Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F97 I0 R1
|
42 |
62.5 |
1065460 |
98.7% |
1051609 |
269.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,959,990 |
T→A |
11.5% |
intergenic (‑178/+21) |
ppiC ← / ← yifN |
peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C (rotamase C)/PemK toxin family pseudogene |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,959,990 | 0 | T | A | 11.5%
| 125.3
/ 6.4
| 42 | intergenic (‑178/+21) | ppiC/yifN | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C (rotamase C)/PemK toxin family pseudogene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/17); new base A (2/3); total (22/20) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.56e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.21e-01 |
TGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTGCAGGTCATTGATAACATTACTGGCTATTTCAACATGCATTCCACGTTTTAACTTGTCTGGTCGCGAGTGGTTGATAATG > NC_000913/3959742‑3960272
|
tGCTCGAGAAGTTCCAGAGCCAGTTTTTCTTCTTTTACAAGGGTATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGTTCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATgg < 1:73271/289‑1 (MQ=255)
cTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCa > 2:257189/1‑289 (MQ=255)
cTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTGTCTCTTCTTTTACAAGGAGATGCAGTGCTGCTTCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGGATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGGGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCa < 2:302917/289‑1 (MQ=255)
agaTCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCattgatt < 2:3424/288‑1 (MQ=255)
tCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACt > 2:128092/1‑289 (MQ=255)
ttCTCTTGTTTTACAAGGATATGCAGAGCGACTGCTGTGTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGGGAATAATGGTCAGGCGGGGATTTTAGCAGGATCCGAAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAACTCCGGGCTTCGCAGGGCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCg < 1:334785/286‑1 (MQ=255)
aaggtaagtcAGTGCGCCTGCTTTTTTTGCGAGGTACGGCCCTTGTGGTAATAATTGTCAGGCGGCGATGTTAGCATGAGCCGCAGATGTTAACGTAATTGACAGTCGGGGGGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGca < 1:28408/280‑1 (MQ=255)
atatGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTTTGTATGTCTGcaacca > 1:258257/1‑289 (MQ=255)
gTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACa < 2:415348/287‑1 (MQ=255)
gTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACa > 1:415348/1‑287 (MQ=255)
gATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCTTTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATa > 2:88943/1‑288 (MQ=255)
gAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGAACGCCCTCTGTATGTCTGCAACCCACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAg > 2:451418/1‑288 (MQ=255)
aGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGt > 2:178869/1‑288 (MQ=255)
aataatTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTTACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTACGCAACCAACTCATATGGCCAACACTGAGTAAGATAACCCCTGTAAGGCCttc > 1:359767/1‑288 (MQ=255)
aataatTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCtt > 1:496411/1‑288 (MQ=255)
aGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTaa > 1:349930/1‑289 (MQ=255)
tttAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCga < 1:178869/289‑1 (MQ=255)
cAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTa > 2:93062/1‑288 (MQ=255)
gCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGt < 1:93062/289‑1 (MQ=255)
cTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGt < 2:496411/288‑1 (MQ=255)
tcagGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTAACGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGa > 1:496885/1‑289 (MQ=255)
aGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATctg < 2:258257/288‑1 (MQ=255)
tGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTAACGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATctgct < 2:496885/288‑1 (MQ=255)
gCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGct < 2:515815/225‑1 (MQ=255)
gCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGct > 1:515815/1‑225 (MQ=255)
gCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGa > 1:207484/1‑288 (MQ=255)
cTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGAt < 1:128092/288‑1 (MQ=255)
tACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAg > 2:64790/1‑289 (MQ=255)
atatGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTg < 2:207484/289‑1 (MQ=255)
tatGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTGc < 2:349930/289‑1 (MQ=255)
gCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGACTTGCAgg > 2:208877/1‑288 (MQ=255)
aaGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTGCAGGTCAtt > 2:340360/1‑289 (MQ=255)
aaGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTGCAGGTCAtt > 2:470476/1‑289 (MQ=255)
cGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTGCAGGTCATTGATaa > 1:56066/1‑289 (MQ=255)
gCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTGCAGGTCATTGATAACATTACTGGCTATTTCAACATGCATTCCACGTTTTAACTTGTCTgg > 1:393835/1‑289 (MQ=255)
gtATGGGGTACAAGTTCATTAACGGGGATGGTTAGTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTAGGTCTGCAACCAACTCAGGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTGCAGGTCATTGATAACATTACTGGCTATTTCAACATGCATTCCACGTTTTAACTTGTCTGGTcgc < 1:88943/288‑1 (MQ=255)
tGGGCTACAAATTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTGCAGGTCATTGATAACATTACTGGCTATTTCAACATGCATTCCACGTTTTAACTTGTCTGGTCGCGAg < 2:359767/289‑1 (MQ=255)
tGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTGCAGGTCATTGATAACATTACTGGCTATTTCAACATGCATTCCACGTTTTAACTTGTCTGGTCGCGAg < 1:64790/289‑1 (MQ=255)
tACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTGCAGGTCATTGATAACATTACTGGCTATTTCAACATGCATTCCACGTTTTAACTTGTCTGGTCGCGAGTGGt < 1:413458/288‑1 (MQ=255)
aaaGTCATTAACGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGAt < 2:80024/204‑1 (MQ=255)
aaaGTCATTAACGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGAt > 1:80024/1‑204 (MQ=255)
tCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTGCAGGTCATTGATAACATTACTGGCTATTTCAACATGCATTCCACGTTTTAACTTGTCTGGTCGCGAGTGGTTGATAATg > 2:159298/1‑289 (MQ=255)
|
TGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTGCAGGTCATTGATAACATTACTGGCTATTTCAACATGCATTCCACGTTTTAACTTGTCTGGTCGCGAGTGGTTGATAATG > NC_000913/3959742‑3960272
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
