Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F17 I0 R1
|
155 |
84.1 |
1797446 |
90.9% |
1633878 |
230.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,280,576 |
A→G |
20.1% |
S200G (AGC→GGC) |
yjcE → |
putative cation/proton antiporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,280,576 | 0 | A | G | 20.1%
| 118.4
/ 2.9
| 60 | S200G (AGC→GGC) | yjcE | putative cation/proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/41); new base G (11/3); total (16/44) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.44e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTGGGCGATGCTGGA > NC_000913/4280341‑4280814
|
gttGCTTTCTCCGACCGATTCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAACAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAgct < 2:393502/237‑1 (MQ=255)
ggTGCTTTCGCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAgc < 2:693615/238‑1 (MQ=255)
tttCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGGATTCTCCCACGTGTTTGGGTGGgcgggctg > 2:800047/1‑239 (MQ=255)
tctcCGGACGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTa < 2:226188/239‑1 (MQ=255)
gaccgaTGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTTTCTCCGGGTTTTTGGGTGTCTGGCTTTACGGt > 2:628466/1‑238 (MQ=255)
cgaTGCTTGTGCGTTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGtcgct < 2:139178/239‑1 (MQ=255)
ggtgggggctttccggggTTTGTTGGCAGAGGGGGCATCCCGAAAAAAAACAGGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑GTGAATGGCGTCTCCGGTCTGGTGGCGTTGAAGTTTGCCGGAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGtcgctcgc < 1:533/223‑1 (MQ=255)
ctctCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGGATTTCTGCCGGGTTTTTGGGTGGCTGGCTGTACGGTGCCTCGCTGccgtttc > 2:371335/1‑232 (MQ=255)
cggggtttttggggggggggCGCTTCCAAAAAAAAGTCATGGGTATTGGTCGGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGGCCGCTCCGGGCTGGTTTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGc < 1:844511/222‑1 (MQ=255)
gATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGc < 2:73360/238‑1 (MQ=255)
tgttgGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGCCGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTCTGAAAGTGCCCATTGGCGGGATTTTTGCCCGGTTTGTGGGTGGCTTGCTGTACGCTCCGCCGCGGCGACTCTTCCGccccctgg > 1:164146/1‑233 (MQ=255)
tttgggtaaGGGGGCATCCCTAAAACAATTGTGGGCATTTTGCAGGGCGAAG‑GTTGTATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGGTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTgggg < 1:243830/232‑1 (MQ=255)
ttgGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGCATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTTTGGTGGGATGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGCTTCCTCAGCCGCTGGGGc > 2:97883/1‑239 (MQ=255)
ggCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGGATTTTCCCCGGGTTTTTGGTGGGCTGGCTTTCAGGTCGCCCCCTCCGATTCTCCAGCCCCTCgggggg > 2:78986/1‑239 (MQ=255)
gAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGGCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGCATTCTCGGCGGTTTTGTTGTGGGCTGGCGGTTAGGGCGCTCGCTTCGGTTCCCCAGCCGCTGGGGCgggtg > 2:12707/1‑236 (MQ=255)
gggCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTGGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTTGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGtgatg < 2:765366/238‑1 (MQ=255)
cATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTTTCCCCGGCTTTTTGGGGAGCGGGCTGTACGGTCGCTCCCTCCGCTTTCTCAGCCGCTGGGGCGGGGGTGAAaccc > 2:620206/1‑238 (MQ=255)
cATCCCGAAAAAAATCAGGGGCTTTGGGGAGGGGGAAGGGTTG‑AAGAATGACGCCTCCGGTCTGGTTTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTGCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCcg < 1:751466/239‑1 (MQ=255)
aaaaaaaTCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGGGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGCCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGTGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCa < 2:198106/239‑1 (MQ=255)
tCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTc < 2:617881/239‑1 (MQ=255)
tgtGGGTATTTTGGGGGGCGAAGGGTTG‑GAGAATGCGGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGGTTGCGGGGCCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGGGGGGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTcc < 1:619487/237‑1 (MQ=255)
tttGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTTTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCCCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CCCAGATCGTCCTGCTGtt > 2:440033/1‑237 (MQ=255)
tgggtgggggagggtttgttgatggCGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTGGCAGTGGCGATGGGGACGGTGACCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCctg < 1:113165/218‑1 (MQ=255)
gagggTTG‑GTTAATGCCGCCCTCGGTCGGGTTTTGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGGGGGCATGGGGAAGATGATCTTCACCGTCGGCGGGGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTc < 1:789549/235‑1 (MQ=255)
aaGCGTTG‑ATGAATGACGCGTCCGGGTTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑tt < 2:872127/238‑1 (MQ=255)
agtgccgtcgccgttttgggttCGTTGAAGTTTGCGGTTGCAGTGGCGTTGGGGACGGTGATTTTCGCCGGCGGCGGGGGGAAGGGTGAATTTAGGAAAGTAGCCATGGGCGGTATTCTGGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCTTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCt < 1:582988/218‑1 (MQ=255)
tggcGCCTCCGGTTTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGa < 2:682249/236‑1 (MQ=255)
tggcGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGa < 2:218473/236‑1 (MQ=255)
tgaCGCCTCCGGTCTGGTTTCGTTGAAGTTGGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGa < 2:240779/239‑1 (MQ=255)
gtgcgcggcttttttgtttCGTTGAAGTTTGCCGTAGGTGTGGCGATGGGGATGATGATCTTCCCCGGCGGTGGTGCGGCGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGAt < 1:134806/221‑1 (MQ=255)
ccgccGGTGTGGTTTCGTGGAGGTTTGCCGTAGCAGTGGGGGTGGGGGCGATGATCTTCACCGTCGGGGGTGGGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGcc < 1:571145/236‑1 (MQ=255)
tCCGGTTGGGTTTCGTTGAGTGTTGCCGTGGAGGGGGGGATGGGGCAGTTGGCCTCGCCCGTGGGGGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGa < 1:455045/239‑1 (MQ=255)
gccGGTCTGGTGGCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGa < 2:738466/238‑1 (MQ=255)
gtgtCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCCTTGGCGGTATTCTCGCCGGTGTTGTGGTGGGCTGGCTGTACCGTCGCTCGCTGCGATTTCCCAGGCGCTGGGGGGGGGGTGAACCCCCCG‑CGCCGCTCCGCCCGCTGTTCTCGCTGCCA‑TTCGCCTCTTCTTTGATTGcccgaccaacttg > 1:504212/1‑228 (MQ=255)
ttGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGGTTTGTGGTGGGCTGGCTGGACGGTCGCCCGCTGCGGTTCCTCAGCCGCTGGGGCGGGGATGAACCCGCGA‑CGCCGATCGTCCCGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCCCTTCTTTTCTGATTTCCGGACAAATTgggggtt > 2:236412/1‑233 (MQ=255)
tGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGCATTCTCGCCGGGTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCCGCCGCTGGGGCGGGGGTGAACCCCCGA‑CCCAGATCGTCCTTCTGTTCCTCCCGCCC‑TTCCCCTCTTATTTGATTGCCCGACAAATTGGGGTTTCCGGGATcc > 1:429620/1‑239 (MQ=255)
gCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGGTTTGTGGGGGACTGGCTGTACGGGCCCTCCGTCGCATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGGGGTGAACCCCCGAGCGC‑GAGCGGCCCGCCGTTCCTGCCGCCATTTCCCTCTTTATC‑GATTGCCGAAAAAATTTGCGTTTCCCGcccccccccgcg > 1:817064/1‑228 (MQ=255)
gttGGGGACGTTGTTCTTTCCCGTCGGGGGTGGGACGGTCGAATTTATGAAAGTGGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCACCCTCGCTGCGGTTgccg < 1:236412/237‑1 (MQ=255)
aCGTTGATCTTCCCCTTCGGGGTTGGGGCGGTCGAATTTATGAAATTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGa < 1:820318/238‑1 (MQ=255)
cGATGATCTTCCCCGTCGGCGGGGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGGCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGTATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGAt < 2:802704/238‑1 (MQ=255)
cGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGGTTTTTGGGGAGCTGGCTGTAAGGTCGCTCCCTGCGGTTCCTCAGCCGCTGGGGCGGGGGGGAACCCCCGC‑GGCGCACCGTCCGCCTTTTCCTCCGGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTTCCGGAAAAATTTGGGTTTTCCGCATCCCCCCTCCGGTTTCCCCCgggtgg > 1:210067/1‑236 (MQ=255)
atCTTCCCCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGGACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGAcc < 2:28378/237‑1 (MQ=255)
tctcgcttggggggtggctggTTGAATTTATGAAAGTGGCCATTGCCGGTTTTCTGGCGGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTCCGGTCGCTCGCTGGGATTCCTCAGCCGCTGGGGGGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTGCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCAcc < 1:139031/220‑1 (MQ=255)
tcgccGTCGGCGGGGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCCCGCCGGTTTTGGGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCAcc < 2:164146/236‑1 (MQ=255)
tCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTGGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCAcc < 2:226730/239‑1 (MQ=255)
gggggcgtTGGGACGGGCGAATTTTTGAAGGGTGCCTTTGGTGGTATTCTCGCCGGTGTTGTGGTGAGCGGGCTGTACGGGCGCTCGGTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGGGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑GTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTc < 1:568097/236‑1 (MQ=255)
cggcggTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTTTCCCCGGATTTGTGGTGGGCTGGCTGTACGGGTCCTCGCTGCGGTTCCTCCGCCGCTCGGGGGGGGGTGGACCCGCGC‑CGCCGAACGTCCCGCTGTTTCTGGTTCCC‑TTTCCCTCTTTTTTGCTTGCCCCACCAATTTGCGTTTCCGGCACCCCCCCCGCGGTTGCCGCCGGGGGGAAAATCACCCCCTCCg > 1:392338/1‑239 (MQ=255)
ttcGAGGGTTGAAGTTATGCAAGGCGCCATTGGCGGTAGTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCCCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGTCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGtgtg < 2:883354/236‑1 (MQ=255)
tcaCGGTGGAATTTTTTAAAGTGGCCCTTGGGGGTTTTCTGGCCGGTTTTGGGGGGGGGTGGCTGGACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGAt < 1:628466/236‑1 (MQ=255)
ggctgttggAATTTTTGGTAGTGGCTGTTGGCGGTTTTCTCGCCGGTTTGGTGGGGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑GGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGAtg < 1:78986/231‑1 (MQ=255)
cGACGGTGGAATTTATGAAAGTAGCCATGGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGAt < 2:31851/238‑1 (MQ=255)
tCGAATTTATGAAAGGAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCACCACCAGCGccagcgcg < 2:286635/230‑7 (MQ=255)
aTGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCt < 2:244296/239‑1 (MQ=255)
tGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGGTTTGTGGTGAGGTGGCTGTAAGGTCGCTCGCTTCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGGGGTGAACCCCCCA‑CGCAGATAGGCCTGCCGTTCCTGCTTCCA‑TTCGCTTCTTTTCTGCTTGACGCACCTATTTGCGTTTCCGGCATTCTCCCTGAGGGTTCCTCCGGGACGACCCTCCACCCCGCCCGGGTGAagcgccgggtgcccccg > 1:136908/1‑235 (MQ=255)
gggTTTTCCCGCCGGTTTGGTGGGGGGCCGGCGGTGCGGGCCGTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGt < 1:571357/237‑1 (MQ=255)
gttttttcGCCGGTTTTTGGGTGGGCGGGGTGTCCGGTCGCTCCTCGCTTTTCCTCCGCCGCTGGGGGGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCGGCCA‑TTCGCGTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCa < 1:581353/233‑1 (MQ=255)
aTTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGGTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCaaa < 2:210067/239‑1 (MQ=255)
aTTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCaaa < 2:85433/239‑1 (MQ=255)
ttCCCGCCGGTTTTGGGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCCGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCaaa < 2:688625/238‑1 (MQ=255)
tttGGGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTggg < 2:136908/238‑1 (MQ=255)
aGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGGGCAAACAGCACCTGGGCGATGCTGGa > 2:53268/1‑239 (MQ=255)
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GGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTGGGCGATGCTGGA > NC_000913/4280341‑4280814
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
