Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F191 I0 R1
|
49 |
68.0 |
1456600 |
97.2% |
1415815 |
140.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
2,710,898 |
(T)6→5 |
100% |
coding (29/1812 nt) |
USA300HOU_2562 ← |
possible acetyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 2,710,893 | 0 | T | . | 94.0%
| 207.3
/ 1.1
| 49 | coding (34/1812 nt) | USA300HOU_2562 | possible acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base . (21/25); minor base A (1/0); total (23/26) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.16e-01 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
AACCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAACCCTTAA > CP000730/2710755‑2711028
|
aaCCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACAtg > 2:178814/1‑139 (MQ=255)
tGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATGGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACAtttttc < 2:475572/140‑2 (MQ=255)
aaaTAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTTTCGCGGGGTATACAtttttatc > 2:357485/1‑137 (MQ=255)
aaTAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACAtttttctaa < 2:58779/140‑5 (MQ=255)
cGAAGAATGCATCAACCCCTAAAAAACCCCCACTTAACCATGTTGCATTCAAGTGATAAATAATAATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCTTCTAAACCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGtt < 2:468833/140‑1 (MQ=255)
aagaaTGTATCTACTCCTAAAACGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTa < 1:305971/140‑1 (MQ=255)
gaaTGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTaaa < 1:189369/140‑1 (MQ=255)
aTGTATTCAGTCCGAAAAAGCCGCCGCGTAAGCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGGTCTCAATCTATCTAATCCAGCTAACTATCGGGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGt < 2:198824/140‑1 (MQ=255)
gTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCt > 1:68438/1‑140 (MQ=255)
aTCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCttt > 1:518186/1‑140 (MQ=255)
cTACTCCTAAAAAGCTCCCACGTAACCAGTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTg < 2:88201/140‑1 (MQ=255)
aCTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGATTAC‑GTTGTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTa < 2:480858/140‑1 (MQ=255)
aGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTtaa < 2:68438/140‑1 (MQ=255)
gCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTATTCCAGGTAAGTATCGCGGGGAGTACA‑TTTTTCTAAACGTTTTAAGTCTTTTGTATCCATGTtatt > 1:325519/1‑138 (MQ=255)
aCTTAACCATTGTGCATTCAGGTGATAAATCATGTTTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCAATCTAATCAAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTATAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATACACGc > 1:236494/1‑140 (MQ=255)
cTTAACCATTGGGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGcc < 2:69711/140‑1 (MQ=255)
aaCCATTGGGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCa < 1:553207/140‑1 (MQ=255)
aCCACTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATGCCTATAACTGCGAATGCTCTCAATCCATCTATTCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCat < 1:26561/140‑1 (MQ=255)
ccATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCatt < 1:568491/140‑1 (MQ=255)
aTTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCattta < 1:212991/140‑1 (MQ=255)
ttGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGGAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCatttat < 1:102431/140‑1 (MQ=255)
ttCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCCTCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGGCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTtctc > 1:421419/1‑140 (MQ=255)
aGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTAttttccaaactt > 2:178279/1‑132 (MQ=255)
aGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTAtt > 2:547090/1‑140 (MQ=255)
aatGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCata > 1:666341/1‑140 (MQ=255)
atGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTCTTTTTCTCTATTTTGTAGCgtat > 2:567046/1‑140 (MQ=255)
cTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTACTCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATTATTCTTAATAAACGCCCCTTTAATTTTTCTCTTTTTTTTATCTTATCACAtta > 1:680229/1‑140 (MQ=255)
ataACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTTTCTATTTTGTAGCATATCACAATAtt > 2:623668/1‑140 (MQ=255)
aaCTGCGAATGCCCTCAATCCATCAAATGCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑AATTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCGATTTTGAAGCATATCACAATAattt > 1:461118/1‑140 (MQ=255)
gCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATCTATCCACACCATTTTTA‑TTTGTTGTATCCATGTTAATAAACGACCCAATAATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaa > 2:295267/1‑140 (MQ=255)
cGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaa > 1:16509/1‑140 (MQ=255)
gaTGCCTTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGTTACATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaat < 1:682972/139‑1 (MQ=255)
aaTGCCCTCAATCCATCTAGTCCAGTTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaat < 2:250117/140‑1 (MQ=255)
aaTGCCCGCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGTGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaat < 2:718548/140‑1 (MQ=255)
gCCTTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGtaaataaa < 1:458925/140‑1 (MQ=255)
gCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaataaa < 1:131039/140‑1 (MQ=255)
gCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaataaa > 1:110723/1‑140 (MQ=255)
cccTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTACCATATCACAATATTTTTtaaaataaaa > 1:282178/1‑140 (MQ=255)
cccTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACACCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGacaataaaa > 1:162367/1‑140 (MQ=255)
tCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGGGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACTTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCa < 2:46396/140‑1 (MQ=255)
tCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCa < 2:502710/140‑1 (MQ=255)
tCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATACATGTTAATACCCGCCCCATTTATTTTTCTCTATATTGTAGCATAACACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGa > 2:499552/1‑140 (MQ=255)
tAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGAtt < 2:421419/140‑1 (MQ=255)
aTCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTTTTTTGTAGCATATCTCAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCTCTGAtttt > 1:175953/1‑140 (MQ=255)
aTCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCAAAAAATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGAtttt > 1:544389/1‑140 (MQ=255)
tccacatAAGTATCTCTGGAAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTc < 1:357485/134‑1 (MQ=255)
ccAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCa > 1:283954/1‑140 (MQ=255)
tAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGGTTATGAAATATTGCACTGATTTTCATTAAt < 2:666341/140‑1 (MQ=255)
gTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATCTCCCAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGa < 1:567046/140‑1 (MQ=255)
tATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGAt < 2:118434/140‑1 (MQ=255)
ggggAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAAcc < 1:469042/140‑1 (MQ=255)
ggAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAACCCt > 2:238223/1‑140 (MQ=255)
aTACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAACCCttaa > 1:361487/1‑140 (MQ=255)
|
AACCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAACCCTTAA > CP000730/2710755‑2711028
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
