Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A13 F191 I0 R1 49 68.0 1456600 97.2% 1415815 140.0

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 1,672,434 C→T 72.4% A187T (GCA→ACA)  rpoD ← DNA‑directed RNA polymerase sigma subunit RpoD

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP0007301,672,4340CT72.4% 85.6 / 37.1 61A187T (GCA→ACA) rpoDDNA‑directed RNA polymerase sigma subunit RpoD
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (5/12);  new base T (21/23);  total (26/35)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.54e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01

TCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAA  >  CP000730/1672297‑1672569
                                                                                                                                         |                                                                                                                                       
tcGAGCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGGGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTCATTCCTTTCCTAATCCACCGGGTTGTat                                                                                                                                       >  2:136895/1‑140 (MQ=255)
  gACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCatat                                                                                                                                     <  2:652954/140‑1 (MQ=255)
       aaGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGa                                                                                                                                <  2:94965/140‑1 (MQ=255)
         gTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGaaa                                                                                                                              <  2:561614/140‑1 (MQ=255)
         gTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCAAGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGcaa                                                                                                                              >  1:185703/1‑140 (MQ=255)
         gTCCTGTAATAATTGACCTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGaaa                                                                                                                              <  2:338225/140‑1 (MQ=255)
          tCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGaaaa                                                                                                                             >  1:571455/1‑140 (MQ=255)
           ccTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAAc                                                                                                                            <  1:624723/140‑1 (MQ=255)
            cTGTAGTTATTGTTGTTGAACAGGAATTAATTTATTAATTGTTTCTAACATATGCAAAGGGATACGAAGCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACt                                                                                                                           <  1:150407/140‑1 (MQ=255)
                  tatgtGACGTTGATCATGTATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATc                                                                                                                     <  2:23820/136‑1 (MQ=255)
                  taatTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATc                                                                                                                     <  2:125416/140‑1 (MQ=255)
                   acttGACGGTGAACACGAATAAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATTGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGATTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATcc                                                                                                                    <  2:153407/138‑1 (MQ=255)
                   aatTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATcc                                                                                                                    >  2:220738/1‑140 (MQ=255)
                   aatTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATcc                                                                                                                    >  2:111123/1‑140 (MQ=255)
                   aatTGACATTGAACACGAATTAATTTATTAATTTTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATcc                                                                                                                    <  2:416755/140‑1 (MQ=255)
                   aatTCACGTTGAACACTAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATTCACACGAATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTTATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATcc                                                                                                                    <  1:335936/140‑1 (MQ=255)
                     ttGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTACACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGGTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCtt                                                                                                                  >  1:241656/1‑140 (MQ=255)
                        aCGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGt                                                                                                               <  2:653570/140‑1 (MQ=255)
                           ttGAACACGATTTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTaa                                                                                                            >  1:527077/1‑140 (MQ=255)
                             gAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACAAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACAATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTATTAAAg                                                                                                          >  2:166567/1‑140 (MQ=255)
                              aaCACGCTTTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATACACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACCAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTTTTAAAGt                                                                                                         <  2:350812/140‑1 (MQ=255)
                              aaCACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGt                                                                                                         <  1:493615/140‑1 (MQ=255)
                               acacGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGTGTGATTTCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTc                                                                                                        <  2:295621/140‑1 (MQ=255)
                                cacGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCa                                                                                                       >  1:334516/1‑140 (MQ=255)
                                 acGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCaa                                                                                                      <  2:404080/140‑1 (MQ=255)
                                      ttaattTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAGCTTTTATCCTTTGTTAAAGTCAAAtttt                                                                                                 <  2:699622/140‑1 (MQ=255)
                                       taattTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGTTACGAATCGTACGTGCTTGGTAAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAAttttt                                                                                                <  2:657652/140‑1 (MQ=255)
                                        aattTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTc                                                                                               <  2:353485/140‑1 (MQ=255)
                                         attTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGGACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATCTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCa                                                                                              >  2:613526/1‑140 (MQ=255)
                                          tttATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTTCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATTTTTAAAACTTAAATCCTTTGTTATAATCAAAATTTTCaa                                                                                             >  1:695793/1‑140 (MQ=255)
                                                        cTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGa                                                                               >  1:424484/1‑140 (MQ=255)
                                                                  cacaGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTAc                                                                     <  1:522969/140‑1 (MQ=255)
                                                                   acaGGGATACGAATCGTCCGTGCGTCGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTAcc                                                                    <  2:656544/140‑1 (MQ=255)
                                                                   acaGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCTACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTAcc                                                                    <  2:424484/140‑1 (MQ=255)
                                                                    caGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACct                                                                   >  2:596072/1‑140 (MQ=255)
                                                                       ggATATGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCATTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTAcctcct                                                                >  2:355820/1‑140 (MQ=255)
                                                                       ggATACGAATCGTCCGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACcttct                                                                <  2:722928/140‑1 (MQ=255)
                                                                       ggATACGAATCGTACGTGCATAGTCCGCAGTTGCACGAGTGATTGCGTGACTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGCCCCAAATTACcttct                                                                >  2:211622/1‑140 (MQ=255)
                                                                        gATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCAATATTACattctt                                                               >  2:240103/1‑140 (MQ=255)
                                                                           aCGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGAAAGAGTGATTGCCTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGa                                                            <  2:232335/140‑1 (MQ=255)
                                                                            cGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATTTTACTTTCTTGGAt                                                           >  2:580814/1‑140 (MQ=255)
                                                                             gAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGAtt                                                          >  2:151514/1‑140 (MQ=255)
                                                                                            ggTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAAc                                           >  1:587932/1‑140 (MQ=255)
                                                                                             gTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACa                                          <  1:220738/140‑1 (MQ=255)
                                                                                              tCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAATTCAAGGAATAACAt                                         <  1:401197/140‑1 (MQ=255)
                                                                                               cAGCAAATGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAAGTTAAATCCTGTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACGGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTCAATCAAGGAATAACATa                                        >  2:456920/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                aGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATAc                                       <  2:571455/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                 gCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATAcc                                      <  1:188862/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                   aaTTGCACGAGTGATTGCTTGTCTCATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCAc                                    >  2:665812/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                    aTTGCATGAGTGATTGCTTGTATAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAAAAGCTTTAATAAGACCCATCTTACCGTCTTGGATTAAATCAAGGAAGAACATACCACg                                   <  2:424872/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                       gCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCTTGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGAcc                                <  1:185402/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                         aCGAGGGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTa                              <  2:354867/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                           gAGTGATTGCTTGTCNAATCCACCATGTTTTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACg                            <  1:613526/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                             gTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTa                          >  2:223558/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                aTTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCt                       >  1:370617/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                  tGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCttt                     <  2:76284/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                    cTTGTATAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTa                   <  1:245654/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                      tGTCTAATCCACCACGTTTTATATGTTTAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGc                 <  2:23590/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                accaTGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACa       >  2:513656/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                   aTGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTACAATTTTGCAACAGCTTTAATAAAACCCATATTACATTCTTGGCTTAAATCAAGGAATCACATACATCGACCTACGTCTCTTTTAGCAATCCTTACAACt    >  2:164500/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                     gTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGAACTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTaa  >  2:384068/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                         |                                                                                                                                       
TCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAA  >  CP000730/1672297‑1672569

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A