Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F174 I0 R1
|
55 |
81.0 |
1740380 |
95.7% |
1665543 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
1,909,490:1 |
+T |
100% |
coding (297/303 nt) |
USA300HOU_1771 → |
hypothetical membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 1,909,486 | 1 | . | T | 100.0%
| 194.0
/ ‑6.5
| 63 | G98V (GGT→GTT) | USA300HOU_1771 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); major base T (28/33); minor base A (0/1); total (28/35) |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGG‑T‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCATAACTATGC > CP000730/1909347‑1909621
|
ttGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATGAAATCACGAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGG‑t < 1:113873/141‑1 (MQ=255)
gtGTCTATAATTTTTGCAGGTCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGG‑t < 2:211608/140‑1 (MQ=255)
tataATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGTCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGGCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGG‑t‑tttta < 2:366759/141‑3 (MQ=255)
taATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGG‑t‑ttttatt > 1:5796/1‑137 (MQ=255)
aTTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑tttattta > 1:143584/1‑141 (MQ=255)
tttttGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAGGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTaa < 2:36934/141‑1 (MQ=255)
aGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAAAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGG‑t‑tttttttttttttagtt > 2:461375/1‑131 (MQ=255)
gtCGTTCAATTAAATCACTATAGCCTGATGTTGATTTGATTAGTTTTGCGAGTATTATTTTGCCTTGGATTTTTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTaa < 2:244774/140‑1 (MQ=255)
cAAGTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTTGACTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTCTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTc < 1:408654/141‑1 (MQ=255)
aTTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAATAAAGTTAATATGTCAt > 1:367386/1‑141 (MQ=255)
tCACTAAAGCCTGATTCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGACTTAGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCCTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGc < 2:474708/141‑1 (MQ=255)
aCTAAAGCCCGATGCAGATTGGATTAGAATTGAGCTTGCTTTGGTTCTTTGGCTTGATCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGcat > 1:633903/1‑139 (MQ=255)
cTAAAGCTTGATGCAGATTTGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTCGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCtt < 2:857149/141‑1 (MQ=255)
cTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCtt < 2:170726/141‑1 (MQ=255)
cTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCtt < 2:703428/141‑1 (MQ=255)
cTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCtt < 2:330433/141‑1 (MQ=255)
aaGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAAt > 2:864816/1‑141 (MQ=255)
aaGCCTGATGCAAATTGGATGATAATTTCGAGTAAAAGGTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAAt > 2:725961/1‑141 (MQ=255)
gcatGATGCAGATTGGATTAGGATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATAc < 1:405416/138‑1 (MQ=255)
gCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAacaa < 1:93443/141‑1 (MQ=255)
tcgATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGAT‑AAAAAAAAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAacaat < 2:436288/139‑1 (MQ=255)
cAGATTGAATTAGAATTGCGAGTAAATGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAacaat < 2:725757/141‑1 (MQ=255)
ttGGATTAGAATTGCGTGTAAAAGTTTGACTTGGATTATTCTAAAACTTGATAAATAACATAGCTTTCCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAacaatacaa < 1:374762/141‑1 (MQ=255)
ttGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAacaatacaa < 1:652507/141‑1 (MQ=255)
ggATGAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATg < 1:78431/141‑1 (MQ=255)
aTTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGc < 2:143584/141‑1 (MQ=255)
gCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCCTGCtat > 1:356511/1‑141 (MQ=255)
gTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACATTACAATGTATCATTCTATAATg > 2:646668/1‑141 (MQ=255)
tAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGa < 1:13089/141‑1 (MQ=255)
tAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGa < 1:13307/141‑1 (MQ=255)
aaaGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGt < 1:143241/141‑1 (MQ=255)
aaaGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGGACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGt < 2:827531/141‑1 (MQ=255)
aaGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTa < 1:320361/141‑1 (MQ=255)
gTTTGCCTTTGATTATTCTCATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTaaa < 2:844654/141‑1 (MQ=255)
cTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAAtt < 1:222120/141‑1 (MQ=255)
cTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATAATGCTATAATGAGTAAAACAAtt > 2:668070/1‑141 (MQ=255)
ttattCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATaa < 1:83570/141‑1 (MQ=255)
ttattCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGGAAAACAATTTGCTaa > 1:788447/1‑141 (MQ=255)
tattCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATAATGCTATAATTAGTAAAACAATTTGATaaa > 2:658641/1‑140 (MQ=255)
ttCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTCAATAACgt > 2:174249/1‑141 (MQ=255)
ttATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGta > 1:865959/1‑141 (MQ=255)
tATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTGTTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGtat > 2:460811/1‑141 (MQ=255)
aTTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGtata < 2:43809/141‑1 (MQ=255)
ttttAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATaa > 1:477231/1‑141 (MQ=255)
ttAGTACATATCTTTTCACGTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTTTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATATTATAACGTTGTTGCGTATaaaa < 2:379224/141‑1 (MQ=255)
ttAGTACATATCTTTTAAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATaaaa < 1:21536/141‑1 (MQ=255)
gTACATATCTTTTCTATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAat > 1:565534/1‑141 (MQ=255)
gcacatCTTTCGAAGTGGTCGGACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAatat < 1:820585/137‑1 (MQ=255)
acataccggtccAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATCACGTTGTTGCGTATAAAAAatat < 1:820551/130‑1 (MQ=255)
cATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATAtt > 2:850284/1‑141 (MQ=255)
atCTTTTTAATTCTTCGTACATTCGA‑TATATATATAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGa < 2:507591/141‑1 (MQ=255)
atCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGa > 2:597378/1‑141 (MQ=255)
tttCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGAtttt < 1:725961/141‑1 (MQ=255)
tttCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGAtttt > 1:270284/1‑141 (MQ=255)
tttCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGAtttt < 1:864816/141‑1 (MQ=255)
cAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGa > 2:243175/1‑141 (MQ=255)
ttGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAAt > 1:285093/1‑141 (MQ=255)
ttGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAAt < 1:293950/141‑1 (MQ=255)
ttGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAAt > 2:752290/1‑141 (MQ=255)
ttGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAAt > 1:654984/1‑141 (MQ=255)
ttGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAAt > 2:752245/1‑141 (MQ=255)
ttgcggaCATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGGTAATATGTCATTGTCGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATAATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATACCGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGCTTTTCGAAATCa > 2:224283/7‑141 (MQ=255)
gTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGGTAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTCGATTTTCGCAAGCa > 1:107674/1‑141 (MQ=255)
gTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCa < 2:380300/141‑1 (MQ=255)
gTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGGAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCa > 2:64560/1‑141 (MQ=255)
gTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCAAGCTATAATGAGTAAAAAAATTTGATAACGTGGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCa > 2:115143/1‑141 (MQ=255)
cATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTAACATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTACGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCATAAatat > 2:654804/1‑141 (MQ=255)
ttCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCATAACTATGc < 1:243175/141‑1 (MQ=255)
|
TTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGG‑T‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCATAACTATGC > CP000730/1909347‑1909621
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
