Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A19 F166 I0 R1
|
50 |
63.8 |
1389156 |
94.9% |
1318309 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
2,709,906 |
C→A |
46.2% |
E341* (GAA→TAA) |
USA300HOU_2562 ← |
possible acetyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 2,709,906 | 0 | C | A | 46.2%
| 19.5
/ 78.5
| 73 | E341* (GAA→TAA) | USA300HOU_2562 | possible acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/22); new base A (14/19); total (30/43) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.54e-01 |
TAGGATAACTAACACTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGTTTACCTATAATTAGTAAAGGTTTCATACTTAAAAATTTA > CP000730/2709769‑2710042
|
taGGATCACTAACACTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCtat < 1:185007/141‑1 (MQ=255)
gATAACTAACACTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTAtataat > 2:102165/1‑141 (MQ=255)
taactaacACTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAACCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTACCAAAAATTCtatcatat > 2:471271/1‑141 (MQ=255)
aactaacCCTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTatataatata < 2:535324/141‑1 (MQ=255)
aactaacACTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTatataatata < 1:339749/141‑1 (MQ=255)
actaacACTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATATCtataatctaa > 2:56715/1‑141 (MQ=255)
aacACTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACg > 1:669684/1‑141 (MQ=255)
acacTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGt > 2:519400/1‑141 (MQ=255)
gTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATAcg > 1:578695/1‑140 (MQ=255)
ttCTAGCAAATTGACTCTTCTTTTCAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAACTTCTATAATATAAACGTATACCg < 2:118123/141‑1 (MQ=255)
tAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGAATACCGGTa > 2:229186/1‑141 (MQ=255)
gCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTAtt < 2:501130/141‑1 (MQ=255)
acAAATTGCCCCTTTTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTTTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCATCCACTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTAtt < 2:547980/140‑1 (MQ=255)
cAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTAttt < 1:6952/141‑1 (MQ=255)
cAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAAATTCAGCCAATAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATAAAACCGTATACCGGTAgtt > 2:158668/1‑141 (MQ=255)
aaTTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGt < 2:358768/141‑1 (MQ=255)
aaTTGCACCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATCCTTTGTAGTCGTATACCGGTATTTGt < 2:668888/141‑1 (MQ=255)
ttGCCTCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTcc < 1:519233/141‑1 (MQ=255)
tGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCt < 1:86322/141‑1 (MQ=255)
ccccTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTg > 1:461683/1‑141 (MQ=255)
cccTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGt > 1:439664/1‑141 (MQ=255)
ccTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTTTTTTTTTTTATTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACCATACTTATAACAGCGAAACGTATACTGGTATTTTTCCTTGTa > 2:486829/1‑141 (MQ=255)
tcgcttttAGTTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTGCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCACTAACGCTGTTAACCAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACg < 1:309668/137‑1 (MQ=255)
cttTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGta > 1:209548/1‑141 (MQ=255)
ttttAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGtaat < 2:445270/141‑1 (MQ=255)
ttttAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGtaat > 1:127175/1‑141 (MQ=255)
ttttAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTTTACGtaaa > 1:122866/1‑140 (MQ=255)
ttttAGGTAAAAATGCAAAAGCCTTAAATCCTTTTTTACGTTTAGGTGTTTCAATAACGCGATACGAAATTTCAGACATTAACGCTGTTAACATAGTTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGtaat < 2:116070/141‑1 (MQ=255)
ttAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTCACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGtaataa < 2:22017/141‑1 (MQ=255)
ggTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTg < 1:342865/141‑1 (MQ=255)
gTAAAAATTCAAAATCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGt < 1:225033/141‑1 (MQ=255)
aaaaaTGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTc > 2:679790/1‑141 (MQ=255)
cAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACaaaaa > 2:103912/1‑141 (MQ=255)
cAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACaaaaa > 1:98834/1‑141 (MQ=255)
aaaaGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAAc > 2:151611/1‑141 (MQ=255)
aaaGTTTTAATTTCTTTTTTACGTATAGGTGATTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAAATGTTCAAAAAAACa < 2:439664/141‑1 (MQ=255)
aaGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATGGGTGTTACAATAAAGCGATACGAAATTCCAGCTATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATAACGGTATTTGTATTTGTACGTTATAACTCTAAAAAAAAACaa < 2:118117/141‑1 (MQ=255)
aaGCTTGAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCCTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACaa < 1:447836/141‑1 (MQ=255)
tAAATCTTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGAGATACTAAATTTCAGACATTACTGCTTTTATGAATATTCTTATATTATTAACGTATACCTGTATTGGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAGCCAATGATAg < 2:336000/141‑1 (MQ=255)
tAAATCCTTTTTTAGGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAg < 1:23699/141‑1 (MQ=255)
tAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACACAAACAATGATAg < 1:490479/141‑1 (MQ=255)
taaTCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACTTATACCGGTATTTGTCCTTGTAAGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGTTAgg < 2:423575/140‑1 (MQ=255)
aaaTCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAgg < 2:196688/141‑1 (MQ=255)
tCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATa < 1:75032/141‑1 (MQ=255)
cttatcaagTATACGTCTTCCAATAAAGCGATACGAAATTGCATCCAGTAACGGTGGTAACAAAATTTCTATAATATCAACGTATACCCGTATTTGTCCTTATCCGTAATAACTGTTCATAAAAACAATGATAGGATAATg < 2:444745/133‑1 (MQ=255)
tttttACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGc < 1:45080/141‑1 (MQ=255)
tACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATa < 1:526805/141‑1 (MQ=255)
tACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATa < 1:477927/141‑1 (MQ=255)
aCGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATaa > 1:637508/1‑141 (MQ=255)
tataGGTGTTTCAATAAGGCGATACGATATTGCTGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAGCGTATACCGGTATTGGTCGTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAAAAATGATAGGATAATGACAAACGta > 2:635346/1‑141 (MQ=255)
tCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAAAAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTatat > 2:38200/1‑141 (MQ=255)
aTAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAACTTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGAt < 1:200350/141‑1 (MQ=255)
tcGATACAAAATTTCAGCCACTAACGGTGTTAACATAATTTTTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATATAGCCAGTAGTATAAGCTATATGATCGttt < 2:492244/140‑1 (MQ=255)
gCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGttt > 1:454703/1‑141 (MQ=255)
gCGATACGAAATTTCAGCCATTAAAGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGGAGACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGttt < 2:135136/141‑1 (MQ=255)
gATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGTTTAc > 2:529244/1‑141 (MQ=255)
gATACGAAATTTCAGCCACTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGATAACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGTTTAc > 2:187112/1‑141 (MQ=255)
ttcGAAATTTCAGACCTTAACGCTGTTAACAAAATTCAGATAATATAAACGTATATCGGTATTTGTCCTTTTACGTAAGAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGACCTTTTACCt < 2:178364/139‑1 (MQ=255)
gAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTTTAAGCTATATGATCGTTTACCttaa > 2:616530/1‑138 (MQ=255)
ttCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCACTAAGTATAAGCTATATGATCCTTCACCAATCATTAg > 1:566748/1‑141 (MQ=255)
tCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGTTTACCTATAATTAGt < 1:424894/141‑1 (MQ=255)
cAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGTTTACCTATAATTAGTa < 1:228255/141‑1 (MQ=255)
gCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGTTTACCTATAATTAGTaaa < 1:151611/141‑1 (MQ=255)
ccATTAACGCTGGTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGTTTACCTATAATTAGTAAAg < 2:597721/141‑1 (MQ=255)
cATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGTTTACCTATAATTAGTAAAgg < 1:102165/141‑1 (MQ=255)
aaCGCTGTTAACAAAATTTCTATAAAGTAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATAGTTTACCTATAATTAGTAAAGGTTTc > 2:320598/1‑141 (MQ=255)
gtGTTAACAACATTTATATAATATAAACTTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAAAAAAGAAAAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGTTTACCTCTAATTACTAAAGGTTTCATAc < 2:476585/140‑1 (MQ=255)
tGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGTTTACCTATAATTAGTAAAGGTTTCATACt > 2:24798/1‑141 (MQ=255)
gTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTACACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGTTTACCTATAATTAGTAAAGGTTTCATACtt < 2:362420/141‑1 (MQ=255)
tAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATTCCATAAGTATAAGCTATATGATCGTTTACCTATAATTAGTAAAGGTTTCATACTTaa < 1:103912/141‑1 (MQ=255)
tAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGTTTACCTATAATTAGTAAAGGTTTCATACTTaa < 1:109349/141‑1 (MQ=255)
tAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGTTTACCTATAATTAGTAAAGGTTTCATACTTaa < 2:98834/141‑1 (MQ=255)
aCAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTACTTGCCCTTGTACGTAATAACTGCTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGTTCGTTTACCTATAATTATTAAAGGTTTCATACTTaaaa > 2:205533/1‑141 (MQ=255)
aaaaaTTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTTTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGTTTACCTATAATTAGTAAAGGTTTCATACTTaaaaa < 1:217898/140‑1 (MQ=255)
aTTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGTTTACCTATAATTAGTAAAGGTTTCATACTTAAAAATTTa > 2:136780/1‑141 (MQ=255)
|
TAGGATAACTAACACTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGTTTACCTATAATTAGTAAAGGTTTCATACTTAAAAATTTA > CP000730/2709769‑2710042
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
