Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A15 F116 I0 R1
|
44 |
26.4 |
562224 |
96.5% |
542546 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
1,318,237 |
T→A |
43.6% |
F124Y (TTT→TAT) |
miaB → |
2‑methylthioadenine synthetase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 1,318,237 | 0 | T | A | 43.6%
| 2.4
/ 23.6
| 23 | F124Y (TTT→TAT) | miaB | 2‑methylthioadenine synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/5); new base A (5/5); total (13/10) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.85e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.14e-01 |
AATGCACATGACACTGAGGTCATTGCTGGTATACTTGAAGCATTAGGCTAT‑CAAGCAACGACTGATATTAACACTGCAGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTTTAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATATTTTAATCGGTGTTTGTGGTTGTATGTCACAAGAAGAGTCAGTAGTGAATAAAATTTTAAAATCGTATCAAAATGTAGATATGATATTT > CP000730/1318104‑1318373
|
aatgCACATGACACTGAGGTCATTGCTGGTATACTTGAAGCATTAGGCTAT‑CAAGCAACGACTGATATTAACACTGCAGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTATAGTGaa > 2:81054/1‑141 (MQ=255)
cacaTGACACTGAGGTCATTACTGGTATACTTGAAGCATTAGGCTAT‑CAAGCAACGACTGATATTAACACTGCAGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAAGAAAGGGATTAGtagaagag > 2:159640/1‑134 (MQ=255)
acacGACACTGAGGTAAAAGATAGTATGCTTTTAGCATTAGTTTAT‑CTAGCAACGACTGATATTAACACCGCAGAGGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTATAGTGAAATAgg < 1:118923/141‑1 (MQ=255)
caTGACACTGAGGTCATTGCTGGTATACTTGAAGCATTAGGCTAT‑CAAGCAACGACTGATATTAACACTGCAGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTTTAGTGAAATAGGt > 2:140762/1‑141 (MQ=255)
gACACTGAGGTCATTGCTGGTATACTTGAAGCATTAGGCTAT‑CAAGCAACGACTGATATTAACACTGCAGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAAAAAAGTGTTTAGTGAAATAGGTAAt < 1:179732/141‑1 (MQ=255)
gggaaTTGCGGGTAGAGTGGAAGCATTAGGCTAT‑CAAGGAAAGACTGATATTAACACTGGAGGTGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAAGAAAGTGTATAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCa < 2:256463/137‑1 (MQ=255)
tGGTATACTTGAAGCATTAGGCTAT‑CAAGCAACGACTGATATTAACACTGCAGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTATAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGaaaaa < 2:51488/141‑1 (MQ=255)
taaattgggaGCATTAGG‑TATACAAGCAAAGACTGATATTAACACTGCAGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGCTTAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGa < 2:139930/132‑1 (MQ=255)
ataCTTGAAGCATTAGGCTAT‑CAAGCAACGACTGATATTAACACTGCAGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTTTAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGaa < 2:90566/141‑1 (MQ=255)
tAGGCTAT‑CAAGCAACGACTGATATTAACACTGCAGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTATAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATAttt > 1:116211/1‑141 (MQ=255)
tAGGCTAT‑CAAGCAACGACTGATATTAACACTGCAGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTATAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATAttt > 1:116207/1‑141 (MQ=255)
atTAACACTGCAGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTATAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATATTTTAATCGGTGTTTGTGGTTGTATg < 1:81054/141‑1 (MQ=255)
taccacTTCAGATGTTATTTTAATGAACACATGTGCGATAAGACAAAATTCCGAGAACAAAGTGTTTAGTGAAATATGTAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAGAACGACCTGATATTTTAATCGGTGTTTGTGGTTGTATGTc < 2:268501/138‑1 (MQ=255)
aatggaGATGTTATTTTATTGAATATATGTGCTATTAGAGAAAATGCTGAGAACAAAGTGTATAGTGAAATAGGTAATTTGAATTATTTGAAAAAAGAACGACCTTATATTTTAAGCGGTGTTTGTGGTTGTATGTCACaa < 2:55917/136‑1 (MQ=255)
cTGCAGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTTTAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATATTTTAATCGGTGTTTGTGGTTGTATGTCACaag > 1:227209/1‑141 (MQ=255)
aGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTTTAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATATTTTAATCGGTGTTTGTGGTTGTATGTCACAagaaga < 1:140762/141‑1 (MQ=255)
ttATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTTTAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATATTTTAATCGGTGTTTGTGGTTGTATGTCACAAGAAGAGTCag > 2:275624/1‑141 (MQ=255)
ttttAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTTTAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATATTTTAATCGGTGTTTGTGGTTGTATGTCACAAGAAGAGTCagtag > 1:139127/1‑141 (MQ=255)
aCATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTTTAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATATTTTAATCGGTGTTTGTGGTTGTATGTCACAAGAAGAGTCAGTAGTGAATAAAAtt > 2:232231/1‑141 (MQ=255)
cGAGAACAAAGTGTATAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATATTTTAATCGGTGTTTGTGGTTGTATGTCACAAGAAGAGTCAGTAGTGAATAAAATTTTAAAATCGTATCAAAATGTAga > 2:16524/1‑141 (MQ=255)
agaACAAAGTGTTTAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATATTTTAATCGGTGTTTGTGGTTGTATGTCACAAGAAGAGTCAATAGTGAATAAAATTTTAAAATCGTATAAAAATGTAgata > 2:256745/1‑141 (MQ=255)
aaGTGTATAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATATTTTAATGGGTGTTTGTGGTTGTATGTCACAAGAAGAGTGAGTCGTGAATAAAATTTTAAAATCGTATCAAAATGTAgctatgatat > 1:108101/1‑141 (MQ=255)
gtgtTTAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATATTTTAATCGGTGTTTGTGGTTGTATGTCACAAGAAGAGTCAGTAGTGAATAAAATTTTAAAATCGTATCAAAATGTAGATATGATAttt > 1:56955/1‑141 (MQ=255)
|
AATGCACATGACACTGAGGTCATTGCTGGTATACTTGAAGCATTAGGCTAT‑CAAGCAACGACTGATATTAACACTGCAGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTTTAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATATTTTAATCGGTGTTTGTGGTTGTATGTCACAAGAAGAGTCAGTAGTGAATAAAATTTTAAAATCGTATCAAAATGTAGATATGATATTT > CP000730/1318104‑1318373
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
