Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F191 I0 R1
|
49 |
68.0 |
1456600 |
97.2% |
1415815 |
140.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
1,944,670 |
G→A |
100% |
intergenic (‑251/‑713) |
splA ← / → USA300HOU_1807 |
S1B family serine protease SplA/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 1,944,670 | 0 | G | A | 98.7%
| 299.6
/ ‑4.8
| 99 | intergenic (‑251/‑713) | splA/USA300HOU_1807 | S1B family serine protease SplA/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (24/73); total (25/74) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.43e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TAAATTATTTTACATGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCTATTATTTATGACAATATGCAGTC > CP000730/1944537‑1944804
|
taAATTATTTTACATGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAAtt > 2:56001/1‑140 (MQ=255)
aaaTTATTTTACATGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTa < 2:18703/140‑1 (MQ=255)
tattcttTTACATGAATCAAATCATATATTTCAATACGCTTCAAACAACAAATAAAGCAATTAAAATTGAAATTTTAGAACTATTTTTGTATTAAATATTCATTATTAAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATGAg > 2:283724/2‑140 (MQ=255)
aaTTATTTTACATGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAg < 2:195204/140‑1 (MQ=255)
aaTTATTTTACATGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAg < 1:219231/140‑1 (MQ=255)
attattTTACATGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAgg > 2:340236/1‑140 (MQ=255)
attattTTACATGAATTGAATCATTGAGTTAAATATTATTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATCATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAgg < 2:542732/140‑1 (MQ=255)
attattTTACATGAAGTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATAAAGCAATTAAAAGTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTGAAATTGTAATATTTATTAAGAAATTAgt > 2:267259/1‑139 (MQ=255)
ttattTTACATGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGt < 2:56961/140‑1 (MQ=255)
tgattTAACATTAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGt < 2:581074/138‑1 (MQ=255)
tattTTACATGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTg < 2:644403/140‑1 (MQ=255)
attTTACATGAATTGATTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGa < 1:317886/140‑1 (MQ=255)
attTTACATGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGa < 2:287695/140‑1 (MQ=255)
ttttACATGAATTGACTCATTTATTTAATTATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGAt < 1:518712/140‑1 (MQ=255)
ttttACATGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGAt < 2:344817/140‑1 (MQ=255)
ttttACATGAAGTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGAt < 2:289136/140‑1 (MQ=255)
tgttAGATGTAATGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCTATACAACGCCATTAAAATTGATTTGTTAGGATTAGTTTGGTCTTATATATTACTCATTTAATTAAAAGTGTTATATTTATTCAGAAAGTAGGTGAt < 2:251163/138‑1 (MQ=255)
tttACATGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATAACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAAAAATTATTCAGAAAGTAGATGAtt > 1:645318/1‑140 (MQ=255)
aCATGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTCAAAACTAAATTTTTCGCTATTAATATTGACTTTTCTGGCTCTTTATAGTCTTAGTTTGTAATGATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGaa < 1:531616/140‑1 (MQ=255)
cATGAATTGACGAATTTGTTTAGATATGCTTAAAACTTAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGaaa < 2:134898/140‑1 (MQ=255)
aTGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCCATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGaaaa < 1:41420/140‑1 (MQ=255)
aaTTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAatat > 2:74933/1‑140 (MQ=255)
attttcTCATTTATTTATAGATTCTTAAAACTCAATATCACGCATTTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAatata < 2:362498/135‑1 (MQ=255)
ttGACTCATTTATTTAAGTATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGAATTATTTGGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAatatat < 2:438819/140‑1 (MQ=255)
aCTCATTTATTTCAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCCATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGc < 2:552931/140‑1 (MQ=255)
aCTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGc < 2:669544/140‑1 (MQ=255)
cATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGa > 2:478150/1‑140 (MQ=255)
cATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGa < 1:526892/140‑1 (MQ=255)
tatttaAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATgg < 1:177008/140‑1 (MQ=255)
tatttaAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATgg < 2:664325/140‑1 (MQ=255)
tattgaAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTACGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAGTgg < 1:522351/140‑1 (MQ=255)
atttaATGATGCTTAAAACTTCATATCAAGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAATATTCTAAGATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGTGGAATGGt < 2:145351/140‑1 (MQ=255)
atttaAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGt < 1:320726/140‑1 (MQ=255)
atttaAATATGCTTAAAACTAAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGt < 1:530323/140‑1 (MQ=255)
tttaAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTg < 1:112886/140‑1 (MQ=255)
tttaAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTg < 1:368904/140‑1 (MQ=255)
ttaAGTATTCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGa < 2:645318/140‑1 (MQ=255)
ttaAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGa < 1:297328/140‑1 (MQ=255)
ttaAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGa < 1:686484/140‑1 (MQ=255)
ttaAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGa < 1:340236/140‑1 (MQ=255)
taAATATGCTTAAATCTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGaa < 1:635900/140‑1 (MQ=255)
taAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGaa < 1:354908/140‑1 (MQ=255)
taAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAAGTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGaa > 2:124298/1‑140 (MQ=255)
aaaTATGCTTAAAAGTAAATATTACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAAc < 2:717817/140‑1 (MQ=255)
aaaTATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAAc < 1:199155/140‑1 (MQ=255)
aaTATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATCTTAATTATTTAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACa > 2:621959/1‑140 (MQ=255)
aaTATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGTTGATTGAAAATATATGGCGGAATGATGATCa > 1:308053/1‑140 (MQ=255)
aaTATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTTAAAATATATGGCGGATTGGTGAACa > 2:554738/1‑140 (MQ=255)
aaTATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACa > 1:105899/1‑140 (MQ=255)
tatGCTTAAAACTTAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAAt < 1:305535/140‑1 (MQ=255)
tacgCTAAAAACTCACTATCACACAATTAAAATGGACTTTTTACGATCATTTTGTTCTTAAATAATAATTATTGAAATAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTACGTGATTTAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAAt < 2:474270/137‑1 (MQ=255)
atGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAAtt < 2:589882/140‑1 (MQ=255)
tGCTTAAAACTCACTATCACGCAGTTACAATAGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATCATTGAATTAAAATAGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGACTGTTGAACAATTc > 2:156665/1‑140 (MQ=255)
tGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTc < 2:43096/140‑1 (MQ=255)
tGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATAATAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTc < 2:26352/140‑1 (MQ=255)
gCTTAAAACTCAATATCACGTAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTATTATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCa < 2:442317/140‑1 (MQ=255)
aaaCTCAATATCACGCAATTAAAATTGCATTTTTAGGATTCTTTTAGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAAGTGATTGAAAAGATATGGTGGAATGGTGAACACTTAAAGTAt > 2:133696/1‑140 (MQ=255)
aCTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTAttt < 1:22948/140‑1 (MQ=255)
cacAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGTTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTta < 1:422485/138‑1 (MQ=255)
tCAATATCACGTAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTtat < 2:29598/140‑1 (MQ=255)
tCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTtat < 1:165095/140‑1 (MQ=255)
cAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTtata > 2:354502/1‑140 (MQ=255)
catatCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGAATTTCCAGGGTTTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATaa < 2:329341/139‑1 (MQ=255)
aaTATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGAGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTACaa > 2:488302/1‑140 (MQ=255)
tatCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATc < 2:232755/140‑1 (MQ=255)
ataaCGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCt < 2:149033/137‑1 (MQ=255)
tCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCtt < 1:262384/140‑1 (MQ=255)
tCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCtt < 1:5046/140‑1 (MQ=255)
tCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCtt < 2:531416/140‑1 (MQ=255)
taCGCAAGTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCGTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCttt < 1:18174/139‑1 (MQ=255)
aTTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACttt > 2:133924/1‑140 (MQ=255)
ttGACTTTTTATGATTATTTGGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGt < 1:662615/140‑1 (MQ=255)
tGACTTTTTAGGATTAATTTGCTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATATATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTa > 1:373039/1‑140 (MQ=255)
gACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTACTCTTTATCCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTAt < 1:527988/140‑1 (MQ=255)
gACTTTTTAAGATTATTTTTCTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTTATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATGCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTAt < 1:216529/140‑1 (MQ=255)
cTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATCATAGAATTCCACTTGTAATCCAACTTAAGAAATTAGCGGATTGAAAATATATGGCGGAATGAGGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATtg > 2:716820/1‑140 (MQ=255)
ttattTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGAGAACAACTCATTTAATTATTATCTTTCACTTTACTATGTATCGTGTTTaacaa > 2:75033/1‑140 (MQ=255)
tAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAACATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGa < 1:124298/140‑1 (MQ=255)
tAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGa < 2:532906/140‑1 (MQ=255)
aaaTATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGAt < 1:354502/140‑1 (MQ=255)
aaaTATAAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATCGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGAt < 2:400738/140‑1 (MQ=255)
tattGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCt < 1:621466/140‑1 (MQ=255)
ttGAATTAAAATTGTTATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCtat < 1:668861/140‑1 (MQ=255)
ttGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCtat < 2:521781/140‑1 (MQ=255)
ttGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCtat < 1:356263/140‑1 (MQ=255)
ttGAATGAAAATGGTAAGGATTATTGAGAAATTAGGTGTTTGAAAATATATGGCGGAGTCGTGAACAATGCATGTATTTTTAATCTTTCACTTTACTATGGATTGTGTGTAGGAACATTTTTATCGATTAGTTCCCCtat < 2:291700/140‑1 (MQ=255)
gAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCtatta < 2:578062/140‑1 (MQ=255)
aaaTTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCtatta < 2:208655/139‑1 (MQ=255)
aaTTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCtattat < 1:384365/140‑1 (MQ=255)
tAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCTAttattta < 2:199338/140‑1 (MQ=255)
aaaaTTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCTAttatttat < 2:609180/140‑1 (MQ=255)
ttGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCTATTATTTATGAcg > 1:572859/1‑139 (MQ=255)
ttGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAACGATTAGTTCCCCTATTATTTATGACa > 1:89887/1‑140 (MQ=255)
tGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGGTTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCTCTATTATTTATGaaca > 2:505878/1‑137 (MQ=255)
tAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTTCCCTATTATTTATGACAata > 2:705821/1‑140 (MQ=255)
aaTATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCTATTATTTATGACAatat < 2:4031/140‑1 (MQ=255)
atatTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCTATTATTTATGACAATATg < 2:308053/140‑1 (MQ=255)
atatTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAAAGATTAGTTCTTCTATTATTTATGACAAGATg > 1:78230/1‑140 (MQ=255)
tattCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCTATTATTTATGACAATATGCAGtc < 1:660621/140‑1 (MQ=255)
|
TAAATTATTTTACATGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCTATTATTTATGACAATATGCAGTC > CP000730/1944537‑1944804
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
