Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F9 I0 R1
|
71 |
67.1 |
1514203 |
90.7% |
1373382 |
220.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,719,840 |
G→A |
14.6% |
intergenic (+73/‑208) |
yiaG → / → cspA |
HTH_CROC1 family putative transcriptional regulator/RNA chaperone and antiterminator, cold‑inducible |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,719,840 | 0 | G | A | 14.6%
| 184.0
/ 2.7
| 82 | intergenic (+73/‑208) | yiaG/cspA | HTH_CROC1 family putative transcriptional regulator/RNA chaperone and antiterminator, cold‑inducible |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/29); new base A (2/11); total (41/41) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.58e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAAT‑GGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTAACGCTTCAAAATCTGTAAAGCACGCCATATCGCCGAAAGGCACACTTAATTATTAAAGGTAATACACTATGTCCGGTAAAATGACTGGT > NC_000913/3719613‑3720068
|
gATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAAT‑GGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑AAAAAAAATGa > 2:303514/1‑229 (MQ=255)
aaaaaTCAGTGTTTTCGCCCGGGTGTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAAT‑GGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGaaa < 2:346814/227‑1 (MQ=255)
aaaaTCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAAT‑GGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAaat > 1:163554/1‑229 (MQ=255)
cGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAAT‑GGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACGGTTTTCCAACC‑GCTTCAT‑CATAAATATGACAAATAAtt > 1:332986/1‑228 (MQ=255)
cGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAAT‑GGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATCAATATGAAAAATAAtt > 1:591131/1‑228 (MQ=255)
cGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAAT‑GGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACAGTTTTCTAACC‑GATTAAT‑CTTAAATATGAAAAAAAAtt > 2:108154/1‑228 (MQ=255)
cGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAAT‑GGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGAAAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAAAAAtt > 2:389978/1‑228 (MQ=255)
cGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAAT‑GGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCAATAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGATGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCTTTTTCCAACC‑GATTAAC‑CTTAAATAGAAAAAAAAAtt > 2:597408/1‑228 (MQ=255)
cGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGAATCAGTCGCCATGGTAAAGGAAT‑GGGAATCAAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGCACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTACGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCAAACC‑GCTTAAT‑CATAAATATGAAAAAAAAtt > 2:76965/1‑228 (MQ=255)
cGATGATTTCGCACGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAAT‑GGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGACGTTTACGACCTGGCTGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GTTTATT‑CAAAACTAGGAACaataaat > 2:695047/1‑226 (MQ=255)
atgatTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAAT‑GGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGCATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAACTATGAAAAATAAttgt > 2:554597/1‑228 (MQ=255)
tgatTCCGCCGGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAAG‑TGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAAttgttg < 2:373185/229‑1 (MQ=255)
cccGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAAT‑GGGAATCAAGACGCGTGAAGCCTTCCAGTGCCGAACTAAAATTGCTGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGCCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCCATTTATTACTGTTCACGGTCCTGATGAAAGGACCGTTTTCCAGCC‑GATTAAT‑AATAACTATACAaattaatttcttcttaccca > 2:184358/1‑217 (MQ=255)
