Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F17 I0 R1
|
52 |
59.5 |
1410130 |
88.0% |
1240914 |
215.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,076,841 |
A→C |
18.2% |
T233P (ACC→CCC) |
yihY → |
BrkB family putative transporter, inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,076,841 | 0 | A | C | 18.2%
| 108.8
/ 2.6
| 66 | T233P (ACC→CCC) | yihY | BrkB family putative transporter, inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/31); new base C (4/9); total (22/44) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.56e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGGCGATCAGTTCCTATTTGCTCTCCCT‑GCGCTGGGCGAGCGATCTCAATACTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGTCACTCTCGGGGAATACCGCAAACTAAAACAAGCAGCTGAACAAGAAGAAGACGACGAACCATGATTGCATTAATTCAACGCGTAACCCGTGCCAGCGTCACCGTGGAGGGA > NC_000913/4076617‑4077064
|
tGGCGTTTAGTTCCTTTTTGCTCTCCCT‑GCGCTGGGCGAGCGATCTCAATACTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCAcc < 1:494777/227‑1 (MQ=255)
gggCTATCAGTTCCTATTTGCTCTCCCT‑GCGCTGGGCGAGCGATCTCAATCCTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCAcc < 2:213530/226‑1 (MQ=255)
gCGATCAGTTCCTATTTGCTCTCCCT‑GCGCTGGGCGAGCGATCTCAATACTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGACTGTCGTCGCGTTTGTCGCCGCCCCCCTGTCCGAACCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTTTATCAccct > 1:503500/1‑225 (MQ=255)
ttctgctCCTATTTGCT‑TCACTGGCGCGGGGGTTGTGATCGCATGACTGCTATCGAAACCGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTGGCTGATTTCGTGGATCTCCTCCTGGTTGGTGTTCAGCATTGTTCCGACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCAATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGATTTCGCGCTTTATATCACCATGtt < 1:443717/221‑1 (MQ=255)
aTCAGTTCCTATTTGGTCTCCCT‑GCGCTGGGCGAGCGATCCCAATACTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCCGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGtt < 2:690744/227‑1 (MQ=255)
aTCAGTTCCTATTTGCCCTCCCT‑GCGCTGGGCGAGCGATCTCAATACTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGtt < 2:159666/227‑1 (MQ=255)
ccTATTTGCTCTCCCT‑GCGCTGGGCGAGCGATCTCAATACTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTTTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAACCAGGCACGAAAGGATTCGCGCTTTCTATCAc > 1:213530/1‑214 (MQ=255)
ccTATTTGCTCTCCCT‑GCGCTGGGCGAGCGATCTCAATACTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCCCCCTCCTGTTCGAAGCCGGAAGGAAAGGCTTCCGGCTTTATATCACCATGTTCCCGCCat > 1:209918/1‑228 (MQ=255)
ttGTTCTCCCT‑GCGCTGGGCGCGTGCTCTCAATTCTGTCATCGCTAACGTGCTGCTGATTTTGC‑CGTTGCTGTTTTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAg < 1:573169/228‑1 (MQ=255)
tGCTCTCCCT‑GGGCTGGGCGAGTGATCTAAAATCTTGCATTGAACACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTTGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAg < 2:686578/227‑1 (MQ=255)
ctctCCCT‑GCGCTGGGCGAGCGATCTCAATACTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTATCCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCCCACTCCTGTTCGACGCGGGCCAGAAAGGGTTCGCGCTTTATATCCACATTTTccctgcccacagcaca > 1:632095/1‑215 (MQ=255)
ctctCCCT‑GCGCTGGGCGAGCGATCTCAATACTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGCCGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCCCTCCTGTTCCAAGCAGGAACGACAGGTTTCGCGCTTTTTATCACCATGTTCCCGTCATATCAGc > 1:439924/1‑226 (MQ=255)
ctctCCCT‑GCGCTGGGCGAGCGATCTCAATACTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGccc > 2:626812/1‑226 (MQ=255)
tcgcgcT‑GCGCTGGGCGAGCGAACTCAATACTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCt < 2:439924/221‑1 (MQ=255)
tcCCT‑GCGCTGGGCGAGCGATCTCAATACTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCa > 2:569967/1‑221 (MQ=255)
