Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A20 F18 I30 R1
|
17 |
58.5 |
1916916 |
96.3% |
1845990 |
148.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,987,946 |
G→A |
pseudogene (506/633 nt) |
ygeK ← |
pseudogene; putative 2‑component transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,987,946 | 0 | G | A | 98.3%
| 187.0
/ NA
| 59 | pseudogene (506/633 nt) | ygeK | pseudogene; putative 2‑component transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (26/32); minor base T (1/0); total (27/32) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATAAGTGTAACCATTACTAAT > CP009273/2987800‑2988091
|
aGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTCTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACg > 1:153224/1‑149 (MQ=255)
cTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGAtt > 2:30242/1‑149 (MQ=255)
tAAAGCCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGGTTATGTTGATAGGACTGTAAACGTCTACTTTCTTCATGTTTTTGAGCCTTTGTTTTTTTTTTTTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTATCGtttt > 2:931047/1‑149 (MQ=255)
aaaGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTc > 1:647223/1‑149 (MQ=255)
aaGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCt < 2:243142/149‑1 (MQ=255)
gCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACCCCCATACGTACAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTACTTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTGTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCttt < 2:574812/149‑1 (MQ=255)
gCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAATGATTTCttt < 2:802011/149‑1 (MQ=255)
ccTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACCCCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCtttg < 1:473233/149‑1 (MQ=255)
ttttttttATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCtttgtttg > 2:223998/1‑149 (MQ=255)
tttttATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTGTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCATGCTTAACTGCAAGAAATTAAGGCTTTCTTTgtttgttt > 2:205240/1‑149 (MQ=255)
tttATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCCAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTa > 2:323345/1‑149 (MQ=255)
tttATAGAGTGCAAACCCCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTa < 2:848118/149‑1 (MQ=255)
ttATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTAc < 2:490561/149‑1 (MQ=255)
tataaaGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTAcc < 1:388249/149‑1 (MQ=255)
atataGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATGGAGTCTATGAGTTGCGACTGTTTTCCGGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCa > 1:751447/1‑149 (MQ=255)
ataGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATc > 2:483055/1‑149 (MQ=255)
aGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTCTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAg < 1:666834/149‑1 (MQ=255)
tGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCt > 1:666425/1‑149 (MQ=255)
tGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATAAGCt > 2:178576/1‑149 (MQ=255)
aaaCACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATg > 2:85121/1‑149 (MQ=255)
cccATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTg < 1:607229/149‑1 (MQ=255)
aTACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTaa < 1:335710/149‑1 (MQ=255)
aacgCTGTTTTGATCGTTTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTc < 2:900368/146‑1 (MQ=255)
aGCTGTTTTGATCAACTCGATACAACTGTGAACCTCAAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGCCTATTTAAATGCTTATTTCCATGAAATTAACGCTTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTg > 2:243135/1‑149 (MQ=255)
tagATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCCTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACg < 1:237550/147‑1 (MQ=255)
tGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGa > 1:832740/1‑149 (MQ=255)
aaCTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTATGACTCTCGCttttt > 2:497739/1‑147 (MQ=255)
ccggagaCCACTGTGAACATCTAATTTCTTTAGGATAGTGAGTCTATGAGTTCCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACTATTTCTTTGTTTGTTTTACCACCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTaa < 2:736785/143‑1 (MQ=255)
cTCGTTACCACTGTGATCATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTaa < 1:442946/149‑1 (MQ=255)
accatcgtcaaCATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGAt < 1:886236/140‑1 (MQ=255)
tgAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCaga > 2:875380/1‑149 (MQ=255)
gAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCagag < 2:840804/149‑1 (MQ=255)
tCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAGTTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATa > 1:643429/1‑149 (MQ=255)
aTTTCTTGATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTg > 2:651953/1‑149 (MQ=255)
tttCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTgg > 2:510282/1‑149 (MQ=255)
cattgaatatGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGat < 2:141886/140‑1 (MQ=255)
tatTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATAttttt < 1:347648/149‑1 (MQ=255)
atTGAGTCTATGATTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATAtttttt < 2:786370/149‑1 (MQ=255)
ttGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTc < 2:260175/149‑1 (MQ=255)
ttGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGATATGAGTTGTAATCTTTCTTTCTCACTATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTc > 1:896099/1‑149 (MQ=255)
tGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTca < 1:30242/149‑1 (MQ=255)
tGAGTCGATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTca < 1:17685/149‑1 (MQ=255)
tGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATCAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAGGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCat > 1:801462/1‑149 (MQ=255)
gAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCata < 1:223998/149‑1 (MQ=255)
aGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAACTTAACGGTTTTTTTGGTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCatat < 1:178576/149‑1 (MQ=255)
aGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATCGTAAGATGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCatat < 2:877371/149‑1 (MQ=255)
cGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTaca < 1:402156/149‑1 (MQ=255)
cGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTAGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTAGTAAGTAGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTaca > 2:631810/1‑149 (MQ=255)
gACTTTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGGTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTacac < 2:63707/149‑1 (MQ=255)
tGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATaa > 2:572742/1‑149 (MQ=255)
attgaCTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATAAgt < 1:932561/145‑1 (MQ=255)
aaCTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGAATCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATAAGTGTa > 2:849401/1‑149 (MQ=255)
aCTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATAAGTGTaa < 1:572742/149‑1 (MQ=255)
gCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATAAGTGTAACCa < 2:219627/149‑1 (MQ=255)
cAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATAAGTGTAACCAt > 2:702405/1‑149 (MQ=255)
aaGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATAAGTGTAACCAtt > 1:412600/1‑149 (MQ=255)
aGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATAAGTGTAACCATTa < 1:483055/149‑1 (MQ=255)
aGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATAAGTGTAACCATTa < 1:954313/149‑1 (MQ=255)
ttAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATAAGTGTAACCATTACTAAt > 1:598183/1‑149 (MQ=255)
|
AGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATAAGTGTAACCATTACTAAT > CP009273/2987800‑2988091
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
