Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F9 I0 R1
|
71 |
67.1 |
1514203 |
90.7% |
1373382 |
220.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,891,652 |
A→C |
17.4% |
L13F (TTA→TTC) |
mdtL → |
multidrug efflux system protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,891,652 | 0 | A | C | 17.4%
| 162.0
/ 2.6
| 78 | L13F (TTA→TTC) | mdtL | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/17); new base C (3/13); total (46/32) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.74e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AACCGTGATTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGC‑GATGTTATTTGCCGGTAAAGTGGCCGATCGTTCAGGGAGAAAGCCGGTCGCCATACCCGGCGCGGCGCTATTTATTATTGCCTCGGT > NC_000913/3891425‑3891861
|
aaCCGTGATTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCCCTTTTTGATTTTTAG‑TTTTT‑CCCTGGTTTTAc > 2:713120/1‑229 (MQ=255)
ccGTGATTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGGCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACCTATGCTTTTCG‑TCACCTTACTATCAGGCCGCTTTAGCCCATGTCCCGCTGTTTGATTTGTAG‑ATTTG‑CCCTGGTTTTACtt > 1:735699/1‑229 (MQ=255)
ccGTGATTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCAATGTCCCCCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACtt > 1:241161/1‑229 (MQ=255)
ttaTTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAGGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAt < 1:45791/227‑1 (MQ=255)
tGATTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTTTTTTTGAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACttttt > 2:419248/1‑227 (MQ=255)
gATTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑c > 1:434575/1‑229 (MQ=255)
gATTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGATTTACTTTAT‑c > 1:272628/1‑229 (MQ=255)
aTTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑cc > 1:657510/1‑229 (MQ=255)
aTTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACCCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑cc > 1:570073/1‑229 (MQ=255)
ttGTGCTGGTGCGGCACCGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCCCCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑Cccgc < 1:164022/229‑1 (MQ=255)
gtgCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCAAGTCCCGCTTTTTGGTTTTTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑Ccccccg > 2:699492/1‑229 (MQ=255)
tgCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TAACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑GTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCgg > 1:172259/1‑229 (MQ=255)
cTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGGTTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGa < 1:419248/229‑1 (MQ=255)
cTGGTCCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGa < 1:699493/229‑1 (MQ=255)
ttgtttcgCAACGCTTTTAACGTGGTCCCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAACCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGTTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTTGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGa < 1:735368/221‑1 (MQ=255)
gggTTCGGCAACGTCTTTAACGTTTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGTCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCCCCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGa < 1:622506/227‑1 (MQ=255)
gttgttAACGTGTTACCTAATTTTGGCTAAATCCTTCCAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAGCTCTCCTGATCCTCCTTCCCCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCt < 1:674147/225‑1 (MQ=255)
tCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCCGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATTTGTACCt > 1:115731/1‑228 (MQ=255)
ttACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCAATTCGCTGGCTTATTGCCTCTCAGGAAATCCCTTATGTCCAAATGCCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCCCCTTACTATCAGGCCGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTCG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCGCCCGGGCTTCATATTTACCTCGTTGGTTTAc > 1:243380/1‑228 (MQ=255)
ttACCTAAATTTGACTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTTATCCTCCTTCACAACGTATGCTTTGCG‑TACCCTTACTTTCAGGAGGCTTTAGTCCCTGTCCCGCGTTTGTCTTTGTAT‑TTTTG‑CCATGTTTTTCCTTTCT‑CCCGCCGGTCTTTCAATGTACCTGTTTGGTTTat > 1:312769/1‑227 (MQ=255)
ttccTAAATTTGGTTAAATTCTTTAAGAAGCCCGCAATTCCCTGGCTTCTTTCCCTCCCGGAAATCCATTTTGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCCCGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTTATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTCCTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACcg < 2:351311/227‑1 (MQ=255)
tAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTCCTTTAT‑CCCGCCGGGATTGTTATGTACTTCGTTGGTTTACCccgc > 1:248698/1‑228 (MQ=255)
gCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTATCGCGCATcgccgc > 1:199651/1‑228 (MQ=255)
gCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATcgccgc > 1:82970/1‑228 (MQ=255)
gCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACACCGCATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTACCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTCCTTTAT‑CCCGCCGGGCTGGATTTGTACCTCTTTGGTTTACCGCGCATGggcgcc > 2:407613/1‑229 (MQ=255)
cTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCCTATCcccgcc > 1:46371/1‑228 (MQ=255)
agacccgcgctttccgtGGCTTTTGGCCTCCCAGGAAATCCATTTGGTCAAATGGGCAACTGGCCGTACCCCTTTTCCCCACGTATGCTTGGCG‑CCACCTATCTATCGGGATGCTTAAGCCCATGTCCTGGTTTTGGTTTTGTCG‑TTTTG‑CCTGGGTTTTACTTAAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCCCGTTGGTTTGCCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAg < 2:735698/213‑1 (MQ=255)
aacgcccgcccTTCGGTGGCTTCTTCCCGCGCGAGAATACACTTATGCCCAAATGGCACCTCCGCTGATCCTCCTTCACCACGTATTCTTGGCG‑TCCCCTTACTACCAGGTCGCTTTAGCCCATTCCCCGTTTTTTAATTTTTAG‑TTTTG‑CCCTGTTTTTCCTTTAC‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCTCCGCCGATCTCAATGCCAg < 2:434575/226‑1 (MQ=255)
agccaTTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAgc > 1:604923/1‑229 (MQ=255)
ccaTTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCACTGCCAGCGACgcgc > 1:411159/1‑229 (MQ=255)
caTTCCCTGTCTTCTTGCCTCCCAGGAAATCGCTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCCCCTTCACCACGTTTGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGTCGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAT‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCa < 1:711136/229‑1 (MQ=255)
tcttGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCCCCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTTTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATACCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGc < 1:631264/229‑1 (MQ=255)
tGCCTTTCAGAAAATCCTTTTTGGCCAAATGGCACCTCGCCTGATCCTCCTTCACCAGGTTTGC‑TTGCGTTCACCTTACTATCAGGACTCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGTTTTTACTTTAC‑CCCGCCGGGATTGATATGTCCCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGtt < 2:248698/229‑1 (MQ=255)
tGCCTCTCAGGAAATCCTTTATGTCCAAATGGCAACCCGCCTGATCCCCCTTCCCCACGTATGCTTTGCG‑TCCCCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGtt < 1:527996/229‑1 (MQ=255)
tctcAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTCG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATCTGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGGTCTCAAATCCAGCGAAGCGCAGATGCCTATTGCGTACTcc > 2:386871/1‑229 (MQ=255)
aGGAAATCACTTCTGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCCTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTTATTTGTAG‑ATTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGTGATTGATCTGTACCTCGTTGTTTTACCGCGCATCGCGGCCGCTCTCAATGCCAGCGAAGCTCCGTTGCACATTGCGTTCTCCGtat > 2:574102/1‑229 (MQ=255)
cAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCAGATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGTCa > 1:491077/1‑229 (MQ=255)
tataagagcactccTGACCCCCCTTCCCCTCTGTTGTTTTGCG‑TACTCTTACTATGGGGACCCTTTACCCCTTGTCCCCCTTTTTGATTTGTAT‑TTTTG‑CCGTGGTTTTCCTTTAG‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAg < 2:65493/216‑1 (MQ=255)
ctcctTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCTCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGCTGGCGGCAGC‑GATGTTATTTGcccga > 2:316231/1‑226 (MQ=255)
cttcccctagTATGCTTTGCG‑TCCCCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCGGCTGTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGC‑GATGTTATTTGCCGGTaaa < 1:541662/220‑1 (MQ=255)
ttCACCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAg > 1:65493/1‑205 (MQ=255)
accacGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGC‑GATGTTATTTGCCGGTAAAGTgg > 1:684893/1‑229 (MQ=255)
cagtttggtttggctccccTTATTTTTAGTACGTTTTGCCCCTTGCCCCGTTTTTTGATTTGTCG‑TTTTG‑CCCGGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTCCCTCGTTGGTTGACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGC‑GATGTTATTTGCCGGTAAAGTGGCCg < 2:570072/212‑1 (MQ=255)
tATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGTTATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATTGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTGCTCCGCATATTTGGAGGGGATGGAACCTGC‑CAGGTTATTTGCCGGAAAAGTGGCCGagg > 2:70314/1‑227 (MQ=255)
tATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCTTATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGC‑GATGTTATTTGCCGGTAAAGTGGCAGATc > 1:567801/1‑229 (MQ=255)
tATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCCGCTGC‑GATGTTATTTGCCGGTAAAGTAGCCGGTc > 1:153696/1‑229 (MQ=255)
tATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGACCTCGATGCCAGCGAAGCGCAGTGGCTAATTGCGTTCCCCGTCTATCTGGCGGGGCAGCCAGCTGCTGTTGTT‑TTTTCCGGTAAAGCAGCGGATc > 2:207707/1‑229 (MQ=255)
cTTTGAG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGCTCTCAATGCCAGCGATGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTCGCGGGGATGGCAGCTGC‑GATGTTATTTGACGGTAACGTGACCgttaggt > 1:357058/1‑222 (MQ=255)
tttgtgcgtgctgtACTATCAGGCCTGTTTACCCAGTGCCCCTTGTTTTGGTTTGCAT‑TTTTC‑CCTGGGTTTTCCTTTGC‑CCCGCCGGGATTTATTTGTACCTCGTGGGTTTACCTCGTACCGCCGCCGATCTAAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGT‑GATGTTATTTGCCGGTAAAGTGGCCGATCGTTc < 2:243380/216‑1 (MQ=255)
ttGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGACCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTCTATCTGGCGGGGATGGCAGCTGC‑GATGTTCTGTCCAGGTAACGTGGCCGATCGTTccg > 1:729067/1‑227 (MQ=255)
cG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCTCTTCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGCCAGCTGG‑GATGTTATTTCCCGGTAACTGGGCCGAACGTTCAgggg > 2:510925/1‑228 (MQ=255)
cctcTTACTTTCAGGAACGTTTAGCCCATGTCCCGTTTTTGGATTTGTAT‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGC‑GATGTTATTTGCCGGTAAAGTGGCCGATCGTTCAGGGAGaa < 1:58723/226‑1 (MQ=255)
ccTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGC‑GATGTTATTTGCCGGCAAAATGGCCGTCCGTTCCGGGAGAAAg > 2:564397/1‑229 (MQ=255)
tACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGTTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGC‑GATGTTATTTGCCGGTAAAGTGGCCGATCGTTCAGGGAGAAAGCCg < 1:564398/229‑1 (MQ=255)
cTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTCCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGC‑GCTGTTATTTGCCGGTAAATTGGCCGATCGTTCAGGGGGAAAGCCgtt > 1:224098/1‑227 (MQ=255)
ggACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGCTTGTTATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGtt > 1:115421/1‑145 (MQ=255)
ggACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAGGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATCTCTGGCTGGGATGGCGGCTGC‑GGCGTTATTTGCCGGTAAAATGGCCACTCGTTCAGGGGGTAAGCCGTGCGcct > 1:358727/1‑227 (MQ=255)
ggACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGa > 2:387329/1‑165 (MQ=255)
ggACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGC‑GCTGTTATTTGCCGGGAAAGTGGCCGATCGTTCAGGGTGAAAGCCGGTTGCCAt > 1:311619/1‑229 (MQ=255)
ggACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGC‑GATGTTATTTGCCGGTAAAGTGGCCGATCGTTCAGGGAGAAAGCCGGTCGCCAt > 1:242694/1‑229 (MQ=255)
gACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGC‑GCTGTTATTTGCCGGTAAAGTGGCCGGTCGGTCCGGGAGAAAGCCGGTCGCCCTa > 2:299571/1‑229 (MQ=255)
cTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGACGGCAGCTGC‑GATGTTATTTGCCGGTAAAGTGGCCGATCGTTCAGGGAGAAAGCCGGTCGCCATAccag > 1:670384/1‑227 (MQ=255)
ttccctttttctctttttttGTTTTTTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTCCTTTCC‑CCCGCCGGGATTGTGATGCACCATGTTGGTTTACCGGCCAGCGCCGCCGTTCTCAAGGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGC‑GATGTTATTTGCCGGTAAAGTGGCCGATCATTCAGGGAGAAAGCCGGTCGCCATACCcggcg < 2:357058/214‑1 (MQ=255)
tggcctgtctccgtcTTTTTG‑TTTGTTGTTTTTG‑CCCTGTTTTTCCTTTAC‑CCCGCCGGGATGGATAGTTTCGTCGTGGGTTTACCCGGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGC‑GATGTTATTTGCCGGTAAAGTGGCCGATCGTTCAGGGAGAAAGCCGGTCGCCATACCcggcg < 2:199651/215‑1 (MQ=255)
tcttctctgttttttttttttGT‑G‑TTTTG‑CCGGTGTTTT‑CTTTGTCCCCGGCGGTATTGAATTGTCCCTTGTTGGTTTCCTGCGAGTCGCCGCCTATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGC‑GATGTTATTTGCCGGTAAAGTGGCCGATCGTTCAGGGAGAAAGCCGGTCGCCATACCcggcgcggcg < 2:386222/218‑1 (MQ=255)
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tGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGccgccg > 1:335752/1‑93 (MQ=255)
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gTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCGGC‑GATGTTATTTGCCGGTAAAGTGGCCGATCGTTCAGGGTGAAGGCCGGTCGCCATACCCGGCGCGGCGCt > 1:643987/1‑228 (MQ=255)
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tttttGATTGTTTG‑TTTTG‑CCCCGTTTTTCCTTTCC‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTCCCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGC‑GATGTTATTTGCCGGTAAAGTGGCCGATCGTTCAGGGAGAAAGCCGGTCGCCATACCCGGCGCGGCGCTATttatta < 1:751967/229‑1 (MQ=255)
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attgtgttttttG‑CCCTGGTTTTCCTTTAT‑CCCGCCGGGATTTATATTTCCCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGC‑GATGTTATTTGCCGGTAAAGTGGCCGATCGTTCAGGGAGAAAGCCGGTCGCCATACCCGGCGCGGCGCTATTTATTATTGCCt < 1:618396/221‑1 (MQ=255)
ttggtg‑TTTTG‑CCCTGTTTGTTCTTTCG‑CCCGCGGGGGTATATATGTCCCGGTGTGGTTTCCCGCGATTCGCCGCCGGTCACAATGCCAGCTAAGCGCAGTTGCATATGGCGTTCTGCGTATATCTGGCGGGGATGGGAGCTGC‑GATGTTATTTGCCGGTAAAGTGGCCGATCGTTCAGGGAGAAAGCCGGTCGCTATACCCGGCGCGGCGCTATTTATTATTGCCTCg < 2:641419/224‑1 (MQ=255)
ttttttttttG‑CCTTGTTTTTCTTTTTC‑CCCGCCGGGATGTTTGTGTCCCTGGTTGGTTTCCGGCGCATTGCCGCCGATCTCAATGCCATCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGGAGCTGC‑GATGTTATTTGCCGGTAAAGTGGCCGATCGTTCAGGGAGAAAGCCGGTCGCCATACCCGGCGCGGCGCTATTTATTATTGCCTCg < 2:115731/223‑1 (MQ=255)
gtgg‑TTTGG‑CCCGGTTTTTACTTTAT‑CCCGACGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCGCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGC‑GATGTTATTTGCCGGTAAAGTGGCCGATCGTTCAGGGAGAAAGCCGGTCGCCATACCCGGCGCGGCGCTATTTATTATTGCCTCGgt < 1:386871/226‑1 (MQ=255)
|
AACCGTGATTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCG‑TCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAG‑TTTTG‑CCCTGGTTTTACTTTAT‑CCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGC‑GATGTTATTTGCCGGTAAAGTGGCCGATCGTTCAGGGAGAAAGCCGGTCGCCATACCCGGCGCGGCGCTATTTATTATTGCCTCGGT > NC_000913/3891425‑3891861
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