cccT‑GCGCTGGGCGAGCGATCTCAATACTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTACCCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTTTTCGAAGCAGGCAAGACAGGTTTGGTGCTTTATTTCCCCACTTTccctcaatgaccgcacattt > 1:201523/1‑211 (MQ=255)
gggCGAGCGATCTCAATACTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGCCATATCACTTCATTTTTGgtgtc > 2:169004/1‑226 (MQ=255)
gcgagcgaTCTCAATACTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCGGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCGGTTCGAAGCCGGAAAGAAAGGTTTAGCGCTTTATATACCCATGTTCCCGCCAAATAAACTAATTTATGGGGT‑TCTg > 1:21167/1‑228 (MQ=255)
cgaTCTCAATACTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGt < 2:201523/228‑1 (MQ=255)
tctcATTCCTGTCACCGACAACGTGTTGCTTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGAt < 1:169004/228‑1 (MQ=255)
gccATCGATAACGTGCTGCGAATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCCTTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGCCGCGGTTGTCGCCGCCCTCCTGTTCGACGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTGTCTTTCCCCCTGTTCCCGTCAGATAAGCTCATTTATGGTCG‑GCTGGCgggcgtgcccactcc > 1:223839/3‑214 (MQ=255)
gTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTCTATCACCATGTTCCCGTCATATCAGGTCCTTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGTTCCCCATtctc > 2:233452/1‑228 (MQ=255)
tcttccacaactgtgttcttATTTTTC‑CGTTTCTGTTGGCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTCCAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCCCCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTctct < 1:693779/209‑1 (MQ=255)
tcatgaccaacgtgtggctgtttttCGCGGTGGTGTTGCGGTGGATCTGCTCGTGGTTGCCGTCCAGCCTTGGTCCGACCATCCGAGTCCCTAACCGCGACGCGATTGGCGGCGGGTTTGTCGCCGCCCTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATACCCCCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTctct < 1:458661/208‑1 (MQ=255)
cGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCa < 1:645061/167‑1 (MQ=255)
taagggagtgggtttttttgC‑CTTTGCGTTTGTTGTGGCTCTCCTTGTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCCCCCTCCTACCTAACCGCGCCGGGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCGTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCtttgtt < 1:141114/212‑1 (MQ=255)
atcGTGCTTCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTCGCGGGGCTCTCCGTCTGGTTGCTGTCCAGCATTGTTCCTGCCCTCCGCGTACCTAACCGCGAAGCGATGGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTgg < 1:528020/226‑1 (MQ=255)
aaCGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTTCTGTTGTCGTGGATCCCCTTCGGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAATGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTCTgg < 2:217078/228‑1 (MQ=255)
aaCGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCCGGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACCGCATTGTTCCTACCATCCGCGTTCCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTgg < 2:508019/228‑1 (MQ=255)
aaCGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTCCTGTTGTCGTGGATCCCCTTCCGGTTGCTGTACAGCATCTTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTgg < 2:89949/228‑1 (MQ=255)
aaCGTGCTGCGTATGTTTC‑CGTTGCTTTTTTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGC‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTgg < 2:65405/228‑1 (MQ=255)
cGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCCTTCTCTTTGTTTGGGt > 2:226837/1‑228 (MQ=255)
gctgcGTTTTTTGC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTTCCATCCGCGGTCCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTa < 2:632095/228‑1 (MQ=255)
gctgcGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTTGGTCTa > 2:81175/1‑228 (MQ=255)
gctgcGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTa < 2:9454/228‑1 (MQ=255)
tgcGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTAGGGCTACt > 2:594334/1‑228 (MQ=255)
gcGTATTTTTC‑CTTTGCTGGTGTCGTGGATCTCCTTCTGTTGGCTGTACCGCATTTTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTTT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTg < 1:578987/228‑1 (MQ=255)
tttttttC‑CGGTGCCGTTGGTGGGGATCCCCTTCGTGGTGCGGTACCGCATTGTTCCTTCCATCCGGGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGGCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGAc < 1:414078/226‑1 (MQ=255)
ttttttC‑CGTTGCTTTTGTCGGGGATCTCCGTCTGGTTGCTTTACAGCATTGTTCCTACCGTCCGCGTACCTAACCGCGACGCAAATGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCCCTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCGCCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACa < 1:618154/227‑1 (MQ=255)
cGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTTT‑ACTGGCGGTGATCCCCCTTCTCTTTTTTTTGGTTTACtcctgtctctta > 2:141114/1‑216 (MQ=255)
cTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGTCCATTTATGGTGT‑GCTGCCGGTGGTCCCCCTTTTCTTTTTTTTGGTCttcagggccatggtgacgggt > 2:263556/1‑208 (MQ=255)
ggcGTGGATCTCCATCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTcttgct < 2:503500/226‑1 (MQ=255)
tttcggTACCGCCTTGTTCCTACCATCCGGCTCCCTAACCGCGACGCTATTGTCGGGCCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCATGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCCCCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGt < 2:616326/222‑1 (MQ=255)
ttCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGCAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTTATCCCCACTCTCTTTGTTTTGGTACACTGGACCTGTGGTGTCGTCCTGCTTGGTCCGGAGATTACCGTCCCCCCGGGGGAATaac > 1:540640/1‑226 (MQ=255)
aCCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGTGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTAGCGGTGATCCCCATTCCCTTTGTTTGGGTCTACGGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTTCTTTCACTCTAGGGGGATACCGCaa > 1:447809/1‑227 (MQ=255)
acATCCGCGTTCCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGGGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTAGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGTCACTCTCGGGGAATACCg < 2:447809/222‑1 (MQ=255)
tctaccaggatgggatttgcGGTGCGTTTGTCCCCCCACTCCTGTTCGAACCAGGAAAGAAAGGTTTCGGGCTTTATATCCCCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGTCACTCTCGGGGAATACCGCAAACTAAAACAagcag < 1:81175/209‑1 (MQ=255)
cTAATCGCGACGCGATTTGCGGTGTGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGTCACTCTCGGGGAATACCGCAAACTAAAACAagcag < 2:453775/228‑1 (MQ=255)
tgtccGTGACGTGGTTGTCCGCGTGGTTGCCGTCGACCTCCTGTTCGAAGAAGGAAAGTAAGGTTTCGCGCTTTATATCGCCATGTTCCCTTCATTTCAGCTTATTTATGTTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGTCACTCTCGGGGAATACCGCAAACTAAAACAagcagc < 2:321964/225‑1 (MQ=255)
gggatgctaTTTTCGGCGCTTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGTTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCTTCATATCATCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGTCACTCTCGGGGAATACCGCAAACTAAAACAAGCAGCTGAAc < 1:594334/220‑1 (MQ=255)
cgcgaTTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTTTTTGGGTCTACTGGACTTGGTGTATGGTCTTGCTTGGCGCGGAAAATTCTGTAACCCTCGGGGAATACCGCAAACCAAAAAATGAAGTTGAaaaaaa > 2:383229/1‑226 (MQ=255)
tggggggTTTGTCGCCGCCCCCCTGTTCGAATCAGGAAAGAAAGGTTTCGGTCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCGCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGTCACTCTCGGGGAATACCGCAAACTAAAACAAGCAGCTGAACAAGAAGAAgacga < 1:626812/222‑1 (MQ=255)
ggCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTTTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGTCACTCTCGGGGAATTCCGCAAACTAAAACAAGCAGCTGAACAAGAAGAAgacga < 2:21167/227‑1 (MQ=255)
gctccgcACCTCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCTGTTTTGGTCGCGATTTTCCCGTTATATGAGCTCATGTAGGGTGT‑GCGGGCGGTGATCCCCATTCGCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGTCACTCTCGGGGAATACCGCAAACTAAAACAAGCAGCTGAACAAGAAGAAGACGACGAACCATGAt < 1:233452/225‑1 (MQ=255)
ccTCCTGTTCGAAGCAGGAAATGAAGGTTTCGCGGTTTATATGACCATGTTCCCGTTCTGTCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACGGGACATGGTGTAACGTCTAGCTTGGCGCGGAAATTACTGTCACTCTCGGGGAATACCGCAAACTAAAACAAGCAGCTGAACAAGAAGAAgacga < 2:339049/209‑1 (MQ=255)
ttGTTCGATGCAGGAAAGATAGGTTGCGCGCTTTATATCCCCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGTCACTCTCGGGGAATACCGCAAACTAAAACAAGCAGCTGAACAAGAAGAAGACGACGAACCATGATTGCATTAATTc < 1:226837/227‑1 (MQ=255)
tggTTCGAAGCAGGTAAGATAGTTTCTGCGCTTTTTATCCGCAGGTCCCCTTCTTGTCAGCTCATGTAT‑GTGTGGCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGACACTCCCGGGGAATACCGCAAACTAAAACAAGCAGCTGAACAAGAAGAAGACGACGAACCATGATTGCATTAATTc < 1:302610/226‑1 (MQ=255)
cggTTCTAAGCAGGAAAGAAAGTTTTCGCTTTTTATTTCCCCTTGTTCCCGTCATATCAGCTAATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTTCTCGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGTCACTCTCGGGGAATACCGCAAACTAAAACAAGCAGCTGAACAAGAAGAAGACGACGAACCATGATTGCATTAATTc < 2:450359/226‑1 (MQ=255)
cTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTAGATCACCATGTTCCCGTTATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGTCACTCTCGGGGAATACCGCAAACTAAAACAAGCAGCTGAACAAGAAGAAGACGACGAACCATGATTGCATTAATTc < 2:590772/228‑1 (MQ=255)
agGTTTCGCGCTTTATATCCCCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGTCACTCTCGGGGAATACCGCAAACTAAAACAAGCAGCTGAACAAGAAGAAGACGACGAACCATGATTGCATTAATTCAACGCGTAACCCGTGCCAg < 2:231123/227‑1 (MQ=255)
gTTTCGCGCTTTATATCCCCATTTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGTCACTCTCGGGGAATACCGCAAACTAAAACAAGCAGCTGAACAAGAAGAAGACGACGAACCATGATTGCATTAATTCAACGCGTAACCCGTGCCAGCg < 2:447664/227‑1 (MQ=255)
tttCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGTCGCGGACATTGCTGTCACTATCGGGGAATACCGCAAACTAAACCAAGCAGCTGAACAAGAAAACGACGACGAAACATGATTTCATTAAATAAACGAGAAACCCGGGCCacgggc > 1:540852/1‑223 (MQ=255)
tCGAGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATAGCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTTATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGTCACTCTCGGGGAATACCGCAAACTAAAACAAGCAGCTGAACAAGAAGAAGACGACGAACCATGATTGCATTAATTCAACGCGTAACCCGTGCCAGCGTc < 2:562948/226‑1 (MQ=255)
ccgttttATAGCTCCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTAGGGTGG‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGTCACTCTCGGGGAATACCGCAAACTAAAACAAGCAGCTGAACAAGAAGAAGACGACGAACCATGATTGCATTAATTCAACGCGTAACCCGTGCCAGCGTCAcc < 1:370303/223‑1 (MQ=255)
ttATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGTCACTCTCGGGGAATACCGCAAACTAAAACAAGCAGCTGAACAAGAAGCAGACGACGAACCATGATTGACTTAATTCAACTCCTAACCCGTGCCACCGACACCggcggg > 2:469300/1‑223 (MQ=255)
atatCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGt < 2:359400/118‑1 (MQ=255)
tatCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCTCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGGCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGTCACTCTCGGGGAATACCGCAAACTAAAACAAGCAGCTGAACAAGAAGAAGACGACGAACCATGATTGCATTAATTCAACGCGTAACCCGTGCCAGCGTCACCGTggaggga < 2:209918/228‑1 (MQ=255)
|
TGGCGATCAGTTCCTATTTGCTCTCCCT‑GCGCTGGGCGAGCGATCTCAATACTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGTCACTCTCGGGGAATACCGCAAACTAAAACAAGCAGCTGAACAAGAAGAAGACGACGAACCATGATTGCATTAATTCAACGCGTAACCCGTGCCAGCGTCACCGTGGAGGGA > NC_000913/4076617‑4077064
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