tATCAGTCGCCATGGTAAAGGAAT‑GGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCtt > 1:593163/1‑229 (MQ=255)
tATCAGTCGCCATGGTAAAGGAAT‑GGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGGTTTCCACCC‑GATTAAT‑CATAAATTTGAAAAAAAATTGTTGAATTAC‑CCCCCAATGCGTGGGtt > 2:689967/1‑229 (MQ=255)
agccGCCATGGTAAAGGAAT‑TGGAATCCAGTCGCTGGAAGCCTTAAAGCGCCGAACAAAACTTGATGCGTTTGATCTAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTGG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGTTCCTGATGACAGGACGTTTTTCAAACC‑GATTATT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATg < 1:468227/226‑1 (MQ=255)
tgaataagagaaaggaaaggGGAATCCAGCGGCGTGAAGCCTTAAAGTGCGAAACTAAAATTGAGGCGTTTGTTTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCATTTG‑ATGGAACAGAC‑TTTTTT‑CCTCTTTATTGTTGTTTACGGTCCTGATGACAGGCCCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATg < 1:259565/218‑1 (MQ=255)
agtaaT‑GGGAATCCAGCCGGGTTAACCTTTCAGTTGCAAAATAAAAGTTGATGCGTTTAATTTAAGCAACCCGGGCATTAAGTAAGGAGTTG‑ATGGAATAGCT‑TTTTAT‑CCACTTTATTGATGTTAACGGTCCTGATGACGGGCCCGTTTTCCAACC‑ACTTAAT‑CATAAATAGGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGttt < 2:324434/226‑1 (MQ=255)
t‑GGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCAAATAAACGGTTTGACGt > 1:415449/1‑229 (MQ=255)
gggAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATCCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTa > 1:1571/1‑229 (MQ=255)
gaaaTCCAGACGCGTGAACCCTTCAAGGGCCGAACTAAAATTGATCCGTTTAATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCATTTTATTGCTTTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCACCC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTa < 1:43967/226‑1 (MQ=255)
aaaccagggggggaaacccTTAAAGGTCCAAACTAAAAGTGATCGTTTTGATCACAGCACAACCGGGATTAAGTAAGAAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAC‑CCACTTTATCGCATTTAAGGGTCCTGATGAAAGGACCGTTTTCAAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAAAAATTGTTGCAGCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAg < 2:622731/212‑1 (MQ=255)
aaTCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAg > 1:657686/1‑229 (MQ=255)
aaTCCAGACGCGTAAATCCTTCAGTTCCCGAACTAAAATTGATTCGTTGGATTCAAGCCACCCGTGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGCC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATAGGAAAAATAATTGTTGCATCCC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAg < 1:108154/229‑1 (MQ=255)
ccAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTATT‑CTTAAATATGAAAATAAATTGTTGCATAAC‑CCCCCAATCCTTGGCTTAATGCACATaaaagccgttatctaaaaca > 2:259565/1‑211 (MQ=255)
cggcgGGAAGCCTTCAATTGCAGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAACCCAACCCGGCATTAAGTAAGTAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGAAAGGACCTTTTTCCACCC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTa < 2:562954/227‑1 (MQ=255)
cgcgTAAACCCTTCAAGTGCCGAACTAAATTTGATGCGTTTAATTCAAGCCAACCCGTCATAAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCACCC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTa < 1:101855/228‑1 (MQ=255)
gtgaatcctgcaatgtctgAACTAAAATTTATGGTTTTGATTAAAGCCAACCTGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAg < 1:307230/210‑1 (MQ=255)
gagAAGCCTTTAGGTGTCGAATCAAAATTGATGCGTTTAATGCAAGACAACCCGGATTAAAGTAAGAAGTGG‑ATGGAATAGGC‑TTTAAT‑CCACTTTAGTTATTTTGACGGTCCTGAACGCAGTACCGTTTGCCAACA‑GATCAAA‑CAAAAAAATGAAAAATAATTGTTTCTCCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAg < 1:695048/226‑1 (MQ=255)
aggAAGGCTTAAAGTTACGGAGTAAAGTTGAGGGTTTTAATTCAAGCCACCCCGGGTTTAAGTAAGCCGTTG‑ATGGAATGGAT‑TTTTAC‑CCGCTTAATTGCTTTTTACGTTCATGATGACAGGACGGTTTTCAAAAC‑GATTATG‑CATAAATATGAAAAATAATTTTTGCAGCAG‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAg < 1:630193/226‑1 (MQ=255)
tGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATACTTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGAACATAAACGGTTTAACGTACAACCCCTTAAAGCa > 2:755623/1‑229 (MQ=255)
tGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAA‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGAACCGTTTTCCAACC‑GCTTAAT‑CTTAAATATGAAAAATAATTGTTGCATTAC‑CCGCCAATACGTGGACTAATGCTAATCAACCGGTTATCGTACAGACAAttcaccaa > 1:352850/1‑223 (MQ=255)
gaaaccctctaatgtccaaattAAATTTGGTGCTTTTATTTCAACCCACCCCGGCTTTAAGTAAGC‑GTTGAAGGGAATGGGT‑TTTTAT‑CCCTTTTATGTCTGTTTACGGTACTAAGTACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTATT‑CAAAAAAATAAAAAAAATTTGTGCCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCa < 2:285424/208‑1 (MQ=255)
ttCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCATTgtag > 1:673924/1‑228 (MQ=255)
gCCAAACTAAAATTGCTGTTGTTACTTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCCGTTG‑AGGGAATAGAT‑TTTTTG‑CCATTTTATTTCTGTTTACGGTCCGGATTACAGGTCCGTTTTCCACCC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAAAAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCaa < 1:433019/229‑1 (MQ=255)
cgtaCTAAAATTGTTGCTTTTATTTCAACGCAACCCTGACTTAAGTAAGGAGTT‑‑AAGTGATATGC‑TTTTTTCCCATGTTATTGCTGTTTAGGTTGCTAATGACAGGCCCTTTTCCCACCC‑AATTAAT‑AATAAATTTAAAAAAAAATTGTGTCTTCAC‑CTGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGt < 2:332298/226‑1 (MQ=255)
caaatgaaaaTGGATGCGTTTGATTCAACCCAACCCGGATTTAATTAAGCAGTTG‑ATGGATTAGAT‑GTTTAT‑CCACTTTATTGCGTTTTACGGTCCTGATAAAAGGACGGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATAAAAAATAATTGTTGCAACAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGt < 1:115775/223‑1 (MQ=255)
aTGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATAAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCTTTAAAGCCGTGAAGTAAGGCAAAACCCTTCAAAAGta > 2:460653/1‑228 (MQ=255)
tttttttacccccacctgtctttAAGTAAGTGGTTG‑ATGGAATAGAT‑TTTTAC‑CCCTTTTATTTCTTTTTACGGTCCTGAGGAGGGGCCCGTTTCCCAACG‑TATCAAT‑AATAAATATGAAAAAGAATTGTTGCAGCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGtt < 2:332986/208‑1 (MQ=255)
tttCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCTGTGG‑ATGGAAT‑GACTTTTTAC‑CCCTTTTATTGCTTTTTACGGTCATGATGACAGGCCCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CAAAAAATGGAAAAATAAGTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGAt < 2:1571/228‑1 (MQ=255)
atcaaaGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCATTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGCCCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGAt < 1:460653/225‑1 (MQ=255)
aTTCAAGCCAACCCGGCTTTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTTTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATAGGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGAt < 1:653725/229‑1 (MQ=255)
taaatccAACCCGGCTGTAAGGAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCACCC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATAc < 1:597409/224‑1 (MQ=255)
taatcacaCCCGGCATTAAGTACGCAGTTG‑AGGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCTATTTATTGCTGTTTACGTGCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATAcc < 1:303514/222‑1 (MQ=255)
gCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAATTCCCTTCAAAAGTTATCGTTAAAACCCCt > 2:626145/1‑229 (MQ=255)
gCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGACCATCAACGGTTTGACGttaag > 2:501082/1‑169 (MQ=255)
cGGAATTAAGTATGAGGTTG‑GTGGAAAAGGT‑TTTTAT‑CCACTTTTATTCTTTTTACGGTCGTTATTACAGGACCGTTTTCCAATC‑GATTAAT‑CATAAAAATGAAAAATAATTGTTGCATCCC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAATAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTg < 1:689968/229‑1 (MQ=255)
