Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A21 F20 I0 R1
|
109 |
83.9 |
1834642 |
93.1% |
1708051 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
2,343,438 |
C→T |
32.9% |
intergenic (+114/+250) |
USA300HOU_2200 → / ← alsD |
hypothetical protein/acetolactate decarboxylase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 2,343,438 | 0 | C | T | 32.9%
| 91.7
/ 55.7
| 79 | intergenic (+114/+250) | USA300HOU_2200/alsD | hypothetical protein/acetolactate decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/27); new base T (12/13); total (36/43) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 |
AAACAGATACAAATTGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAGACGTAATTAT > CP000730/2343298‑2343576
|
aaaCAGATACAAATTGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATAc < 1:521604/141‑1 (MQ=255)
aaaCAGATACAAATTGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATAc < 2:521850/141‑1 (MQ=255)
gATACAAATTGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAg < 1:399784/141‑1 (MQ=255)
aTACGAATTGTAGTTAAATACTAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGt < 1:657079/141‑1 (MQ=255)
aTACAAATTGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGt < 1:41926/141‑1 (MQ=255)
tACAAATTGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTTTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTa > 2:321969/1‑141 (MQ=255)
tACAAATTGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAAGAGTa < 2:629973/141‑1 (MQ=255)
aTTGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGACAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAAttt > 1:862123/1‑141 (MQ=255)
tAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTATTAACAGATTGGCCTTTACAATATTTAATTTtatt > 1:152393/1‑140 (MQ=255)
aGTTCAATAAAAATTTGAAAATAGTTTTATAGGTCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTatat < 1:112875/141‑1 (MQ=255)
aGTTAAATAATTATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTatat < 1:543671/141‑1 (MQ=255)
gTTAAATAATAATTTGAACATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATg > 2:776178/1‑141 (MQ=255)
aataatTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGCATTTTTACTTTTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAgtgtgt < 1:432663/141‑1 (MQ=255)
ataatTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTa < 1:461698/141‑1 (MQ=255)
ataatTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTa < 1:776427/141‑1 (MQ=255)
ataatTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAAATTTATATTATTATGTa < 2:886322/141‑1 (MQ=255)
atTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATCGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACca < 2:748131/141‑1 (MQ=255)
tttGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACcac < 1:714155/141‑1 (MQ=255)
aaaTAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTAGCACAAttt > 2:692284/1‑141 (MQ=255)
aaaTAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTGTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAAttt < 2:129623/141‑1 (MQ=255)
aaTAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTta > 2:397843/1‑141 (MQ=255)
aaTAGTTTTAGAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTta < 1:77104/141‑1 (MQ=255)
aaTAGTTTTAGAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTta < 2:576567/141‑1 (MQ=255)
aTAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAGTTTGATATGAGTGTGTACCACAATTtat < 1:577239/141‑1 (MQ=255)
aTAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTtat < 1:624354/141‑1 (MQ=255)
ttATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTa < 2:489295/141‑1 (MQ=255)
tataGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTTTAATCTaa > 2:787635/1‑141 (MQ=255)
tataGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTaa > 2:386923/1‑141 (MQ=255)
ataGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTaaa < 1:806222/141‑1 (MQ=255)
ataGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTaaa < 2:434576/141‑1 (MQ=255)
ggCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATa > 1:422571/1‑141 (MQ=255)
gCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATaa > 2:584038/1‑141 (MQ=255)
cgcTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATCGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCa > 2:299327/1‑141 (MQ=255)
cTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTCGTAACAGAGTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCaaa > 2:548163/1‑141 (MQ=255)
cTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCaaa > 2:580738/1‑141 (MQ=255)
cTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGAGTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCaaa > 2:907722/1‑141 (MQ=255)
cTGAAAAATTGGCGATTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAAGCGATTAGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAAAAGCaaa > 2:548015/1‑141 (MQ=255)
aTTTGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCGTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCaac < 2:804224/141‑2 (MQ=255)
aTTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCaaa > 2:32544/1‑141 (MQ=255)
ggCGTTTCTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAatat < 2:743613/141‑1 (MQ=255)
gTTAGTCTTTTTAATTATTGAACTTGTAAATTATGGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAGAATTTCGATGAGTGTCTACCACACTTTATAATCTAAACATAAAAGaaagactgcaacatcag > 2:166406/1‑127 (MQ=255)
ttAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCtaata < 1:862274/141‑1 (MQ=255)
tAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCtaataa < 2:734637/141‑1 (MQ=255)
tAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCtaataa < 1:820524/141‑1 (MQ=255)
tATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGCGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACACCCAACCTCCAATATCTG‑GAACCTAATAAATcc > 2:145255/1‑141 (MQ=255)
tATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATcc > 2:145280/1‑141 (MQ=255)
ttttttcTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTATCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATccc > 2:255808/7‑141 (MQ=255)
aTTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAATTATCTG‑GAACCTAATAAATacc > 1:83411/1‑141 (MQ=255)
ttGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATcccc < 1:635302/141‑1 (MQ=255)
cTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCact > 1:745452/1‑141 (MQ=255)
gTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATGACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCactacc > 2:433658/1‑140 (MQ=255)
tAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTg > 2:89211/1‑141 (MQ=255)
agttattGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAAGAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCt < 2:399021/139‑1 (MQ=255)
aaTTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCt < 1:776178/141‑1 (MQ=255)
aaTTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATACCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCt > 2:282886/1‑141 (MQ=255)
tattGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAAt > 1:244683/1‑141 (MQ=255)
attGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATa > 2:268370/1‑141 (MQ=255)
ttgttgTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAg < 1:397843/141‑1 (MQ=255)
ttGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAggg < 2:201302/141‑1 (MQ=255)
cTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGTGatt < 1:618138/141‑1 (MQ=255)
cTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGatt > 2:161921/1‑141 (MQ=255)
tctcGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGcttta > 1:8521/1‑141 (MQ=255)
cGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTCAATTTTAGATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATGAATCCCCTCACTACTACTAATAGTGAAGGGatttattt > 2:680203/1‑141 (MQ=255)
cGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACACTTTATACTCTAGACATAACAGCAACTCTAAAATATCTA‑GTACCTAGTACATCCCCTCACTACTGCTAATTGTGCAGGAatgtatgt > 2:25884/1‑139 (MQ=255)
gagtaACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGAtttatttta < 1:797628/140‑1 (MQ=255)
agtaACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGAtttattttat < 2:220028/141‑1 (MQ=255)
cAGAGTGGCCGATAGAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGGGACACAAGTTATAAGCTAAACATAACAGCACATCTCGAAT‑TATGCGACACTAATAGAGCCCCCAGGTGCGGCTAATAGTGAAGCGATTTATTTTATTACtt < 2:878245/141‑1 (MQ=255)
aGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTa < 1:708801/141‑1 (MQ=255)
gATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAg > 1:837697/1‑141 (MQ=255)
aTTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAGa < 1:419142/141‑1 (MQ=255)
ttGGCCTATAAAATAGTCAATTTTATATGCGTGTGCACCACTATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAGAc < 2:862123/141‑1 (MQ=255)
ggCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCCCTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTTTTTCTTAGACGt < 2:530717/141‑1 (MQ=255)
ggCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAGACGt < 1:321969/141‑1 (MQ=255)
ggCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAGACGt < 2:35390/141‑1 (MQ=255)
ggCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAACTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTCATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAGACGt < 1:696265/141‑1 (MQ=255)
ggCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAGACGt > 1:589417/1‑141 (MQ=255)
ccTAAAAAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAGACGTaa < 2:6510/141‑1 (MQ=255)
cTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAGACGTAAt > 1:684129/1‑141 (MQ=255)
tataCAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAGACGTAAtt < 1:645909/141‑1 (MQ=255)
taCAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAGACGTAATtat > 2:370614/1‑141 (MQ=255)
taCAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATCACTTAGACGTAATtat > 2:545728/1‑141 (MQ=255)
|
AAACAGATACAAATTGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTG‑GAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAGACGTAATTAT > CP000730/2343298‑2343576
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
