Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
A5 F109 I0 R1
|
97 |
111.8 |
2404748 |
95.6% |
2298939 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
RA |
CP000730 |
804,673 |
A→T |
26.3% |
L135I (TTA→ATA) |
USA300HOU_0751 ← |
POT family proton (H+)‑dependent oligopeptide transporter |
|
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
* | CP000730 | 804,673 | 0 | A | T | 26.3%
| 144.5
/ 49.4
| 83 | L135I (TTA→ATA) | USA300HOU_0751 | POT family proton (H+)‑dependent oligopeptide transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/28); new base T (10/12); total (43/40) |
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.20e-01 |
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
AAGTGTTGCAAAATAATAGGTGATAATAATGCACCCATATTAACTGACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAGCGCCTCTAGTGCCTGTAATTCT > CP000730/804537‑804805
|
aaGTGTTGCAAAATAATAGGTGATAATAATGCACCCATATTAACTGACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCt > 2:1135100/1‑141 (MQ=255)
aaGTGTTGCAAAATAATAGGTGATAATAATGCACCCATATTAACTGACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATAGTTGAAATGTTTGGCTTCATGAAACCt > 2:1069945/1‑141 (MQ=255)
aaGTGTTGCAAAATAATAGGTGATAATAATGCACCCATATTAACTGACACATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCt > 2:1070036/1‑141 (MQ=255)
ttGCAAAATAATAGGTGATAATAATGCACCCATATTAACTGACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAAcc < 2:948702/141‑1 (MQ=255)
gCAAAATAATAGGTGATAATAATGCACCCATATTAACTGACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGACGTTTGTAATGTTGGGCTTCCTTATACCCGAAccca > 2:1121635/1‑139 (MQ=255)
gCAAAATAATAGGTGATAATAATGCACCCATACTAACCGACATACAGAAAACAACAAAACCTGAAAAAATACATCAATCCTTTTCAGGCTATAAACGACCAAGTAAATTTGAATTGTTTGGCTTCATTATACCTGCACCaa > 2:400065/1‑141 (MQ=255)
aGGTGATAATAATGCACCCATATTAACTGACATATAGAAAATAACAATACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACGTGATGCATTAATGATgaa > 2:775045/1‑141 (MQ=255)
ggTGATAATAATGCACCCATATTAACTGACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAAAGTTTGGCTTCATTATACCTGCACCTATAATGATgaag > 1:901134/1‑141 (MQ=255)
taataaTGCACCCATATTAACTGACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACAt > 2:1124627/1‑141 (MQ=255)
ttatgtcccgttatTAACTTTCATATATTAAATAACAATACCTGCCTCCTTATTTCTATCATTTTTAGGATATAATCGACCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGa < 2:625205/130‑1 (MQ=255)
taacGCACTCATATTAACTGACATATAGAAAAAAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGTATATAAACGGCCAACGATACTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACAttca < 2:1055489/141‑3 (MQ=255)
aatGCACCCATATTAACTGACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGAt > 2:1020072/1‑141 (MQ=255)
atGCACCCATATTAGCTGACGTATAGAAAGTAACAAAACCTGCATCCATACATCTATCGATATCAGGATATAAACGGCCTAAGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGCTGAAGAACGTTGagg > 2:495473/1‑139 (MQ=255)
cATATTAACTGACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAAGGGCCAACGATATTTGAAATGTTGAGATTAATTAAACCTGAACCAAAAAAGATAACCAACATTGAagtggttaa > 1:128056/1‑136 (MQ=255)
atTAACTGACATATAGTAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTGTGGCTTCATTAAACCGGATCCAATAAATAAAGAGAACCTTGTGGTGAATatgaa > 1:593732/1‑137 (MQ=255)
atTAACTGACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGcc < 1:178133/141‑1 (MQ=255)
atTAACTGACAAATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGcc < 1:735321/141‑1 (MQ=255)
aaCTGACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTAACAATATCAGGATATAAAAAGCCACCGAAATTTGAAATGTTTGGCTTCATAAAGCCTGAACCACTAATAAGGAACAACAGGGGTGTGAATGAGCCGAt > 2:824126/1‑141 (MQ=255)
cTGACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTa > 2:113293/1‑141 (MQ=255)
cTGACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAAAGTTTTGCTTCATTAAACAATAACCAATAAAGATGAAAAAGATTGAtgtgtagtgtctgtttt > 1:363239/1‑128 (MQ=255)
gACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGTTATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAAt < 2:816900/141‑1 (MQ=255)
taGAAAATAACAAAACCTGCATTCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGCATAAGCCGATTACTGCAAAt < 1:754793/141‑1 (MQ=255)
gAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATgg > 2:610603/1‑141 (MQ=255)
acaaTAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGt < 1:1167775/139‑1 (MQ=255)
aaaaTAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGt < 1:1020072/141‑1 (MQ=255)
aaaaTAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGt < 2:566351/141‑1 (MQ=255)
aaaaGAACAAAACCTGCAGCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGt < 2:1115595/141‑1 (MQ=255)
aTAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCAGGTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAAGGGTaga > 2:547524/1‑139 (MQ=255)
aaCAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCt < 1:353680/141‑1 (MQ=255)
aaCAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCt < 1:673923/141‑1 (MQ=255)
aCAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATATCTGAACAAATAGTGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCtt > 2:1088210/1‑141 (MQ=255)
aCAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCATCATTAAACCTGAACCAATAATAATGAAGAACATTGATGTCAATAAGCCCATTAATGCAAATAGTAAACta > 2:26076/1‑140 (MQ=255)
cAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGACCATTGATGTGAGTAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGGTTa > 2:1092386/1‑141 (MQ=255)
cAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATAGAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGAGGTGAATAAACCGATTAATCCAAATGGTAAGCTTa > 2:133953/1‑141 (MQ=255)
cAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAAGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATCAGCCGATTAATGCAAATGATAAGCTTa > 2:1144414/1‑141 (MQ=255)
aaaCCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATAATTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAACTGGTAAGCTTaaa < 2:861339/141‑1 (MQ=255)
aaCCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAAc < 1:1091371/141‑1 (MQ=255)
cTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTCATGCAAATGTTAAGCATAAACaaa > 2:958477/1‑141 (MQ=255)
tGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAGGAACATTGATGTGAATAAGCGGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAGCaaag > 2:711272/1‑140 (MQ=255)
tCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAAAGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAAAAATAAATAAGACCATTGATGTGAAAAAGCAGACTAAAGCAAATAGTAAGCCTAAACaacttgat > 1:198217/1‑135 (MQ=255)
ccATACGTGTAGCATTTTCCGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGTTGTGAAGAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTc < 2:776729/141‑1 (MQ=255)
ccATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTc > 2:1068515/1‑141 (MQ=255)
tACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTccca > 2:224973/1‑139 (MQ=255)
ccGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTGGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGat < 1:133413/140‑1 (MQ=255)
gTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGataa < 1:672703/141‑1 (MQ=255)
gTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGataa < 1:1135100/141‑1 (MQ=255)
aTTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATaaa < 1:420353/141‑1 (MQ=255)
tCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACt < 1:216475/141‑1 (MQ=255)
ggATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCa < 2:987429/141‑1 (MQ=255)
ggATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGcc > 2:713224/1‑140 (MQ=255)
ggATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAAAATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAACTTAAACAAAAATGTCCGATCATAATAAAGTCTGCa > 2:463839/1‑141 (MQ=255)
aCGGCCACCGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGCGAATAAGCCCATTCCGGCAAAGTTTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCtaataa < 1:279746/141‑1 (MQ=255)
aCGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCGATAAAGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGAATAAAGCAAATGGTAAGCTAAAACCAACATGTCCGAAAATAATAAAGACTGCACCtaataa > 1:720630/1‑141 (MQ=255)
aCGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCtaataa < 1:476297/141‑1 (MQ=255)
ggCCAACGGTATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAg < 2:649509/141‑1 (MQ=255)
ggCCAACGATCTTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAg < 1:453924/141‑1 (MQ=255)
ggCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAg < 1:678520/141‑1 (MQ=255)
ggCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAg < 2:1177163/141‑1 (MQ=255)
ggCCAACGATATTGGAAATTTTTGGCTACATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAg < 2:159007/141‑1 (MQ=255)
ggCAAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAg < 1:630393/141‑1 (MQ=255)
gCCAACGATATTTGACATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACAAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAACCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTCCCCCTCATaaaat > 2:446216/1‑139 (MQ=255)
gCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCCTTCAACCGGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGATAAGATTAAACAAATATGTCAGATAATACTAAAGACTGCACATAATAAAga > 2:788386/1‑140 (MQ=255)
ccAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTa < 2:560284/141‑1 (MQ=255)
cGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAgcgc > 1:488203/1‑141 (MQ=255)
cGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGAACCTAATAAAGTAgcgc > 1:548178/1‑141 (MQ=255)
cGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGACAATAATAAAGACTGCACCTAATAACGTAccgc > 2:1143778/1‑141 (MQ=255)
gATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGAACCTACAAAAGTAGCGcc > 2:84626/1‑141 (MQ=255)
atatTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAGCGCct > 2:107647/1‑141 (MQ=255)
ttttGAAAAGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAGCGCctct < 1:447715/140‑1 (MQ=255)
atTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAGCGCctct < 2:1006315/141‑1 (MQ=255)
atTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAGCGCctct < 1:1080417/141‑1 (MQ=255)
tttGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGAATGTACCTAATAAAGTAGCGCATCTa > 1:449778/1‑141 (MQ=255)
tttGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTGAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAGCGCCTCTa > 1:396702/1‑141 (MQ=255)
tGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTCATAAAGTAGCGACTCTAGt > 2:1126424/1‑141 (MQ=255)
gAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAGCGCCTCCAGTg < 2:828398/141‑1 (MQ=255)
gTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAGCGCCTTTAGTGCCTGt < 1:867113/141‑1 (MQ=255)
gTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAGCGCCTCTAGTGCCTGt < 1:1148568/141‑1 (MQ=255)
gTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAGCGCCTCTAGTGCCTGt < 1:623342/141‑1 (MQ=255)
tttGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAGCGCCTCTAGTGCCTGTa > 1:123793/1‑141 (MQ=255)
tttGGCTTCATTAAACATGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGGGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGGTTGGGGAGTTGTGTACGATAATAAGAAAGACTGCACCTAATAAAGTGGCGCCTATAGTGCGTGTa > 1:591759/1‑141 (MQ=255)
ggCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAGCGCCTCTAGTGCCTGTAAtt > 1:971216/1‑141 (MQ=255)
gCTTCATTAAACCTGAACCAAAAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAGCGCCTCTAGTGCCTGTAATTc < 1:113293/141‑1 (MQ=255)
cTTTATGAAGCCTGGACCAACAATGATGAACAACATTGATGGGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGTTAATAATAAAGACGGCACCTAATAAAGTAGCGCCTGTAGTGCCTGTAATTCt < 2:263578/141‑1 (MQ=255)
|
AAGTGTTGCAAAATAATAGGTGATAATAATGCACCCATATTAACTGACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAGCGCCTCTAGTGCCTGTAATTCT > CP000730/804537‑804805
|
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A