gtgctttaagtaaggcttgaaTGAAATAGAC‑TTTTAC‑CACCTTTATTGCGTGTTAGTTCCCTGATGACGGGACCTTTGTCCACCC‑GATTAAT‑CATAAATATAAAAAATATTTTTTGCAACCC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCCGTGTAGTAATGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTg < 2:176183/209‑1 (MQ=255)
gCATTAAGTAACCAGTTG‑ATGGAATGGAC‑TGTTAT‑CCATTTTATTTCCTTTTACGGTCCAATAGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GAGTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCACCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGca < 1:755624/229‑1 (MQ=255)
cATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGca > 1:161538/1‑228 (MQ=255)
cATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGca > 1:5294/1‑228 (MQ=255)
atataataaagatgtggtGGAATAGAC‑TTTTTT‑CCATTTTTTTGTTTTTAACGGGCCGTAATAAGGGACCTTTTCCCCACC‑GATTAAT‑CAAAAATAAGAAAAATATTTGTTCCAACAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGcaca < 2:161538/212‑1 (MQ=255)
gCAGTTG‑AGGGAATAGAC‑TGTTAA‑CCATTTAATTGATGTTTACGGCCCTGATGACAGGACCTGTTTCCAACC‑GATTAAC‑AAAAAATTTGAAAAATAATTGTTGCATCAT‑CCGCCAATGCGTGGGTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTa < 1:95080/228‑1 (MQ=255)
ttG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGACCATTCCTTTaa > 1:595456/1‑225 (MQ=255)
aGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTAACGCTTCAAAATCt > 1:176534/1‑228 (MQ=255)
t‑CCTCTTTATTGCTTTTTAGGGTCATGTAGACCGGACCGTTTGCCAGCC‑GATTAAT‑CATAAATAAGAAAAATAATTGTGTCATCAC‑CCGCCAATGCTTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTAACGCTTCAAAATCTGTAAAGCACg < 1:76965/229‑1 (MQ=255)
accctcTTTATTGCTTTTTAGGGTCCGAATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑AATTAATAAAAAAATAT‑AAAAATAATTGTTGCATCCC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTAACGCTTCAAAATCTGTAAAGCa < 1:284222/223‑1 (MQ=255)
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gACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTAACGCTTCAAAATCTGTAAAGCACGCCATATCGCCGAAAGGCCCCCTTAATTATTAAAg > 1:733079/1‑229 (MQ=255)
gACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTAACGCTTCAAAATCTGTAAAGCACGCCATATCGCCGAAAGGCACACTTAATTATTAAAg > 1:94929/1‑229 (MQ=255)
gACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGAAGAGCACATTCCTTTAACCCTTCAAAATCTTTAAAGTCCGCCATTTAGCCGACAGGCACCATTAattctgtct > 1:342946/1‑222 (MQ=255)
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gACCGTTTTCCAACC‑GACTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGTTACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTAACGCTTCAAAATCTGTAAAGCACGCCATATCGCCGCAAGGCACACTTAATTATTaagg > 1:237272/1‑227 (MQ=255)
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aTTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAAAGCAAATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTAACGCTTCAAAATCTGTAAAGCACGCCATATCGCCGCAAGGCACCCTTAATTATTAAAGGAAATACACTTTGta > 1:329324/1‑227 (MQ=255)
taT‑CATAATTATGAAAATGAATTGTTGCCTCCC‑CCGCAAATGGGTGGCTTAATGCACAACAACGGTTTGACTTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTAACGCTTCAAAATCTGTAAAGCACGCCATATCGCCGATAGGCACACTTAATTATTAAAGGTAATACACTATGTCCGGt < 2:286037/228‑1 (MQ=255)
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gAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTAACGCTTCAAAATCTGTAAAGCACGCCATATCGCCGAAAGGCACACTTAATTATTAAAGGTAATAAACAATGTCCGGAAAAAGAACTgga > 2:467355/1‑228 (MQ=255)
|
GATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAAT‑GGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTAACGCTTCAAAATCTGTAAAGCACGCCATATCGCCGAAAGGCACACTTAATTATTAAAGGTAATACACTATGTCCGGTAAAATGACTGGT > NC_000913/3719613‑3720068
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
