Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F9 I0 R1
|
142 |
103.7 |
2603848 |
81.8% |
2129947 |
227.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,280,558 |
C→T |
15.4% |
L194F (CTC→TTC) |
yjcE → |
putative cation/proton antiporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,280,558 | 0 | C | T | 15.4%
| 144.2
/ 9.2
| 74 | L194F (CTC→TTC) | yjcE | putative cation/proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (8/54); new base T (10/2); total (18/56) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.15e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 |
GCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTA‑TCT‑GATTGCCGAACATATTGGCG‑TTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAA > NC_000913/4280324‑4280793
|
gCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGc < 2:907213/239‑1 (MQ=255)
ttGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGGGGGACGGTCGAATTTTTGAAATAAGCAAATGGCGGAATTTTCGcccgg > 2:1245459/1‑236 (MQ=255)
ttGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTAACCGTCGGGGGTGGGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGAATTCTTGCCggg > 2:776249/1‑238 (MQ=255)
tggccTGGCGGCGGTGCTTTCGCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTCCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGtt < 2:173687/235‑1 (MQ=255)
tGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGGCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGGATTTTCCCCgggt > 2:565619/1‑237 (MQ=255)
gcgcTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTTTGAAATGAGCCATTGGCGGGATTTTCGCCGGgtt > 2:96831/1‑239 (MQ=255)
ggcggcGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGGTGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGGATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGGATTTTTGCCGGgttttggg > 2:440073/1‑235 (MQ=255)
cggTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAg < 2:1002400/238‑1 (MQ=255)
cggTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTATCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAg < 2:912282/238‑1 (MQ=255)
gttGCTTTCTCCGTCTTATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGGTGGAGGAGGGCGCATCCAGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGAGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAgct < 1:1185956/237‑1 (MQ=255)
ggTTCTTTCCCCGGCCGGTGCTGTGGCGCCCTCCGGGTTTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGGTGTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGGTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCCCCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAgct < 1:304876/239‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTACCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAgct < 2:1077402/238‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCCCCGACCGTTTCTGGGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTTAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAgct < 2:657740/238‑1 (MQ=255)
tctcCGCCCGTTGCTTTGGCGCTCGCCGGGATTGTGGGCGAGGGGCGCAGCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAGGGTGTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTTTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTa < 1:216725/239‑1 (MQ=255)
gaccgaTGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGATGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGGATTCTCGCCCGTTTTttgggtgggtgggtgtaccgg > 2:525923/1‑221 (MQ=255)
accgaTGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGGATTTTCGCCGGGTTTGTGGG‑GAGCTGGGTTTACgggc > 2:1278860/1‑236 (MQ=255)
cggtGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGtcgct < 2:945357/236‑1 (MQ=255)
cggtGCGGTGGCCCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTCGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGtcgct < 2:516647/236‑1 (MQ=255)
cgaTGCTGTGGCGCTTTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGtcgct < 2:925641/239‑1 (MQ=255)
gCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGGTTTTTGGT‑GGGCTGGCTGTACGGtcgccc > 2:977219/1‑234 (MQ=255)
tgGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCTTCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTTTCGCCGGTTTTTTGGT‑TGGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCgt > 2:376707/1‑238 (MQ=255)
tgGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGCAGCCATTGGCGGGATTTTCGCCGGTTTTTTGGG‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCGCGCTGc > 2:966523/1‑237 (MQ=255)
tgGCCCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCg < 2:26247/238‑1 (MQ=255)
ctctCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTTTCGCCGGGTTTTTGGG‑GAGCTGGCTGTACGGtcccctctcgcgcttcc > 2:5532/1‑223 (MQ=255)
ctctCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTTGCCGGTTTTGTGGT‑GTGCTGGTGGTACGGTCGGTCGGTGCGTTTcc > 2:743016/1‑238 (MQ=255)
ctctCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGAGTTTTCCCCGGGTTTTTGGG‑TAGCTGGCTGACAGGGCCCTCGCTGCGGTTccc > 2:196161/1‑238 (MQ=255)
tctcCGGGATTGTTGGCGAAGGGCCCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCt < 2:1267252/238‑1 (MQ=255)
tttgGGGAAGGGCGCGTCCCGAAAAAAATTATGGGCATTTTGCAGGGGGAAGCGTTGATGAATGGCGCTCGCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTgggg < 1:376707/238‑1 (MQ=255)
tttgGCGAAGGGGGCATCCCGAAAAAAATGCTGGGCCTTTTGCAGGGCTAAGCGTTGATTAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTgggg < 1:243355/238‑1 (MQ=255)
ttgcgcgagggtcgtgtacctataaacaTCACGGGGATTGTGCATGGGGACTGGTTGTTTAATGTCGCGTCCGGTTTGGTGTCGTGGAGGTGGGCCGTAGCAGTGGCGGTGTGGACGGTTGTCGTCACGTTCGGCGGTGCGTCGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTTGCCGTTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTgggg < 1:1064162/216‑1 (MQ=255)
gttgGGGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTgggg < 2:559980/239‑1 (MQ=255)
gttgGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTgggg < 2:417328/239‑1 (MQ=255)
gtgggggaggggggctgcccGAAAAAAACCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGGGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTgggg < 1:977219/222‑1 (MQ=255)
aaGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGGTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCCCAGCCGCTGGGGCgggggt > 2:524162/1‑235 (MQ=255)
gccagacccGGAAAAAAGCAGGGGCATGTGGCGGGGGGAAGGGTTGATGAATCACGGCTCGGGGGGGGTGTGTTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGTGATGGGGACGGTGATCTCCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTAGTCTCGCCGGTTGTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGATGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGtgatga < 1:1051930/231‑1 (MQ=255)
ccATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTGGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTGGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAAcc < 2:157876/237‑1 (MQ=255)
aTCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCcg < 2:1102612/238‑1 (MQ=255)
ccaaaaaaaaTCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGAc < 2:40720/236‑1 (MQ=255)
aaaaaTCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGTCGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGGGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGa < 2:735252/239‑1 (MQ=255)
aaaaaTCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGa < 2:268529/239‑1 (MQ=255)
aaaaaGCAGGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGa < 2:116306/239‑1 (MQ=255)
ggCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGGATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCCGGGGCGGGGGTGGAACCGCGACGCCGAGTGTccct > 2:1294121/1‑235 (MQ=255)
gCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATTAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCctgct < 2:899662/238‑1 (MQ=255)
cATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTTTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTAAGGGCGCTCGCTGCGGTTCCTCAGCCGCTGGGGCGGGGATGGACCCCCCGAGCCGATCGTCctc > 2:289026/1‑234 (MQ=255)
ggggggagggtttGATGAATGGCGGCTCCGGTCGGGTTCCGTTGAAGTTGTCCGTAGCAGGGGGTATGGGGACGATTATCTTCACCGTCGGCGGTGCGTGGGGCGAATTTATGAAAGTAGCCTTTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTCCGGTCGCTCGCTGCGATTCCGCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCctgctg < 1:857714/228‑1 (MQ=255)
cgggggttttattaagagcgtcTCCGGTCTGGTGTTTGTGAAGTTTACGGTAGCAGTGGCGATGGGGACTATGATCTTGCCGGGCGGCGGTTCGGCGGGCGACTTTATGAAATGAGCCATGGGCGGTATTTTCGCCGGTTGTGTGGT‑GAGCTGGCTGGACGGGCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCTGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCa < 1:831005/217‑1 (MQ=255)
aggggTTGATGACTGCCGCCTGCGGGCTGGTTCCGTGTAAGTTTCGCGTAGCATTGGCGATGGGGCGGATGACTTTCCCCGTCGGTGGTGCGACGGTCGAATTTAGGAAAGTGGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGTGCTGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCAtt < 1:1139582/234‑1 (MQ=255)
aggggTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCAtt < 2:111606/234‑1 (MQ=255)
aaGCGTTGGTGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGGTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCGTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGGCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCAtt < 2:1023904/238‑1 (MQ=255)
aaGCGTTGATGAATGACGCCTGCGGTCTGGGGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCAtt < 2:1160795/238‑1 (MQ=255)
aaGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCAtt < 2:588535/238‑1 (MQ=255)
tgatgaATGACGCCTCCGGTCTGGGGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGcttct < 2:843016/239‑1 (MQ=255)
