACACAACCGCCCGGGGATGACGCCGGAGGGCATGGGGGCGCAGGGGCATTTTGGCCATCAGC‑CGCAGGCCGAACGccc > 1:555413/1‑238 (MQ=255)
cGTGTCGCTTTCGCCCCGGTTAACATTTGACCTTAAAATCCAGCTTTGATGGTTAAGAATTACGCCGTTGGTACCTCATTTGCCGCAGCTATCTGCCGGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGGGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGATGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACgtcg < 2:66940/238‑4 (MQ=255)
cGTATCGCTTTCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCa < 2:441071/238‑1 (MQ=255)
ttCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAACCCTTT‑GAGGCGGAGG‑CTTTTCCCCCCATGCCCCCGCACACACCCCCCCGGGGATGACGCTGGGGGTCCTTGTGCCCCCGGGGGCGTTCGGCTCTCCGC‑CGCACGCCGGACGCCCGGGgggcca > 2:180692/1‑236 (MQ=255)
ggTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCAGGGGCGCTAT‑CTGGCAAt < 1:651691/239‑1 (MQ=255)
gTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACg < 1:1073371/164‑1 (MQ=255)
gTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCCCTTTGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGGATGAAGCTGGGGGGCCTGGTGCCGCAGGGGGCTTTCGGGTTACCGC‑CGCAGGCCGCACGCCAGGGGGGCTAT‑CTGGCAAtt > 1:404731/1‑239 (MQ=255)
gTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAACGATTG‑GAGGGGGGCG‑TTTTTTCCGCGCTGCCCGCGCACACATCCGCCAGGGGATGAAGGCGGGGGGCATGGTGGCGCGGGGGCAGTTCTGCTATCCGC‑CGCAGGGCGAACGCCGCGGGCGCTGT‑Cttgtaaat > 2:454961/1‑232 (MQ=255)
cAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCAGGGGCGCTAT‑CTGGCAATTgc < 1:1510971/239‑1 (MQ=255)
cAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCAGGGGCGCTAT‑CTGGCAATTg < 1:782556/238‑1 (MQ=255)
aCATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCAGGGGCGCTAT‑CTGGCAATTgcag < 1:1326332/239‑1 (MQ=255)
cATTTGGCCTTAAAAGCCAGCGTTGATGGTGAAGAAGTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCAGGGGCGCTAT‑CTGGCAATTgcagc < 2:235761/239‑1 (MQ=255)
cATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCAGGGGCGCTAT‑CTGGCAATTgcagc < 2:1257719/239‑1 (MQ=255)
cATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCAGGGGCGCTAT‑CTGGCAATTgcagc < 2:446582/239‑1 (MQ=255)
gACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGGAAGCCATTT‑AAAGTGGGCG‑TTTCTTCCCCTATGCCCGCGCACACAACCGCCAGGGGATTACGCcggcgggta > 2:1073371/1‑161 (MQ=255)
aCCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAACCCCTG‑CAGGCGGACG‑TTTCTCCCCCTCAGCCCCCGGAACCAACCGACCGGGGGAGACGCCTGCGGGCATGGGGCCGCCAGGGAACTTCCGCTCTCGGCGCGAGGGCCG‑CCGCCCGGGGCGCGATCCTGGCattgtgacaacat > 2:970567/1‑226 (MQ=255)
aCCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAACCATTG‑AAGGCGGAGG‑TTTCTCCCCCTATGCCCGCGCACACAACCCCCCGGGGATGACGCTGGAGGTGATGGGGCCTCCGGGGCATTTTCGCTATCAAC‑CGCAGGCGGAACGCCACCGGCGCGAT‑CTGGGCATTgctgcacgga > 2:886863/1‑234 (MQ=255)
ccTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCAGGGGCGCTAT‑CTGGCAATTGCAGCAGGATc < 1:1375855/238‑1 (MQ=255)
ccTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCAGGGGCGCTAT‑CTGGCAATTGCAGCAGGATCa < 1:911669/239‑1 (MQ=255)
aaaGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCAGGGGCGCTAT‑CTGGCAATTGCAGCAGGATCAGGTAt < 1:1133721/239‑1 (MQ=255)
tttGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGc‑c < 1:911096/179‑1 (MQ=255)
gaagaaTTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGGCG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGGATGACGCTGGAGGTCATTGTGCCCCCGGGGCATTTCGGCTATCCGG‑CGCAGGCCCGACGCCCGGGGCGCTAT‑CTGGCAATTGGCGCAGGGTCAGGGATTACTCCCATGCTGGCg > 2:80856/1‑237 (MQ=255)
ttACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCAGGGGCGCTAT‑CTGGCAATTGCAGCAGGATCAGGTATTACGCCAATGCTGGCGATTATCGc < 2:246847/239‑1 (MQ=255)
ttACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCAGGGGCGCTAT‑CTGGCAATTGCAGCAGGATCAGGTATTACGCCAATGCTGGCGATTATCGc < 1:323656/239‑1 (MQ=255)
ttACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCAGGGGCGCTAT‑CTGGCAATTGCAGCAGGATCAGGTATTACGCCAATGCTGGCGATTATCGc < 2:106685/239‑1 (MQ=255)
aCGCCGTTGTTACTCCATTGGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCAGGGGCGCTAT‑CTGGCAATTGCAGCAGGATCAGGTATTACGCCAATGCTGGCGATTATCGcca < 2:336086/239‑1 (MQ=255)
cGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCAGGGGCGCTAT‑CTGGCAATTGCAGCAGGATCAGGTATTACGCCAATGCTGGCGATTATCGccac < 1:1271167/239‑1 (MQ=255)
cGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGAGGTGAAAACCATTG‑GAGGTGGGCG‑TTTCTTCCCCCATGCCCGCGGACACACACGCCCAGGTATCGCGCGCGGGGACATTGGGCCGCCCGGGCATTTCGGGTCTTAAC‑CGCCGAGCGAACGGCAAAGGCGCCCA‑CTCGGACATTCAGCGGGACGAGGTCATACGCCCAAGCTGGCgcagtctgcct > 2:1102941/1‑228 (MQ=255)
ccACTTGCCGACGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGGGGCGGTGAAAGCCATTG‑AGGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGTCCGCGAACACATCCGCCGGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCAGGGGCGCTAT‑CTGGCAATTGCAGCAGGATCAGGTATTACGCCAATGCTGGCGATTATCGCCACCACTTTACAAAcc < 2:733429/239‑1 (MQ=255)
aTTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCAGGGGCGCTAT‑CTGGCAATTGCAGCAGGATCAGGTATTACGCCAATGCTGGCGATTATCGCCACCACTTTACAAACCGa < 1:1000351/239‑1 (MQ=255)
cGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGGCG‑GTTTTCCCCCTATGCCCGCGGACACATCCGCCCGGGTATGACGCTGGAGGGCATTGTGCCCCCGGGGGATTTTGGCTTTCCAC‑CCCCGGGCGGACGCCCGGGGCGCCCT‑CCGGGAATTGCAGCAGGGACAGGTGTTACGCCCATGCGCGCGGTTTTTGCCACCAACTTACAAACCCAGCCtcg > 2:192144/1‑237 (MQ=255)
tCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCAGGGGCGCTAT‑CTGGCAATTGCAGCAGGATCAGGTATTACGCCAATGCTGGCGATTATCGCCACCACTTTACAAACCGAGCCTGAAAGTCAGt < 1:248908/239‑1 (MQ=255)
cTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCAGGGGCGCTAT‑CTGGCAATTGCAGCAGGATCAGGTATTACGCCAATGCTGGCGATTATCGCCACCACTTTACAAACCGAGCCTGAAAGTCAGtt < 1:1282990/239‑1 (MQ=255)
cTGGCGAAATTAGTGTGGGGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCAGGGGCGCTAT‑CTGGCAATTGCAGCAGGATCAGGTATTACGCCAATGCTGGCGATTATCGCCACCACTTTACAAACCGAGCCTGAAAGTCAGTTCAcc < 2:314772/239‑1 (MQ=255)
cTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCAGGGGCGCTAT‑CTGGCAATTGCAGCAGGATCAGGTATTACGCCAATGCTGGCGATTATCGCCACCACTTTACAAACCGAGCCTGAAAGTCAGTTCAcc < 1:114984/239‑1 (MQ=255)
cTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCAGGGGCGCTAT‑CTGGCAATTGCAGCAGGATCAGGTATTACGCCAATGCTGGCGATTATCGCCACCACTTTACAAACCGAGCCTGAAAGTCAGTTCAcc < 2:581017/239‑1 (MQ=255)
cTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCAGGGGCGCTAT‑CTGGCAATTGCAGCAGGATCAGGTATTACGCCAATGCTGGCGATTATCGCCACCACTTTACAAACCGAGCCTGAAAGTCAGTTCAcc < 1:80856/239‑1 (MQ=255)
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gTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGAATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCAGGGGCGCTAT‑CTGGCAATTGCAGCAGGATCAGGTATTACGCCAATGCTGGCGATTATCGCCACCACTTTACAAACCGAGCCTGAAAGTCAGTTCACCCTGATCTACGGTAACCGTACCAGCCAGAGCATGATGTTTCGCCAGGCACTGGCAGACCTGAAAGACAAATATCCTc < 1:850005/237‑1 (MQ=255)
|
CGAGTCGGAAACCCGTGATGCGGTGACCATTACCTTTGCGGTGCCCCAGCCTTTGCAGGAGGCGTATCGCTTTCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACTCCATTTGCCGCAGCTATCTGCCTGGCGAAATTAGTGTGGCGGTGAAAGCCATTG‑AAGGCGGACG‑TTTCTCCCGCTATGCCCGCGAACACATCCGCCAGGGTATGACGCTGGAGGTCATGGTGCCGCAGGGGCATTTCGGCTATCAGC‑CGCAGGCCGAACGCCAGGGGCGCTAT‑CTGGCAATTGCAGCAGGATCAGGTATTACGCCAATGCTGGCGATTATCGCCACCACTTTACAAACCGAGCCTGAAAGTCAGTTCACCCTGATCTACGGTAACCGTACCAGCCAGAGCATGATGTTTCGCCAGGCACTGGCAGACCTGAAAGACAAATATCCTCA > NC_000913/1456465‑1456938
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
