Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F184 I0 R1
|
46 |
69.8 |
1527574 |
94.8% |
1448140 |
140.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
2,027,672 |
C→A |
100% |
G92V (GGC→GTC) |
vraS ← |
sensor histidine kinase VraS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 2,027,672 | 0 | C | A | 100.0%
| 169.6
/ ‑6.5
| 66 | G92V (GGC→GTC) | vraS | sensor histidine kinase VraS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (37/27); minor base T (0/2); total (37/29) |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
CATTAATATTATAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACT > CP000730/2027538‑2027806
|
catTAATATTATAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTATATATTTTGATAATTAATGACAACt > 1:715097/1‑140 (MQ=255)
catTAATATTATAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTATTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGTTATAAATCT‑AACGTTTAACTATATATTTCTATATTTTGATAATTAATGACAACt > 1:303806/1‑140 (MQ=255)
tattatAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCg < 2:429416/140‑1 (MQ=255)
ttatAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGcc < 2:428548/140‑1 (MQ=255)
aTTGGTTAAGTTTTGAGTTTTACGTTGCAATTTATGCAATTCTGGATTTAAAGTTACAAGTGTTTGGTCTCCTGCC‑AACGTTTCGATTGATAACTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAAc < 1:751110/140‑1 (MQ=255)
aTTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAAc < 2:8667/140‑1 (MQ=255)
ttGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACg > 2:242474/1‑140 (MQ=255)
tGGTTAAGTTTTGATTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGc > 2:516720/1‑140 (MQ=255)
tAAGTTTTGAGTTTTAAGGCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCaa < 2:177804/140‑1 (MQ=255)
ttttGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTTATCATTAATTACAACTGTTTCGCCTTTCATTGacagccaaattta > 1:515663/1‑128 (MQ=255)
ttttGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTg > 2:611240/1‑140 (MQ=255)
ttgtttgttAAGTCGAATCTTATGCAATTCTTGACTTAAAGGTGCAAGTGTTGGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATAGTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGTCTTCCATTGAACGCTCAACTTGCg < 2:83337/133‑1 (MQ=255)
gAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTACTGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACTCTCAttttcgccg > 2:586404/1‑135 (MQ=255)
gAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTc > 1:444324/1‑140 (MQ=255)
gAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTc < 2:207799/140‑1 (MQ=255)
ttAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTTAACGCTCAATTTGCGTTTTatt > 2:332267/1‑138 (MQ=255)
aGTCGCCACTTATGCAAGTCTTGATTTAAAGGTAAAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCa < 2:174928/140‑1 (MQ=255)
tCGCAACTTAATCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAAt < 1:47182/140‑1 (MQ=255)
gCAACTTATGTAATTCTTGATTTAAAGTTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCa < 1:339812/140‑1 (MQ=255)
gCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCTTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCa > 1:67413/1‑140 (MQ=255)
gCAACTTAAGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATTGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGAGCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCa < 1:339965/140‑1 (MQ=255)
cAACTTTTGCAATGCTTATTTTAAAGGTACAAGTGTAGTGTA‑AAACCTAAACGTTTTACTGTATATTTCCATATTTTGATCATTAATTACAACTGTTTCGCCTTCCATTTATCCCTCCATTTGCATCTTAATCCAAtact < 2:46346/140‑4 (MQ=255)
tGCAATTGTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATAAAATCATTGTGCtg < 2:657941/140‑1 (MQ=255)
gCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATTACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCtga > 1:77287/1‑140 (MQ=255)
gATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTg > 2:302805/1‑140 (MQ=255)
gATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTCATTTTg > 2:761900/1‑140 (MQ=255)
tttAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATAATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCCTTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGTTGATTGTTTTTTTa > 2:9934/1‑140 (MQ=255)
ttAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTaa > 1:531550/1‑140 (MQ=255)
ggTACAAGCGTATTCTATAAATCT‑ATCGTTTCATTATATATTTCTAGATTTTGATCATTAATGTCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATCTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAg < 1:76829/140‑1 (MQ=255)
gTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTATATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGACTTCCATTGAACGATCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTATGCGAGt > 2:259424/1‑140 (MQ=255)
tACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATGTATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTTATTTTGTAAGCGAGTa < 1:421832/140‑1 (MQ=255)
tACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTa < 1:99192/140‑1 (MQ=255)
aaGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTTGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTACTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCg > 1:715229/1‑140 (MQ=255)
aaGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCg < 2:26898/140‑1 (MQ=255)
agggtATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGAGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGa > 1:63579/4‑140 (MQ=255)
aGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGAACCGa > 1:365696/1‑140 (MQ=255)
tATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACca < 1:450921/140‑1 (MQ=255)
tGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTATTGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACcaac < 1:418815/140‑1 (MQ=255)
tGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTTCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACcaac < 1:107448/140‑1 (MQ=255)
tGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAACGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACcaac < 2:353224/140‑1 (MQ=255)
gTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACcaacaa < 1:696986/140‑1 (MQ=255)
tataAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATACAACTATGTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACaat > 1:710523/1‑140 (MQ=255)
ataAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCCTTTTGCTTATTGATTTTGTAAGCGAGTACAGAAACAACaata > 1:348300/1‑140 (MQ=255)
ataAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACaata > 1:469502/1‑140 (MQ=255)
ataAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACaata > 2:638564/1‑140 (MQ=255)
ataAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACaata > 2:370542/1‑140 (MQ=255)
ataAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGAGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGTTTGATTTTGTAAGCGAGTACCAAATCAACaata > 1:109543/1‑140 (MQ=255)
ataAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCAGTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACaata > 2:125641/1‑140 (MQ=255)
cT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGTACGCTCATTTTGCGTCTTAATACAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAAGGAGTATCTATATAACAATAATgcac > 1:27297/1‑140 (MQ=255)
ttCAGTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAataata > 1:517082/1‑140 (MQ=255)
tCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTACGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAatat > 1:81340/1‑140 (MQ=255)
atatatTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATatgatga > 2:565007/1‑140 (MQ=255)
atatTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATatgatgatg < 2:394992/140‑1 (MQ=255)
agatTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCGCAAGTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATatgatgatg < 2:112108/138‑1 (MQ=255)
tttttCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATAtgatgatga < 1:701074/138‑1 (MQ=255)
atTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGAGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTtaaaa < 2:420338/140‑1 (MQ=255)
ttttGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAAATGGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATAATGAGATTtaaaaa > 1:332975/1‑140 (MQ=255)
ttGATCATTTATGTCAACTGTTTCGCCTTCTATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAGTCAAGTTATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAATAATAATACTCAATAGTATGATGTTGAGATTtaaaaata < 2:216255/140‑1 (MQ=255)
ttGATCATTAATGACAACTGTTTCGCTTTCCATTGAACGCACAATTTGCATCATAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATTATGATGAGATAaaaaaaaa < 2:138194/140‑3 (MQ=255)
ttGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTtaaaaata < 1:465928/140‑1 (MQ=255)
gATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATCTAATGATGAGATTtaaaaataaa > 1:339404/1‑140 (MQ=255)
aTCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTtaaaaataaaa > 1:543348/1‑140 (MQ=255)
tCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTtaaaaataaaaa > 1:445410/1‑140 (MQ=255)
tCATTAAAGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTCATTGATTTTGTAAACGAGTACCGAACCAACAATAATACACAAAAATAAGATGATGAGATTtaaaaataaaaa > 1:30075/1‑140 (MQ=255)
cATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATaaaaaa > 1:595228/1‑140 (MQ=255)
tAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCAAGTACCAAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACt > 1:110999/1‑140 (MQ=255)
|
CATTAATATTATAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACT > CP000730/2027538‑2027806
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
