Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F21 I0 R1
|
100 |
98.5 |
2221552 |
92.3% |
2050492 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
36,413 |
C→T |
51.1% |
V47I (GTC→ATC) |
tpn ← |
IS431mec transposase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 36,413 | 0 | C | T | 51.1%
| 14.3
/ inf
| 708 | V47I (GTC→ATC) | tpn | IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (141/202); new base T (187/173); total (333/375) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.75e-01 |
Only 100 of 715 total aligned reads displayed.
AATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATAC > CP000730/36273‑36553
|
aaTGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGAc < 1:999214/141‑1 (MQ=18)
cACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAAACCAACGGTAGATCGTTg > 1:658985/1‑141 (MQ=255)
aCGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGa < 1:188449/141‑1 (MQ=18)
aCGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGa < 2:806635/141‑1 (MQ=255)
cGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTTTTTTTTTTTTGATATAAAATTGGGGCATATTTTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGaa > 2:633128/1‑141 (MQ=11)
atatAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAatg < 2:464822/141‑1 (MQ=21)
agataAATAGCTCCATTTTCCTTTTATGTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATGTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAatg < 2:150735/139‑1 (MQ=255)
tataAATAGCTCCATTTTCCTTTTCTCTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAatga < 1:561977/141‑1 (MQ=11)
tataAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATTCGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAatga < 1:343504/141‑1 (MQ=255)
tataAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATATGTAATAAGCTGTTTTCTGCTTTTTCTTCCACATATGACATAAAATTAGAGCCTATTCGTGCACAGAGAGGTAGATAGTTGAgtga > 2:573896/1‑141 (MQ=2)
taAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCCTGAACCCAACCGTATACCGTTGAatgata > 2:88418/1‑140 (MQ=11)
aaaTAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGGTGTACGTCTCATCAATACGCCCTTTGTCATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCGAAATTTGATATAGAGTTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGGatggtgg > 1:139567/1‑140 (MQ=11)
aaaTAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAAtgatga > 1:935475/1‑141 (MQ=21)
aaaTAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCATTGAAtgatga > 1:454179/1‑141 (MQ=255)
aaTAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATCCGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAAAGGTAGACCGTTGAATGACGaa > 2:495085/1‑141 (MQ=255)
aTAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAAc < 2:393137/141‑1 (MQ=18)
tAGCTCCATTTTTCTTTTAGTTTGATGTACGCCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATCGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATCAACg < 2:828793/141‑1 (MQ=11)
aGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTATTCCGTATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGCACGt > 1:255923/1‑141 (MQ=11)
gCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCACCGGTAGACCGTTGAATGATGAACGtt > 2:379889/1‑141 (MQ=21)
gCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGtt > 2:710779/1‑141 (MQ=25)
tCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTa < 1:211641/141‑1 (MQ=255)
tCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTa < 1:1063260/141‑1 (MQ=255)
ccATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTac > 2:352681/1‑141 (MQ=21)
cATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTaca > 2:432937/1‑141 (MQ=21)
aTTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCACTTCGCCATTTGTAATACGATTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTacac < 1:1086068/141‑1 (MQ=11)
aTTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTacac < 2:899034/141‑1 (MQ=40)
aTTTTCCTTTTATTTGGACTTACGTCTTATTCATCCGCCATTTGAAATAAGTTTTTTTATGCTTATTCTTCCAAATGTGTTATAAAAGTGGAGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTacac < 2:1093109/141‑1 (MQ=11)
ttttCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTAcacc < 1:155319/141‑1 (MQ=16)
ttttCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAGTGATGAACGTTTAcacc < 1:443985/141‑1 (MQ=16)
tttCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTAcacca < 2:69282/141‑1 (MQ=255)
ttCCTTTTATTTTTATATACGTCTCATTAATACGCCATTTTTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTTTTCCCAATTTGATATTAAATTTGGGAATATTCTTTAACCCAAGTGTCGATTGTTTCATGATGAACGttttaactac > 2:654573/1‑134 (MQ=255)
ttCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTAcaccac > 2:782011/1‑141 (MQ=255)
ttCCTTCTATTTTGTTGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTAcaccac < 1:1047739/141‑1 (MQ=255)
tCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACg > 1:81116/1‑141 (MQ=255)
tCCTTGTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACg < 1:408131/141‑1 (MQ=255)
ccTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGGACGTTTACACCACGt < 2:124817/141‑1 (MQ=18)
ccTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGt < 1:828434/141‑1 (MQ=21)
ccTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGt < 2:948602/141‑1 (MQ=21)
ccTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGt > 2:110274/1‑141 (MQ=255)
cTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGtt > 1:466704/1‑141 (MQ=25)
cTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGtt > 1:889428/1‑141 (MQ=255)
cTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACACAACGGTAGATCGTTGAATGATGCACGTTTACACCACGtt > 2:23718/1‑141 (MQ=11)
ttATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTccc > 2:624547/1‑141 (MQ=21)
ttATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTccc > 1:1000234/1‑141 (MQ=21)
tttttTATATACGTCTCATCAATACTCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCtt < 2:868230/140‑1 (MQ=11)
aTTTTTATGTACGTCACATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCATTTTGTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGACCCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCtt < 1:90564/141‑1 (MQ=11)
ttttGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTa < 1:1104522/141‑1 (MQ=11)
gatatACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTCTGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCTAACGGTAGCTCGTCGAATGATCAACGTTTACACCACGTTCTCTTAatct > 1:972836/5‑139 (MQ=11)
gatatACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGAAGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAatat > 1:768200/5‑141 (MQ=11)
gatatACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTAATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAatat > 2:20419/5‑141 (MQ=11)
gATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAatat > 2:960898/1‑141 (MQ=25)
gATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAatat > 1:1019931/1‑141 (MQ=25)
tttACGGCTCATCAATTCGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTTTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATAttt < 2:278829/139‑1 (MQ=11)
tatACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATAttt > 2:1018722/3‑141 (MQ=255)
tGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCGTTTTTCTGATTAAGGAGCCGAGTTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATAttt < 1:520559/141‑1 (MQ=11)
aCGTCTCATCAATACNCNATTNGNAATNAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCCAATTTGATACATAATTGGGGCATATTCTTGTACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAg < 1:633404/141‑1 (MQ=255)
aCGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACAACACGTTCTCTTAATATTTCAg > 1:356672/1‑141 (MQ=255)
cGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGa > 1:579699/1‑141 (MQ=25)
cGTCTCATCAATACGCCAGTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGa < 1:377531/141‑1 (MQ=255)
gTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAGTATTTCAGat > 1:171830/1‑141 (MQ=255)
ctcATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATAGAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGatat < 1:989519/141‑1 (MQ=255)
cccatcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTGTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGatat < 1:298421/139‑1 (MQ=255)
tatcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGatatat < 2:341933/140‑1 (MQ=21)
atcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATc > 2:164605/1‑141 (MQ=255)
atcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATc < 2:531656/141‑1 (MQ=18)
caATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGatatatatc > 1:844036/1‑138 (MQ=255)
caATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTAAATCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCag > 2:845824/1‑140 (MQ=11)
aTACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGTTCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGa < 2:907850/141‑1 (MQ=255)
aTACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGa < 1:1078894/141‑1 (MQ=18)
tACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGAt > 1:327627/1‑141 (MQ=255)
tACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTGCTCTTAATATTTCAGATATATAACgca > 1:601452/1‑139 (MQ=11)
tACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGAt < 1:399525/141‑1 (MQ=18)
tACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGAt < 2:1036086/141‑1 (MQ=18)
tACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGAt > 1:709348/1‑141 (MQ=18)
aCGGCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATa < 2:522045/141‑1 (MQ=255)
aCGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATa > 1:6779/1‑141 (MQ=255)
cGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGGACGTGTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATag > 1:749313/1‑140 (MQ=11)
cGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTCATATTTCAGATATATAACCATac > 2:1075877/1‑140 (MQ=11)
cagttGTAATAAGCTTTGTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGAAACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTGCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTc < 2:325163/138‑1 (MQ=255)
tttGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAGATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTAGACCACGTTCTCTTAATATTTCCGATCTATCACGATAGCTCaa > 1:952977/1‑141 (MQ=11)
tttGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAAGTTGATATAACATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCaa < 1:279139/141‑1 (MQ=255)
ttGTCATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAAt < 2:598212/141‑1 (MQ=11)
ttGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAAt < 2:736337/141‑1 (MQ=11)
ttGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAAt < 1:734077/141‑1 (MQ=21)
ttGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCCTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATCTTATTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTAACCCCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAAt > 2:416439/1‑141 (MQ=11)
tGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATATCTCAATg > 2:22202/1‑141 (MQ=255)
tGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATg > 1:926216/1‑141 (MQ=11)
tGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATg < 2:551681/141‑1 (MQ=11)
gTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATgc < 1:8171/141‑2 (MQ=11)
ttttttATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAACTTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCttga > 2:933238/1‑139 (MQ=25)
tATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCGTATACTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGAtggt > 1:531312/1‑141 (MQ=255)
gCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGc < 1:423579/141‑1 (MQ=21)
gCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGc < 1:509463/141‑1 (MQ=35)
tcCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTa < 2:767944/141‑1 (MQ=35)
aaTTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGt < 1:795709/141‑1 (MQ=35)
aTACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTCCAGTGATaaa > 2:481456/1‑140 (MQ=25)
caaaaatcaggCATATTCCTGAACCCAACCGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATCTCAAATATATCACGATAACTCAATTTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATc < 1:233011/132‑1 (MQ=11)
ttGGCGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGt < 1:389810/141‑1 (MQ=17)
aaCCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATAGCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCt < 2:291439/141‑1 (MQ=17)
aCCCAACGGTAGATAGTTGTATGATCAACGTTTACACCACGTTCTATTAATATTTCAGATATATCACAATAGATCAATGTATATCTTAGTTTGTAGCTAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTTTATCTg < 2:752/141‑1 (MQ=11)
|
AATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATAC > CP000730/36273‑36553
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
