Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A15 F18 I0 R1
|
55 |
72.5 |
2455354 |
98.2% |
2411157 |
146.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,385,528 |
T→C |
5.0% |
intergenic (‑141/+289) |
tldD ← / ← yhdP |
putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,385,528 | 0 | T | C | 5.0%
| 307.5
/ 2.3
| 130 | intergenic (‑141/+289) | tldD/yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (62/58); new base C (4/5); total (66/64) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.40e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 |
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
TCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGA > CP009273/3385384‑3385676
|
tCATCGGTGTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGa > 1:590234/1‑149 (MQ=255)
aTCTTTTTTGCTACCCGTTGGTTACTGCAGTAGAGGACTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATCTTCCGGTTTTGAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATg < 1:578391/149‑1 (MQ=21)
aTCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATg < 1:151437/149‑1 (MQ=255)
tttttGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGGTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCAACAGGCAACGGCTGTCGGa < 2:727760/143‑1 (MQ=255)
ttttGCGACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCACCAGGCAACGGCTGTCGGATgcggcg < 1:729883/149‑1 (MQ=255)
tttGCTACTCCTTAGCTCCCGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCCGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGt < 1:937914/149‑1 (MQ=21)
cTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATgcggc < 2:877950/143‑1 (MQ=255)
cTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATgcggc > 2:126246/1‑143 (MQ=255)
cTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGAATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAAc > 1:654153/1‑149 (MQ=255)
tACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACg > 1:1298857/1‑149 (MQ=255)
aCTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGc > 1:767031/1‑149 (MQ=255)
ttagttaCTGCAGTCGAGGATTTGTTACGGCTGCCCGATGCGGCGTGAACCCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt < 1:445703/149‑1 (MQ=18)
ttagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt < 1:1108153/149‑1 (MQ=255)
ttagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAACGAGCAGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGCTAAGACGCACCGCGTCGCCTCAGGCACCGGCTTCCTGATGCGGCGTAAACTCCTTAt > 1:39330/1‑149 (MQ=37)
aCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGccc > 1:105812/1‑149 (MQ=255)
tGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTCCGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTa > 1:185974/1‑149 (MQ=255)
tGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 2:627184/1‑143 (MQ=255)
tGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 2:598560/1‑143 (MQ=255)
tGCAGTAGAGGATTTTTGACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc < 2:594262/143‑1 (MQ=255)
gCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTAc < 1:812332/149‑1 (MQ=255)
cAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTGTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCTGGCAACGGCGGTCGGATGCGGCGTACACGCCTTAACCgc > 2:637117/1‑142 (MQ=18)
aGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGAc < 2:1101090/143‑1 (MQ=255)
tAGAGGATTTTTTCGGGCTGCCTGATGCGGCGTGACCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtt < 1:508589/149‑1 (MQ=255)
agagGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTa > 1:642013/1‑149 (MQ=255)
gATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCTGGTTTGTGGGCCTGTTAAGACGCAGAGCGTCGCATCAGGCGGCGGCTGTGGGATGGGGCGTAAACGCTTTGTcgggcgtccggt > 2:209462/1‑132 (MQ=17)
gATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGtt > 1:693383/1‑149 (MQ=255)
ttttttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc < 1:809082/149‑1 (MQ=255)
tttttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCg < 1:1200237/149‑1 (MQ=255)
tACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGATGCGTAAACTCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTc < 2:1107894/143‑1 (MQ=255)
aCGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc < 2:150428/143‑1 (MQ=255)
aCGGCTGCCGGAGGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTCCGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc < 2:258995/143‑1 (MQ=255)
gCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGCTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAgg > 1:895115/1‑149 (MQ=255)
ctgctgGATGCGGCGGGAACGCCCTATCCGGCCTACGGTTATGTTTCGGTTTGTAGGCCGGCTAAGACGCCCAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGttt < 2:1416/143‑1 (MQ=14)
cTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGGAGGc > 1:1282790/1‑149 (MQ=255)
cTGCCGGATGCGGCCGGAACGCCCTACCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGc < 1:1019482/149‑1 (MQ=255)
tGCCGGTTGCGGCGTGAACGCCCTATCCCGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGct < 1:120175/149‑2 (MQ=255)
ccGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACGGTGATGTTCCGTTTGTTGGCCTg > 1:466349/1‑149 (MQ=255)
ggATGCGGCGTGAACCCCCAATCCAGCCTACGGTGATGGTCCCGATCGCCCCGCTTATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGAt < 1:942459/149‑1 (MQ=14)
ggATGCGGCGGGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGAt < 1:1093033/149‑1 (MQ=255)
ggAGGCGGCGTGGACGCGCTATCCAGCCTGCGGTTAGGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCTTTTGGCAACGGCTGTCGGAGGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGAt < 1:503772/149‑1 (MQ=14)
gATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCGGTTTGTGGGc > 2:395127/1‑143 (MQ=255)
gATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTACCCGACCTCCGGTTATGTTCCGTCTGTAGGc > 2:513893/1‑143 (MQ=255)
cgtggTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGa < 2:591327/139‑1 (MQ=255)
cggcgTGACACCCCTATCCAGCCTACGGTTGCGTGCCGGTTTGTCGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGTATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGa < 2:892819/143‑1 (MQ=14)
aggcgTGAACGCCCTCTCCAGCCTGCGGTTTTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCAGCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGa < 2:31127/142‑1 (MQ=255)
ggcgTGAACGCCCTGTCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCCCAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGGTCTGTTCCGTTTGTGGGcccggt > 2:887725/1‑139 (MQ=17)
ggcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGAt < 2:167908/143‑1 (MQ=255)
ggcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGGTATGTTCCGGTTGTAGACCTGAt > 2:1024569/1‑143 (MQ=255)
gcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTGTGTTCCGTTTGTTGGCCTGATAAGACGc > 1:802624/1‑149 (MQ=255)
gcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATa > 2:410808/1‑143 (MQ=255)
gTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAATACGccc > 1:89592/1‑147 (MQ=255)
agtgttcccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGa < 2:505980/137‑1 (MQ=255)
aaCGCCCTATCCAGCCTGCGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTACCCGACCTACGGTTATGTTCCGATTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGc < 1:730700/149‑1 (MQ=255)
aCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACGTAGGGGTATGTTCCGTTTGTAGGCGTGGTAAGACACACAGCg > 1:638441/1‑149 (MQ=14)
aCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACCGCTGTCGGGTGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCGGTTTGTAGGCCTGGTAAGACGCACAGCg > 1:377259/1‑149 (MQ=255)
cGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGcc > 2:83269/1‑142 (MQ=255)
cccTTTCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGcaca < 2:412539/143‑1 (MQ=255)
tATCCAGCCTGCGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCg < 2:388767/143‑1 (MQ=255)
aTCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTACACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTACGCCTGCTatcaacgcccgtct > 2:218606/1‑130 (MQ=14)
aTCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGCTAAGACGCACAGccccaagat > 1:613948/1‑141 (MQ=255)
tCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGCTTGTTGGCCTGATAAGACGCAAAGCCTc > 2:888345/1‑143 (MQ=11)
gcAGCCTACGGTGATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGAGAAGACCCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCg < 2:455677/142‑1 (MQ=255)
cccaccgtttatttCCGGTTTTCAGGCCTGATAAGACGCCCAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCCACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATc < 2:927441/131‑1 (MQ=11)
ccTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTATGCCTGATCAGACGCACAGCGTCgtcac > 2:357436/1‑139 (MQ=255)
aCGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTTGGCCTGATAACACGCACAGCGTCGCAGCAgg > 2:645995/1‑143 (MQ=255)
ttCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCCACG‑GCTGCCGGAt > 1:704801/1‑149 (MQ=37)
ttCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGGTTGTAGGCCTGATAAGACCCACAGCGCCGCATCAGGCAACG‑GCTg > 2:564794/1‑143 (MQ=255)
gTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGa < 2:830962/143‑1 (MQ=32)
gtgggCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATgcg < 2:392988/140‑1 (MQ=17)
ggCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACg > 1:1036448/1‑149 (MQ=35)
gCCTGATAGGACGCAGAGCGCCGCATCAGGCCACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTCGGGTTATTTCCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGt < 2:679794/143‑1 (MQ=11)
gCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTTGGCCCTATAACAACCACAACACCGCATCAGGCAGCG‑GCTGCCGGGCgcggccc > 2:232265/1‑141 (MQ=11)
gCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGCAGCGTCGCATTAGGCGACG‑GGTGCCGGGTGCGGCGt > 2:574158/1‑143 (MQ=11)
gCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGc < 1:146095/149‑1 (MQ=35)
gCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCCTCGCATCAGGCAACG‑GCTACCTCATgcggcgg > 2:1035976/1‑142 (MQ=255)
tGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGAGGCGGCGTGAACGCCtt > 1:1128999/1‑149 (MQ=14)
tGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAAAG‑GCTGCCGGATGCGGCGGAAACCCCtt > 1:608283/1‑149 (MQ=255)
tGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGCTGCGTTGGTAGGCGTGAGAAGAGGCAGATCGACGCATCGGGCAACG‑GCTGCGGGGCGCGGGGTaaa > 2:229923/1‑143 (MQ=11)
acaaGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt < 1:1253975/147‑1 (MQ=38)
tAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc > 1:1248570/1‑149 (MQ=37)
aagCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGAGGGGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGAc < 1:291572/147‑1 (MQ=255)
gCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc > 2:1059233/1‑143 (MQ=37)
acaGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACCCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTAc > 1:676397/1‑149 (MQ=38)
caGCGTCGCATCAGGCCACGGCTGTCGGATGCGCCTTAACCGCCTTATCCGCCCTACGGTTATGTTCCGGTTGTAGGCCGTATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGa < 2:65798/143‑1 (MQ=11)
aGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACgg < 1:96844/149‑1 (MQ=38)
aGCGTCGCATCAGGCAACGCCGGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACgg < 1:645803/149‑1 (MQ=255)
cGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtt > 1:1055024/1‑149 (MQ=38)
tgcGCATCCGGCAACGGCGGTCGGTGGAGGGTTAATCTGCTAACCCGACTGACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTa < 2:797837/141‑1 (MQ=11)
gTCCCATCAGGCACCGGCTGTCGGGTGCGGCGTAACCGCCTTATCCGCCCTCCGCTTATTTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTa < 2:680510/143‑1 (MQ=14)
cctCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGtt < 1:383090/147‑1 (MQ=38)
cATCAGGCAAGGCGTGTCTGATGCGGCTTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCGGTTTGTAGGCCTTCTACGACACACAGCGTCGCA‑CACGGATTGTACTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGt < 2:1103026/143‑1 (MQ=2)
atcttgCAACGGCGGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTAATCCGACCTACGGTTAGGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtt < 2:91524/138‑1 (MQ=11)
tCAGGCAACGGCTGCGGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTAGGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTa < 2:549157/143‑1 (MQ=255)
gCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAAGTTCCGttt > 1:166929/1‑149 (MQ=255)
gCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCCTATCCGACCTACGGTTCTGtt > 2:1089268/1‑143 (MQ=17)
aaCGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTTTCCGTCCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGt < 1:240426/149‑1 (MQ=255)
gCTGTGGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGGCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGc < 1:583315/149‑1 (MQ=255)
gCTGTCGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGc < 1:1223139/149‑1 (MQ=255)
gCTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTAGGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGc < 1:477672/149‑1 (MQ=255)
tCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGa > 1:923759/1‑149 (MQ=255)
|
TCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGA > CP009273/3385384‑3385676
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
