Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F28 I0 R1
|
140 |
172.9 |
3477528 |
97.9% |
3404499 |
226.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,280,566 |
T→G |
13.1% |
G196G (GGT→GGG) |
yjcE → |
putative cation/proton antiporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,280,566 | 0 | T | G | 13.1%
| 423.7
/ 5.6
| 157 | G196G (GGT→GGG) | yjcE | putative cation/proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/90); new base G (26/2); total (65/92) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.60e-10 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
TTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAAC‑CC‑GCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTAT‑CTGATTGCCGAACATATT‑G‑GCG‑TTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTG > NC_000913/4280328‑4280802
|
gcgcTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGGTTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCATCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTCGCGATGGGGACGATGATCTTTACCGTCGGCGGGGCGACGGTCGAATTTATGAAAGCAGCCACTGGCGGCTTTTCT‑GCCC‑GGtt > 1:1671520/1‑239 (MQ=255)
tGGCGGCGGTGGTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTtgt < 1:1583517/238‑1 (MQ=255)
ggcggcGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCG‑AAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑GATTCT‑TGCC‑GGgttttgggg > 2:936288/1‑234 (MQ=255)
cggTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAg < 2:140354/238‑1 (MQ=255)
ggTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGGGCCTCCCGAAAAAAATCTTGGGCATTTTTCAGGGCGAAGCGTTGCTGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGCTGCTCTTCACCGTCGGCGGTGGGACGGTCGGATTTATGAAAGGAGCCATTGGCGG‑GATTTTGCGCC‑GGgttgtggggtggt > 1:720802/1‑229 (MQ=255)
ggTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAgc < 2:27141/238‑1 (MQ=255)
ggTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAgat > 2:850089/1‑237 (MQ=255)
gTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAgct < 1:1457864/238‑1 (MQ=255)
gCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTCGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAgctgg < 1:558280/238‑1 (MQ=255)
cggtGCTGTGGCGCTATCCTGGCTTCGTGGCGAAGCGCGCATCACGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGACGGATGAGGCCTGCGGTCTGGTGTCGTTTAAGTTTGTCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTTGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGGGAGCTGGCTGTACGGtcgct < 1:202016/236‑1 (MQ=255)
aTGCTTTGGCGCTCCCCGGGTATGCTGGCGAAGGGCGCACCCCGAAAAAAATCACGGGCATCTTGCAGGGCGAAGCGCTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGCCGAGTTTATGAAACTAACCATACGCGG‑CACTTT‑ACGC‑GGTTTTGTTGGGAgccgggtcttaggtggctc > 1:1147848/1‑224 (MQ=255)
tGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAgct < 2:524674/221‑1 (MQ=255)
tGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CCCCGGGTTTTGGGGGGGGC‑GGCTGTACCGtcgct‑cg > 2:777029/1‑238 (MQ=255)
ctctCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑TGCC‑GGGTTTGTGGTGTGCTGGCTGTACgg > 1:524674/1‑221 (MQ=255)
ctctCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑GATTCT‑CGCC‑GGGTTTTTGGGGTGGTGGCGGTAAGGtcgct‑cccctgcatttc > 1:892281/1‑227 (MQ=255)
tcCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGGTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGCTTCCTct > 1:714675/1‑237 (MQ=255)
gttgGCGAAGGGCGCATCCCG‑AAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGc < 2:1012350/239‑1 (MQ=255)
ttgGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTTT‑TGCC‑GGGTTTTTTGTGAGGTGGCTGTACTGTCGCT‑CCCTGCGATTCCTCAGGCGCT‑GGGGc > 1:1112599/1‑239 (MQ=255)
ttgGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAgctggctg > 1:1609650/1‑203 (MQ=255)
ttgGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAgctggctg < 2:1609650/203‑1 (MQ=255)
ttgGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑GATTTT‑CGCC‑GGTTTTGTGGGGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCC‑GGGGc > 2:208759/1‑239 (MQ=255)
tgGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGc < 1:850089/238‑1 (MQ=255)
gcgcATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGGTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCCGCCGCT‑GGGGCGGGGGTGaa > 1:755132/1‑238 (MQ=255)
cATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTTT‑CGCC‑GGGTTTGTGGTGAGCTGGCTTGTCGGTCCCC‑CGCTGCGCATCCTCATCCGCT‑GGGGCGGTGGTGAAc‑cc > 2:1437481/1‑238 (MQ=255)
aTCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAAC‑Cc‑g < 2:127617/238‑1 (MQ=255)
ccGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGCAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGGGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAAC‑CC‑GCGAc < 1:271780/239‑1 (MQ=255)
aaaaaTCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAAC‑CC‑GCGACGCAGa < 2:244618/239‑1 (MQ=255)
aaTCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAAC‑CC‑GCGACGCAGATCg < 2:86740/239‑1 (MQ=255)
aaTCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAAC‑CC‑GCGACGCAGATCg < 2:802832/239‑1 (MQ=255)
aTCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAAC‑CC‑GCGACGCAGATCGt < 1:153671/239‑1 (MQ=255)
aTCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGGTTTTTGGGGAGCTGGCGGGACGGTCGCC‑CGCTACGGTTCCTCCGGCGCT‑GGGGCGGGGGTGGAG‑Cc‑gccgcgccgaacg > 1:1638400/1‑227 (MQ=255)
tGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAAC‑Cc‑g < 2:1085962/213‑1 (MQ=255)
ggCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCCATTTCTCCGCCGCC‑GGGGCGGTGAGGGAC‑CC‑GCGACGCAGATCACCCTGCTGTTTCtgctgc > 1:1659968/1‑238 (MQ=255)
gCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAAC‑CC‑GCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCctgctg < 2:1295841/236‑1 (MQ=255)
cGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAAC‑CC‑GCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCa < 2:72207/238‑1 (MQ=255)
gAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAAC‑CC‑GCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCAtt < 1:978539/239‑1 (MQ=255)
gAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAAC‑CC‑GCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCAtt < 2:1647074/239‑1 (MQ=255)
gAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAAC‑CC‑GCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCAtt < 2:1671520/239‑1 (MQ=255)
atgCGTTGATGAATGTCGTCCCTGGTGTGTTGTCGGTGAAGTTTGGCGTGGCAGGGGTGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGTGGTGCGACGGGCGAATTTATGAAAGTAGCCATGGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCGGGCTGGACGGGCGCT‑CGCCGCGATTCCGCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAGC‑CC‑GCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCAtt < 1:634585/236‑1 (MQ=255)
aaGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAAC‑CC‑GCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCAtt < 1:354027/238‑1 (MQ=255)
aaGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAAC‑CC‑GCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCAtt < 1:675239/238‑1 (MQ=255)
aaGCGTTGATGAAGGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGAGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAAC‑CC‑GCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCAtt < 1:44398/238‑1 (MQ=255)
cGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAAC‑CC‑GCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCg < 1:290646/237‑1 (MQ=255)
tgatgaATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGGTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAAC‑CC‑GCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGcttct > 2:883435/1‑239 (MQ=255)
atgaatgaCGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGGTGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGGTGGGAGGTGGCTGTACGGGCGCT‑CGCTGCGATTACTCAGCCGCT‑GGGGGGGGGGTGTACACC‑CCGGC‑CAGATCCTCCTGCCGTTCCTCGTGccctatccctcc > 1:391566/1‑227 (MQ=255)
atgaatgaCGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTTT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTGAGGTCCCT‑CGCTTCGATTCCTCAGCCCCT‑GGGGCGGTGATGAAA‑CC‑CCGCCGCCGATCGTCCCGCTGTTCCTGCCCCCCTTCTCTTCTTa > 1:1236056/1‑239 (MQ=255)
tgaCGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAAC‑CC‑GCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTAT‑CTGa < 1:917071/239‑1 (MQ=255)
aCGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGGGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTTGTGAGCTTGCTTTACGGTCGCT‑CCCTGCGATTCCCCAACCGCTGGGGGGGGGGAGGAAC‑CG‑CCCAC‑AACATCGTCCTCCTGTTCTCCCTGCCATTCGCCTTTTCT‑CTGCtt > 1:1170300/1‑239 (MQ=255)
ccTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTTCTCAGCCGCT‑GGGGCGGGGTTGAAC‑CC‑GCCGCGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCCTCTTAT‑CTGATTGcc > 2:913709/1‑239 (MQ=255)
ccTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGGTTTGTGGTGAGCTGGCTGTAAGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGGGGTGAAA‑CC‑GCGACGACGATCGTCCTGCTGTTCCCTCCGCCCTTTGCTTCTTTT‑CTGATTGcc > 2:531827/1‑239 (MQ=255)
cTCCGGTCTGGTGGCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAAC‑CC‑GCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTAT‑CTGATTGcc < 2:1497256/238‑1 (MQ=255)
tCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAAC‑CC‑GCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTAT‑CTGATTGCCGa < 2:1129049/239‑1 (MQ=255)
tCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAAC‑CC‑GCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTAT‑CTGATTGCCGa < 2:951993/239‑1 (MQ=255)
tCCGGTCTGGTGTCGTCGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAAC‑CC‑GCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTAT‑CTGATTGCCGa < 2:684626/239‑1 (MQ=255)
tGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGGTGGTGACGATGGTCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑GATTCA‑CCCC‑GGTTTTGTGGTGAGGGTGCTGGACGGTCGCT‑CCCTGGGGGTTGTCCGGCGGT‑GGGGGGGGGATGAGC‑CC‑GCGACGCAGAAAGACCCGCTGTTGCTGCCGCCCTTCGCTTCTTTC‑CTGATTGCCgccgagaat > 1:1001617/1‑231 (MQ=255)
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gAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGGTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCCCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGGGATGGAC‑CC‑GCGGACCAGATCGGCCTGCTGTTCCTGCTGCCCTTCGCTTCTTTT‑CTGTTTTCCGAACCAATT‑T‑GGG‑TTTTCCGGATCCTCGCCGCGGTTGTCCCCGGGGTGACCCTCAccccgccccgggttagtggccgtt > 1:636448/1‑217 (MQ=255)
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ggTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAAC‑CC‑GCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTAT‑CTGATTGCCGAACATATT‑G‑GCG‑TTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTg > 1:176106/1‑239 (MQ=255)
|
TTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAAC‑CC‑GCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTAT‑CTGATTGCCGAACATATT‑G‑GCG‑TTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTG > NC_000913/4280328‑4280802
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
