Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A19 F106 I0 R1
|
88 |
30.3 |
670850 |
93.2% |
625232 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
36,444 |
C→T |
45.0% |
R36R (AGG→AGA) |
tpn ← |
IS431mec transposase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 36,444 | 0 | C | T | 45.0%
| 54.9
/ 122.2
| 113 | R36R (AGG→AGA) | tpn | IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/40); new base T (23/28); total (45/68) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.38e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 |
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTA > CP000730/36305‑36583
|
tATTTTGATGTACGTCTCATTAATACGCGATTTGGTATAAACGTTTGAAAACTATTTCCACCAAGTTAGATTAAAAATTGGTGCATATGCTTGAACCTAACGTTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCt < 2:34856/141‑1 (MQ=2)
gtattGATTTACGTCTCAGCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACTGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCtt < 2:334207/138‑1 (MQ=11)
aTTTTGATGTACGTCTCATCAATAAGCCATTTGTAATAAGCATTTTTATGCATTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCtt < 1:250447/141‑1 (MQ=255)
aTTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCtt < 1:152244/141‑1 (MQ=11)
aTTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCtt < 1:152601/141‑1 (MQ=255)
tttGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTaa < 1:296085/141‑1 (MQ=40)
tGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTCGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAatt > 2:284567/1‑140 (MQ=11)
tGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGTTCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAata < 1:9913/141‑1 (MQ=11)
gATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACCCCACGTTCCCTTAatat > 2:16329/1‑141 (MQ=25)
gATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAatat < 2:226010/141‑1 (MQ=21)
gATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAatat > 1:96160/1‑141 (MQ=40)
gATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAatat > 1:4894/1‑141 (MQ=40)
gATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAatat > 1:102456/1‑141 (MQ=40)
gATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATGCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAatat > 1:191789/1‑141 (MQ=11)
gttACGTCTCATCAATTCGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATAttt < 2:137641/139‑1 (MQ=255)
tACGTCTCATTAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCa < 1:14499/141‑1 (MQ=255)
tACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCa < 2:61622/141‑1 (MQ=255)
tACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCa < 1:333976/141‑1 (MQ=21)
aCGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGCACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCaa > 2:219604/1‑140 (MQ=25)
cGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAATTTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCCACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTCATATTTCAGa > 1:147205/1‑141 (MQ=255)
cGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTCCACGACGTTCTCTTAATATTTCCGa > 2:188328/1‑141 (MQ=11)
cGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCaca > 1:246190/1‑139 (MQ=255)
cGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACACCGGTCTCTTAATATTTCAGa > 1:98121/1‑141 (MQ=11)
cGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGa > 1:246980/1‑141 (MQ=40)
cGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTCTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGa > 1:310478/1‑141 (MQ=255)
gTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTTTGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAGCGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATACTTCAGat > 2:17691/1‑141 (MQ=11)
gTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGat < 2:243565/141‑1 (MQ=21)
tctcATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATAGAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGata > 1:317374/1‑141 (MQ=38)
ctcATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGatat > 1:34338/1‑141 (MQ=255)
tcatcaATACGCCATTTGTAATAGGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAGAATTGGGGCATATTCTTGAATCTAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTGAGatata < 1:210062/141‑1 (MQ=11)
tcatcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGTCCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGatata < 1:65826/141‑1 (MQ=21)
tcatcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGatata > 2:35614/1‑141 (MQ=255)
tcatcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGatata < 1:168897/141‑1 (MQ=255)
tcatcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGatata < 2:58964/141‑1 (MQ=25)
tcatcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGatata < 1:113884/141‑1 (MQ=18)
tcaataaTACGCCATTTGTAACAATCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATGTGCTATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGCAGATAGTTGCATCATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTGCAGatata < 2:11906/136‑1 (MQ=11)
atcgATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATc < 1:280928/141‑1 (MQ=255)
atcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATc < 2:212843/141‑1 (MQ=39)
tctaTACGCTTTTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCa < 1:124288/138‑1 (MQ=11)
caATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATCTATCAc > 1:307582/1‑141 (MQ=255)
caATACGCCATTTGTAATAAACTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGAAATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGCCGATCGATGAATGATGAACGATTACACCACGGTCTCTTAATATTTCAGATATATCAc > 1:293758/1‑141 (MQ=11)
aaTACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACg < 1:288262/141‑1 (MQ=255)
aTACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGa < 2:20090/141‑1 (MQ=255)
aTACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGa < 2:308920/141‑1 (MQ=255)
aTACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACAACGTTCTCTTAATATTCCAGATATATCACGa > 2:254729/1‑141 (MQ=11)
aTACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACAACACGTTCTCTTAATATTCCAGATATATCCCGa > 2:254732/1‑141 (MQ=11)
aTACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTGGAATGATGAACGTGTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGa > 2:28123/1‑141 (MQ=11)
ttcGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGAt < 1:304574/139‑1 (MQ=255)
tACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGAt < 2:25596/141‑1 (MQ=40)
aCGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATa < 1:240466/141‑1 (MQ=255)
aCGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGCTa > 1:149216/1‑141 (MQ=21)
gCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGAtcgc > 2:134387/1‑138 (MQ=255)
ccATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCt > 2:179853/1‑141 (MQ=255)
ccATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCt > 1:34079/1‑141 (MQ=255)
ccATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACt > 2:158763/1‑141 (MQ=25)
cATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCCAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTc < 2:90214/141‑1 (MQ=21)
cATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCAATATTTGATATACAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTc > 2:70455/1‑141 (MQ=11)
aTTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAAGGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATCTATCACGATAGCTCa > 2:173445/1‑141 (MQ=11)
aTTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCa < 2:64207/141‑1 (MQ=255)
aTTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCa > 1:276836/1‑141 (MQ=21)
tttGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAACTTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCaa < 2:17872/141‑1 (MQ=11)
tttGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCaa < 2:55123/141‑1 (MQ=11)
ttGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGCTCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAAt < 2:119033/141‑1 (MQ=11)
ttGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAAt < 1:292311/141‑1 (MQ=11)
ttGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAAt < 2:309368/141‑1 (MQ=11)
ttGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAAt < 1:89094/141‑1 (MQ=21)
ttGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAAt < 1:70047/141‑1 (MQ=21)
tGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATg < 1:84090/141‑1 (MQ=11)
tGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATg < 1:239292/141‑1 (MQ=18)
gTAATAAGCCTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATgc < 2:317504/141‑2 (MQ=11)
taataaGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTaa < 2:324819/110‑1 (MQ=11)
taataaGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATgca < 1:284078/141‑3 (MQ=11)
taataaGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGta < 2:333585/141‑1 (MQ=40)
ataaGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGtata < 1:118692/141‑1 (MQ=40)
tttATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGAta > 1:66598/1‑141 (MQ=35)
tATGCTTTTTCCTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGACCCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGAtagt < 1:258564/141‑1 (MQ=25)
tATGCTTGTGGTTCTACATTTGCTACAAGAGGGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTTGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGAtagt < 1:240746/141‑1 (MQ=11)
aTGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGAtagta > 2:236258/1‑141 (MQ=35)
tcttcCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACgg < 2:207615/141‑1 (MQ=35)
cttcCATATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCACCGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTCATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGc < 2:108500/141‑1 (MQ=255)
ttcCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAATGGCt > 1:291155/1‑141 (MQ=25)
tcCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTa < 2:113635/141‑1 (MQ=35)
aaTTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGt > 1:118378/1‑141 (MQ=35)
tGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATa > 1:323081/1‑141 (MQ=35)
ggggCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGACTGATGAACGATTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGAAGGAAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTCGTTa > 1:172309/1‑141 (MQ=11)
ggggCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACCGATCATTTATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTa > 1:108224/1‑141 (MQ=11)
tatTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGt < 1:125598/141‑1 (MQ=32)
atTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTCCCCTTAATATGTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGtt < 2:217931/141‑1 (MQ=17)
tCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTta < 1:13723/141‑1 (MQ=32)
tGAACCCAACGGTAGACCGTTGTATTATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTatat < 1:116132/141‑1 (MQ=17)
aaCCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCt < 2:237456/141‑1 (MQ=32)
aaCCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCt < 2:102456/141‑1 (MQ=32)
aCCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTg < 2:4894/141‑1 (MQ=32)
aaCGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCCCGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAAt < 2:172309/141‑1 (MQ=17)
ttGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTAATAAaga > 2:5408/1‑141 (MQ=17)
gAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACagaag > 1:7897/1‑141 (MQ=32)
atgatgAACGTTTACACCTCGTTCCATTAATATTTCACTTATATCACGATAACTCAATGTATAGCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTCAGATCATAAATAGTTCATACAGAAGAc < 1:161215/141‑1 (MQ=11)
tACGCCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTa < 2:282617/141‑1 (MQ=17)
cacGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAAtt > 1:162333/1‑141 (MQ=32)
cccTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACta < 2:7897/141‑1 (MQ=32)
|
TTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTA > CP000730/36305‑36583
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