ggggTCTGTTGTCGTTGGAGTTTGCCGTAGGGGTGGGGAGATGGAGGAGTATCTGCACCGTCGTGTGTGCGCCGGTCGAATTGAGGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTGTGTGGG‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGTTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTA‑TCT‑GATTGCCGa < 1:743016/236‑1 (MQ=255)
cGTTGAAGTTGGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCCTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATGGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTA‑TCT‑GATTGTCGAACATATTGGCG‑t < 2:54726/238‑1 (MQ=255)
cGTAGGAGGGGCGATGGGGACGATGATCCTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTA‑TCT‑GATTGCCGa < 2:566251/213‑1 (MQ=255)
aTGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTA‑TCT‑GATTGCCGAACATATTGGCG‑TTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTgccg < 2:96183/238‑1 (MQ=255)
ggggACTATGTGCTGCCCCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTAGGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTA‑TCT‑GATTGCCGAACATATTGGCG‑TTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTgccgcc < 2:1264984/238‑1 (MQ=255)
gACGATGATCTTCACCGTCGGGGGGGCGACGGTCGAATTTATGAAAGGAGCCATGGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGGCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTA‑TCT‑GATTGCCGAACATATTGGCG‑TTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCggg < 2:1214475/238‑1 (MQ=255)
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ttCACCGTCGGGGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTA‑TCT‑GATTGCCGAACATATTGGCG‑TTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCAc < 2:974650/239‑1 (MQ=255)
ttCACCGTCGGGGGTGCGACGGTCGAATTTAGGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGGGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTA‑TCT‑GATTGCCGAACATATTGGCG‑TTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCAc < 2:378661/239‑1 (MQ=255)
aCCGTCGGCGGTGTGACGGTCGAATTTATGAAAGTGGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTTTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCGGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACTCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTA‑TCT‑GATTGCCGAACATATTGGCG‑TTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCg < 2:642832/239‑1 (MQ=255)
cggcggcggTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTA‑TCT‑GATTGCCGAACATATTGGCG‑TTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCt < 2:885891/236‑1 (MQ=255)
gTCGGCGGTGCGCCTGTAGAATTTATGAAAGTTGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTA‑TCT‑GATTGCCGAACATATTGGCG‑TTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTc < 2:1136846/239‑1 (MQ=255)
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gggggTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCCCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTA‑TCT‑GATTGCCGAACATATTGGCG‑TTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCg < 2:1070494/235‑1 (MQ=255)
ggcggTGCGACGGTAGAATTTATGAAAGTAGCCATGGGCGGTATTCCCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTA‑TCT‑GATTGCCGAACATATTGGCG‑TTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCg < 2:1125229/238‑1 (MQ=255)
gAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTA‑TCT‑GATTGCCGAACATATTGGCG‑TTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGAtgcgccgtgc < 2:163110/239‑1 (MQ=255)
gAAAGTAGCCATGGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGACCCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTA‑TCT‑GATTGCCGAACATATTGGCG‑TTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTgg < 2:252110/239‑1 (MQ=255)
aTTGGCGGTATTCCGGGCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTTTACGGGCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTA‑TCT‑GATTGCCGAACATATTGGCG‑TTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGcc < 2:616715/238‑1 (MQ=255)
ttGGCGGTTTGTTCG‑CGCTTTTGGGGTGGAGCTGTGTGGCCGGTCGCTCGCGGCGTTTCCCTGGCCCCGGGGTGGGGTATGAACCCGCGAGCTAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTA‑TCT‑GATTGCCGAACAGATTGGCG‑TTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTg < 1:565619/239‑1 (MQ=255)
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aTTCTCGCCGGTTTTGGGGC‑GAGCTGGCTGTCCGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGTTTCTTA‑TCT‑GATTGCCGAACATATTGGCG‑TTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCaaa < 2:908477/239‑1 (MQ=255)
|
GCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGT‑GAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTA‑TCT‑GATTGCCGAACATATTGGCG‑TTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAA > NC_000913/4280324‑4280793
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
